New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP009273 | 3644618 = | 14 (0.360) | 7 (0.190) | 6/300 | NT | 11.9% | intergenic (+596/‑33) | arsC/yhiS | arsenate reductase/pseudogene |
? | CP009273 | 3644734 = | 90 (2.450) | pseudogene (84/741 nt) | yhiS | pseudogene |
AAAAAAAATCACTTCACACACTATCAGAGAACATAATAACTTTTTAAAATGAGCGCATTTTGATAGTTGTTAACGATTTCCTTTACGATACTATCACTACCCTTTTTTTACACACAAATATTACCGGGTGGAGATAAAAGGGAAATCAAAGGTAATTATATCAGGAAGATATAACGCATTACATTTATTGTGTGTAGAAGAAAATCCATTCCTGTTCTAATTATCCAATTTAAACATCTTAGCATAAAACAAATGATGAATAAGGAATTTTATGTCAATTGACTTTACCCCAGGTATAATAAATACATATCACGGCGATATTTATAACTGCACAACAAATACCGATAATGCTAAAACGCCAGACACACCGAAGTGGCCTTGCGATAATTGGGAAGAACAACAACCCATTAATTCCACATTCTCTGGAGAAGGATATATCTCTGATCAATATGATTTAGCGCAACACCAACTTCAACAAATTAATGCGTGCCACACGAA > CP009273/3644380‑3644877 | aaaaaaaaTCACTTCACACACTATCAGAGAACATAATAACTTTTTAAAATGAGCGCATTTTGATAGTTGTTAACGATTTCCTTTACGATACTATCACTACCCTTTTTTTACACACAAATATTACCGGGTGGAGATAAAAGGGAAATCAAAGGTAATTATATCAGGAAGATATAACGCATTACATTTATTGTGTGTAGAAGAAAATCCATTCCTGTTCTAATTATCCAATTTAAACATCt < 1:183040/239‑1 (MQ=255) 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2:703781/56‑1 (MQ=255) tttATTGTGTGTAGAAGAAAATCCATTCCTGTTCTAATTATCCAATTTAAACATCt < 2:307361/56‑1 (MQ=255) aTTGTGTGTAGAAGAAAATCCATTCCTGTTCTAATTATCCAATTTAAACATCTTAGCATAAAACAAATGATGAATAAGGAATTTTATGTCAATTGAATTTACCCCAGGTATAATAAATACATATCACGGCGATATTTATAACTGCACAACAAATACCGATAATGCTAAAAGGCCAGACACACCGAAGTGGCCTTGCGATAATTGGGAAGAACAAAAACCAATTAATTCCACATTCTCTGAAGAAGTAAATATCACTGATCaaaaaaataaaaagc > 1:459160/1‑262 (MQ=255) ttgttgttcttcccaattatcgcaaggccacttcggtgtgtctggcgttTTAGCAt < 2:517954‑M1/7‑1 (MQ=255) tgtgtAGAAGAAAATCCATTCCTGTTCTAATTATCCAATTTAAACATCt < 1:313658/49‑1 (MQ=255) tgtAGAAGAAAATCCATTCCTGTTCTAATTATCCAATTTAAACATCTTa > 1:84694/1‑49 (MQ=255) tgtAGAAGAAAATCCATTCCTGTTCTAATTATCCAATTTAAACATCTTAGCATAAAACAAATGATGAATAAGGAATTTTATGTCAATTGACTTTACCCCAGGTATAATAAATACATATCACGGCGATATTTATAACTGCACAACAAATACCGATAATGCTAAAACGCCAGACACACCGAAGTGGCCTTGCGATCATTGGGAAGAACAACAACCCATTAATTCCAAATTNTCTGGAGAAGGAAATATCTCGTATCActataaaagctttccc > 2:445732/1‑259 (MQ=255) 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cTTAGCATAAAACAAATGATGAATAAGGAATTTTATGTCAATTGACTTTACCCCAGGTATAATAAATACATATCACGGCGATATTTATAACTGCACAACAAATACCGATAATGCTAAAACGCCCGACACACCGAAGTGGCCTTGCGATAATTGGGAAGAACAACAACCCAt < 1:670970/171‑1 (MQ=255) TTAGCATAAAACAAATGATGAATAAGGAATTTTATGTCAATTGACTTTAcc < 1:594109‑M1/51‑1 (MQ=255) | AAAAAAAATCACTTCACACACTATCAGAGAACATAATAACTTTTTAAAATGAGCGCATTTTGATAGTTGTTAACGATTTCCTTTACGATACTATCACTACCCTTTTTTTACACACAAATATTACCGGGTGGAGATAAAAGGGAAATCAAAGGTAATTATATCAGGAAGATATAACGCATTACATTTATTGTGTGTAGAAGAAAATCCATTCCTGTTCTAATTATCCAATTTAAACATCTTAGCATAAAACAAATGATGAATAAGGAATTTTATGTCAATTGACTTTACCCCAGGTATAATAAATACATATCACGGCGATATTTATAACTGCACAACAAATACCGATAATGCTAAAACGCCAGACACACCGAAGTGGCCTTGCGATAATTGGGAAGAACAACAACCCATTAATTCCACATTCTCTGGAGAAGGATATATCTCTGATCAATATGATTTAGCGCAACACCAACTTCAACAAATTAATGCGTGCCACACGAA > CP009273/3644380‑3644877 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |