New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | 1417458 = | 42 (0.900) | 3 (0.070) | 3/244 | NT | 7.5% | intergenic (‑72/+30) | recE/racC | Rac prophage; exonuclease VIII, ds DNA exonuclease, 5' ‑‑> 3' specific/Rac prophage; protein RacC |
? | NC_000913 | 1417483 = | 35 (0.810) | intergenic (‑97/+5) | recE/racC | Rac prophage; exonuclease VIII, ds DNA exonuclease, 5' ‑‑> 3' specific/Rac prophage; protein RacC |
CGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGC‑TTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCAGGCACATTTTTTTGACACCTTCA > NC_000913/1417326‑1417599 | cgTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTgcgc < 2:138620/143‑1 (MQ=255) gTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCATTGTTTTTTCACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCCGTGAATGATCTTGCCGCATACCCGCTGTTCACAGCCTGCGcc > 2:377786/1‑143 (MQ=255) gTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCATTGTTTTTTACCCTCAACTCCGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGCATGATCTTGCCGGATACTAACTGTTCTTATCCTGCGccctgcg > 1:456845/1‑138 (MQ=255) gTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACCCTGTTCATAGCCTGCGccgttct > 1:20854/1‑138 (MQ=255) ttCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCCTTGTTTTTTAACCTCAACTAAGATTAAAATTAGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGc > 1:387941/1‑143 (MQ=255) cACCGCATGATTGTTTCGCTTCCGGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCACATTAAAGTTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAg < 2:207582/143‑1 (MQ=255) ccGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACTCCGGc > 1:479841/1‑143 (MQ=255) gatTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTAtttc > 1:815540/1‑143 (MQ=255) aggtatcaaaaaaatgtggctggggcatatctgaaaaaatctgcccgcagaaaaaaaagccgaatttctggcaactctaattgcaatgaaattaaaagttgaaatctgaaagaaATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTAtttct > 2:391060‑M1/115‑143 (MQ=255) tttttCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGTCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTAtttcttt < 1:483189/143‑1 (MQ=255) ttttCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGGTCCTAGCCCTCCCCCTACGCAGGCTTtttctttc > 1:693263/1‑143 (MQ=255) tttCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCa < 1:666499/143‑1 (MQ=255) gCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGAtt > 2:34680/1‑143 (MQ=255) cGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCCTAGCCTGCGCCATACGCCGGCTATTTCTTTAAGATTTCAACt > 1:713690/1‑143 (MQ=255) aaCAGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCtttt < 1:220295/143‑1 (MQ=255) ctggtgcatattgaaaagaatctgaccagagaaaaaaaagccgaaggtctggcaactctaagtgcaatgaaattaaaaggtgaaatctgaaagaaATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTaa > 1:262976‑M1/96‑143 (MQ=255) agTGGTTTTGTGCTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTACTTCTTTCAGATTTCACCTTTTACTTTCAtt > 2:775913/1‑143 (MQ=255) tGGTTTTGTGCTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGc > 2:813512/1‑143 (MQ=255) gctacccgcagaaaaaaaagccgaaagactggcaactctaattgcaatgaaattaaaaggtgaaatctgaaagaaATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTGTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTg > 2:631793‑M1/76‑143 (MQ=255) cATTGTTTTTTAACCTTAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGc < 2:213786/143‑1 (MQ=255) ttGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTCTTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTACAATTAGAGTTGCCa > 2:878537/1‑143 (MQ=255) tGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAg > 2:489389/1‑143 (MQ=255) tGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAg > 1:873111/1‑143 (MQ=255) tGTTTTTTAACCTCAACGCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAg < 1:71691/143‑1 (MQ=255) ttttttAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACAGTTACTAGACTGCTCCGTACGCAGGCTATTCCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGccgaaa > 2:60429/1‑139 (MQ=255) tAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCg < 2:856025/143‑1 (MQ=255) cTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGACATTCGGC‑tt > 2:528546/1‑143 (MQ=255) tCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTTTTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGC‑tttttttt < 1:412050/143‑1 (MQ=255) tCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGC‑tttttttt > 1:748669/1‑143 (MQ=255) aTTAAAATTCGTTTTGAGCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGC‑TTTTTTTTCTGc < 1:50535/143‑1 (MQ=255) tAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGC‑TTTTTTTTCTGCgg < 1:380469/143‑1 (MQ=255) aaaTTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGACATTCGGC‑TTTTTTTTCTGCGGGc > 2:899215/1‑143 (MQ=255) aaTTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGC‑TTTTTTTTCTGCGGGCa > 1:806339/1‑143 (MQ=255) ttCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCCATTAGAGTTGCCCGAAATTCGGC‑TTTTTTTTCTGCGGGCAGa > 1:368947/1‑143 (MQ=255) ttCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGC‑TTTTTTTTCTGCGGGCAGa < 2:694884/143‑1 (MQ=255) tgTTTTGTTCAGTGAATGCTCTTGCTGGATACGCACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGC‑TTTTTTTTCTGCGGGCAGAtt < 1:863514/142‑1 (MQ=255) cggtttGTGCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGC‑TTTTTTTTCTGCGGGCAGAtt < 1:903056/140‑1 (MQ=255) ttttGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTTATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGCACTTCGGC‑TTTTTTTTCTGCGGCCTTATTCt > 1:896925/1‑143 (MQ=255) gATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGC‑TTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCa < 1:598145/143‑1 (MQ=255) gttGCCGCATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCCTTGCACTGGTAGTTGCCAGAAATGCGGC‑TTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCAGGc < 2:847691/142‑1 (MQ=255) cTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGC‑TTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCAGGc < 1:559694/143‑1 (MQ=255) acacacTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGC‑TTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCAGGCACAttttttt < 1:542145/143‑1 (MQ=255) cacacTGTTCATAGCCTGTGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGTTTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGATATTCGGCTTTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCAGGCACAttttttt < 1:602482/143‑1 (MQ=255) acacTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGC‑TTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCAGGCACCtttttttta > 1:247439/1‑141 (MQ=255) acTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGC‑TTTTTTTTCTGCGGGCCGATTCTTTCCGATAGGCACCAGGCACATTTGTTTGaca > 1:528335/1‑143 (MQ=255) cATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGC‑TTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGAGATGCACCAGGCCCAGTCTTTTtacaccctcc < 2:833492‑M1/142‑5 (MQ=255) cATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAAATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCAAGAAATTCGGC‑TTTTTTTTTTGTGGGGAGATTCTTTGCGATAAACAACAGGTGGTTTTTTTTGacacaatca > 2:840272/1‑138 (MQ=255) | CGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGC‑TTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCAGGCACATTTTTTTGACACCTTCA > NC_000913/1417326‑1417599 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |