| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 3267361 = | 168 (1.220) | 16 (0.120) | 11/278 | 9.0 | 8.9% | intergenic (‑296/‑19) | tdcA/tdcR | tdc operon transcriptional activator/L‑threonine dehydratase operon activator protein |
| ? | NC_000913 | 3267401 = | 171 (1.330) | coding (22/219 nt) | tdcR | L‑threonine dehydratase operon activator protein | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 186 total aligned reads displayed.
ATGACGGGGATAACCATATTTTATGGCGATAACATCATTCGTTATGTGGTTAATACAAAAAAGGGGCTGAGACCATATTTCAAGCAATTACCGGATAATTACCAGGCAAAATTTGAGTTAAATTTAATGAGCAAGTTCTCAAATTTTATTATAAATAAACCATTTTCAGTGATAAATAATGCGGCATGTCACATTTTTTCACGCTATTTGTTGGAGAACAAACATTTATTTTATCAATATTTTAAAATTTCGAATACATGTATTGATCATCTCGAACAATTGATTAACGTCAACTTT > NC_000913/3267254‑3267550 | tGACGGGGATAACCATATTTTATGGCGATAACATCATTCGTTATGTGGTTAATACAAAAAAGGGGCTGAGACCATATTTCAAGCAATTACCGGATAATTACCAGGCAAAATTTGAGTTAAATTTAATGAGCAAGTTCTCAAATTttatta < 2:830227/150‑1 (MQ=255) cGGGGATAACCATAATTTATGGCGATAACATCATTCGTTATGTGGTTAATACAAAAAAGGGGCTGAGACCATATTTAAAGCAATTACCGGATAATTACCAGGCAAAATTTGAGTTAAATTTAATGAGCAAGTTCTCAAATTTTATTataa > 2:1881855/1‑150 (MQ=255) gggATAACCATATTTTATGGCGATAACATCTTTCGTTATGTGGTTAATACAAAAAAGCGGCTGAGACCAAATTACAAGCAATAACCGGATAATTAGCAGGCAAAATTTGAGTTAAATTTAATGAGCAAGTTCTCCAATTTTTTTataaat > 2:433056/1‑150 (MQ=255) gggATAACCATATTTTATGGCGATAACATCATTCGTTATGTGGTTAATACAAAAAAGGGGCTGAGACCATATTTCAAGCAATTACCGGATAATTACCAGGCAAAATTTGAGTTAAATTTAATGAGCAAGTTCTCAAATTTTATTataaat > 1:1610885/1‑150 (MQ=255) ggATAACCATATTTTATGGCGATAACATCATTCGTTATGTGGTTAATACATAAAAGGGGCTGAGACCATATTTCAAGCAATTACCGGATAATTACAAGGCAAAATTTGAGTTAAATTTAATGAGCAAGTTCTCAAATTTTATTataaata > 1:1037324/1‑150 (MQ=255) tAACCATATTTTATGGAGATAACATCATTCGTTATGTGGTTAATACAAAAAAGGGGCTGAGACCATATTTCAAGCAA‑TACCGGATAATTACCAGGCAAAATTTGAGTTAAATTTAATGAGCAAGTTCTCAAATTTTATTATAAATAAAcc < 2:2057979/150‑1 (MQ=255) aaCCATATTTTATGTCGATAACATCATTCGTTATGTGGTTAATACAAAAAAGGGGCTGAGACCATATTTCAAGCAATTACCGGATAATTACCAGGCAAAATTTGAGTTAAATTTAATGAGCAAGTTCTCAAATTTTATTATAAATAAAcc < 1:517006/150‑1 (MQ=255) aCCATATTTTATGGCGATAACATCATTCGTTATGTGGTTAATACAAAAAAGGGGCTGAGAACATATTACAAGCAATGACCGGATAATTACCAGGCAAAATTTGAGTTAAATTTAATGAGCAATTTCTAAAATTTTATTAAAAATAACCCa > 2:1542388/1‑150 (MQ=255) 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tcatTCGTTATGTGGTTAATACAAAAAAGGGGCTGAGACCATATTTCAAGCAATTACCGGATAATTACCAGGCAAAATTTGAGTTAAATTTAATGAGCAAGTTCTCAAATTTTATTATAAATAAACCATTTTCAGTGATAAATAATGCgg < 1:811690/150‑1 (MQ=255) tcatTCGTTATGTGGTTAATACAAAAAAGGGGCTGAGACCATATTTCAAGCAATTACCGGATAATTACCAGGCAAAATTTGAGTTAAATTTAATGAGCAAGTTCTCAAATTTTATTATAAATAAACCATTTTCAGTGATAAATAATGCgg < 1:654492/150‑1 (MQ=255) tcatTCGTTATGTGGTTAATACAAAAAAGGGGCTGAGACCATATTTCAAGCAATTACCGGATAATTACCAGGCAAAATTTGAGTTAAATTTAATGAGCAAGTTCTCAAATTTTATTATAAATAAACCATTTTCAGTGATAAATAATGCgg < 1:1513298/150‑1 (MQ=255) catTCGTTATGTGGTTAATACAAAAAAGGGGCTGAGACCATATTTCAAGCAATTACCGGATAATTACCAGGCAAAATTTGAGTTAAATTTAATGAGCAAGTTCTCAAATTTTATTATAAATAAACCATTTTCAGTGATAAATAATGCGGc > 1:525795/1‑150 (MQ=255) cGTTATGTGGTTAATACAAAAAAGGGGCTGAGACCATATTTCAAGCAATTACCGGATAATTACCAGGCAAAATTTGAGTTAAATTTAATGAGCAAGTTCTCAAATTTTATTATAAATAAACCATTTTCAGTGATAAATAATGCGGCATGt > 2:580398/1‑150 (MQ=255) 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gTTAATACAAAAAAGGGGCTGAGACCATATTTCAAGCAATTACCGGATAATTACCAGGCAAAATTTGAGTTAAATTTAATGAGCAAGTTCTCAAATTTTATTATAAATAAACCATTTTCAGTGATAAATAATGCGGCATGTCACAttttt < 2:549443/150‑1 (MQ=255) gTTAATACAAAAAAGGGGCTGAGACCATATTTCAAGCAATTACCGGAAAATTACCAGGCAAAAATTGAGTTAAATTTAATGAGCAAGTTCTCAAATTTTATTATAAATAAACCATTTTCAGTGATAAATAATTCGGCATGTCACAttttt > 2:1782589/1‑150 (MQ=255) aaTACAAAAAAGGGGCTGAGACCATATTTCAAGCAATTACCGGATAATTACCAGGCAAAATTTGAGTTAAATTTAATGAGCAAGTTCTCAAATTTTATTATAAATAAACCATTTTCAGTGATAAATAATGCGGCATGTCACATTTTTTCa > 1:239930/1‑150 (MQ=255) aaTACAAAAAAGGGGCTGAGACCATATTTCAAGCAATTACCGGATAATTACCAGGCAAAATTTGAGTTAAATTTAATGAGCAAGTTCTCAAATTTTATTATAAATAAACCATTTTCAGTGATAAATAATGCGGCATGTCACATTTTTTCa < 2:485977/150‑1 (MQ=255) aTACAAAAAAGGGGCTGAGACCATATTTCAAGCAATTACCGGATAATTACCAGGCAAAATTTGAGTTAAATTTAATGAGCAAGTTCTCAAATTTTATTATAAATAAACCATTTTCAGTGATAAATAATGCGGCATGTCACATTTTTTCAc < 2:839601/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |