| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 3267361 = | 168 (1.220) | 16 (0.120) | 11/278 | 9.0 | 8.9% | intergenic (‑296/‑19) | tdcA/tdcR | tdc operon transcriptional activator/L‑threonine dehydratase operon activator protein |
| ? | NC_000913 | 3267401 = | 171 (1.330) | coding (22/219 nt) | tdcR | L‑threonine dehydratase operon activator protein | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TCAATACATGTATTCGAAATTTTAAAATATTGATAAAATAAATGTTTGTTCTCCAACAAATAGCGTGAAAAAATGTGACATGCCGCATTATTTATCACTGAAAATGGTTTATTTATAATAAAATTTGAGAACTTGCTCATTAAATTTAACTCAAATTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/3267519‑3267361‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ctcaaattttATTATAAATAAACCATTTTCAGTGATAAATAATGCGGCATGTCACATTTTTTCACGCTATTTGTTGGAGAACAAACATTTATTTTATCAATATTTTAAAATTTCGAATACATGTATTGATCATCTCGAACAATTGATTAACGTCAACTT > NC_000913/3267401‑3267549 TCAATACATGTATTCGATATTTTAAAATATTGATAAAATAAATGTTTGTTCTCCAACAAATAGCGTGAAAAAATGTGACATGCCGCATTATTTATCACTGAAAATGGTTTATTTATAATAAAATTTGAGAACTTGCTCATTAAATTTAAC < 2:72079/150‑1TCAATACATGTATTCGAAATTTTAAAATATTGATAAAATAAATGTTTGTTCTCCAACAAATAGCGTGAAAAAATGTGACATGCCGCATTATTTATCACTGAAAATGGTTTATTTATAATAAAATTTGAGAACTTGCTCATTAAATTTAAC < 2:291960/150‑1 CAATACATGTATTCGAAATTTTAAAATATTGATAAAATAAATGTTTGTTCTCCAACAAATAGCGTGAAAAAATGTGACATGCCGCATTATTTATCACTGAAAATGGTTTATTTATAATAAAATTTGAGAACTTGCTCATTAAATTTAACT > 2:798978/1‑150 CAATACATGTATTCGAAATTTTAAAATATTGATAAAATAAATGTTTGTTCTCCAACAAATAGCGTGAAAAAATGTGACATGCCGCATTATTTATCACTGAAAATGGTTTATTTATAATAAAATTTGAGAACTTGCTCATTAAATTTAACT < 1:1810829/150‑1 AATACATGTATTTGAAATTTTAAAATATTGATAAAATAAATGTTTGTTCTCCAACAAATAGCGTGAAAAAATGTGACATGCCGCATTATTTATCACTGAAAATGGTTTATTTATAATAAAATTTGAGAACTTGCTCATTAAATTTAACTC > 2:1034819/1‑150 AATACATGTATTCGAAATTTTAAAATATTGATAAAATAAATGTTTGTTCTCCAACAAATAGCGTGAAAAAATGTGACATGCCGCATTATTTATCACTGAAAATGGTTTATTTATAATTAAATTTGAGAACTTGCTCATTAAATTTAACTC > 2:1496766/1‑150 AATACATGTATTCGAAATTTTAAAATATTGATAAAATAAATGTTTGTTCTCCAACAAATAGCGTGAAAAAATGTGACATGCCGCATTATTTATCACTGAAAATGGTTTATTTATAATAAAATTTGAGAACTTGCTCATTAAATTTAACTC < 2:1588956/150‑1 ATACATGTATTCGAAATTTTAAAATATTGATAAAATAAATGTTTGTTCTCCAACAAATAGCGTGAAAAAATGTGACATGCCGCATTATTTATCACTGAAAATGGTTTATTTATAATAAAATTTGAGAACTTGCTCATTAAATTTAACTCA < 2:1708088/150‑1 ATACATGTAATCGAAATTTTAAAATATTGATAAAATAAATGTTTGTTCTCCAACAAATAGCGTGAAAAAATGTGACATGCCGCATTATTTATCACTGAAAATTGTTTATTTATAATAAAATTTGAGAACTTGCTCATTAAATTTAACTCA < 1:1352373/150‑1 CATGTATTCGAAATTTTAAAATATTGATAAAATAAATGTTTGTTCTCCAACAAATAGCGTGAAAAAATGTGACATGCCGCATTATTTATCACTGAAAATGGTTTATTTATAATAAAATTTGAGAACTTGCTCATTAAATTTAACTCAAAT > 1:520789/1‑150 AAATATTAAAATATTGATAAAATAAATGTTTGTTCTCCAACAAATAGCGTGAAAAAATGTGACATGCCGCATTATTTATCACTGAAAATATTTTATTTATAATAAAATTTCAGAACTTGCACAATAAATATAACTCAAATTTTccattgt > 1:390661/1‑143 TGCCGCATTATTTATAACTGAAAATGGTTTATTTATAATAAAATTTGAGAACTTGCTCATTAAATTTAAATCAAATTTTATTATAAATAAAACATTTTAAGTGATAAATAATGCGGCATGTCACATTTTTTAAAGATATTTTTTGGAGAA > 2:1992277/1‑150 ACTGAAAATGGTTTATTTATAATAAAATTTGAGAACTTGCTCATTAAATTTAACTCAAATTTTATTATAAATAAACCATTTTCAGTGATAAATAATGCGGCATGTCAGATTTTTTCACGCTATTTGTTGGAGAACAAACATTTATTTTAT > 1:241963/1‑150 AATGGTTTATTTATAATAAAATTTGAGAACTTGCTCATTAAATTTAACTCAAATTTTATTATAAATAAACAATATTCAGTTATAAATAATGAGGCATGTCACATTTTTTCACGCTATTTTTTGGAGAAAAAACAGTTATTTTATCAATAT > 1:1435600/1‑150 ATGGTTTATTTATAATAAAATTTGAGAACTTGCTCATTAAATTTAACTCAAATTTTATTATAAATAAACCATTTTCAGTGATAAATAATGCGGCATGTCACATTTTTTCACGCTATTTGTTGGAGAACAAACATTTATTTTATCAATATT > 1:806389/1‑150 TGGTTTATTTATAATAAAATTTGAGAACTTGCTCATTAAATTTAACTCAAATTTTATTATAAATAAACCATTTTCAGTGATAAATAATGCGGCATGTCACATTTTTTCACGCTATTTGTTGGAGAACAATCATTTATTTTATCAATATTT > 1:864638/1‑150 GGTTTATTTATAATAAAATTTGAGAACTTGCTCATTAAATTTAACTCAAATTTTATTATAAATAAACCATTTTCAGTGATAAATAATGCGGCATGTCACATTTTTTCACGCTATTTGTTGGAGAACTAACATTTATTTTATCAATATTTT > 2:560959/1‑150 GGTTTATTTATAATAAAATTTGAGAACTTGCTCATTAAATTTAACTCAAATTTTATTATAAATAAACCATTTTCAGTGATAAATAATGCGGCATGTCACATTTTTTCACGCTATTTGTTGGAGAACAAACATTTATTTTATCAATATTTT > 1:1865941/1‑150 GGTTTATTTATAATAAAATTTGAGAACTTGCTCATTAAATTTAACTCAAATTTTATTATAAATAAACCATTTTCAGTGATAAATAATGCGGCATGTCACATTTTTTCACGCTATTTGTTGGAGAACAAACATTTATTTTATCAATATTTT > 1:664604/1‑150 GTTTATTTATAATAAAATTTGAGAACTTGCTCATTAAATTTAACTCAAATTTTATTATAAATAAACCATTTTCAGTGATAAATAATGCGGCATGTCACATTTTTTCACGCTATTTGTTGGAGAACAAACATTTATTTTATCAATATTTTA > 2:702238/1‑150 GTTTATTTATAATAAAATTTGAGAACTTGCTCATTAAATTTAACTCAAATTTTATTATAAATAAACCATTTTCAGTGATAAATAATGCGGCATGTCACATTTTTTCACGCTATTTGTTGGAGAACAAACATATATTTTATCAAAATTTTA > 2:848003/1‑150 gtttattTAATAAAATTTGAGAACTTGCTCATTAAATTTAACTCAAATTTTATTATAAATAAACCATTTTCAGTGATAAATAATGCGGCATGTCACATTTTTTCACGCTATTTGTTGGAGAACAAACATTTATTTTATCAATTTTTTAAA > 1:1577938/8‑150 TATAATAAAATTTGAGAACTTGCTCATTAAATTTAACTCAAATTTTATTATAAATAAACCATTTTCAGTGATAAATAATGCGGCATGTCACATTTTTTCACGCTATTTGTTGGAGAACAAACATTTATTTTATCAATATTTTAAAATTTa > 2:840219/1‑149 TATAATAAAATTTGAGAACTTGCTCATTAAATTTAACTCAAATTTTATTATAAATAAACCATTTTCAGTGATAAATAATGCGGCATGTCACATTTTTTCACGCTATTTGTTGGAGAACAAACATTTATTTTATCAATATTTTAAAATTTC > 1:764622/1‑150 ATTTGAGAACTTGCTCATTAAATTTAACTCAAATTTTATTATAAATAAACCATTTTCAGTGATAAATAATGCGGCATGTCACATTTTTTCACGCTATTTGTTGGAGAACAAACATTTATTTTATCAATATTTTAAAATTTCGAATACATG > 2:675607/1‑150 TGAGAACTTGCTCATTAAATTTAACTCAAATTTTATTATAAATAAACCATTTTCAGTGATAAATAATGCGGCATGTCACATTTTTTCACGCTATTTGTTGGAGAACAAACATTTATTTTATCAATATTTTAAAATTTCGAATACATGTAT > 1:1677301/1‑150 ATTAAATTTAAATAAAATTTTATTATAAATAAACAATTTTATTTTATAAATAATGCGGCATGTCACATTTTTTCACGCTATTTGTTGGAGAACAAACATTTATTTTATCAATATTTTAAAATTTCGAATACATGTATTGATCATCTCGAA < 1:1992277/150‑1 CTCAAATTTTATTATAAATAAACCATTTTCAGTGATAAATAATGCGGCATGTCACATTTTTTCCCGCTATTTGTTGGAGAACAAACATTTATTTTATCAATATTTTAAAATTTCGAATACATGTATTGATCATCTCGAACAATTGATTAA > 2:2131843/1‑150 CTCAAATTTTATTATAAATAAACCATTTTCAGTGATAAATAATGCGGCATGTCACATTTTTTCACGCTATTTGTTGGAGAACAAACATTTATTTTATCAATATTTTAAAATTTCGAATACATGTATTGATCATCTCGAACAATTGATTAA > 2:1664711/1‑150 TCAAATTTTATTATAAATAAACCATTTTCAGTGATAAATAATGCGGCATGTCACATTTTTTCACGCTATTTGTTGGAGAACAAACATTTATTTTATCAATATTTTAAAATTTCGAATACATGTATTGATCATCTCGAACAATTGATTAAC > 1:1626154/1‑150 CAAATTTTATTATAAATAAACCATTTTCAGTTATAAATAATGCGGCATGTCACATTTTTTCACGCTATTTGTTGGAGAACAAACATTTATTTTATCAATATTTTAAAATTTCGAATACATGTATTGATCATCTCGAACAATTGATTAACG < 2:239634/150‑1 CAAATTTTATTATAAATAAACCATTTTCAGTGATAAATAATGCGGCATGTCACATTTTTTCACTCTATTTGTTGGAGAACAAACATTTATTTTATCAATATTTTAAAATTTCGAATACATGTATTGATCATCTCGAACAATTGATTAACt > 1:310053/1‑149 CAAATTTTATTATAAATAAACCATTTTCAGTGATAAATAATGCGGCATGTCACATTTTTTCACGCTATTTGTTGGAGAACAAACATTTATTTTATCAATATTTTAAAATTTCGAATACATGTATTGATCATCTCGAACAATTGATTAACG > 1:1232066/1‑150 CAAATTTTATTATAAATAAACCATTTTCAGTGATAAATAATGCGGCATGTCACATTTTTTCACGCTATTTGTTGGAGAACAAACATTTATTTTATCAATATTTTAAAATTTCGAATACATGTATTGATAATCTCGAACAATTGATTAACG > 2:60446/1‑150 CAAATTTTATTATAAATAAAACATTTTCATTGATAAATAATGCGGCATGTCACATTTTTTCACGCTATTTGTTGGAGAACAAACATTTATTTTATCAATATTTTAAAATTTCTAATACATGTATTGATCATATCGAACAATTGATTAACG < 2:452125/150‑1 AAATTTTATTATAAATAAACCATTTTCAGTTATAAATAATGCTGCATGTCACATTTTATCACGCTATTTGTTGGAGAACAAACATTTATTTTATCAATATTTTAAAATTTCGAATACATGTATTGATCATCTCGAACAATTGATTAACGT < 1:1602364/150‑1 AATTTTATTATAAATAAACCATTTTCAGTGATAAATAATGCGGCATGTCACATTTTTTCACGCTATTTGTTGGAGAACAAACATTTATTTTATCAATATTTTAAAATTTCGAATACATGTATTGATCATCTCGAACAATTGATTAACGTC < 1:1209671/150‑1 AATTTAATTATAAATAAACCATTTTCAGTGATAAATAATGAGGCATGTCACATTATTTCACGCTATTTGTTGGAGAGCAAGCATTTATGTTATCAATATTTTAAAATTTCGAATACATCTATTGATCATCTCGAACAATAGATTAACTTC > 2:140190/1‑150 TTTATTATAAATAAACCATTTTCAGTGATAAATAATGCGGCATGTCACATTTTTTCACGCTATTTGTTGGAGAACAAACATTTATTTTATCAATATTTTAAAATTTCGAATACATGTATTGATCATCTCGAACAATTGATTAACGTCAAC < 2:764622/150‑1 TTTATTATAAATAAACCATTTTCAGTGATAAATAATGCGGCATGTCACATTTTTTCACGCTATTTGTTGGAGAACAAACATTTATTTTATCAATATTTTAAAATTTCGAATACATGTATTGATCATCTCGAACAATTGATTAACGTCAAC < 2:2105490/150‑1 TATTATAAATAAACCATTTTCAGTGATAAATAATGCGGCATGTCACATTTTTTCACGCTATTTGTTGGAGAACAAACATTTATTTTATCAATATTTTAAAATTTCGAATACATGTATTGATCATCTCGAACAATTGATTAACGTCAACTT > 1:792623/1‑150 TCAATACATGTATTCGAAATTTTAAAATATTGATAAAATAAATGTTTGTTCTCCAACAAATAGCGTGAAAAAATGTGACATGCCGCATTATTTATCACTGAAAATGGTTTATTTATAATAAAATTTGAGAACTTGCTCATTAAATTTAACTCAAATTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/3267519‑3267361‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ctcaaattttATTATAAATAAACCATTTTCAGTGATAAATAATGCGGCATGTCACATTTTTTCACGCTATTTGTTGGAGAACAAACATTTATTTTATCAATATTTTAAAATTTCGAATACATGTATTGATCATCTCGAACAATTGATTAACGTCAACTT > NC_000913/3267401‑3267549 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |