| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AP009048 | 2175760 = | 34 (0.600) | 3 (0.060) | 3/90 | NT | 9.0% | coding (654/1356 nt) | gatC | galactitol‑specific enzyme IIC component of PTS |
| ? | AP009048 | 2175793 = | 31 (0.620) | coding (621/1356 nt) | gatC | galactitol‑specific enzyme IIC component of PTS | |||||
CACAAAACCCACGGTGACAGGCTCGCCAAATGGACCAAATTTGCGCTGAATATCGTCGGCGCTAAATTTAATTCGGTTAACGCCTGGGATTTTCTCGATGATAGCATCGACCAGCACCGCAATCGGCCCCATATAC > AP009048/2175724‑2175859 | cacaAAACCCACGGTGACAGGCTCGCCAAATGGACCAAATTTGCGCTGAATATCGTCGGCGCTAAATTTaa > 1:495082/1‑71 (MQ=255) ctatcatcgagaaaatcccaggcgttaaccgaattAAATTTGCGCTGAATATCGTCGGCGCTAAATTTaa > 1:3895725‑M1/36‑70 (MQ=255) acaAAACCCACGGTGACAGGCTCGCCAAATGGACCAAATTTGCGCTGAATATCGTCGGCGCTAAATTTAAt > 1:967200/1‑71 (MQ=255) aaaCCCACGGTGACAGGCTCGCCAAATGGACCAAATTTGCGCTGAATATCGTCGGCGCTAAATTTAATTCg > 1:2777770/1‑71 (MQ=255) ccACGGTGACAGGCTCGCCAAATGGACCAAATTTGCGCTGAATATCGTCGGCGCTAAATTTAATTCGGTTa < 1:1167725/71‑1 (MQ=255) cAGGCTCGCCAAATGGACCAAATTTGCGCTGAATATTGTCGGCGCTAAATTTAATTCGGTTAACGCCTgg < 1:3057331/70‑1 (MQ=255) cAGGCTCGCCAAATGGACCAAATTTGCGCTGAATATCGTCGGCGCTAAATTTAATTCGGTTa > 1:1877182/1‑62 (MQ=255) aGGCTCGCCAAATGGACCAAATTTGCGCTGAATATCGTCGGCGCTAAATTTAATTCGGTTAACGCCTGGGa < 1:4265483/71‑1 (MQ=255) ggCTCGCCAAATGGACCAAATTTGCGCTGAATATCGTCGGCGCTAAATTTAATTCGGTTAACGCCTGGGAt < 1:4840592/71‑1 (MQ=255) ccAAATGGACCAAATTTGCGCTGAATATCGTCGGCGCTAAATTTAATTCGGTTAACGCCTGGGATTTtctc < 1:4344212/71‑1 (MQ=255) cAAATGGACCAAATTTGCGCTGAATATCGTCGGCGCTAAATTTAATTCGGTTAACGCCTGGGATTTtctc < 1:812307/70‑1 (MQ=255) aaTGGACCAAATTTGCGCTGAATATCGTCGGCGCTAAATTTAATTCGGTTAACGCCTGGGATTTTCTCgat > 1:4448587/1‑71 (MQ=255) aTGGACCAAATTTGCGCTGAATATCGTCGGCGCTAAATTTAATTCGGTTAACGCCTGGGATTTTCTCgat > 1:4597975/1‑70 (MQ=255) tGGACCAAATTTGCGCTGAATATCGTCGGCGCTAAATTTAATTCGGTTAACGCCTGGGATTTTCTCgatga < 1:938356/71‑1 (MQ=255) aCCAAATTTGCGCTGAATATCGTCGGCGCTAAATTTAATTCGGTTAACGCCTGGGATTTTCTCGATGATAg < 1:1374873/71‑1 (MQ=255) aCCAAATTTGCGCTGAATATCGTCGGCGCTAAATTTAATTCGGTTAACGCCTGGGATTTTCTCGATGATAg > 1:535886/1‑71 (MQ=255) ttaaatttagcgccgacgatattcagcgcaaatttAATTCGGTTAACGCCTGGGATTTTCTCGATGATAg > 1:3895725‑M2/36‑70 (MQ=255) ccAAATTTGCGCTGAATATCGTCGGCGCTAAATTTAATTCGGTTAACGCCTGGGATTTTCTCGATGATAg > 1:2572534/1‑70 (MQ=255) AATTTGCGCTGAATATCGTCGGCGCTAAATTTAAt < 1:2130028‑M1/35‑1 (MQ=255) AATTTGCGCTGAATATCGTCGGCGCTAAATTTAATTCGGTTAACGCCTGGGATTTTCTCGATGATAGCAt < 1:5145029‑M1/70‑1 (MQ=255) AATTTGCGCTGAATATCGTCGGCGCTAAATTTAATTCGGTTAACGCCTGGGATTTTCTCGATGATAGCATc < 1:2690174‑M1/71‑1 (MQ=255) TGCGCTGAATATCGTCGGCGCTAAATTTAATTCGGTTAACGCCTGGGATTTTCTCGATGATAg < 1:2740321‑M1/63‑1 (MQ=255) cgcTGAATATCGTCGGCGCTAAATTTAATTCGGTTAACGCCTGGGATTTTCTCGATGATAGCATCGACCAg < 1:433838/71‑1 (MQ=255) cgccgacgatattcagcgcaaatttAATTCGGTTAACGCCTGGGAttt < 1:1566811‑M2/23‑1 (MQ=255) cTGAATATCGTCGGCGCTAAATTTAATTCGGTTAACGCCTggg > 1:5174291/1‑43 (MQ=255) tGAATATCGTCGGCGCTAAATTTAATTCGGTTAACGCCTGGGATTTTCTCgatga > 1:2010755/1‑55 (MQ=255) tGAATATCGTCGGCGCTAAATTTAATTCGGTTAACGCCTGGGATTTTCTCGATGATAGCATCGAc > 1:1555000/1‑65 (MQ=255) tGAATATCGTCGGCGCTAAATTTAATTCGGTTAACGCCTGGGATTTTCTCGATGATAGCATCGACCAGCa > 1:2193233/1‑70 (MQ=255) tGAATATCGTCGGCGCTAAATTTAATTCGGTTAACGCCTGGGATTTTCTCGATGATAGCATCGACCAGCAc > 1:2650395/1‑71 (MQ=255) ccgacgatattcagcgcaaatttAATTCGGTTAACGCCTGGGATTTtc > 1:3914601‑M2/24‑48 (MQ=255) aaTATCGTCGGCGCTAAATTTAATTCGGTTAACGCCTGGGATTTTTTCGATGATAGCATCGACCa > 1:1820523/1‑65 (MQ=255) atatCGTCGGCGCTAAATTTAATTCGGTTAACGCCTGGGATTTTCTCGATGATAGCATCGACCAGCACCGc < 1:4167693/71‑1 (MQ=255) tatCGTCGGCGCTAAATTTAATTCGGTTAACGCCTGGGATTTTCTCGATGATATCATCGACCAGCACCGCa < 1:3475842/71‑1 (MQ=255) tatCGTCGGCGCTAAATTTAATTCGGTTAACGCCTGGGATTTTCTCGATGATAGCATCGACCAGCACCGCa < 1:193854/71‑1 (MQ=255) tatCGTCGGCGCTAAATTTAATTCGGTTAACGCCTGGGATTTTCTCGATGATAGCATCGACCAGCACCGCa < 1:4245173/71‑1 (MQ=255) atCGTCGGCGCTAAATTTAATTCGGTTAACGCCTGGGATTTTCTCgatgat < 1:2028848/51‑1 (MQ=255) atCGTCGGCGCTAAATTTAATTCGGTTAACGCCTGGGATTTTCTCGATGATAGCATCGACCAGCACCGCaa > 1:2145872/1‑71 (MQ=255) tcgtcgGCGCTAAATTTAATTCGGTTAACGCCTGGGATTTTCTCgatg < 1:3850008/48‑1 (MQ=255) tcgtcgGCGCTAAATTTAATTCGGTTAACGCCTGGGATTTTCTCGATGATAGCATCGACCAGCACCGCaa < 1:383846/70‑1 (MQ=255) tcgtcgGCGCTAAATTTAATTCGGTTAACGCCTGGGATTTTCTCGATGATAGCATCGACCAGCACCGCaa < 1:2581058/70‑1 (MQ=255) ggCGCTAAATTTAATTCGGTTAACGCCTGGGATTTTCTCGATGATAGCa > 1:1629635/1‑49 (MQ=255) gcTAAATTTAATTCGGTTAACGCCTGGGATTTTCTCGATGATAGCATCGa < 1:1734524/50‑1 (MQ=255) cTAAATTTAATTCGGTTTACGCCTGGGATTTTCTCGATGATAGCATCGACCAGCACCGCAATCGGCCCCat < 1:2003919/71‑1 (MQ=255) cTAAATTTAATTCGGTTAACGCCTGGGATTTTCTCGATGATAGCa < 1:1478527/45‑1 (MQ=255) aatttAATTCGGTTAACGCCTGGTATTTTCTCGATGATAGCATCGACCAGCACCGCAATCGGCCCCAtata > 1:3101403‑M2/6‑71 (MQ=255) aatttAATTCGGTTAACGCCTGGGATTTTCTCGATGATAGCATc < 1:4757671‑M2/39‑1 (MQ=255) aatttAATTCGGTTAACGCCTGGGATTTTCTCGATGATAGCATCGACCAGCACCGCAATCGGCCCCAtata > 1:1637262‑M2/6‑71 (MQ=255) atttAATTCGGTTAACGCCTGGGATTTTCTCGATGATAGCATCGACCAGc > 1:3250582‑M2/5‑50 (MQ=255) atttAATTCGGTTAACGCCTGGGATTTTCTCGATGATAGCATCGACCAGCACCGCAATCGGCCCCATATAc < 1:372105‑M2/67‑1 (MQ=255) atttAATTCGGTTAACGCCTGGGATTTTCTCGATGATAGCATCGACCAGCACCGCAATCGGCCCCATATAc > 1:90031‑M2/5‑71 (MQ=255) ttAATTCGGTTAACGCCTGGGATTTTCTCGATGATAGCATCGACCAGCACCGCAATCGGCCCCAtata > 1:2264869‑M2/3‑68 (MQ=255) tAATTCGGTTAACGCCTGGGATTTTCTCGATGATAGCATCGa > 1:4995261‑M2/2‑42 (MQ=255) aaTTCGGTTAACGCCTGGGATTTTCTCGATGATAGCATCGACCAGCACCGCAATCg > 1:4515645/1‑56 (MQ=255) | CACAAAACCCACGGTGACAGGCTCGCCAAATGGACCAAATTTGCGCTGAATATCGTCGGCGCTAAATTTAATTCGGTTAACGCCTGGGATTTTCTCGATGATAGCATCGACCAGCACCGCAATCGGCCCCATATAC > AP009048/2175724‑2175859 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |