| New junction evidence | |||||||||||
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| * | ? | NC_000913 | = 2021654 | 100 (1.100) | 6 (0.070) | 5/258 | NT | 6.0% | coding (151/366 nt) | fliO | flagellar biosynthesis protein |
| ? | NC_000913 | = 2021673 | 95 (1.120) | coding (170/366 nt) | fliO | flagellar biosynthesis protein | |||||
Only 100 of 126 total aligned reads displayed.
AATAACCACGCTACTGTGCAATCTTCCGCGCCGGTTTCTGCTGCGCCACTGCTGCAGGTGAGCGGCGCACTCATCGCCATTATTGCCCTGATCCTCGCTGCTGCCTGGCTGGTAAAACGGTTGGGATTTGCCCCTAAACGCACTGGCGTTAACGGTCTGAAAATTAGCGCCAGTGCTTCACTGGGCGCGCGTGAAAGGGTTGTGGTGGTCGATGTGGAAGATGCACGGCTGGTGCTCGGCGTTACCGCAGGTCAAATCAATCTGCTGCATAAACTTCCCCCTTCTGCACCAACGGA > NC_000913/2021507‑2021802 | aaTAACCACGCTACTGTGCAATCTTCCGCGCCGGTTTCTGCTGCGCCACTGCTGCAGGTGAGCGGCGCACTCATCGCCATTATTGCCCTGATCCTCGCTGCTGCCTGGCTGGTAAAACGGTTGGGATTTGCCCCTAAACGCACTGGCGt < 1:437795/149‑1 (MQ=255)aaTAACCACGCTACTGTGCAATCTTCCGCGCCGGTTTCTGCTGCGCCACTGCTGCAGGTGAGCGGCGCACTCATCGCCATTATTGCCCTGATCCTCGCTGCTGCCTGGCTGGTAAAACGGTTGGGATTTGCCCCTAAACGCACTGGCGt < 2:1405194/149‑1 (MQ=255) cACTCTACTGTGCAATCTTCCGCGACGGTTTCTGCTGCTCCACTGCTGCAGGTGAGCGGCGCACTCATCGCCATTATTGCCCTGATCCTCGCTGCTTCCTGGCTGGTAACACGGTTGGGATTTGCCCCTAAACGCACTGGCGTTAACgg < 1:1022662/149‑1 (MQ=255) 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tACTGTGCAATCTTCCGCGCCGGTTTCTGCTGCGCCACTGCTGCAGGTGAGCGGCGCACTCATCGCCATTATTGCCCTGATCCTCGCTGCTGCCTGGCTGGTAAAACGGTTGGGATTTGCCCCTAAACGCACTGGAGTAAACGGACTGa > 2:48979/1‑149 (MQ=255) aCTGTGCAATCTTCCGCGCCGGTTTCTGCTGCGCCACTGCTGCAGGTGAGCGGCGCACTCATCGCCATTATTGCCCTGATCCTCGCTGCTGCCTGGCTGGTAAAACGGTTGGGATTTGCCCCTAAACGCACTGGCGTTAACGGTCTGaa < 2:652297/149‑1 (MQ=255) tgCAATCTTCCGCGCCGGTTTCTGCTGCGCCACTGCTGCAGGTGAGCGGCGCACTCATCGCCATTATTGCCCTGATCCTCGCTGCTGCCTGGCTGGTAAAACGGTTGGGATTTGCCCCTAAACGCACTGGCGTTAACGGTCTGAAAAtt > 2:1232198/1‑149 (MQ=255) tgCAATCTTCCGCGCCGGTTTCTGCTGCGCCACTGCTGCAGGTGAGCGGCGCACTCATCGCCATTATAGCCCTCATCCACGCTGCTGCCTGGCTGGTAAAACCGTTGGGTTTAGCCCCTAAACGCACGGGCGTAAACGGTCTGAAAttt > 2:1141659/1‑149 (MQ=255) gCAATCTTCCGCGCCGGTTTCTGCTGCGCCACTGCTGCAGGTGAGCGGCGCACTCATCGCCATTATTGCCCTGATCCTCGCTGCTGCCTGGCTGGTAAAACGGTTGGGATTTGCCCCTAAACGCACTGGCGTTAACGGTCTGAAAATTa < 1:182178/149‑1 (MQ=255) 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aTTTGCCCCTAAACGCACTGGCGTTAACGGTCTGAAAATTAGCGCCAGTGCTTCACTGGGCGCGCGTGAAAGGGTTGTGGTGGTCGATGTGGAAGATGCACGGCTGGTGCTCGGCGTTACCGCAGGTCAAATCAATCTGCTGCATAAAc < 2:967692/149‑1 (MQ=255) ttGTCCCTAATCGCACTGGCGTTAACGTTCTGAAAATTAGCGCCAGTGGTTCACTGGGCTGGCGTGAAAGGGTTGTGGTGGTCGATGTTGAAGATGCACGGCTGGTGCTCGGCGTTACCGCAGGTCAAATCAATCTGCTGCATAAACtt < 1:178003/149‑1 (MQ=255) tGCCCCTAAACGCACTGGCGTTAACGGTCTGAAAATTAGCGCCAGTGCTTCACTGGGCGCGCGTGAAAGGGTTGTGGTGGTCGATGTGGAAGATGCACGGCTGGTGCTCGGCGTTACCGCAGGTCAAATCAATCTGCTGCATAAACTTc > 1:695048/1‑149 (MQ=255) ccccTAAACGCACTGGCGTTTACGGTCTGAAAATTAGcgccagtgcgtttaggggcaaatcccaaccgttttaccagccaggcagcagcgaggatcagggcaataatggcgatgagtgcgccgctcacctgccgcagtggcgcagcaga < 1:612994‑M2/149‑113 (MQ=255) ccccTAAACGCACTGGCGTTAACGGTCTGAAAATTAGCGCCAGTGCTTCACTGGGCGCGCGTGAAAGGGTTGTGGTGGTCGATGTGGAAGATGCACGGCTGGTGCTCGGCGATACCGCAGGTCAAATCAATATGCTGCATAAACTAccc > 2:359850/1‑149 (MQ=255) cccaTAAACGCACTGGCGTTAACGGTCTGAAAATTAGCGCCAGTGCTTCACTGGGCGCGCGTGAAAGGGTTGTGGTGGTCGATGTGGAAGATGCACGGCTGGTGCTCGGCGTTACCGCAGGTCAAATCAATCTGCTGCATAAACTTccc < 2:663991/149‑1 (MQ=255) cccTAAACGCACTGGCGTTAACGGTCTGAAAATTAGCGCCAGTGCTTCACTGGGCGCGCGTGAAAGGGTTGTGGTGGTCGATGTGGAAGATGCACGGCTGGTGCTCGGCGTTACCGCAGGTCAAATCAATCTGCAGCATAAACTTcccc > 2:119992/1‑149 (MQ=255) ccTAAACGCACTGGCGTTAACGGTCTGAATATTAGCGCCAGTGCTTAACTGGGCGCGCGTGAAAGGGTTGTGGTGGTCGATGTGGAAGATGCACGGCTGGTGCTAGGCGTTACCGCTGGTCAAATCAATCTGCTGCATACACTTcaccc > 1:1457299/1‑149 (MQ=255) ccTAAACGCACTGGCGTTAACGGTCTGAAAATTAGcgccagtgcgtttaggggcaaatcccaaccgttttaccagccaggcagcagcgaggatcagggcaataatggcgatgagtgcgccgctcacctgcagcagtggcgcagcagaaa < 2:947016‑M2/149‑115 (MQ=255) cTAAACGCACTGGCGTTAACGGTCTGAAAATTAGCGCCAGTGCTTCACTGGGCGCGCGTGAAAGGGTTGTGGTGGTCGATGTGGAAGATGCACGGCTGGTGCTCGGCGTTACCGCAGGTCAAATCAATCTGCTGCATAAACTTCCCCCt > 1:274005/1‑149 (MQ=255) aaaCGCACTGGCGTTAACGGTCTGAAAATTAGCGCCAGTGCTTCACTGGGCGCGCGTGAAAGGGTTGTGGTGGTCGATGTGGAAGATGCACGGCTGGTGCTCGGCGTTACCGCAGGTCAAATCAATCTGCTGCATAAACTACCCCCTTc < 1:1177180/149‑1 (MQ=255) aaCGCACTGGCGTTAACGGTCTGAAAATTAGCGCCAGTGCTTCACTGGGCGCGCGTGAAAGGGTTGTGGTGGTCGATGTGGAAGAAGCACGGCTGGTGCTCGGCGTTACCGCAGGTCAAATCAATCTGCTGCATAAACTTCCCCCTTCt > 1:1002330/1‑149 (MQ=255) cGCACTGGCGTTAACGGTCTGAAAATTAGCGCCAGTGCTTCACTGGGCGCGCGCGAAAGGGTTGTGGGGGTCGATGTGGAAGATGCAAGGCTGGTGCTCGGCGTGACCGCAGGTCAAATCAATCTGCTGCATACACTTCCCCCTTCTGc < 2:513735/149‑1 (MQ=255) gCACTGGCGTTAACGGTCTGAAAATTAGcgccagtgcgtttagtggcaaatcccaaccgttttaccagccaggcagcagcgaggctcagggcaataatggcgatgagtgcgccggtcacctgcagcagtggcgcagcagacaccggcgc < 2:882620‑M2/149‑122 (MQ=255) gCACTGGCGTTAACGGTCTGAAAATTAGCGCCAGTGCTTCACTGGGCGCGCGTGAAAGGGTTGTGGTGGTCGATGTGGAAGATGCACGGCTGGTGCTCGGCGTTACCGCAGGTCAAATCAATCTGCTGCATAAACTTCCCCCTTCTGCa > 1:872622/1‑149 (MQ=255) aCTGGCGTTAACGGTCTGAAAATTAGCGCCAGTGCTTCACTGGGCGCGCGTGAAAGGGTTGTGGTGGTCGATGTGGAAGATGCACGGCTGGTGCTCGGCGTTACCGCAGGTCAAATCAATCTGCTGCATAAACTTCCCCCTTCTGCAcc > 2:262805/1‑149 (MQ=255) cTGGCGctaattttcagaccggaaacgccagtgcgtttaggggcaaatcccaaccgttttacaagccaggcagcagcgaggatcagggcaataatggcgatgagtgcgccgctcacctgcagcagtggcgcagcagaaaccggcgcgga < 1:76764‑M1/149‑144 (MQ=255) tGGCGctaattttcagaccgttaacgccagtgcgtttaggggcaaatcccaaccgttttaccagccaggcagcagcgaggatcagggcaataatggcgatgagtgcgccgctcacctgtagcagtggcgcagcagaaaccggcgcggaa < 2:216940‑M1/149‑145 (MQ=255) tGGCGTTAACGGTCTGAAAATTAGCGCCAGTGCGTCACTGGGCGCGCGTGAAAGGGTTGTGGTGGTCGATGTGGAAGATGCACGGCTGGTGCTCGGCGTTACCGCAGGTCAAATCAATCTGCTGCATAAACTTCCCCCTTCTGCACCaa < 2:830178/149‑1 (MQ=255) ggCGTTAACGGTCTGAAAATTAGCGCCAGTGCTTCACTGGGCGCGCGTGAAAGGGGTGTGGTGGTCGATGTGGAAGATGCACGGCTGGTGCTCGGCGTTACCGCAGGTCAAATCAATCTGCTACATAAACTTCCCCCTTCTGCACCAAc < 1:48979/149‑1 (MQ=255) gctaattttcagaccgttaacgccagtgcgtttaggggcaaatcccaaccgttttaccagccaggcagcagcgaggatcagggcaataatggcgatgagtgcgccgctcacctgcagcagtggcgcagcagaaaccggcgcggaagatt < 2:889062‑M1/149‑149 (MQ=255) gTTAACGGTCTGAAAATTAGCGCCAGTGCTTCACTGGGCGCGCGTGAAAGGGTTGTGGTGGTCGATGTGGAAGATGCACGGCTGGTGCTCGGCGTTACCGCAGGTCAAATCAATCTGCTGCATAAACTTCCCCCTTCTGCACCAACGGa > 1:1324860/1‑149 (MQ=255) | AATAACCACGCTACTGTGCAATCTTCCGCGCCGGTTTCTGCTGCGCCACTGCTGCAGGTGAGCGGCGCACTCATCGCCATTATTGCCCTGATCCTCGCTGCTGCCTGGCTGGTAAAACGGTTGGGATTTGCCCCTAAACGCACTGGCGTTAACGGTCTGAAAATTAGCGCCAGTGCTTCACTGGGCGCGCGTGAAAGGGTTGTGGTGGTCGATGTGGAAGATGCACGGCTGGTGCTCGGCGTTACCGCAGGTCAAATCAATCTGCTGCATAAACTTCCCCCTTCTGCACCAACGGA > NC_000913/2021507‑2021802 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |