New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | 3855060 = | 37 (1.560) | 4 (0.180) | 4/250 | NT | 9.9% | coding (1139/1185 nt) | emrD | multidrug efflux pump EmrD |
? | NC_000913 | 3855100 = | 38 (1.690) | coding (1179/1185 nt) | emrD | multidrug efflux pump EmrD |
GGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCGCAGCATCGTCATCAGCTCCATGGGAGAACGATGCTGCTTTATCAGATCACGCATCACCCGCATATGCGGTGCGGAGTAAGA > NC_000913/3854918‑3855200 | cgCACGGCGGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGTGTGCTGGCGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGGCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCGtgctgtgctg < 1:262905/142‑1 (MQ=255) cagacagcgtgctttgtgcgggctatcaggcgttttattcttactccgcaccgcatatgcgggtgatgcgtgatctgataaagcagcatcgttctcccatggagctgatgacgctgctgcggtgccgtgcgctgacacgGGCt < 1:98258‑M1/4‑1 (MQ=255) ggCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGc < 2:273858/143‑1 (MQ=255) gcgcgcTGGTCGGCGGTCTGCAAGACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTg < 2:267253/143‑1 (MQ=255) cgcgcTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCCCTgg > 1:252188/1‑143 (MQ=255) cgcgcTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGGTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTgg < 2:256201/143‑1 (MQ=255) cgcgcTGGGCGGCGGTCCGCCAAACCTTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTgg < 2:2854/143‑1 (MQ=255) tgctttgtgcgggctatcaggcgttttattcttactccgcaccgcatatgcgggtgatgcgtgatctgataaagcagcatcgttctcccatggagctgatgacgatgctgcggtggcgtgcgcttaatcgAGCTGCagctaat < 1:197921‑M1/13‑4 (MQ=255) gctttgtgcgggctatcaggcgttttattcttactccgcaccgcatatgcgggtgatgggtgatctgctaaagcagcatcggtgtcccatggagctcatgacgatgcgtggagggcgtgcgggtaaacgGGCCGCCGCTGGCg < 2:232969‑M1/14‑1 (MQ=255) gTCGGTGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGGcgcg > 1:126685/1‑143 (MQ=255) gTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCg > 1:22193/1‑143 (MQ=255) cTGCAACACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCa < 1:61340/143‑1 (MQ=255) aaaCATGGGTGTCGGCGTGCTGGCGTCGCTCGCTGCGATGTTGCCGCAAACGGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAgg < 2:49720/143‑1 (MQ=255) gtattcttcgtgcgcgcggcatatgcgggtgatgcgtgctcggggaaggcagcatcgttctcccatggagctgatgacgatgttgcggtgatgtgcgcttaaacgGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAg > 2:189301‑M1/106‑143 (MQ=255) tGGTTCCGGCGTGTTGGCGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAACCCGGTCAGGGCAGCCTGGTGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGc < 2:118445/143‑1 (MQ=255) tacGGCGTGTTGGCGTCGGCCTGCGGGATGCGGCCGCAAAGCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGt < 1:252084/141‑1 (MQ=255) ttactccgcaccgcatatgcgggtgatgcgtgatctgataaagcagcatcgttctcccatggagctgatgacgatgctgcggtgacgtgcgcttaaacgGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGc > 2:448804‑M1/100‑138 (MQ=255) ttactccgcaccgcatatgcgggtgatgcgtgatctgataaagcagcatcgttctcccatggagctgatgacgatgctgcggtgacgtgcgcttaaacgGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGc < 1:448804‑M1/39‑1 (MQ=255) ccGGCGTGCTGGCGGCGCTCGGGGTGAGGGTGCCGCGATCCGGCCGGGGCAGCCGGGGGTTGTTGAGGTCCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCGGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGtt < 2:38540/143‑1 (MQ=255) gggggCTGGGGTCCCGCTCGGCGATGTTGCCGCAAGCCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTaa < 2:232401/139‑1 (MQ=255) gCTGGGGTCGCTCTCGGCGAGGTTGCCGCAAGCCGGTCAGGGGAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCGGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAgcgc < 2:149384/143‑1 (MQ=255) gTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCa < 2:129394/143‑1 (MQ=255) gTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCa > 1:120538/1‑143 (MQ=255) tGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCGCAGCAt > 1:406597/1‑143 (MQ=255) gctgctgaCCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCGGACGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCGCAGCATCGTCATCAg < 2:55560/136‑1 (MQ=255) gCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGATGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCGCAGCATCCTCATCAg > 2:232158/1‑143 (MQ=255) gcGGTCAGGGCAGCCTGGGGGTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCGCAGCATCGTCATCAGCTCCATgg < 1:259796/142‑1 (MQ=255) cctgccggggCCGCGTGGGGTGGTTGAGTCCCTTACTGGGATTGTTGTGCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCGCAGCATCGTCATCAGCTCCATgg < 2:346341/136‑1 (MQ=255) ccGGTCAGGGCAGCCTGGTGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCGCAGCATCGTCATCAGCTCCATgg < 1:88212/143‑1 (MQ=255) gccgCCTGGGGTTGTGGATGACCTTAATGGGGTGGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGGACGTCACCGCAGCATCGTCATCAGCTCCATGGGAGAACGAt < 2:45922/140‑1 (MQ=255) gCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTGAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCGCGGCATCGTCATCAGCTCCATGGGAGAACGAt < 2:80547/143‑1 (MQ=255) cccTGGGGTTGTTGACGACCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCGGCTGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGAACGTCACCGCAGCATCGTCATCAGCTCCATGGGAGAACGAtgct < 1:160386/142‑1 (MQ=255) ctgggggGTGGTGATCACCTTAATGGGAGTTTTGAGCGTGGTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGCCGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCGCAGCATCATCATCAGCTCCATGGGAGAACGAtgctg < 2:159878/140‑1 (MQ=255) atgaCCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCGCAGCATCGTCATCAGCTCCATGGGAGAACGATGCTGCTTTATCAGATCa > 2:31788/1‑143 (MQ=255) gaCCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCGCAGCATCGTCATCAGCTCCATGGGAGAACGATGCTGCTTTATCAGATCACg > 2:129650/1‑143 (MQ=255) aCCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCGCAGCATCGTCATCAGCTCCATGGGAGAACGATGCTGCTTTATCAGATCACGc < 1:357478/143‑1 (MQ=255) tAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCGCAGCATCGTCATCAGCTCCATGGGAGAACGATGCTGCTTTATCAGATCACGCATCa > 1:82031/1‑143 (MQ=255) tAATGGGATTGGTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCGCAGCATCGTCATCAGCTCCATGGGAGAACGATGCTGCTTTATCAGATCACGCATCa < 2:432684/143‑1 (MQ=255) ggATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCGCAGCATCGTCATCAGCTCCATGGGAGAACGATGCTGCTTTATCAGATCACGCATCACCCGc < 2:72992/143‑1 (MQ=255) gATTGTTGATGCTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCGCAGCATCGTCATCAGCTCCATGGGAGAACGATGCTGCTTTATCAGATCACGCATCACCCGCa < 2:19233/143‑1 (MQ=255) aTTGTTGATCGTGCTGTGCAGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTGACCGCAGCATCGTCATCAGCTCCATGGGAGAACGATACTGCTTTATCAGAGCAAGAATCAGCCGCat > 2:262722/1‑143 (MQ=255) ttgttgATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCGCAGCATCGTCATCAGCTCCATGGGAGAACGATGCTGCTTTATCAGATCACGCATCACCCGCata < 1:317584/143‑1 (MQ=255) gATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCGCAGCATCGTCATCAGCTCCATGGGAGCACGATGCTGCTTTATCAGATCACGCCTCACCCGCATCtgcgg > 2:257956/1‑143 (MQ=255) tgtgctgGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCGCAGCATCGTCATCAGCTCCATGGGAGAACGATGCTGCTTTATCAGATCACGCATCACCCGCATCTGCGGTGCGGAga > 2:390719/1‑142 (MQ=255) tgctgGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCGCAGCATCGTCATCAGCTCCATGGGAGAACGATGCTGCTTTATCAGATCACGCATCACCCGCATATGCGGTGCGGAGTaa < 2:22193/143‑1 (MQ=255) gctggctgCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGACACCGCAGCTGCGTCATCAGCTCCATGGGAGAACGATGCTGCTTTATCAGATCACGCATCACCCGCATATGCGGTGCGGAGTAAg < 1:469063/143‑1 (MQ=255) ctggctgCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCGCAGCATCGTCATCAGCTCCATGGGAGAACGATGCTGCTTTATCAGATCACGCATCACCCGCATATGCGGTGCGGAGTAAGa < 2:180702/143‑1 (MQ=255) ctggctgCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCGCAGCATCGTCATCAGCTCCATGGGAGAACGATGCTGCTTTATCAGATCACGCATCACCCGCATATGCGGTGCGGAGTAAGa > 1:439321/1‑143 (MQ=255) ctggctgCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCGCAGCATCGTCATCAGCTCCATGGGAGAACGATGCTGCTTTATCAGATCACGCATCACCCGCATATGCGGTGCGGAGGAAGa > 1:311969/1‑143 (MQ=255) | GGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCGCAGCATCGTCATCAGCTCCATGGGAGAACGATGCTGCTTTATCAGATCACGCATCACCCGCATATGCGGTGCGGAGTAAGA > NC_000913/3854918‑3855200 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |