New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | 285319 = | 10 (0.480) | 3 (0.160) | 3/244 | NT | 18.6% | intergenic (+151/‑76) | yagF/yagG | CP4‑6 prophage; D‑xylonate dehydratase/putative D‑xylonate transporter YagG |
? | NC_000913 | 285411 = | 17 (0.890) | coding (17/1383 nt) | yagG | putative D‑xylonate transporter YagG |
GATAAAACCGTCTGCGGAATATTTCCCGCAGACGGCTTTGTTGTTTTTGAAATTTATTAATTTAAACAATTAGTTGAGATATATCGTTGGCGTCACAAAAGCAAAATAACGTAATTCGGAAATAAGATATGACCATTGCTGGTTAATTGAATAGCTCATTACACTCCATTAACACGATGTTGTAATTCGGCACACTACATAAGGGTGTAATTCTGATGACGCAATTAACCATGAAAGACAAAATTGGCTACGGGCTGGGAGACACCGCCTGCGGCTTCGTCT > NC_000913/285180‑285461 | gagaccaaaacgagcgtgcgcgtaggcggcgccgagaggccgaagacgtcggtgtagaaataggccagcaggaacatcgtggcctgccagacgaagccgcaggcggtgtctcccagcccgtagccaattttgtctttcaTGGt > 2:139975‑M1/140‑143 (MQ=255) aggccgaaaacagcgtgcccataatccccgccgacaggccgaagacgtcggtgtagaaataggccagcaggaacatcgtggcctgccagacgaagccgcaggcggtgtctcccagcccgtagccaattttgtctttcaTGGtt > 2:212000‑M1/139‑143 (MQ=255) agaccaaaaacagcgtgcccataatccccgccgacaggccgaagacgtcggtgtagaaataggccagcaggaacatcgtggcctgccagacgaagccgcaggcggtgtctcccagcccgtcgccaattttgtctttcaTGGtt < 2:11048‑M1/5‑1 (MQ=255) gAATATTTCCCGCAGACGGCTTTGTTGTTTTTGAAATTTATTAATTTAAACAATTAGTTGAGATATATCGTTGGCGTCACAAAAGCAAAATAACGTAATTCGGCAAGAAGATATGACCATTGCTGGTTAATTGAATAGCTCAt > 1:73021/1‑143 (MQ=255) gCAGACGGCTTTGTTGTTTTTGAAATTTATTAATTTAAACAATTAGTTGAGATATATCGTTGGCGTCACAAAAGCAAAATAACGTAATTCGGAAATAAGATATGACCATTGCTGGTTAATTGAATAGCTCATTACACTCCAtt < 2:164860/143‑1 (MQ=255) tttGTTGTGTTGGAAACTTATTAATTTAAACCATGAGTCGAGATATATCCTTGGCGTCACAAAAGCAAAATAACGTAATGCGGAAACACTATACCCCCATTGCGCGTTAATTGAATAGCTCATTACACTCCATTAACACGAtg < 2:64993/143‑1 (MQ=255) ttggttgttgttGAAATTTATTAATTTAAACAATTAGTTGAGATATATCCTTTGCGTCACAAAAGCAAAATAGCGTAATTCGGCACTAAGATATGCCCATTGCTGGTTAATTGAATAGCTCATTACACTCCATTAACACGAtg < 2:64951/140‑1 (MQ=255) gttTTTGAAATTTATTAATTTAAACAATTAGTTGAGATAGATAGTTGGCGTCACAAAAGCAAAATAACGTAAGTCGGAAATAAGATATGACCATTGCTGGGTAATTGAATAACTCATGAAACTCCAGTGAGACGATGTTGGaa > 1:63122/1‑143 (MQ=255) aaataggccagcaggaacatcgtggcctgccagacgaagccgcaggcggtgtctcccagcccgtagccaattttgtctttcaTGGTTAATTGAATAGCTCATTACACTCCATTAACACGATGTTGTAATTCGGCACACTACAt < 1:115709‑M1/61‑1 (MQ=255) tagtgTTGGCGTCACAAAAGCAAAATAAAGTAATTCGGAAATAAGATATGACCATTGCTGGTTAATTGAATAGCTCATTACACTCCATTAACACGATGTTGTAATTCGGCACACTACATAAGGGTGTAATTCTGATGACGCaa < 2:36148/139‑1 (MQ=255) aagccgcaggcggtgtctcccagcccgtagccaattttgtctttcaTGGTTAATTGAATAGCTCATTACACTCCATTAACACGATGTTGTAATTCGGCACACTACATAAGGGTGTAATTCTGATGACGCAATTAACCATGaaa > 2:115709‑M1/47‑143 (MQ=255) acaAAAGCAAAATAACGTAATTCGGAAATAAGATATGACCATTGCTGGTTAATTGAATAGCTCATTACACTCCATTAACACGATGTTGTAATTCGGCACACTACATAAGGGTGTAATTCTGATGACGCAATTCACCATGAAAg > 2:193576/1‑143 (MQ=255) aCGTAATTCGGAAATAAGATATGACCATTGCTGGTTAATTGAATAGCTCATTACACTCCATTAACACGATGTTGTAATTCGGCACACTACATAAGGGTGTAATTCTGATGACGCAATTAACCATGAAAGACAAAATTGGCTAc > 1:381884/1‑143 (MQ=255) tCGGAAATAAGATATGACCATTGCTGGTTAATTGAATAGCTCATTACACTCCATTAACACGAGGTTGTAATTCGGCACACTACATAAGGGTGTAATTCTGATGACGCAATTAACCATGAAAGACAAAATTGGCTACGGGCTgg > 1:149764/1‑143 (MQ=255) caattttgtctttcaTGGTTAATTGAATAGCTCATTACACTCCATTAACACGATGTTGTAATTCGGCACACTACATAAGGGTGTAATTCTGATGACGCAATTAACCATGAAAGACAAAATTGGCTACGGGCTGGGAGACACCg < 2:167090‑M1/128‑1 (MQ=255) tctcATTGCGGATTCAATGAAAAGCTGATTTTTTTCCTTTATCACGACGTTGTAATTCAGCACGTTACATAAACGTCTAATCTTGATTACGCAATTAACCATGAAAGACAAAATTGGCTACGGGCTAGGAGACACCGCCTGCg < 2:63122/140‑1 (MQ=255) ttGCTGCTTAATTGAATTGCTCATTACTCTTCATTAACACGATGTTGTAATTCGGCACACTACATAAGGGTGTAATTCTGATGACGCAATTAACCATGAAAGACAAAATTGGCTACGGGCTGGGAGACACCGCCTGCGGCTTc < 2:15724/143‑1 (MQ=255) TGGTTAATTGAATAGCTCATTACACTCCATTAACACGATGTTGTAATTCGGCACACTACATAAGGGTGTAATTCTGATGACGCAATTAACCATGAAAGACAAAATTGGCTACGGGCTGGGAGACACCGCCTGCGGCTTCGTCt < 1:31856‑M1/143‑1 (MQ=255) | GATAAAACCGTCTGCGGAATATTTCCCGCAGACGGCTTTGTTGTTTTTGAAATTTATTAATTTAAACAATTAGTTGAGATATATCGTTGGCGTCACAAAAGCAAAATAACGTAATTCGGAAATAAGATATGACCATTGCTGGTTAATTGAATAGCTCATTACACTCCATTAACACGATGTTGTAATTCGGCACACTACATAAGGGTGTAATTCTGATGACGCAATTAACCATGAAAGACAAAATTGGCTACGGGCTGGGAGACACCGCCTGCGGCTTCGTCT > NC_000913/285180‑285461 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |