New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | 752867 = | 100 (1.010) | 8 (0.090) | 6/256 | NT | 8.5% | intergenic (‑72/+318) | ybgD/gltA | putative fimbrial‑like adhesin protein/citrate synthase |
? | NC_000913 | 752916 = | 80 (0.880) | intergenic (‑121/+269) | ybgD/gltA | putative fimbrial‑like adhesin protein/citrate synthase |
Only 100 of 127 total aligned reads displayed.
GCGGCCAATGTTTTTTGTCCTTTAAACATAACAGAGTCCTTTAAGGATATAGAATAGGGGTATAGCTACGCCAGAATATCGTATTTGATTATTGCTAGTTTTTAGTTTTGCTTAAAAATATTGTTAGTTTTATTAAATGCAAAACTAAATTATTGGTATCATGAATTTGTTGTATGATGAATAAAATATAGGGGGGTATAGATAGACGTCATTTTCATAGGGTTATAAATGCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTA > NC_000913/752767‑753065 | aaaacttcatggtagtcgcatttataaccctatgaaaatgacgtctatctatacccccctatattttattcatcatacaacaaattcatgataccaataaTTTAGTTTTGCTTAAAAATATTGTTAGTTTTATTAAATGCAAAACTAAat > 2:1088881‑M1/101‑150 (MQ=255) tcatggtagtcgcatttataaccctatgaaaatgacgtctatctatacccccctatattttattcatcatacaacaaattcatgataccaataaTTTAGTTTTGCTTAAAAATATTGTTAGTTTTATTAAATGCAAAACTAAATTATTgg > 2:884450‑M1/95‑150 (MQ=255) tttttGTCCTTTAAACATAACAGAGTCCTTTAAGGATATAGAATAGGTGTATAGCTACGCCAGAATATCGTATTTGATTATTGCTAGTTTTTAGTTTTGCTTAAAAATATTGTTAGTTTTATTAAATGCAAAACTAAATTATTGGTATCa < 1:907394/150‑1 (MQ=255) tttttGTCCTTTAAACATAACAGAGTCCTTTAAGGATATAGAATAGGGGTATAGCTACGCCAGAATATCGTATTTGATTATTGCTAGTTTTTAGTTTTGCTTAAAAATATTGTTAGTTTTATTAAATGCAAAACTAAATTATTGGTATCa > 1:1624004/1‑150 (MQ=255) ttttGTCCTTTAAACATAACAGAGTCCTTTAAGGATATAGAATAGGGGTATAGCTACGCCAGAATATCGTATTTGATTATTGCTAGTTTTTAGTTTTGCTTAAAAATATTGTTAGTTTTATTAAATGCAAAACTAAATTATTGGTATCAt < 1:845880/150‑1 (MQ=255) tcgcatttataaccctatgaaaatgacgtctatctatacccccctatattttattcatcatacaacaaattcatgataccaataaTTTAGTTTTGCTTAATAATATTGTTAGTTTTATTAAATGCAAAACTAAATTATTGGTATCATGaa > 2:635260‑M1/86‑150 (MQ=255) tcgcatttataaccctatgaaaatgacgtctatctatacccccctatattttattcatcatacaacaaattcatgataccaataaTTTAGTTTTGCTTAAAAATATTGTTAGTTTTATTAAATGCAAAACTAAATTATTGGTATCATGaa > 2:1281733‑M1/86‑150 (MQ=255) cTTTAAACATAACAGAGTCCTTTAAGGATATAGAATAGGGGTATAGCTACGCCAGAATATCGTATTTGATTATTGCTAGTTTTTAGTTTTGCTTAAAAATATTGTTAGTTTTATTAAATGCAAAACTAAATTATTGGTATCATGAATttg > 2:1268543/1‑150 (MQ=255) cTTTAAACATAACAGAGTCCTTTAAGGATATAGAATAGGGGTATAGCTACGCCAGAATATCGTATTTGATTATTGCTAGTTTTTAGTTTTGCTTAAAAATATTGTTAGTTTTATTAAATGCAAAACTAAATTATTGGTATCATGAATttg > 1:439224/1‑150 (MQ=255) tttAAACATAACAGAGTCCTTTAAGGATATAGAATAGGGGTATAGCTACGCCAGAATATCGTATTTGATTATTGCTAGTTTTTAGTTTTGCTTAAAAATATTGTTAGTTTTATTAAATGCAAAACTAAATTATTGGTATCATGAATttgt < 2:1381588/150‑1 (MQ=255) ttAAACATAACAGAGTCCTTTAAGGATATAGAATAGGGGTATAGCTACGCCAGAATATCGTAATTGATTAGTGCTAGTTTTTAGTTATTCTTAAAAATATTGTTAGTTTTATTATATGCAAAACTAAATTATTTGTATCATGAATttgtt > 2:71762/1‑150 (MQ=255) tAAACATAACAGAGTCCTTTAAGGATATAGAATAGGGGTATAGCTACGCCAGAATATCGTATTTGATTATTGCTAGTTTTTAGTTTTGCTTAAAAATATTGTTAGTTTTATTAAATGCAAAACTAAATTATTGGTATCATGAATttgttg < 2:187620/150‑1 (MQ=255) aaaCATAACAGAGTCCTTTAAGGATATAGAATAGGGGTATAGCTACGCCAGAATATCGTATTTGATTATTGCTAGTTTTTAGTTTTGCTTAAAAATATTGTTAGTTTTATTAAATGCAAAACTAAATTATTGGTATCATGAATTtgttgt < 1:1024116/150‑1 (MQ=255) aaaCATAACAGAGTCCTTTAAGGATATAGAATAGGGGTATAGCTACGCCAGAATATCGTAGTTGATTATTGATAGTTTTTAGTTTTGCTTAAAAATATTGTTAGTTTTATTAAATGCAAAACTAAATTATTGGTATCATGATTTtgttgt > 1:274865/1‑150 (MQ=255) aaCATAACAGAGTCCTTTAAGGATATAGAATAGGGGTATAGCTACGCCAGAATATCGTATTTGATTATTGCTAGTTTTTAGTTTTGCTTAAAAATATTGTTAGTTTTATTAAATGCAAAACTAAATTATTGGTATCATGAATTTGTTGTa > 2:627481/1‑150 (MQ=255) aCATAACAGAGTCCTTTAAGGATATAGAATAGGGGTATAGCTACGCCAGAATATCGTATTTGATTATTGCTAGTTTTTAGTTTTGCTTAAAAATATTGTTAGTTTTATTAAATGCAAAACTAAATTATTGGTATCATGAATTTGTTGTat > 2:341670/1‑150 (MQ=255) aCATAACAGAGTCCTTTAAGGATATAGAATAGGGGTATAGCTACGCCAGAATATCGTATTTGATTATTGCTAGTTTTTAGTTTTGCTTAAAAATATTGTTAGTTTTATTAAATGCAAAACTAAATTATAGGTATCATGAATTTGTTGTat < 2:1135167/150‑1 (MQ=255) cATAACAGAGTCCTTTAAGGATATAGAATAGGGGTATAGCTACGCCAGAATATCGTATTTGATTATTGCTAGTTTTTAGTTTTGCTTAAAAATATTGTTAGTTTTATTAAATGCAAAACTAAATTATTGGt < 1:1491813/131‑1 (MQ=255) cATAACAGAGTCCTTTAAGGATATAGAATAGGGGTATAGCTACGCCAGAATATCGTATTTGATTATTGCTAGTTTTTAGTTTTGCTTAAAAATATTGTTAGTTTTATTAAATGCAAAACTAAATTATTGGt > 2:1491813/1‑131 (MQ=255) cATAACAGAGTCCTTTAAGGATATAGAATAGGGGTATAGCTACGCCAGAATATCGTATTTGATTATTGCTAGTTTTTAGTTTTGCTTAAAAATATTGTTAGTTTTATTAAATGCAAAACTAAATTATTGGTATCATGAATTTGTTGTatg < 1:1210912/150‑1 (MQ=255) aTAACAGAGTCCTTTAAGGATATAGAATAGGGGTATAGCTACGCCAGAATATCGTATTTGATTATTGCTAGTTTTTAGTTTTGCTTAAAAATATTGTTAGTTTTATTAAATGCAAAACTAAATTATTGGTATCATGAATTTGTTGTatga > 1:827742/1‑150 (MQ=255) tAACAGAGTCCTTTAAGGATATTGAATAGGGGTATAGCTACGCCAGAATATCCTATTTGATTATTGCTAGTTTTTAGTTTTGCTTAAAAATATTGTTAGTTTTATTAAATGCAAAACTAAATTATTGGTATCATGAATTTTTTGTatgat > 2:1500125/1‑150 (MQ=255) aaCAGAGTCCTTTAAGGATATAGAATAGGGGTATAGCTACGCCAGAATATCGTATTTGATTATTGCTAGTTTTTAGTTTTGCTTAAAAATATTGTTAGTTTTATTAAATGCAAAACTAAATTATTGGTATCATGAATTTGTTGTatgatg < 1:1024693/150‑1 (MQ=255) cAGGGTCCTTTAAGGATATAGAATAGGGGTATAGCTACGCCAGAATATCGTATTTGATTATTGCTAGTTTTTAGTTTTGCTTAAAAATATTGTTAGTTTTATTAAATGCAAAACTAAATTATTGGTATCATGAATTTGTTGTATGATGaa < 2:295204/150‑1 (MQ=255) cAGAGTCCTTTAAGGATATAGAATATGGGTATAGCTACGCCAGAATATCGTATTTGATTATTGCTAGTTTTTAGTTTTGCTTAAAAATATTGTTAGTTTTATTAAATGCAAAACTAAATTATTGGTATCATGAATTTGTTGTATGATGaa < 1:598969/150‑1 (MQ=255) cAGAGTCCTTTAAGGATATAGAATAGGGGTATAGCTACGCCAGAATATCGTATTTGATTATTGCTAGTTTTTAGTTTTGCTTAAAAATATTGTTAGTTTTATTAAATGAAAAACTAAATTATTGGTATCATGAATTTGTTGTATTATGaa > 1:35185/1‑150 (MQ=255) agTCCTTTAAGGATATAGAATAGGGGTATAGCTACGCCAGAATATCGTATTTGATTATTGCTAGTTTTTAGTTTTGCTTAAAAATATTGTTAGTTTTATTAAATGCAAAACTAAATTATTGGTa < 2:1154129/124‑1 (MQ=255) agTCCTTTAAGGATATAGAATAGGGGTATAGCTACGCCAGAATATCGTATTTGATTATTGCTAGTTTTTAGTTTTGCTTAAAAATATTGTTAGTTTTATTAAATGCAAAACTAAATTATTGGTa > 1:1154129/1‑124 (MQ=255) gTCCTTTAAGGATATAGAATAGGGGTATAGCTACGCCAGAATATCGTATTTGATTATTGCTAGTTTTTAGTTTTGCTTAAAAATATTGTTAGTTTTATTAAATGCAAAACTAAATTATTGGTATCATGAATTTGTTGTATGATGAATaaa > 2:1421712/1‑150 (MQ=255) ccTTTAAGGATATAGAATAGGGGTATAGCTACGCCAGAATATCGTATTTGATTATTGCTAGTTTTTAGTTTTGCTTAAAAATATTGTTAGTTTTATTAAATGCAAAACTAAATTAATGGTATCATGAATTTGTTGTATGATGAATAAAat < 1:764964/150‑1 (MQ=255) cTTTAAGGATATAGAATAGGGGTATAGCTACGCCAGAATATCGTATTTGATTATTGCTAGTTTTTAGTTTTGCTTAAAAATATTGTTAGTTTTATTAAATGCAAAACTAAATTATTGGTATCATGAATTTGTTGTATGATGAATAAAata > 1:1403014/1‑150 (MQ=255) cTTTAAGGATATAGAATAGGGGTATAGCTACGCCAGAATATCGTATTTGATTATTGCTAGTTTTTAGTTTTGCTTAAAAATATTGTTAGTTTTATTAAATGCAAAACTAAATTATTGGTATCATGAATTTGTTGTATGATGAATAAAata > 1:321218/1‑150 (MQ=255) aGGATATAGAATAGGGGTATAGCTACGCCAGAATATCGTATTTGATTATTGCTAGTTTTTAGTTTTGCTTAAAAATATTGTTAGTTTTATTAAATGCAAAACTAAATTATTGGTATCATGAATTTGTTGTATGATGAATAAAATATAggg > 1:429440/1‑150 (MQ=255) ggATATAGAATAGGGGTATAGCTACGCCAGAATATCGTATTTGATTATTGCTAGTTTTTAGTTTTGCTTAAAAATATTGTTAGTTTTATTAAATGCAAAACTAAATTATTGGTATCATGAATTTGTTGTATGATGAATAAAATATAgggg < 1:1025012/150‑1 (MQ=255) ataGAATAGGGGTATAGCTACGCCAGAATATCGTATTTGATTATTGCTAGTTTTTAGTTTTGCTTAAAAATATTGTTAGTTTTATTAAATGCAAAACTAAATTATTGGTATCATGAATTTGTTGTATGATGAATAAAATATAGGGGGGta > 2:797934/1‑150 (MQ=255) 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GCGGCCAATGTTTTTTGTCCTTTAAACATAACAGAGTCCTTTAAGGATATAGAATAGGGGTATAGCTACGCCAGAATATCGTATTTGATTATTGCTAGTTTTTAGTTTTGCTTAAAAATATTGTTAGTTTTATTAAATGCAAAACTAAATTATTGGTATCATGAATTTGTTGTATGATGAATAAAATATAGGGGGGTATAGATAGACGTCATTTTCATAGGGTTATAAATGCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTA > NC_000913/752767‑753065 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |