New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP009273 | 424713 = | 29 (0.750) | 12 (0.330) | 9/294 | NT | 33.3% | coding (1611/1848 nt) | secD | SecYEG protein translocase auxillary subunit |
? | CP009273 | 424987 = | 21 (0.580) | coding (27/972 nt) | secF | SecYEG protein translocase auxillary subunit |
TCTATTCTGTTCATGATCATCTTCTATAAGAAGTTTGGTCTGATTGCGACCAGTGCTCTGATTGCCAACTTGATCTTAATCGTCGGCATTATGTCGCTGTTGCCAGGCGCAACGCTGAGTATGCCAGGTATCGCGGGTATCGTCTTAACCCTTGCGGTGGCGGTCGATGCGAACGTACTGATCAACGAACGTATTAAAGAAGAGTTGAGCAACGGACGTACTGTTCAACAGGCAATTGATGAAGGTTATCGTGGCGCATTCAGTTCTATCTTCGATGCGAACATCACCACGCTGATTAAAGTCATCATCCTGTACGCAGTGGGTACCGGGGCAATTAAAGGGTTCGCGATTACTACCGGTATCGGTGTGGCGACGTCGATGTTTACCGCGATTGTCGGTACGCGTGCCATCGTAAACCTGCTATATGGCGGCAAGCGCGTCAAGAAGCTGTCAATCTGAGGAGTGCGATGTGGCACAGGAATATACTGTTGAAC > CP009273/424492‑424985 | tCTATTCTGTTCATGATCATCTTCTATAAGAAGTTTGGTCTGATTGCGACCAGTGCTCTGATTGCCAACTTGATCTTAATCGTCGGCATTATGTCGCTGTTGCCAGGCGCAACGCTGAGTATGCCAGGTATCGCGGGTATCGTCTTAACCCTTGCGGTGGCGGTCGATGCGAACGTACTGATCAACGAACGTATTAAAGAAGAGTTGAGCAACGGACGTACTGTTCAACAGGCAATTGATGAAAGTTATCTTGGCTCATTCAGTTCTATCTTCg > 1:135138/1‑274 (MQ=255) tcaaaaccggctttttgcaatgcatcacgcattacgtcaatttcagccggtttttcgagcgtaatttcaataaccgtaccaccggtgaaatccagcccccagttaaagccgcgcacgcccataataacgatagcagcgattaacagcaggccagagatgccgaaagcccagtagtcccagcgcataaagtcataacctttaaggccgtggtttagtTGTTCAACAGGCAATTGATGAAGGTTATCGTGGACAATACAGTTCTATCTTCGAtgcta < 1:347364‑M1/59‑3 (MQ=255) tctATAAGAAGTTTGGTCTGATTGCGACCAGTGCTCTGATTGCCAACGTGATCTTAATCGTCGGCATTATGTCGCTGTTGCCAGGCGCAACGCTGAGTATGCCAGGTATCGCGGGTATCGTCTTAACCCTTGCGGTGGCGGTCGATGCGAACTTACTGATCAACGAACGTATTAAAGAAGAGTTGAGCAACGGACTTACTGTTCAACAGGCAATTGATGAAGGTTATCGTGGCGCATTCAGTTCTATCTTCGATGCGAACATCACCACGCTg > 1:693399/1‑272 (MQ=255) tataAGAAGTTTGGTCTGATTGCGACCAGTGCTCTGATTGCCAACTTGATCTTAATCGTCGGCATTATGTCGCTGTTGCCAGGCGCAACGCTGAGTATGCCAGGTATCGCGGGTATCGTCTTAACCCTTGCGGTGGCGGTCGATGCGAACGTACTGATCAACGAACGTATTAAAGAAGAGATGAGCAACGGAGGTACAGTTCAATAGGCAATTGATGAAGGTTATCGTGGAGCAAGCAGTTCTATCTTCGATGCTAACATCAACACGCTGATTaa > 2:682079/1‑275 (MQ=255) agTTTGGTCGTTGTGCGACCGTTGCTCGGATGGCAAATTTGTTCTTTATCGTCGGCATTATGTCGCTGTTGCCAGGCGAAACTTTGAGTATGCCAGGTATCGCGGGTATCGTCTTAACCCTTGCGGTGGCGGTAGATGCGAACGTACTGATCAACGAACGTATTAAAGAAGAGTTGAGCAACGGACGTACTGTTCAACAGGCAATTGATGAAGGTTATCGTGGCGCATTCAGTTCTATCTTCGATGCGAACATCACCACGCTGATTAAAGtcatc < 2:135137/275‑1 (MQ=255) aTTGCGACCAGTGCTCTGATTGCCAACTTGATCTTAATCGTCGGCATTATGTCGCTGTTGCCAGGCGCAACGCTGAGTATGCCAGGTATCGCGGGTATCGTCTTAACCCTTGCGGTGGCGGTCGATGCGAACGTACTGATCAACGAACGTATTAAAGAAGAGTTGAGCAACGGACGTACTGTTCAACAGGCAATTGATGAAGGTTATCGTGGCGCATTCAGTTCTATCTTCGATGCGAAACTCACCACGCTGCTTAAAGTAATCATCCTTTACg > 2:288233/1‑274 (MQ=255) agccggtttttcgcgcgtaatttcaataaccgtaccaccggtgaaatccagcccccagttaaagccgcgcacgcccataataacgatagcagcgattaacagcagaccagagatgccgaaagcccagtcgtcccagcgcataaagtcatagactttacggccggggtttagtTGTTCAACCGGCAATTGAAGAAGGTTATCGTTGCGCATTCAGTTCTATCTTCCATTCGAAACTCACCACGGTGATtaaagtcatcatccctgtcctttcta < 2:325416‑M1/101‑13 (MQ=255) gTGCTCTGATTGCCAACTTGATCTTAATCGTCGGCATTATGTCGCTGTTGCCAGGCGCAACGCTGAGTATGCCAGGTATCGCGGGTATCGTCTTAACCCTTGCGGTGGCGGTCGATGCGAACGTACTGATCAACGAACGTATTAAAGAAGAGTTGAGCAACGGACGTACTGTTCAACAGGCAATTGATGAAGGTTATCGTGGCGCATTCAGTTCTATCTTCGATGCGAACATCACCACGCTGATTAAAGACATCATCCTGTACGCAGTGGGTAcc > 1:114387/1‑275 (MQ=255) ggtttttcgagcgtaatttcaataaccgtaccaccggtgaaatccagcccccagttaaagccgcgcacgcccataataacgatagcagcgattaacagcagaccagagatgccgaaagcccagtagtcccagcgcataaagtcatagactttacggccgtggtttagtTGTTCAACAGGCAATTGATGAAGGTTATCGTGGCGCATTCAGTTCTATCTTCGATGCGAACATCACCACGCTGATTaa > 1:325422‑M1/169‑246 (MQ=255) gCCAACTTGATCTTAATCGTCGGCATTATGTCGCTGTTGCCAGGCGCAACGCTGAGTATGCCAGGTATCGCGGGTATCGTCTTAACCCTTGCGGTGGCGGTCGATGCGAACGTACTGATCAACGAACGTATTAAAGAAGAGTTGAGCAACGGACGTACTGTTCAACAGGCAATTGATGAAGGTTATCGTGGCGCATTCAGTTCTATCTTCGATGCGAACATCACCACGCTGATTAAAGTCATCATCCTGTACGCAATGGGTACCGGGGCAATTa > 1:328620/1‑274 (MQ=255) cgGCATTATGTCGCTGTTGCCAGGCGCAACGCTGAGTATGCCAGGTATCGCGGGTATCGTCTTAACCCTTGCGGTGGCGGTCGATGCGAACGTACTGATCAACGAACGTATTAAAGAAGAGTTGAGCAACGGACGTACTGTTCAACAGGCAATTGATGAAGGTTATCGTGGCGCATTCAGTTCTa > 2:668010/1‑185 (MQ=255) aTTATGTCGCTGTTGCCAGGCGCAACGCTGAGTATGCCAGGTATCGCGGGTATCGTCTTAACCCTTGCGGTGGCGGTCGATGCGAACGTACTGATCAACGAACGTATTAAAGAAGAGTTGAGCAACGGACGTACTGTTCAACAGGCAATTGATGAAGGTTATCGTGGCGCATTCAGTTCTATCtt < 1:668019/185‑1 (MQ=255) tggaTGCCAGGTATCGCTGGTATTGTCTTAACCCTTGCGGTGGCGGTCGATGCGAACGTACTGATCAACGAACGTATTAAAGAAGAGTTGAGCAACCGACGTACTGTTCAACAGGCAATTGATGAAGGTTATCGTGGCGCATTCAGTTCTATCTTCGATGCGAACATCACCACGCTGATTAAAGTCATCATCCTGTACGCAGTGGGTACCGGGGCAATTAAAGGGTTCGCGATTACTACCGGTATCGGTGTGGCGACGTCGATGTTTACCGCGa < 1:366692/271‑1 (MQ=255) cAGGTATCGCGGGTATCGTCTTAACCCTTGCGGTGGCGGTCGATGCGAACGTACTGATCAACGAGCGTATTAAAGAAGAGTTGAGCAACGGACGTACTGTTCAACAGGCAATTGAGGAAGGTTATCGTGGCGCATTCAGTTCTATCTTCGATGCGAACATCACCACGCTGATTAAAGTCATCATCCTTGACGCAGTGGGTACCGGGGCAATTAAAGGATTCCCGGTTACTGTCGGTACCGGTGTGGCGCTTTGTATGTTTACCTTGAttcatttt > 2:490126/1‑269 (MQ=255) aGGTATCGCGGGTATCGTCTTAACCCTTGCGGTGGCGGTCGATGCGAACGTACTGATCAACGAACGTATTAAAGAAGAGTTGAGCAACGGACGTACTGTTCAACAGGCAATTGATGAAGGTTATCGTGGCGCATTCAGTTCTATCTTCGATGCGAACATCACCACGCTGATTaaa > 2:205359/1‑175 (MQ=255) ggtatgcggggTATCCTCTGAACCCTTGCGGTGGCGGTAGATGCGAGCGGTCTGTGCAATGAAAGTATTAGAGAAGATTTGAGCAACGGACGTACTGTTCAAAAGGCAATTGAGGAAGTTTATCGTGGCGCATTCAGTTCTGTCTTCGGTGCGAGCAGCACCAAGCTGATTAAAGTCATCATCCTGTACGCAGTGGGTGCCGGGGCAATTAAAGGGTTCGCGATTCCTACCGGTATCGGTGTGGCGACGTCGATGTTTACCGCGATTGTCGGTAc < 2:693390/267‑1 (MQ=255) gTATCGCGGGTATCGTCTTAACCCTTGCGGTGGCGGTCGATGCGAACGTACTGATCAACGAACGTATTAAAGAAGAGTTGAGCAACGGACGTACTGTTCAACAGGCAATTGATGAAGGTTATCg > 1:355371/1‑124 (MQ=255) aTCGCGGGTATCGTCTTAACCCTTGCGGTGGCGGTCGATGCGAACGTACTGATCAACGAACGTATTAAAGAAGAGTTGAGCAACGGACGTACTGTTCAACAGGCAATTGATGAAGGTTATCGTGGCGCATTCAGTTCTATCTTCGATGCGAACATCACCACGCTGATTAAAGtca < 1:205363/175‑1 (MQ=255) cgcgGGTATCGTCTTAACCCTTGCGGTGGCGGTCGATGCGAACGTACTGATCAACGAACGTATTAAAGAAGAGTTGAGCAACGGACGTACTGTTCAACAGGCAATTGATGAAGGTTATCGTGgc < 2:355365/124‑1 (MQ=255) acgatagcagcgattaacagcagaccagagatgccgaaagcccagtagtcccagcgcataaagtcatagactttacggccgtggtttagttgt < 2:601984‑M1/3‑1 (MQ=255) tagcagcgattaacagcagaccagagatgccgaaagcccagtagtcccagcgcataaagtcatagactttacggccgtggtttagttgt < 1:32056‑M1/3‑1 (MQ=255) tagcagcgattaacagcagaccagagatgccgaaagcccagtagtcccagcgcataaagtcatagactttacggccgtggtttagtTGTTCaa > 1:601993‑M1/87‑93 (MQ=255) agcgattaacagcagaccagagatgccgaaagcccagtagtcccagcgcataaagtcatagactttacggccgtggtttagtTGTTCaa > 2:32056‑M1/83‑89 (MQ=255) tCTTAACCCTTGCTGTGGCGGTCGATGCGAACGTACTGATCAACGAACGTATTAAAGAAGAGTTGAGCAACGGACGTGCTGTTCAACAGGCAATTGATGAAGGTTATCGTGGCGCATTCAGTTCTATCTTCGGTGCGAACATCACCACGCTGATTAAAGTCATCATCCTGTACGCAGTGGGTACCGGGGCAATTAAAGGGTTCGCGATTACTACCGGTATCGGTGTGGCGACGTCGATGTTTACCGCGATTGTCGGTACGCGTGCCATCGTaa < 1:682088/273‑1 (MQ=255) cagaccagagatgccgaaagcccagtagtcccagcgcataaagtcatagactttacggccgtggtttagtTGTTCAACAGGCAATTGATGAAGGTTATCGTGGCGCATTCAGTTCTATCTTCGATGCGAACATCACCACGCTGa < 1:73075‑M1/74‑1 (MQ=255) tGCGGTGGCGGTCGATGCGAACGTACTGATCAACGAACGTATTAAAGAAGAGTTGAGCAACGGACGTACTGTTCAACAGGCAATTGATGAAGGTTATCGTGGCGCATTCAGTTCTATCTTCGATGCGAACATCACCACGCTGATTAAAGTCATCATCCTGTACg > 2:84762/1‑164 (MQ=255) tGCGGTGGCGGTCGATGCGAACGTACTGATCAACGAACGTATTAAAGAAGAGTTGAGCAACGGACGTACTGTTCAACAGGCAATTGATGAAGGTTATCGTGGCGCATTCAGTTCTATCTTCGATGCGAACATCACCACGCTGATTAAAGTCATCATCCTGTACGCAGTGGGTACCGGGGCAATTAAAGGGTTCGCGATTACTACCGGTATCGGTGTGGCGACGTCGATGTTTACCGCGATTGTCGGTACGCGTGCCATCGTAAACCTGCTATATg > 1:250568/1‑275 (MQ=255) ccagagatgccgaaagcccagtagtcccagcgcataaagtcatagactttacggccgtggtttagtTGTTCAACAGGCAATTGATGAAGGTTATCGTGGCGCATTCAGTTCTATCTTCGATGCGAACATCACCACGCTGATTaa > 2:73074‑M1/67‑144 (MQ=255) gTGGCGGTCGATGCGAACGTACTGATCAACGAACGTATTAAAGAAGAGTTGAGCAACGGACGTACTGTTCAACAGGCAATTGATGAAGGTTATCGTGGCGCATTCAGTTCTATCTTCGATGCGAACATCACCACGCTGATTAAAGTCATCATCCTGTACGCAGt < 1:84763/164‑1 (MQ=255) agcccagtagtcccagcgcataaagtcatagactttacggccgtggtttagttgt < 2:248535‑M1/3‑1 (MQ=255) cagtagtcccagcgcataaagtcatagactttacggccgtggtttagtTGTTCaa > 1:248540‑M1/49‑55 (MQ=255) cTGATCAACGAACGTATTAAAGAAGAGTTGAGCAACGGACGTACTGTTCAACAGGCAATTGATGAAGGTTATCGTGGCGCATTCAGTTCTATCTTCGATGCGAACATCACCACGCTGATTAAAGTCATCATCCTGTa > 2:264684/1‑137 (MQ=255) cTGAACAACGAACGTATTAACGAAGAGTTGAGCAACGGAAGAACTGTTCACCAGGCAATTGATGAAGGTTATCGTGGCGCCTTCAGTTCTATCTTCGATGCGAACATCACCACGCTGATTAAAGt > 2:500385/1‑125 (MQ=255) cccagcgcataaagtcatagactttacggccgtggtttagtTGTTCAACAGGCAATTGATGAAGGTTATCGTGGCGCATTCAGTTCTATCTTCGATGCGAACATCACCACGCTg < 2:367300‑M1/73‑1 (MQ=255) tCAACGAACGTATTAAAGAAGAGTTGAGCAACGGACGTACTGTTCAACAGGCAATTGATGAAGGTTATCGTGGCGCATTCAGTTCTATCTTCGATTCGAAGATGACCACACTGATTAAAGtcatc < 1:500392/125‑1 (MQ=255) tCAACGAACGTATTAAAGAAGAGTTGAGCAACGGACGTACTGTTCAACAGGCAATTGATGAAGGTTATCGTGGCGCATTCAGTTCTATCTTCGATGCGAACATCACCACGCTGATTAAAGTCATCATCCTGTACGCa < 1:264689/137‑1 (MQ=255) gcgcataaagtcatagactttacggccgtggtttagtTGTTCAACAGGCAATTGATGAAGGTTATCGTGGCGCATTCAGTTCTATCTTCGATGCGAACATCACCACGCTGATTa > 1:367306‑M1/38‑114 (MQ=255) aagtcatagactttacgtctgtggtttagtTGTTCAACAGGCAATTGATGAAGGTTATCGTGGCGCATTCAGTTCTATCTTNGATGCGAANATCACCACGCTGCTTAAAGTCATCATCCTGTACGCAGTGGGTACCGGGGCAATTAAAGGGTTCGCGATTACTACCGGTATCGGTGTGGCGACGTCGATGTTTACCGCGATTGTCGGTACGCGTGCCATCGTAAACCTGCTATATGGCGCCAAGCGCTTCAAGAAGCTGTCAATCTGAGGAGTg > 1:483058‑M1/31‑274 (MQ=255) tctttacggccgtggttttgtTGTTCAACAGGCTATTGATGAAGGTTATCGTGGCGCATTCAGTTCTATCTTCGATGCGCACAGCACCACGCTGATTAAAGTCATCATCCTGTACGCAGTGGGTACCGGGGCAATTAAAGGGTTCGCGATTACTACCGGTATCGGTGTGGCGACGTCGATGTTTACCGCGATTGTCGGTACGCGTGCCATCGTAAACCTGCTATATGGCGGCAAGCGCGTCAAGAAGCTGTCAATCTGAGGAGTGCGATGTGGca > 1:724475‑M1/22‑275 (MQ=255) agatTTGAGCAACGGACGGACTGTTCAACAGGCAATTGATGACGTTTATCGTGGCGCCTTCAGTTTTATCTTCGATGAGAACATCACCACGCTGATTAAAGGCATCATGCTGTACGCAGTGGGTACCGGGGCAATTAAAGGGTTCGCGATTACTACCGGTATCGGTGTGGCGACGTCGATGTTTACCGCGATTGTCGGTACGCGTGCCATCGTAAACCTGCTATATGGCGGCAAGCGCGTCAAGAAGCTGTCAATCTGAGGAGTGCGATGTGGca < 2:328614/275‑1 (MQ=255) agagTTGAGCAACGGACGTACTGTTCAACAGGCAATTGATGAAGGTTATCGTGGCGCATTCAGTTCTATCTTCGATGCGAACATCACCACGCTGATTAAAGTCATCATCCTGTACGCAGTGGGTACCGGGGCAATTAAAGGGTTCGCGATTACTACCGGTATCGGTGTGGCGACGTCGATGTTTACCGCGATTGTCGGTACGCGTGCCATCGTAAACCTGCTATATGGCGGCAAGCGCGTCAAGAAGCTGTCAATCTGAGGAGTGCGATGTGGca < 2:250563/275‑1 (MQ=255) aatttacggacgtggtttagtTGTTAAACAGGCAATTGATGAAGGTTATCGTGGCGCATTCAGTTCTATCTTCGATGCGAACATCACCACGCTGATTAAAGTCATCATCCTGTACGCAGTGGGTACCGGGGCAATTAAAGGGTTCGCGATTACTACCGGTATCGGTGTGGCGACGTCGATGTTTACCGCGATTGTCGGTACGCGTGCCATCGTAAACCTGCTATATGGCGGCAAGCGCGTCAAGAAGCTGTCAATCTGAGGAGTGCGATGTGGca > 1:431531‑M1/22‑275 (MQ=255) cagtgctcAAGGGACGTACTTTTCTACAGGCAATTGATGAAGGTTCTCGTGGTGCATTCAGTTCTATCTTCGATGCGAACATCACCACGCTGATTAAAGTCATCATCCTGTACGCAGTGGGTACCGGGGCAATTAAAGGGTTCGCGATTACTACCGGTATCGGTGTGGCGACGTCGATGTTTACCGCGATTGTCGGTACGCGTGCCATCGTAAACCTGCTATATGGCGGCAAGCGCGTCAAGAAGCTGTCAATCTGAGGAGTGCGATGTGGca < 2:114386/266‑1 (MQ=255) tacggccgtggtttagtTGTTCAACAGGCAATTGATGAAGGTTATCGTGGCGCATTCAGTTCTATCTTCGATGCGAACATCACCACGCTGa < 2:149509‑M1/74‑1 (MQ=255) gAGCAACGGACGTACTGTTCAACAGGCAATCGATGAAGGTTATCGTGGCGCATTCAGTTCTATCTTCGATGCGAACATCACCACGCTGATTAAAGTCATCATCCTGTACGCAGTGGGTACCGGGGCAATTAAAGGGTTCGCGATTACTACCGGTATCGGTGTGGCGACGTCGATGTTTACCGCGATTGTCGGTACGCGTGCCATCGTAAACCTGCTAAATggcgg > 2:62652/1‑225 (MQ=255) gccgtggtttagtTGTTCAACAGGCAATTGATGAAGGTTATCGTGGCGCATTCAGTTCTATCTTCGATGCGAACATCACCACGCTGATTaa > 1:149510‑M1/14‑91 (MQ=255) aaCGGACGTACTGTTCAACAGGCAATTGATGAAGGTTATCGTGGCGCATTCAGTTCTATCTTCGATGCGAACATCACCACGCTGATTAAAGTCATCATCCTGTACGCAGTGGGTACCGGGGCAATTAAAGGGTTCGCGATTACTACCGGTATCGGTGTGGCGACGTCGATGTTTACCGCGATTGTCGGTACGCGTGCCATCGTAAACCTGCTATATGGCGGCAAg < 1:62653/225‑1 (MQ=255) cTGTTCAACAGGCAATTGATGAAGGTTATCGTGGCGCATTCAGTTCTATCTTCGATGCGAACATCACCACGCTGATTAAAGTCATCATCCTGTACGCAGTGGGTCCCGGGGCAATTAAAGGGTTCGCGATTACTACCGGTATCGGTGTGGCGACGTCGTTGTTTACCGCGATTGTCGGTCCGCGTGCCATCGTAAACCTGCTATATGGCTGCAAGCGCGTCCAGAATCGGGTAATCTGAGGGGTTGGATGAGGCACACGCAtatancggttgtc > 2:260026/1‑265 (MQ=255) | TCTATTCTGTTCATGATCATCTTCTATAAGAAGTTTGGTCTGATTGCGACCAGTGCTCTGATTGCCAACTTGATCTTAATCGTCGGCATTATGTCGCTGTTGCCAGGCGCAACGCTGAGTATGCCAGGTATCGCGGGTATCGTCTTAACCCTTGCGGTGGCGGTCGATGCGAACGTACTGATCAACGAACGTATTAAAGAAGAGTTGAGCAACGGACGTACTGTTCAACAGGCAATTGATGAAGGTTATCGTGGCGCATTCAGTTCTATCTTCGATGCGAACATCACCACGCTGATTAAAGTCATCATCCTGTACGCAGTGGGTACCGGGGCAATTAAAGGGTTCGCGATTACTACCGGTATCGGTGTGGCGACGTCGATGTTTACCGCGATTGTCGGTACGCGTGCCATCGTAAACCTGCTATATGGCGGCAAGCGCGTCAAGAAGCTGTCAATCTGAGGAGTGCGATGTGGCACAGGAATATACTGTTGAAC > CP009273/424492‑424985 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |