| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | NC_000913 | = 1434958 | 54 (1.090) | pseudogene (51/51 nt) | ttcC | putative tRNA 2‑thiocytidine (s(2)C32) synthase | |||||
Only 100 of 139 total aligned reads displayed.
GGGGCAAAACGCTGCAAAAGGGGCAAAAAAGGGGCAAAAAAAGAGTGGATTATCGTAGCTTATTGTTGTCGCTGATGATATTTAACACATTGAAAAATAAGTAAAATACTTATGAGTCAGAGAGTTGTGATTTTTGCCCTTACTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTACTAATTTCTTGATTTTGCGACATTTAAAAGCGACTCAATTCGTTATATGGCATCAGAAGAGTATGCGTCATGCCGGAACGCCCAGCATAAGAAATCTGATATAAAAAACTGTG > NC_000913/1434816‑1435098 | ggggCAAAACGATGCAAAAGGGTGAAAAAAGGGGCAAAAAAAGAGTGGATTATCGTGGCTTATTGTTGTCGCTGATGGCATTTAACACATTGAAAAATAAGTAAAATACTTATGAGTCAGAGAGTTGTGATTTTTGCCCTTAc < 2:1035532/143‑1 (MQ=255) gCAACACGCTGCAAAAGGGGCAATAAAGGGGCAAAAAAAGAGTGGATTATCGTAGCTTATTGTTGTCGCTGATGATATTTAACACATTGAAAAATAAGTAAAATACTTATGAGTCAGAGAGTTGTGATTTTTGCCCTTACttg > 1:184973‑M2/1‑140 (MQ=255) aaaCGCTGCAAAAGGGGCAAAAAAGGGGCAAAAAAAGAGTGGATTATCGTAGCTTAGTGTTGTCGCTGATGATATTTAACACATTGAAAAATAAGTAAAATACTTATGAGTCAGAGAGTTGTGATTTTTGCCCTTACttcttc < 2:1031288‑M2/143‑7 (MQ=255) aCGCTGCAAAAGGGGCAAAAAAGGGGCAAAAAAAGAGTGGATTATCGTAGCTTATTGTTGTCGCTGATGATATTTAACACATTGAAAAATAAGTAAAATACTTATGAGTCAGAGAGTTGTGATTTTTGCCCTTACttgttcag > 1:436350‑M2/1‑135 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aaagtggcaaaaaaggggcaaaAAAAGAGTGGATTATCGTAGCTTATTGTTGTCGCTGATGATATTTAACACATTGAAAAATAAGTAAAATACTTATGAGTCAGAGAGTTGTGATTTTTGCCCTTACttgttcaggttgtatt > 2:919923‑M2/1‑127 (MQ=255) aaaggggcaaaaaaggggcaaaAAAAGAGTGGATTATCGTAGCTTATTGTTGTCGCTGATGATATTTAACACATTGAAAAATAAGTAAAATACTTATGAGTCAGAGAGTTGTGATTTTTGCCCTTACttgttcaggttgtatt > 1:96572‑M2/1‑127 (MQ=255) aaggggcaaaaaaggggcaaaaAAAGAGTGGATTATCGTAGCTTATTGTTGTCGCTGATGATATTTAACACATTGAAAAATAAGTAAAATACTTATGAGTCAGAGAGTTGTGATTTTTGCCCTTACttgttcaggttgtattg > 1:303892‑M2/1‑126 (MQ=255) aggggcaaaaaaggggcaaaaaAAGAGTGGATTATCGTAGCTTATTGTTGTCGCTGATGATATTTAACACATTGAAAAATAAGTAAAATACTTATGAGTCAGCGAGTTGTGATTTTTGCCCTTACttgttcaggttgtgttct < 1:1043594‑M2/143‑19 (MQ=255) aggggcaaaaaaggggcaaaaaAAGAGTGGATTATCGTAGCTTATTGTTGTCGCTGATGATATTTAACACATTGAAAAATAAGTAAAATACTTATGAGTCAGAGAGATGTGATTTTTGCCCTTACttgctcaggtggtattgt < 2:424557‑M2/143‑19 (MQ=255) caaaaaaggggcaaaaaaAGAGTGGATTATCGTAGCTTATTGTTGTCGCTGATGATATTTAACACATTGAAAAATAAGTAAAATACTTATGAGTCAGAGAGTTGTGATTTTTGCCCTTACttgttcaggttgtattgttcttt > 1:506072‑M2/1‑120 (MQ=255) caaaaaaggggcaaaaaaAGAGTGGATTATCGTAGCTTATTGTTGTCGCTGAGGAGAGTTAACACATTGAAAAATAAGTAAAATACTTATGAGTCAGAGAGTTGTGATTTTTGCCCTTACttgttcaggttgtattgttcttt > 1:813988‑M2/1‑120 (MQ=255) aaaggggcaaaaaaAGAGTGGATTATCGTAGCTTATTGTTGTCGCTGATGATATTTAACACATTGAAAAATAAGTAAAATACTTATGAGTCAGAGAGTTGTGATTTTTGCCCTTACttgttcaggttgtattgttctttcttt > 1:769874‑M2/1‑116 (MQ=255) aaaggggcaaaaaaAGAGTGGATTATCGTAGCTTATTGTTGTCGCTGATGATATTTAACACATTGAAAAATAAGTAAAATACTTATGAGTCAGAGAGTTGTGATTTTTGCCCTTACttgttcaggttgtattgttctttcttt > 2:518520‑M2/1‑116 (MQ=255) aaaggggcaaaaaaAGAGTGGATTATCGTAGCTTATTGTTGTCGCTGATGATATTTAACACATTGAAAAATAAGTAAAATACTTATGAGTCAGAGAGTTGTGATTTTTGCCCTTACTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTa < 2:636418/143‑1 (MQ=255) 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2:62360/143‑1 (MQ=255) ttATGAGTCAGAGAGTTGTGATTTTTGCCCTTACTTGTTCAGGATGTATTGTTCTTTCTTACTAATTTCTTGATCCTGCCACAGTTATAAGCGGCAGATATCTTTATATGGCATCAGAAGAGTATGCGTCATACCGGCACGcc > 1:698238/1‑143 (MQ=255) aGTCAGAGAGTTGTGATTTTTGCCCTTACttgttcaggttgtattgttctaattaaccccttttttgattttcttgcattatttcagttctctggtactaaatggggcaaattgggggcaaactttgcaactacgataaccgc > 1:815625‑M2/1‑29 (MQ=255) gTCAGAGAGTTGTGATTTTTGCCCTTACttgttcaggttgtattgttctttctttgtaatttgttgattttcttgcattatttcagttctctggtactaaatggggcaaattgggggcaaactttgcaactacgataaccgcg < 1:173263‑M2/143‑116 (MQ=255) gTCAGAGAGTTGTGATTTTTGCCCTTACttgttcaggttgtattgttctttctttgtaatttgttgattttcttgcattatttcagttctctggtactaaatggggcaaattggg > 1:1036747‑M2/1‑28 (MQ=255) agagagTTGTGATTTTTGCCCTTACTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTACTAATTTCCTGATTTTGCGACATTTAAAAGCGACTCAATTCGTTATATGGCATCAGAAGAGTATGCGTCATGCCGGAACGCCCAGCATAAg < 1:1014734/143‑1 (MQ=255) gagagTTGTGATTTTTGCCCTTACTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTACTAATTTCTTGATTTGGCGACATTTAAAAGCGACTCAATTCGTTATATGGCATCAGAAGAGTATGCGTCATGCCGGAACGCCCAGCATAAGa 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GGGGCAAAACGCTGCAAAAGGGGCAAAAAAGGGGCAAAAAAAGAGTGGATTATCGTAGCTTATTGTTGTCGCTGATGATATTTAACACATTGAAAAATAAGTAAAATACTTATGAGTCAGAGAGTTGTGATTTTTGCCCTTACTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTACTAATTTCTTGATTTTGCGACATTTAAAAGCGACTCAATTCGTTATATGGCATCAGAAGAGTATGCGTCATGCCGGAACGCCCAGCATAAGAAATCTGATATAAAAAACTGTG > NC_000913/1434816‑1435098 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |