| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 3267361 = | 168 (1.220) | 16 (0.120) | 11/278 | 9.0 | 8.9% | intergenic (‑296/‑19) | tdcA/tdcR | tdc operon transcriptional activator/L‑threonine dehydratase operon activator protein |
| ? | NC_000913 | 3267401 = | 171 (1.330) | coding (22/219 nt) | tdcR | L‑threonine dehydratase operon activator protein | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 169 total aligned reads displayed.
TAAAAATCAGCATAAACCCTGATTTTTGTCAAAAAAAATGACGGGGATAACCATATTTTATGGCGATAACATCATTCGTTATGTGGTTAATACAAAAAAGGGGCTGAGACCATATTTCAAGCAATTACCGGATAATTACCAGGCAAAATTTGAGTTAAATTTAATGAGCAAGTTCTCAAATTTTATTATAAATAAACCATTTTCAGTGATAAATAATGCGGCATGTCACATTTTTTCACGCTATTTGTTGGAGAACAAACATTTATTTTATCAATATTTTAAAATTTCGAATA > NC_000913/3267217‑3267509 | taAAAATCAGCATAAACCCTGATTTTTGTCAAAAAAAATGACGGGGATAACCATATTTTATGGCGATAACATCATTCGTTATGTGGTTAATACAAAAAAGGGGCTGAGACCATATTTCAAGCAATTACCGGATAATTACCAGGCAAAAtt < 2:610396/150‑1 (MQ=255) aaaaTCAGCATAAACCCTGATTTTTGTCAAAAAAAATGACGGGGATAACCATATTTTATGGCGATAACATCATTCGTTATGTGGTTAATACAAAAAAGGGGCTGAGACAATATTTCAAGCAATTACCGGATAATTACCAGGCAAAATTTg > 1:488068/1‑150 (MQ=255) aaTCAGCATAAACCCTGATTTTTGTCAAAAAAAATGACGGGGATAACCATATTTTATGGCGATAACATCATTCGTTATGTGGTTAATACAAAAAAGGGGCTGAGACCATATTTCTAGCAATTACCGGATAATTACCAGGCAAAATTTGAg > 2:379037/1‑150 (MQ=255) aTCAGCATAAACCCTTATTTTTGTCAAAAAAAATGACGGGGATAACCATATTTTATGGCGATAACATCATTCGTTATGTGGTTAATACAAAAAAGGGGCTGAGACCATATTTCAAGCAATTACCGGATAATTACCAGGCAAAATTTGAGt < 1:1883913/150‑1 (MQ=255) aCCCTGATTTTTGTCAAAAAAAATGACGGGGATAACCATATTTTATGGCGATAAAATCATTCGTTATGTGGTTAATACAAAAAAGGGGCTTAGACCATATTTCAAGCAATTACCGGATAATTACCAGGCAAAATTTGAGTTAAATTTAAt < 1:871540/150‑1 (MQ=255) cccTGATTTTTGTCAAAAAAAATTACGGGTATAACCATATTTTATGGCTATAACATCATTCGTTATGTGGTTAATACAAAAAAGTGGCTGAGACCATATTTCAAGCAATTACCGGATAATTACCAGGCAAAATTTGAGTTAAATTTAATg < 1:98205/150‑1 (MQ=255) cccTGATTTTTGTCAAAAAAAATGACGGGGATAACCATATTTTATGGCGATAACATCATTCGTTATGTGGTTAATACAAAAAAGGGGCTGAGACCATATTTCAAGCAATTACCGGATAATTACCAGGCAAAATTTGAGTTAAATTTAATg > 2:1804499/1‑150 (MQ=255) cccTGATTTTTGTCAAAAAAAATGACGGGGATAACCATATTTTATGGCGATAACATCATTCGTTATGTGGTTAATACAAAAAAGGGGCTGAGACCATATTTCAAGCAATTACCGGATAATTACCAGGCAAAATTTGAGTTAAATTTAATg < 2:1289452/150‑1 (MQ=255) cTGATTTTTTTCAAAAAAAATGACGGGGATAAACATATTTTATGGCGATAACATCATTCGTTATGTGGTTAATACAAAAAAGCGGCTGAGACCATATTTCAAGCAATTACCGGATAATTACCAGGCAAAATTTAACTCAAAttttgcctg < 1:301043/150‑7 (MQ=255) cTGATTTTTGTCAAAAAAAATGACGGGGATAACCATATTTTATGGCGATAACATCATTCGTTATGTGGTTAATACAAAAAAGGGGCTGAGACCATATTTCAAGCAATTACCGGATAATTACCAGGCAAAATTTGAGTTAAATTTAATGAg < 1:949725/150‑1 (MQ=255) taTTTTTGTCAAAAAAAATGACGGGGATAACCATATTTTATGGCGATAACATCATTCGTTATGTGGTTAATACAAAAAAGGGGCTGAGACCATATTTCAAGCAATTACCGGATAATTACCAGGCAAAATTTGAGTTAAATTTAATGAGCa < 1:1799008/149‑1 (MQ=255) tttttGTCAAAAAAAATGACGGGGATAACCATATTTTATGGCGATAACATCATTCGTTATGTGGTTAATACAAAAAAGGGGCGGAGACCATATTTCAAGCAATTACCGGATAATTACCAGGCAAAATTTGAGTTAAATTTAATGAGCAAg < 2:18299/150‑1 (MQ=255) ttttttCAAAAAAAATGTCTGGGATAACCATATTTTATGGAGATAACATCATTCGTTATGTGGTTAATACAAAAAAGGGGCTGAGACCATATTTCAATCAATTACCGGATAATTACCAGGCAAAATTTGAGTTAAATTTAATGAGCAAGt < 1:255986/150‑1 (MQ=255) ttttGTCAAAAAAAATGACGGGGATAACCATATTTTATGGCGATAACATCATTCGTTATGTGGTTAATACAAAAAAGGGGCTGAGACCATATTTCAAGCAATTACCGGATAATTACCAGGCAAAATTTGAGTTAAATTTAATGAGCAAGt < 2:874925/150‑1 (MQ=255) ttGTCAAAAAAAATGACGGGGATAACCATATTTTATGGCGATAACATCATTCGTTATGTGGTTAATACAAAAAAGGGGCTGAGACCATATTTCAAGCAATTACCGGATAATTACCAGGCAAAATTTGAGTTAAATTTAATGAGCAAGTtc < 2:429557/150‑1 (MQ=255) tGTCAAAAAAAATGACGGGGATAACCATATTTTATGGCGATAACATCATTCGTTATGTGGTTAATACAAAAAAGGGGCTGAGACCATATTTCAAGCAATTACCGGATAATTACCAGGCAAAATTTGAGTTAAATTTAATGAGCAAGTtct < 2:484788/150‑1 (MQ=255) gTCAAAAAAAATGACGGGGATAACCATATTTTATGGCGATAACATCATTCGTTATGTGGTTAATACAAAAAAGGGGCTGAGACCATATTTCAAGCAATTACCGGATAATTACCAGGCAAAATTTGAGTTAAATTTAATGAGCAAGTtctc < 2:1179124/150‑1 (MQ=255) gTCAAAAAAAATGACGGGGATAACCATATTTTATGGCGATAACATCATTCGTTATGTGGTTAATACAAAAAAGGGGCTGAGACCATATTTCAAGCAATTACCGGATAATTACCAGGCAAAATTTGAGTTAAATTTAATGAGCAAGTtctc > 1:895633/1‑150 (MQ=255) gTCAAAAAAAATGACGGGGATAACCATATTTTATGGCGATAACATCATTCGTTATGTGGTTAATACAAAAAAGGGGCTGAGACCATATTTCAAGCAATTACCGGATAATTACCAGGCAAAATTTGAGTTAAATTTAATGAGCAAGTtcta > 1:668706/1‑149 (MQ=255) tCAAAAAAAATGACGGGGATAACCATATTTTATGGCGATAACATCATTCGTTATGTGGTTAATACAAAAAAGGGGCTGAGACCATATTTCAAGCAATTACCGGATAATTACCAGGCAAAATTTGAGTTAAATTTAATGAGCAAGTTCTCa < 2:1518938/150‑1 (MQ=255) tCAAAAAAAATGACGGGGATAACCATATTTTATGGCGATAACATCAATCGTTATGTGGTTAATACAAAAAAGGGGCTGAGACCATATTTCAAGCAATTACCGGATAATTACCAGGCAAAATTTGAGTTAAATTTAATGAGCAAGTTCTCa > 2:1566791/1‑150 (MQ=255) cAAAAAAAATGACGGGGATAACCATATTTTATGGCGATAACATCATTCGTTATGTGGTTAATACAAAAAAGGGGCTGAGACCATATTTCAAGCAATTACCGGATAATTACCAGGCAAAATTTGAGTTAAATTTAATGAGCAAGTTCTCaa > 2:905323/1‑150 (MQ=255) cAAAAAAAATGACGGGGATAACCATATTTTATGGCGATAACATCATTCGTTATGTGGTTAATACAAAAAAGGGGCTGAGACCATATTTCAAGCAATTACCGGATAATTACCAGACAAAATTTGAGTTAAATTTAATGAGCAAGTTCTCaa > 1:1325266/1‑150 (MQ=255) cAAAAAAAATGACGGGGATAACCATATTTTATGGCGATAACATCATGCGTTATGTGGTTAATACAAAAAAGGGGCTGAGACCATATTTCAAGCAATTACCGGATAATTACCAGGCAAAATTTGAGTTAAATTTAATGAGCAAGTTCTCaa > 1:1386275/1‑150 (MQ=255) aaaaaaaaTGACGGGGATAACCATATTTTATGGCGATAACATCATTCGTTATGTGGTTAATACAAAAAAGGGGCTGAGACCATATTTCAAGCAATTACCGGATAATTACCAGGCAAAATTTGAGTTAAATTTAATGAGCAAGTTCTCaaa > 2:1753588/1‑150 (MQ=255) aaaaaaaTGACGGGGATAACCATATTTTATGGCGATAACATCATTCGTTATGTGGTTAATACAAAAAAGGGGCTGAGACCATATTTCAAGCAATTACCGGATAATTACCAGGCAAAATTTGAGTTAAATTTAATGAGCAAGTTCTCAAAt < 2:1863198/150‑1 (MQ=255) aTGACGGCGATAACCATCTTTTATGGCGCTAACATCATTCGTTATGTGGTTAATACAAAAAAGGGGCTGAGACCATATTTCAAGCAATTACAGGATATTTACCAGGCATAATTTGACGTAAATTTAATGAGCAATTTCTCAAATTttatt < 2:1476239/150‑1 (MQ=255) tGACGGGGATAACCATATTTTATGGCGATAACATCATTCGTTATGTGGTTAATACAAAAAAGGGGCTGAGACCATATTTCAAGCAATTACCGGATAATTACCAGGCAAAATTTGAGTTAAATTTAATGAGCAAGTTCTCAAATTttatta < 2:830227/150‑1 (MQ=255) taCGGGGATAACCATATTTTATGGCGATAACATCATTCGTTATGTGGTTAATACAAAAAAGGGGCTGAGACCATATTTCAAGCAATTACCGGATAATTACCAGGCAAAATTTGAGTTAAATTTAATGAGCAAGTTCTCAAATTTtattat < 2:2106080/149‑1 (MQ=255) gACGGGGATAACCATATTTTATGGCGATAACATCATTCGTTATGTGGTTAATACAAAAAAGGGGCTGAGACCATATTTCAAGCAATTACCGGATAATTACCAGGCAAAATTTGAGTTAAATTTAATGAGCAAGTTCTCAAATTTtattat < 2:263355/150‑1 (MQ=255) ggATAACCATATTTTATGGCGATAACATCATTCGTTATGTGGTTAATACATAAAAGGGGCTGAGACCATATTTCAAGCAATTACCGGATAATTACAAGGCAAAATTTGAGTTAAATTTAATGAGCAAGTTCTCAAATTTTATTataaata > 1:1037324/1‑150 (MQ=255) tAACCATATTTTATGGAGATAACATCATTCGTTATGTGGTTAATACAAAAAAGGGGCTGAGACCATATTTCAAGCAA‑TACCGGATAATTACCAGGCAAAATTTGAGTTAAATTTAATGAGCAAGTTCTCAAATTTTATTATAAATAAAcc < 2:2057979/150‑1 (MQ=255) ccATATTATATGGCGATAACATCATTCGGTATGTGGTTAATACAAAAAAGGGGCTGAGACCTTTTTTCACGCAATTACCGGATAAAAACCAGGCCAAATTTGAGTTAAAGTTAATGAGCAAGTTCTCTAATTTTATTATAAATAAACCAt > 2:410022/1‑150 (MQ=255) 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aCATCATTCGTTATGTGGTTAATACAAAAAAGGGGCTGAGACCATATTTCAAGCAATTACCTGATAATTACCAGGCAAAATTTGAGTTAAATTTAATGAGCAAGTTCTCAAATTTTATTATAAATAAACCATTTTCAGTGATAAATAATg < 1:1972076/150‑1 (MQ=255) catcatTCGTTATGTGGTTAATACAAAAAAGGGGCTGAGACCATATTTCAAGCAATTACCGGATAATTACCAGGCAAAATTTGAGTTAAATTTAATGAGCAAGTTCTCAAATTTTATTATAAATAAACCATTTTCAGTGATAAATAATGc > 2:219943/1‑150 (MQ=255) catcatTCGTTATGTGGTTAATACAAAAAAGGGGCTGAGACCATATTTCAAGCAATTACCGGATAATTACCAGGCAAAATTTGAGTTAAATTTAATGAGCAAGTTCTCAAATTTTATTATAAATAAACCATTTTCAGTGATAAATAATGc > 1:110944/1‑150 (MQ=255) catcatTCGT‑‑TGTGGTTAATACAAAAAAGGGGCTGAGACCATATTTCAATCAATTACCGGATAATTACCAGTCAAAATTTGAGTTAAATTTAATGAGCAAGTTCTCAAATTTTATTATAAATAAACCATTTTCAGTGATAAATAATGCgg < 1:1206051/150‑1 (MQ=255) tcatTCGTTATGTGGTTAATACAAAAAAGGGGCTGAGACCATATTTCAAGCAATTACCGGATAATTACCAGGCAAAATTTGAGTTAAATTTAATGAGCAAGTTCTCAAATTTTATTATAAATAAACCATTTTCAGTGATAAATAATGCgg < 1:811690/150‑1 (MQ=255) tcatTCGTTATGTGGTTAATACAAAAAAGGGGCTGAGACCATATTTCAAGCAATTACCGGATAATTACCAGGCAAAATTTGAGTTAAATTTAATGAGCAAGTTCTCAAATTTTATTATAAATAAACCATTTTCAGTGATAAATAATGCgg < 1:654492/150‑1 (MQ=255) tcatTCGTTATGTGGTTAATACAAAAAAGGGGCTGAGACCATATTTCAAGCAATTACCGGATAATTACCAGGCAAAATTTGAGTTAAATTTAATGAGCAAGTTCTCAAATTTTATTATAAATAAACCATTTTCAGTGATAAATAATGCgg < 1:1513298/150‑1 (MQ=255) catTCGTTATGTGGTTAATACAAAAAAGGGGCTGAGACCATATTTCAAGCAATTACCGGATAATTACCAGGCAAAATTTGAGTTAAATTTAATGAGCAAGTTCTCAAATTTTATTATAAATAAACCATTTTCAGTGATAAATAATGCGGc < 1:2136107/150‑1 (MQ=255) catTCGTTATGTGGTTAATACAAAAAAGGGGCTGAGACCATATTTCAAGCAATTACCGGATAATTACCAGGCAAAATTTGAGTTAAATTTAATGAGCAAGTTCTCAAATTTTATTATAAATAAACCATTTTCAGTGATAAATAATGCGGc > 1:525795/1‑150 (MQ=255) cGTTATGTGGTTAATACAAAAAAGGGGCTGAGACCATATTTCAAGCAATTACCGGATAATTACCAGGCAAAATTTGAGTTAAATTTAATGAGCAAGTTCTCAAATTTTATTATAAATAAACCATTTTCAGTGATAAATAATGCGGCATGt > 2:580398/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |