| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AP009048 | 4278235 = | 48 (0.820) | 4 (0.080) | 4/90 | NT | 8.1% | coding (521/537 nt) | ssb | Single‑stranded DNA‑binding protein |
| ? | AP009048 | 4278260 = | 49 (0.950) | intergenic (+9/+90) | ssb/yjcB | Single‑stranded DNA‑binding protein/predicted inner membrane protein | |||||
TCCGGCAGCGCCGTCTAACGAGCCGCCGATGGACTTTGATGATGACATTCCGTTCTGATTTGTCATTAAAACAATAGGTTATATTGTTTTAAGGTGGATGATTAAAGCATCTGCCAGCCATAAAAAAGAAGCCTCC > AP009048/4278194‑4278329 | tCCGGCAGCGCCGTCTAACGAGCCGCCGATGGACTTTGATGATGACATTCCGTTCTGATTTGTCATTaa < 1:455452/69‑1 (MQ=255) cGGCAGCGCCGTCTAACGAGCCGCCGATGGACTTTGATGATGACATTCCGTTCTGATTTGTCATTAAAAc > 1:3994327/1‑70 (MQ=255) ggCAGCGCCGTCTAACGAGCCGCCGATGGACTTTGATGATGACATTCCGTTCTGATTTGTCATTAAAACaa > 1:3112491/1‑71 (MQ=255) ggCAGCGCCGTCTAACGAGCCGCCGATGGACTTTGATGATGACATTCCGTTCTGATTTGTCATTAAAACaa < 1:2925753/71‑1 (MQ=255) gCAGCGCCGTCTAACGAGCCGCCGATGGACTTTGATGATGACATTCCGTTCTGATTTGTCATTAAAACa < 1:3909894/69‑1 (MQ=255) gCAGCGCCGTCTAACGAGCCGCCGATGGACTTTGATGATGACATTCCGTTCTGATTTGTCATTAAAACAAt < 1:334842/71‑1 (MQ=255) gcCGTCTAACGAGCCGCCGATGGACTTTGATGATGACATTCCGTTCTGATTTGTCATTaaaa > 1:2816798/1‑62 (MQ=255) gcCGTCTAACGAGCCGCCGATGGACTTTGATGATGACATTCCGTTCTGATTTGTCATTa < 1:1682427/59‑1 (MQ=255) cGTCTAACGAGCCGCCGATGGACTTTGATGATGACATTCCGTTCTGATTTGTCATTAAAACAATAGGTta > 1:3110999/1‑70 (MQ=255) cGTCTAACGAGCCGCCGATGGACTTTGATGATGACATTCCGTTCTGATTTGTCATTAAAACAATAGGTta > 1:3979845/1‑70 (MQ=255) tCTAACGAGCCGCCGATGGACTTTGATGATGACATTCCGTTCTGATTTGTCATTAAAACAATAGGTTatat < 1:2903841/71‑1 (MQ=255) cTAACGAGCCGCCGATGGACTTTGATGATGACATTCCGTTCTGATTTGTCATTAAAACAATAGGTTATAtt > 1:259104/1‑71 (MQ=255) tAACGAGCCGCCGATGGACTTTGATGATGACATTCCGTTCTGATTTGTCATTAAAACAATAGGTTATATTg > 1:3229304/1‑71 (MQ=255) aCGAGCCGCCGATGGACTTTGATGATGACATTCCGTTCTGATTTGTCATTAAAACAATAGGTTATAtt < 1:2292735/68‑1 (MQ=255) aCGAGCCGCCGATGGACTTTGATGATGACATTCCGTTCTGATTTGTCATTAAAACAATAGGTTATATTGtt < 1:4045061/71‑1 (MQ=255) aCGAGCCGCCGATGGACTTTGATGATGACATTCCGTTCTGATTTGTCATTAAAACAATAGGTTATATTGtt > 1:5245010/1‑71 (MQ=255) aCGAGCCGCCGATGGACTTTGATGATGACATTCCGTTCTGATTTGTCATTAAAACAATAGGTTATATTGt > 1:536436/1‑70 (MQ=255) cGAGCCGCCGATGGACTTTGATGATGACATTCCGTTCTGATTTGTCATTAAAACAATAGGTTATATTGttt < 1:5037188/71‑1 (MQ=255) acaatataacctattgttttaATGACATTCCGTTCTGATTTGTCATTa < 1:4696194‑M1/27‑1 (MQ=255) ccgccgATGGACTTTGATGATGACATTCCGTTCTGATTTGTCATTAAAACAATAGGTTATATTGTTTTAAg < 1:4616044/71‑1 (MQ=255) aatataacctattgttttgATGACATTCCGTTCTGATTTGTCAtt < 1:1989145‑M1/26‑1 (MQ=255) cgccgATGGACTTTGATGATGACATTCCGTTCTGATTTGTCATTAAAACAATAGGTTATATTGTTTTAAgg > 1:763838/1‑71 (MQ=255) cgccgATGGACTTTGATGATGACATTCCGTTCTGATTTGTCATTAAAACAATAGGTTATATTGTTTTAAgg < 1:1903062/71‑1 (MQ=255) gccgATGGACTTTGATGATGACATTCCGTTCTGATTTGTCATTAAAACAATAGGTTATATTGTTTTAAGGt < 1:4877799/71‑1 (MQ=255) ccgATGGACTTTGATGATGACATTCCGTTCTGATTTGTCATTAAAACAATAGGTTATATTGTTTTAAGCTg > 1:2618069/1‑71 (MQ=255) ccgATGGACTTTGATGACGACATTCCGTTCTGATTTGTCATTAAAACAATAGGTTATATTGTTTTAAGGTg > 1:384301/1‑71 (MQ=255) cgATGGACTTTGATGATGACATTCCTTTCTGATTTGTCATTAAAACAATAGGTTATATTGTTTTAAGGTg > 1:3595569/1‑70 (MQ=255) cgATGGACTTTGATGATGACATTCCGTTCTGATTTGTCATTAAAACAATAGGTTATATTGttt > 1:5158732/1‑63 (MQ=255) aTGGACTTTGATGATGACATTCCGTTCTGATTTGTCATTAAAACAATAGGt < 1:4191789/51‑1 (MQ=255) aTGGACTTTGATGATGACATTCCGTTCTGATTTGTCATTAAAACAATAGGTTATATTGt < 1:4742949/59‑1 (MQ=255) ggACTTTGATGATGACATTCCGTTCTGATTTGTCATTAAAACAATAGGTtat > 1:3642211/1‑52 (MQ=255) ggACTTTGATGATGACATTCCGTTCTGATTTGTCATTAAAACAATAGGTta > 1:863524/1‑51 (MQ=255) gACTTTGATGATGACATTCCGTTCTGATTTGTCATTAAAACAATAGGTTATATTGTTTTAAGGTGgatga < 1:3907566/70‑1 (MQ=255) aCTTTGATGATGACATTCCGTTCTGATTTGTCATTAAAACAATAGGTTATATTGTTTTAAGGTGga < 1:184476/66‑1 (MQ=255) aCTTTGATGATGACATTCCGTTCTGATTTGTCATTAAAACAATAGGTTATATTGTTTTAAGGTGGATGAtt < 1:128204/71‑1 (MQ=255) cTTTGATGATGACATTCCGTTCTGATTTGTCATTAAAACAATAGGTTATAtt > 1:2737194/1‑52 (MQ=255) tttGATGATGACATTCCGTTCTGATTTGTCATTAAAACAATAGGTTATATTGTTTTAAGGTGgatgat > 1:2037683/1‑68 (MQ=255) ttGATGATGACATTCCGTTCTGATTTGTCATTAAAACAATAGGTTATATTGt < 1:1989845/52‑1 (MQ=255) tgatgatgaCATTCCGTTCTGATTTGTCATTAAAACAATAGGTtata > 1:558413/1‑47 (MQ=255) tgatgatgaCATTCCGTTCTGATTTGTCATTAAAACAATAGGTtata > 1:3562741/1‑47 (MQ=255) tgatgatgaCATTCCGTTCTGATTTGTCATTAAAACAATAGGTTATATTGtt > 1:4903089/1‑52 (MQ=255) tgatgaCATTCCGTTCTGATTTGTCATTAAAACAATAGGTTATATTGTTTTAAGGTGGATGATTAAAGCAt > 1:924942/1‑71 (MQ=255) taatgacaaatcagaacggaatgtcatTAAAACAATAGGTTATATTGt < 1:4696194‑M2/21‑1 (MQ=255) gatgaCATTCCGTTCTGATTTGTCATTAAAACAATAGGTTATATTGTTTTAAGGTGGATGATTAAAGCATc > 1:4093358/1‑71 (MQ=255) aatgacaaatcagaacggaatgtcatCAAAACAATAGGTTATAtt < 1:1989145‑M2/19‑1 (MQ=255) ATGACATTCCGTTCTGATTTGTCATTAAAACAATAGGTTATATTg > 1:2084992‑M1/1‑45 (MQ=255) ATGACATTCCGTTCTGATTTGTCATTAAAACAATAGGTTATATTGTTTTAAGGTGGATGATTAAAGCATCt > 1:3904438‑M1/1‑71 (MQ=255) gacaaatcagaacggaatgtcatTAAAACAATAGGTTATATTg < 1:3521661‑M2/20‑1 (MQ=255) ACATTCCGTTCTGATTTGTCATTAAAACAATAGGTTATATTGTTTTAAGGTGGATGATTAAAGCATCTGc > 1:2017748‑M1/1‑70 (MQ=255) CATTCCGTTCTGATTTGTCATTAAAACAATAGGTTATATTGt > 1:1897239‑M1/1‑42 (MQ=255) CATTCCGTTCTGATTTGTCATTAAAACAATAGGTTATATTGTTTTAAGGTGGATGATTAAAGCATCTGc < 1:1187247‑M1/69‑1 (MQ=255) ATTCCGTTCTGATTTGTCATTAAAACAATAGGTTATATTg > 1:62926‑M1/1‑40 (MQ=255) ttCCGTTCTGATTTGTCATTAAAACAATAGGTTATATTGTTTTa < 1:4802371/44‑1 (MQ=255) ttCCGTTCTGATTTGTCATTAAAACAATAGGTTATATTGTTTTa < 1:3339672/44‑1 (MQ=255) ttCCGTTCTGATTTGTCATTAAAACAATAGGTTATATTGTTTTAAGGTTGATGATTAAAGCAt < 1:3843996/63‑1 (MQ=255) ccGTTCTGATTTGTCATTAAAACAATAGGTTATATTGTTTTAAg > 1:4124895/1‑44 (MQ=255) ccGTTCTGATTTGTCATTAAAACAATAGGTTATATTGTTTTAAGGTGGATGATTAAAGc > 1:4947970/1‑59 (MQ=255) ccGTTCTGATTTGTCATTAAAACAATAGGTTATATTGTTTTAAGGTGGATGATTAAAGCATc > 1:4485829/1‑62 (MQ=255) ccGTTCTGATTTGTCATTAAAACAATAGGTTATATTGTTTTAAGGTGGATGATTAAAGCATCTgccagcc > 1:4927990/1‑70 (MQ=255) gTTCTGATTTGTCATTAAAACAATAGGTTATATTGTTTTAAGGTGGATGATTAAAGCATCTGCCAGCCATa < 1:1792810/71‑1 (MQ=255) agaacggaatgtcatTAAAACAATAGGTTATATTGtt > 1:3534270‑M2/16‑37 (MQ=255) ttCTGATTTGTCATTAAAACAATAGGTTATATTGTTTTAAgg > 1:4207419/1‑42 (MQ=255) ttCTGATTTGTCATTAAAACAATAGGTTATATTGTTTTAAGGTGGATGATTa < 1:4269163/52‑1 (MQ=255) ttCTGATTTGTCACTAAAACAATAGGTTATATTGTTTTAAgg > 1:4656078/1‑42 (MQ=255) tGATTTGTCATTAAAACAATAGGTTATATTGTTTTAAGGTGGATGATTAAAGCATc < 1:2153918/56‑1 (MQ=255) gATTTGTCATTAAAACAATAGGTTATATTGTTTTAAGGTGGATGATTAAAGc < 1:148904/52‑1 (MQ=255) gATTTGTCATTAAAACAATAGGTTATATTGTTTTAAGGTGGATGATTAAAGc < 1:3139889/52‑1 (MQ=255) aTTTGTCATTAAAACAATAGGTTATATTGTTTTAAGGTGGATGATTaa > 1:1509602/1‑48 (MQ=255) aTTTGTCATTAAAACAATAGGTTATATTGTTTTAAGGTGGATGATTAAAGCATCTGCCAGCCATaaaaaa < 1:1105734/70‑1 (MQ=255) aTTTGTCATTAAAACAATAGGTTATATTGTTTTAAGGTGGATGATTAAAGCATCTGCCAGCCATaaaaaa < 1:5162176/70‑1 (MQ=255) aTTTGTCATTAAAACAATAGGTTATATTGTTTTAAGGTGGATGATTAAAGCATCTGCCAGCCATaaaaaa < 1:2028480/70‑1 (MQ=255) aTTTGTCATTAAAACAATAGGTTATATTGTTTTAAGGTGGATGATTAAAGCATCTGCCAGCCATaaaaaa < 1:4596462/70‑1 (MQ=255) tttGTCATTAAAACAATAGGTTATATTGTTTTAAGGTGGATGATTAAAGCa < 1:4513654/51‑1 (MQ=255) tttGTCATTAAAACAATAGGTTATATTGTTTTAAGGTGGATGATTAAAGCATCt > 1:75279/1‑54 (MQ=255) tttGTCATTAAAACAATAGGTTATATTGTTTTAAGGTGGATGATTAAAGCATCTGCCAGCCATAAAAaaga < 1:4697005/71‑1 (MQ=255) tgtcatTAAAACAATAGGTTATATTGTTTTAAGGTGGATGATTAAAGc < 1:1345884‑M2/42‑1 (MQ=255) tcatTAAAACAATAGGTTATATTGTTTTAAGGTGGATGATTAAAGCATCTGCCAGCCATAAAAAAGAAGcc > 1:908699‑M2/5‑71 (MQ=255) catTAAAACAATAGGTTATATTGTTTTAAGGTGGATGATTAAAGCATCTGCCAGCCATAAAAAAGAAGCCt > 1:993941‑M2/4‑71 (MQ=255) atTAAAACAATAGGTTATATTGTTTTAAGGTGGATGATTAAAGCATCTGCCAGCCATAAAAAAGAAGCCTc > 1:940363‑M2/3‑71 (MQ=255) atTAAAACAATAGGTTATATTGTTTTAAGGTGGATGATTAAAGCATCTGCCAGCCATAAAAAAGAAGCCTc > 1:3329402‑M2/3‑71 (MQ=255) tTAAAACAATAGGTTATATTGTTTTAAGGTGGATGATTAAAGCATCTGCCAGCCATAAAAAAGAAGCCt < 1:220198‑M2/68‑1 (MQ=255) tTAAAACAATAGGTTATATTGTTTTAAGGTGGATGATTAAAGCATCTGCCAGCCATAAAAAAGAAGCCTcc < 1:3258582‑M2/70‑1 (MQ=255) | TCCGGCAGCGCCGTCTAACGAGCCGCCGATGGACTTTGATGATGACATTCCGTTCTGATTTGTCATTAAAACAATAGGTTATATTGTTTTAAGGTGGATGATTAAAGCATCTGCCAGCCATAAAAAAGAAGCCTCC > AP009048/4278194‑4278329 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |