| New junction evidence | |||||||||||
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| * | ? | NC_000913 | = 2021654 | 100 (1.100) | 6 (0.070) | 5/258 | NT | 6.0% | coding (151/366 nt) | fliO | flagellar biosynthesis protein |
| ? | NC_000913 | = 2021673 | 95 (1.120) | coding (170/366 nt) | fliO | flagellar biosynthesis protein | |||||
Only 100 of 109 total aligned reads displayed.
CAATCTTCCGCGCCGGTTTCTGCTGCGCCACTGCTGCAGGTGAGCGGCGCACTCATCGCCATTATTGCCCTGATCCTCGCTGCTGCCTGGCTGGTAAAACGGTTGGGATTTGCCCCTAAACGCACTGGCGTTAACGGTCTGAAAATTAGCGCCAGTGCTTCACTGGGCGCGCGTGAAAGGGTTGTGGTGGTCGATGTGGAAGATGCACGGCTGGTGCTCGGCGTTACCGCAGGTCAAATCAATCTGCTGCATAAACTTCCCCCTTCTGCACCAACGGAAGAGATACCGCAG > NC_000913/2021525‑2021815 | gaaTCTTCCGCGCCGGTTTCTGCTGCGCCACTGCTGCAGGTGAGCGGCGCACTCATCGCCATTATTGCCCTGATCCTCGCTGCTGCCTGGCTGGTAAAACGGTTGGGATTTGCCCCTAAACGCACTGGCGTTAACGGTCTGAAAATTAg < 1:305665/148‑1 (MQ=255) aaTCTTCCGCGCCGGTTTCTGCTGCGCCACTGCTGCAGGTGAGCGGCGCACTCATCGCCATTATTGCCCTGATCCTCGCTGCTGCCTGGCTGGTAAAACGGTTGGGATTTGCCCCTAAACGCACTGGCGTTAACGGTCTGAAAATTAGc > 1:422487‑M2/1‑148 (MQ=255) aaTCTTCCGCGCCGGTTTCTGCTGCGCCACTGCTGCAGGTGAGCGGCGCACTCATCGCCATTATTGCCCTGATCCTCGCTGCTGCCTGGCTGGTAAAACGGTTGGGATTTGCCCCTAAACGCACTGGCGTTAACGGTCTGAAAATTAGc < 2:889062‑M2/149‑2 (MQ=255) ttCCGCGCCGGTTTCTGCTGCGCCACTGCTACAGGTGAGCGGCGCACTCATCGCCATTATTGCCCTGATCCTCGCTGCTGCCTGGCTGGTAAAACGGTTGGGATTTGCCCCTAAACGCACTGGCGTTAACGGTCTGAAAATTAGcgcca < 2:216940‑M2/149‑6 (MQ=255) tCCGCGCCGGTTTCTGCTGCGCCACTGCTGCAGGTGAGCGGCGCACTCATCGCCATTATTGCCCTGATCCTCGCTGCTGCCTGGCTTGTAAAACGGTTGGGATTTGCCCCTAAACGCACTGGCGTTTCCGGTCTGAAAATTAGcgccag < 1:76764‑M2/149‑7 (MQ=255) cGGTTTCTGCTGCGCCACTGCTGCAGGTGAGCGGCGCACTCATCGCCATTATTGCCCTGATCCTCGCTGCTGCCTGGCTGGTAAAACGGTTGGGATTTGCCCCTAAACGCACTGGCGTTAACGGTCTGAAAATTAGCGCCAGTGCTTCa < 1:553155/149‑1 (MQ=255) cGGTTTCTGCTGCGCCACTGCTGCAGGTGAGCGGCGCACTCATCGCCATTATTGCCCTGATCCTCGCTGCTGCCTGGCTGGTAAAACGGTTGGGATTTGCCCCTAAACGCACTGGCGTTAACGGTCTGAAAATTAGCGCCAGTGCTTCa < 1:920479/149‑1 (MQ=255) gTTTCTGCTGCGCCACTGCTGCAGGTGAGCGGCGCACTCATCGCCATTATTGCCCTGATCCTCGCTGCTGCCTGGCTGGTAAAACGGCTGTGATTTGCCCCTAATCTCACTGGCGTTAACGGTCTGAAAATTAGCGCCAGTGCTTCACt < 1:221741/149‑1 (MQ=255) tttCTGCTGCGCCACTGCTGCAGGTGAGCGGCGCACTCATCGCCATTATTGCCCTGATCCTCGCTGCTGCCTGGCTGGTAAAACGGTTGGGATTTGCCCCTAAACGCACTGGCGTTAACGGTCTGAAAATTAGCGCCAGTGCTTCACTg > 1:538565/1‑149 (MQ=255) ttCTGCTGCGCCACTGCTGCAGGTGAGCGGCGCACTCATCGCCATTATTGCCCTGATCCTCGCTGCTGCCTGGGTGGTAAAACGGTTGGGATTTGCCCCTAAACGCACTGGCGTTAACGGTCTGTAAATTAGCGCCAGTGCTTCACTgg < 2:491202/149‑1 (MQ=255) ttCTGCTGCGCCACTGCTGCAGGTGAGCGGCGCACTCATCGCCATTATTGCCCTGATCCTCGCTGCTGCCTGGCTGGTAAAACGGTTGGGATTTGCCCCTAAACGCACTGGCGTTAACGGTCTGAAAATTAGCGCCAGTGCTTCACTgg < 2:688364/149‑1 (MQ=255) tCTGCTGCGCCACTGCTGCAGGTGAGCGGCGCACTCATCGCCATTATTGCCCTGATCCTCGCTGCTGCCTGGCTGGTAAAACGGTTGGGATTTGCCCCTAAACGCACTGGCGTTAACGGTCTGAAAATTAGCGCCAGTGCTTCACTggg < 1:889062/149‑1 (MQ=255) ctgctgCGCCACTGCTGCAGGTGAGCGGCGCACTCATCGCCATTATTGCCCTGATCCTCGCTGCTGCCTGGCTGGTAAAACGGTTGGGATTTGCCCCTAAACGCACTGGCGTTAACGGTCTGAAAATTAGCGCCAGTGCTTCACTGGgc > 1:830178/1‑149 (MQ=255) 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aaCGCACTGGCGTTAACGGTCTGAAAATTAGCGCCAGTGCTTCACTGGGCGCGCGTGAAAGGGTTGTGGTGGTCGATGTGGAAGAAGCACGGCTGGTGCTCGGCGTTACCGCAGGTCAAATCAATCTGCTGCATAAACTTCCCCCTTCt > 1:1002330/1‑149 (MQ=255) cGCACTGGCGTTAACGGTCTGAAAATTAGCGCCAGTGCTTCACTGGGCGCGCGCGAAAGGGTTGTGGGGGTCGATGTGGAAGATGCAAGGCTGGTGCTCGGCGTGACCGCAGGTCAAATCAATCTGCTGCATACACTTCCCCCTTCTGc < 2:513735/149‑1 (MQ=255) gCACTGGCGTTAACGGTCTGAAAATTAGcgccagtgcgtttagtggcaaatcccaaccgttttaccagccaggcagcagcgaggctcagggcaataatggcgatgagtgcgccggtcacctgcagcagtggcgcagcagacaccggcgc < 2:882620‑M2/149‑122 (MQ=255) gCACTGGCGTTAACGGTCTGAAAATTAGCGCCAGTGCTTCACTGGGCGCGCGTGAAAGGGTTGTGGTGGTCGATGTGGAAGATGCACGGCTGGTGCTCGGCGTTACCGCAGGTCAAATCAATCTGCTGCATAAACTTCCCCCTTCTGCa > 1:872622/1‑149 (MQ=255) aCTGGCGTTAACGGTCTGAAAATTAGcgccagtgcgtttaggggcaaatcccaaccgttttaccagccaggcagcagcgaggatcagggcaataatggcgatgagtgcgccgctcacctgcagcagtggcgcagcagaaaccggcgcgg < 2:1510367‑M2/149‑124 (MQ=255) aCTGGCGTTAACGGTCTGAAAATTAGCGCCAGTGCTTCACTGGGCGCGCGTGAAAGGGTTGTGGTGGTCGATGTGGAAGATGCACGGCTGGTGCTCGGCGTTACCGCAGGTCAAATCAATCTGCTGCATAAACTTCCCCCTTCTGCAcc > 2:262805/1‑149 (MQ=255) tGGCGTTAACGGTCTGAAAATTAGCGCCAGTGCGTCACTGGGCGCGCGTGAAAGGGTTGTGGTGGTCGATGTGGAAGATGCACGGCTGGTGCTCGGCGTTACCGCAGGTCAAATCAATCTGCTGCATAAACTTCCCCCTTCTGCACCaa < 2:830178/149‑1 (MQ=255) ggCGTTAACGGTCTGAAAATTAGCGCCAGTGCTTCACTGGGCGCGCGTGAAAGGGGTGTGGTGGTCGATGTGGAAGATGCACGGCTGGTGCTCGGCGTTACCGCAGGTCAAATCAATCTGCTACATAAACTTCCCCCTTCTGCACCAAc < 1:48979/149‑1 (MQ=255) gTTAACGGTCTGAAAATTAGCGCCAGTGCTTCACTGGGCGCGCGTGAAAGGGTTGTGGTGGTCGATGTGGAAGATGCACGGCTGGTGCTCGGCGTTACCGCAGGTCAAATCAATCTGCTGCATAAACTTCCCCCTTCTGCACCAACGGa > 1:1324860/1‑149 (MQ=255) tAACGGTCTGAAAATTAGCGCCAGTGCTTCACTGGGCGCGCGTGAAAGGGTTGTGGTGGTCGATGTGGAAGATGCACGGCTGGTGCTCGGCGTTACCGCAGGTCAAATCAATCTGCTGCATAAACTTCCCCCTTCTGCACCAACGGAag < 1:158457/149‑1 (MQ=255) tAACGGTCTGAAAATTAGCGCCAGTGCTTCACTGGGCGCGCGTGAAAGGGTTGTGGTGGTCGATGTGGAAGATGCACGGCTGGTGCTCGGCGTTACCGCAGGTCAAATCAATCTGCTGCATAAACTTCCCCCTTCTGCACCAACGGAag < 1:1542343/149‑1 (MQ=255) aCGGTCTGAAAATTAGCGCCAGTGCTTCACTGGGCGCGCGTGAAAGGGTTGTGGTGGTCGATGTGGAAGATGCACGGCTGGTGCTCGGCGTTACCGCAGGTCAAATCAATCTGCTGCATAAACTTCCCCCTTCTGCACCAACGGAagag < 1:334512/149‑1 (MQ=255) aCGGTCTGAAAATTAGCGCCAGTGCTTCACTGGGCGCGCGTGAAAGGGTTGTGGTGGTCGATGTGGAAGATGCACGGCTGGTGCTCGGCGTTACCGCAGGTAAAATCAATCTGCTGCATAAACTACCCCCTTCAGCACCAACGGAatag > 2:372303/1‑149 (MQ=255) tctcAAACTTAGCGCCGGTGCTGCAGTGGGCGCGCGTGAACCGGTGGGGGTGGGCGTTGGGGAAGATGCTCGGCTGGTGCGCGGCGTTACCGCAGGTCAAATCAATCTGCTGCATAAACTTCCCCCTTCTGCACCAACGGAAGAGATAc < 2:1043004/149‑1 (MQ=255) gAAAATTAGCGCCAGTGCTTCACTGGGCGCGCGTGAAAGGGTTGTGGTGGTCGATGTGGAAGATGCACGGCTGGTGCTCGGCGTTACCGCAGGTAAAATCAATCTGCTGCATAAACTTCCCCCTTCTGCACCAACGGAAGAGATACCGc < 1:475799/149‑1 (MQ=255) aaaaTTAGCGCCAGTGCTTCAATGGGCGCGCGTGAAAGGGTTGTGGTGGTCGATGTGGAAGATGCACGGCTGGTGCTCGGCGTTACCGCAGGTGAACTCAATCTGCTGCATAAACTTCCCCCTTCTGCACCAACGGACGAGATACCGCa > 1:1298615/1‑149 (MQ=255) aaaTTAGCGCCAGTGCTTCACTGGGCGCGCGTGAAAGGGTTGTGGTGGTCGATGTGGAAGATGCACGGCTGGTGCTCGGCGTTACCGCAGGTCAAATCAATCTGCTGCATAAACTTCCCCCTTCTGCACCAACGGAAGAGATACCGCAg > 1:559242/1‑149 (MQ=255) | CAATCTTCCGCGCCGGTTTCTGCTGCGCCACTGCTGCAGGTGAGCGGCGCACTCATCGCCATTATTGCCCTGATCCTCGCTGCTGCCTGGCTGGTAAAACGGTTGGGATTTGCCCCTAAACGCACTGGCGTTAACGGTCTGAAAATTAGCGCCAGTGCTTCACTGGGCGCGCGTGAAAGGGTTGTGGTGGTCGATGTGGAAGATGCACGGCTGGTGCTCGGCGTTACCGCAGGTCAAATCAATCTGCTGCATAAACTTCCCCCTTCTGCACCAACGGAAGAGATACCGCAG > NC_000913/2021525‑2021815 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |