New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP009273 | = 4300605 | 68 (1.770) | 9 (0.240) | 8/302 | NT | 11.2% | coding (193/1533 nt) | alsA | fused D‑allose transporter subunits of ABC superfamily: ATP‑binding components |
? | CP009273 | = 4300798 | 78 (2.110) | intergenic (‑1/+126) | alsA/alsB | fused D‑allose transporter subunits of ABC superfamily: ATP‑binding components/D‑allose transporter subunit |
TCATCTAGATCAACTTTCAAGCCCACGCGTAATAACATCATGGCGGCGCGGACACGCATTTCTCGCCAGTCGATAATATTGACGCCACAGATTTTTTTCGTCAGATGACGACCAATATATAAATTTTCCAGTACGGTTAATTCATCAATAACGCTGAGTTCCTGATAAATAATCCCGATACCGAGTTGTGCCGCTAATTTATGATCCAGCTTGTTATAGCTAATGTTATT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP009273/4300376‑4300605 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gttattTATGGCCACGCCATATATATCGATGGCGGGGATCGGCAAGTCCTTTGGTCCGGTTCACGCATTAAAGTCGGTTAATTTAACG < CP009273/4300798‑4300717 TCATCTAGATCAACTTTCAAGCCCACGCGTAATAACATCATGGCGGCGCGGACACGCATTTCTCGCCAGTCGATAATATTGACGCCACAGANTTTTTTCGTCAGATGACGAGCAATATATAAATTTTCCAGTACGGTTAATTCATCAATAACGCTGAGTTCCTGATAAATAATCCCGATACCGAGTTGTGCCGCTAATTTATGATCCAGCTTGTTATAGCTAATGTTATTTATGGCCACGCCATATATATCGATGGCGGGGATCGGCAAGTCCTT < 1:565292/275‑1 taACGCCACAGATTTTTTTCGTCAGATGACGACCAATATATAAATTTTCCAGTACGGTTAATTCATCAATAACGCTGAGTTCCTGATAAATAATCCCGATACCGAGTTGTGCAGCTAATTTATGATCCAGCTTGTTATCGCTAATGT > 2:509678/3‑147 TGACGCCACAGATTTTTTTCGTCAGATGACGACCAATATATAAATTTTCCAGTACGGTTAATTCATCAATAACGCTGAGTTCCTGATAAATAATCCCGATACCGAGTTGTGCCGCTAATTTATGATCCAGCTTGTTATAGCTAATGTTA > 2:543242/1‑149 ACGCCACAGATTTTTTTCGTCAGATGACGACCAATATATAAATTTTCCAGTACGGTTAATTCATCAATAACGCTGAGTTCCTGATAAATAATCCCGATACCGAGTTGTGCCGCTAATTTATGATCCAGCTTGTTATAGCTAATGT > 2:141906/1‑145 GCCACAGATTTTTTTCGTCAGATGACGACCAATATATAAATTTTCCAGTACGGTTAATTCATCAATAACGCTGAGTTCCTGATAAATAATCCCGATACCGAGTTGTGCCGCTAATTTATGATCCAGCTTGTTATAGCTAATG < 2:98078/142‑1 GCCACAGATTTTTTTCGTCAGATGACGACCAATATATAAATTTTCCAGTACGGTTAATTCATCAATAACGCTGAGTTCCTGATAAATAATCCCGATACCGAGTTGTGCCGCTAATTGGCGATCCAGCTTGTTATAGCTAATGTTATT < 1:509685/147‑1 CACAGATTTTTTTCGTCAGATGACGACCAATATATAAATTTTCCAGTACGGTTAATTCATCAATAACGCTGAGTTCCTGATAAATAATCCCGATACCGAGTTGTGCCGCTAATTTATGATCCAGCTTGTTATAGCTAATGTTATT < 1:141907/145‑1 ATTTTTTTCGTCAGATGACGACCAATATATAAATTTTCCAGTACGGTTAATTCATCAATAACGCTGAGTTCCTGATAAATAATCCCGATACCGAGTTGTGCCGCTAATTTATGATCCAGCTTGTTATAGCTAATG < 1:316696/135‑1 ATTTTCCAGTACGGTTAATTCATCAATAACGCTGAGTTCCTGATAAATAATCCCGATACCGAGTTGTGCCGCTAATTTATGATCCAGCTTGTTATAGCTAATGTTAT > 2:388836/1‑107 TTCCAGTACGGTTAATTCATCAATAACGCTGAGTTCCTGATAAATAATCCCGATACCGAGTTGTGCCGCTAATTTATGATCCAGCTTGTTATAGCTAATGT > 1:554534/1‑101 AGTACGGTTAATTCATCAATAACGCTGAGTTCCTGATAAATAATCCCGATACCGAGTTGTGCCGCTAATTTATGATCCAGCTTGTTATAGCTAATGTTATT < 2:554525/101‑1 TTAATTCATCAATAACGCTGAGTTCCTGATAAATAATCCCGATACCGAGTTGTGCAGCTACTTTATGATCCAGCGTGGTATAGCTAATGT > 2:328408/1‑90 TTCATCAATAACGCTGAGTTCCTGATAAATAATCCCGATACCGAGTTGTGCCGCTAATTTATGATCCAGCTTGTTATAGCTAATGTTATT < 1:328414/90‑1 AATAACGCTGAGTTCCTGATAAATAATCCCGATACCGAGTTGTGCCGCTAATTTATGATCCAGCTTGTTATAGCTAATGTTATTTATGGCCACGCCATATATATCGATGGCG > 2:558811/1‑112 ACGCTGAGTTCCTGATAAATAATCCCGATACCGAGTTGTGCCGCTAATTTATGATCCAGCTTGTTATAGCTAATGTTATTTATGGCCACGCCATATATATCGATGGCGGGGA < 1:558820/112‑1 AATCCCGTTACCGAGTTGTGCCGCTAATTTATGATCCAGCTTGTTATAGCTAATG < 1:679779/55‑1 TACCGAGTTGTGCCGCTAATTTATGATCCAGCTTGTTATAGCTAATGTTATTTATGGCCACGCCATATATATCGATGGCGGGGATCGGCAAGTCCTTTGGTCCGGTTCACGCATTAAAGTCGGTTAATTT > 1:176863/1‑130 ACCGAGTTGTGCCGCTAATTTATGATCCAGCTTGTTATAGCTAATGTTATTTATGGCCACGCCATATATATCGATGGCGGGGATCGGCAAGTCCTTTGGTCCG > 2:200109/1‑103 GAGTTGTGCCGCTAATTTATGATCCAGCTTGTTATAGCTAATGTTATTTATGGCCACGCCATATATATCGATGGCGGGGATCGGCAAGTCCTTTGGTCCGGTTCACGCATTAAAGTCGGTTAATTTAACG < 2:176860/130‑1 AGTTGTGCCGCTAATTTATGATCCAGCTTGTTATAGCTAATGTTATTTATGGCCACGCCATATATATCGATGGCGGGGATCGGCAAGTCCTTTGGTCCGGTTC < 1:200112/103‑1 TGCCGCTAATTTATGATCCAGCTTGTTATAGCTAATGT > 1:695777/1‑38 TGCCGCTAATTTATGATCCAGCTTGTTATAGCTAATGT > 2:348514/1‑38 GCTAATTTATGATCCAGCTTGTTATAGCTAATGTTATT < 2:695768/38‑1 GCTAATTTATGATCCAGCTTGTTATAGCTAATGTTATT < 1:348520/38‑1 TGATCCAGCTTGTTATAGCTAATGTTATTTATGGCCACGCCATATATATCGATGGCGGGGATCGGCAAGTCCTTTGGTCCGGTTCACGCATTAAAGTCGGTTAATTT > 1:550196/1‑107 CCAGCTTGTTATAGCTAATGTTATTTATGGCCACGCCATATATATCGATGGCGGGGATCGGCAAGTCCTTTGGTCCGGTTCACGCATTAAAGTCGGTTAATTTAACG < 2:550187/107‑1 TCATCTAGATCAACTTTCAAGCCCACGCGTAATAACATCATGGCGGCGCGGACACGCATTTCTCGCCAGTCGATAATATTGACGCCACAGATTTTTTTCGTCAGATGACGACCAATATATAAATTTTCCAGTACGGTTAATTCATCAATAACGCTGAGTTCCTGATAAATAATCCCGATACCGAGTTGTGCCGCTAATTTATGATCCAGCTTGTTATAGCTAATGTTATT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP009273/4300376‑4300605 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gttattTATGGCCACGCCATATATATCGATGGCGGGGATCGGCAAGTCCTTTGGTCCGGTTCACGCATTAAAGTCGGTTAATTTAACG < CP009273/4300798‑4300717 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |