New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | 3855060 = | 37 (1.560) | 4 (0.180) | 4/250 | NT | 9.9% | coding (1139/1185 nt) | emrD | multidrug efflux pump EmrD |
? | NC_000913 | 3855100 = | 38 (1.690) | coding (1179/1185 nt) | emrD | multidrug efflux pump EmrD |
TCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCGCAGCATCGTCATCAGCTCCATGGGAGAACGATGCTGCTTTAT‑CAGATCACGCATCACCCGCATATGCGGTGCGGAGTAAGAATAAAACGCCTGATAGCCCGCACAAAGCACGCTGTCTG > NC_000913/3854960‑3855238 | tacGGCGTGTTGGCGTCGGCCTGCGGGATGCGGCCGCAAAGCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGt < 1:252084/141‑1 (MQ=255) ccGGCGTGCTGGCGGCGCTCGGGGTGAGGGTGCCGCGATCCGGCCGGGGCAGCCGGGGGTTGTTGAGGTCCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCGGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGtt < 2:38540/143‑1 (MQ=255) gggggCTGGGGTCCCGCTCGGCGATGTTGCCGCAAGCCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTaa < 2:232401/139‑1 (MQ=255) gCTGGGGTCGCTCTCGGCGAGGTTGCCGCAAGCCGGTCAGGGGAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCGGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAgcgc < 2:149384/143‑1 (MQ=255) gTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCa > 1:120538/1‑143 (MQ=255) gTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCa < 2:129394/143‑1 (MQ=255) tGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCGCAGCAt > 1:406597/1‑143 (MQ=255) gctgctgaCCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCGGACGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCGCAGCATCGTCATCAg < 2:55560/136‑1 (MQ=255) gCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGATGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCGCAGCATCCTCATCAg > 2:232158/1‑143 (MQ=255) gcGGTCAGGGCAGCCTGGGGGTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCGCAGCATCGTCATCAGCTCCATgg < 1:259796/142‑1 (MQ=255) cctgccggggCCGCGTGGGGTGGTTGAGTCCCTTACTGGGATTGTTGTGCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCGCAGCATCGTCATCAGCTCCATgg < 2:346341/136‑1 (MQ=255) ccGGTCAGGGCAGCCTGGTGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCGCAGCATCGTCATCAGCTCCATgg < 1:88212/143‑1 (MQ=255) gccgCCTGGGGTTGTGGATGACCTTAATGGGGTGGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGGACGTCACCGCAGCATCGTCATCAGCTCCATGGGAGAACGAt < 2:45922/140‑1 (MQ=255) gCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTGAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCGCGGCATCGTCATCAGCTCCATGGGAGAACGAt < 2:80547/143‑1 (MQ=255) cccTGGGGTTGTTGACGACCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCGGCTGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGAACGTCACCGCAGCATCGTCATCAGCTCCATGGGAGAACGAtgct < 1:160386/142‑1 (MQ=255) ctgggggGTGGTGATCACCTTAATGGGAGTTTTGAGCGTGGTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGCCGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCGCAGCATCATCATCAGCTCCATGGGAGAACGAtgctg < 2:159878/140‑1 (MQ=255) atgaCCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCGCAGCATCGTCATCAGCTCCATGGGAGAACGATGCTGCTTTAT‑CAGATCa > 2:31788/1‑143 (MQ=255) gaCCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCGCAGCATCGTCATCAGCTCCATGGGAGAACGATGCTGCTTTAT‑CAGATCACg > 2:129650/1‑143 (MQ=255) aCCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCGCAGCATCGTCATCAGCTCCATGGGAGAACGATGCTGCTTTAT‑CAGATCACGc < 1:357478/143‑1 (MQ=255) tAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCGCAGCATCGTCATCAGCTCCATGGGAGAACGATGCTGCTTTAT‑CAGATCACGCATCa > 1:82031/1‑143 (MQ=255) tAATGGGATTGGTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCGCAGCATCGTCATCAGCTCCATGGGAGAACGATGCTGCTTTAT‑CAGATCACGCATCa < 2:432684/143‑1 (MQ=255) ggATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCGCAGCATCGTCATCAGCTCCATGGGAGAACGATGCTGCTTTAT‑CAGATCACGCATCACCCGc < 2:72992/143‑1 (MQ=255) gATTGTTGATGCTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCGCAGCATCGTCATCAGCTCCATGGGAGAACGATGCTGCTTTAT‑CAGATCACGCATCACCCGCa < 2:19233/143‑1 (MQ=255) aTTGTTGATCGTGCTGTGCAGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTGACCGCAGCATCGTCATCAGCTCCATGGGAGAACGATACTGCTTTAT‑CAGAGCAAGAATCAGCCGCat > 2:262722/1‑143 (MQ=255) ttgttgATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCGCAGCATCGTCATCAGCTCCATGGGAGAACGATGCTGCTTTAT‑CAGATCACGCATCACCCGCata < 1:317584/143‑1 (MQ=255) gATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCGCAGCATCGTCATCAGCTCCATGGGAGCACGATGCTGCTTTAT‑CAGATCACGCCTCACCCGCATCtgcgg > 2:257956/1‑143 (MQ=255) tgtgctgGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCGCAGCATCGTCATCAGCTCCATGGGAGAACGATGCTGCTTTAT‑CAGATCACGCATCACCCGCATCTGCGGTGCGGAga > 2:390719/1‑142 (MQ=255) tgctgGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCGCAGCATCGTCATCAGCTCCATGGGAGAACGATGCTGCTTTAT‑CAGATCACGCATCACCCGCATATGCGGTGCGGAGTaa < 2:22193/143‑1 (MQ=255) gctggctgCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGACACCGCAGCTGCGTCATCAGCTCCATGGGAGAACGATGCTGCTTTAT‑CAGATCACGCATCACCCGCATATGCGGTGCGGAGTAAg < 1:469063/143‑1 (MQ=255) ctggctgCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCGCAGCATCGTCATCAGCTCCATGGGAGAACGATGCTGCTTTAT‑CAGATCACGCATCACCCGCATATGCGGTGCGGAGTAAGa < 2:180702/143‑1 (MQ=255) ctggctgCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCGCAGCATCGTCATCAGCTCCATGGGAGAACGATGCTGCTTTAT‑CAGATCACGCATCACCCGCATATGCGGTGCGGAGTAAGa > 1:439321/1‑143 (MQ=255) ctggctgCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCGCAGCATCGTCATCAGCTCCATGGGAGAACGATGCTGCTTTAT‑CAGATCACGCATCACCCGCATATGCGGTGCGGAGGAAGa > 1:311969/1‑143 (MQ=255) gctgcccctgatgcgacatccgcgtcgccagcggcagccCGTTTAAGCGCACGTCACCGCAGCATCGTCATCAGCTCCATGGGAGAACGATGCTGCTTTAT‑CAGATCACGCATCACCCGCATATGCGGTGCGGAGTaa > 2:448804‑M2/40‑138 (MQ=255) gctgcccctgatgcgacatccgcgtcgccagcggcagccCGTTTAAGCGCACGTCACCGCAGCATCGTCATCAGCTCCATGGGAGAACGATGCTGCTTTAT‑CAGATCACGCATCACCCGCATATGCGGTGCGGAGTaa < 1:448804‑M2/99‑1 (MQ=255) ctgcccctgatgcgacatccgcgtcgccagcggcagccCGTTTAAGCGCACATCACCGCAACATCGTCATCAGCTCCATGGGAGAACGATGCTGCCTTCC‑CCGAGCACGCATCACCCGCATATGCCGCGCGCACGAAGAAtac > 2:189301‑M2/39‑142 (MQ=255) tggcggtGGCGGCGGGGATGTCGCATGAGGGGCAGCCCGTCTGAGCGCAGGTCACCGCAGCATCGTCATCAGCTTCATGGGAGAACGATGCGGCTTTAT‑CAGATCACGCATCACCCGCATATGCGGTGCGGAGTAAGAATaaa < 1:285202/137‑1 (MQ=255) TGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTGTAAGCGAACCATAATGATTTGTTGTCATCAGCTCCATGGGAGAACGATGCTGCTTTAT‑CAGATCACGCATCACCCGCATATGCGGTGCGGAGTAAGAATaaa > 1:342928‑M1/1‑143 (MQ=255) CCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGGACGTCACCGCAGCATCGTCAGCAGCTCCATGGGAGAACGATGCTGCCATAT‑CAGAGCCCGCCTCACCCGCCTATGCGGTGCGGAGTCAGGATCAAAc < 2:98258‑M1/143‑1 (MQ=255) cGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCCCGTCACCGCAGCATCGTCATCAGCTCCATCGGAGAACGATGCTCCTCCATACACA‑CACGCATCACCCGCCTATGCGACGCGGCGCGAGAACAAAACg > 2:433946/1‑143 (MQ=255) gACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCGCAGCATCGTCATCAGCTCCATGGGTGAACGATGCTGCTTTAT‑CAGATCACGCATCACCCGCATATGCGGTGCGGAGTAAGAATAAAACGCCTGATa < 1:186601/143‑1 (MQ=255) gcgGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCGCAGCATCGTCATCAGCTCCATGGGAGAACGATGCTGCTTTAT‑CAGATCACGCATCACCCGCATATGCGGTGCGGAGTAAGAATAAAACGCCTGATAGcc > 1:191923/1‑143 (MQ=255) ggATGTCGCATCAGCGGCCGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCGCAGCATCGTCATCAGCTCCATGGGAGAGCGATGCTGCTTTAT‑CAGATCACGCATCACCCGCATATGCGGTGCGGAGTAAGAATAAAACGCCTGATAGCCCg < 2:93260/143‑1 (MQ=255) cGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCGCAGCAGCGTAATCAGCTCCATGGGAGAACGATGCTGCCTTAT‑CAGATCACGCATCACGCGCATAAGCGGTACGGAGTAAGAAGAAAACGCCGAATAGCCCGCACaaa > 2:234780/1‑143 (MQ=255) gCATCAGGGGCGGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCGCAGCATCGTCATCAGCTCCATGGGAGAACGATGCTGCTTTAT‑CAGATCACGCATCACTCGCATATGCGGTGCGGAGTAAGAATAAAACGCCTGATAGCCCGCACAAAg < 2:317641/143‑1 (MQ=255) cgccagcggcggccCGTTTACCCGCACGCCCTCCACGCATCGTCATGAGCTCCATGGGACACCGATGCTGCTTTAG‑CAGATCACCCATCACCCGCATATGCGGTGCGGAGTAAGAATAAAACGCCTGATAGCCCGCACAAAGc < 2:232969‑M2/129‑1 (MQ=255) cATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCGCAGCATCGTCATCAGCTCCATGGGAGAACGATGCTGCTTTAT‑CAGATCACGCATCACCCGCGTATGCGGCGCGGAGTAAGACTACAACGCCTGCTAGCCCGCACaactc > 2:225276/1‑140 (MQ=255) attagctgcagctCGATTAAGCGCACGCCACCGCAGCATCGTCATCAGCTCCATGGGAGAACGATGCTGCTTTAT‑CAGATCACGCATCACCCGCATATGCGGTGCGGAGTAAGAATAAAACGCCTGATAGCCCGCACAAAGCa < 1:197921‑M2/130‑1 (MQ=255) tCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCGCAGCATCGTCATCAGCTCCATGGGAGAACGATGCTGCTTTAT‑CAGATCACGCATCACCCGCATATGCGGTGCGGAGTAAGAATAAAACGCCTGATAGCCCGCACAAAGCAc > 2:127453/1‑143 (MQ=255) ggggCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCGCAGCATCGTCATCAGCTCCATGGGAGAACGATGCTGCTTTAT‑CAGATCACGCATCACCCGCATATGCGGTGCGGCGTAAGAATAAAACGCCTGATAGCCCGCACAAAGCACGCt > 1:303601/1‑143 (MQ=255) agccCGTGTCAGCGCACGGCACCGCAGCAGCGTCATCAGCTCCATGGGAGAACGATGCTGCTTTAT‑CAGATCACGCATCACCCGCATATGCGGTGCGGAGTAAGAATAAAACGCCTGATAGCCCGCACAAAGCACGCTGTCTg < 1:98258‑M2/139‑1 (MQ=255) | TCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCGCAGCATCGTCATCAGCTCCATGGGAGAACGATGCTGCTTTAT‑CAGATCACGCATCACCCGCATATGCGGTGCGGAGTAAGAATAAAACGCCTGATAGCCCGCACAAAGCACGCTGTCTG > NC_000913/3854960‑3855238 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |