| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | CP009273 | = 3724865 | 40 (1.100) | coding (375/993 nt) | xylF | D‑xylose transporter subunit | |||||
Only 100 of 117 total aligned reads displayed.
TTGCATATTGAACTCCATAATCAGGTAATGCCGCGGGTGATGGATGATGTCGTAATATTGGGCACTCCCTTTCAGTTGCTCAATTATGTTATTTCACACTGCTATTGAGATAATTCACAAGTGTGCGCTCGCTCGCAAAATAAAATGGAATGATGAAACTGGGTAATTCCTCGAAGAGAAAAATGCAATAAGTACAATTGCGCAACAAAAGTAAGATCTCGGTCATAAATCAAGAAATAAACCAAAAATCGTAATCGAAAGATAAAAATCTGTAATTGTTTTCCCCTGTTTAGTTGCTAAAAATTGGTTACGTTTATCGCGGTGATTGTTACTTATTAAAACTGTCCTCTAACTACAGAAGGCCCTACACCATGAAAATAAAGAACATTCTACTCACCCTTTGCACCTCACTCCTGCTTACCAACGTTGCTGCACACGCCAAAGAAGTCAAAATAGGTATGGCGATTGATGATCTCCGTCTTGAACGCTGGCAAAAAGATCGAGATATCTTTGTGAAAAAGGCAGAATCTCTCG > CP009273/3724120‑3724653 | ttGCATATTGAACTCCATAATCAGGTAATGCCGCGGGTGATGGATGATGTCGTAATATTGGGCACTCCCTTTCAGTTGCTCAATTATGTTATTTCACACTGCTATTGAGATAATTCACAAGTGTGCGCTCGCTCGCAAAATAAAATGGAATGATGAAACTGGGTAATTCCTCGAAGAGAAAAATGCAATAAGTACAATTGCGCAACAAAAGTAAGATCTCGGTCATAAATCAAGAAATAAACCAAAAATCGTAATCGAAAGATAAAAATCTGTaa < 1:269370/275‑1 (MQ=255) 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2:690420/1‑124 (MQ=255) aaaaTCGTAATCGAAAGATAAAAATCTGTAATTGTTTTCCCCTGTTTAGTTGCTAAAAATTGGTTACGTTTATCGCGGTGATTGTTACTTATTAAAACTGTCCTCTAACTACAGAAGGCCCTACACCATGAAAATAAAGAACATTCt > 1:708150/1‑147 (MQ=255) tCGTAATCGAAAGATAAAAATCTGTAATTGTTTTCCCCTGTTTAGTTGCTAAAAATTGGTTACGTTTATCGCGGTGATTGTTACTTATTAAAACTGTCCTCTAACTACAGAAGGCCCTACACCa < 1:690429/124‑1 (MQ=255) tCGTAATCGAAAGATAAAAATCTGTAATTGTTTTCCCCTGTTTAGTTGCTAAAAATTGGTTACGTTTATCGCGGTGATTGTTACTTATTAAAACTGTCCTCTAACTACAGAAGGCCCTACACCATGAAAATAAAGAACATTCTACTc < 2:708140/147‑1 (MQ=255) gTAATCGAAAGATAAAAATCTGTAATTGTTTTCCCCTGTTTAGTTGCTAAAAATTGGTTACGTTTATCGCGGTGATTGTTACttatt > 2:583965/1‑87 (MQ=255) tCGAAAGATAAAAATCTGTAATTGTTTTCCCCTGTTTAGTTGCTAAAAATTGGTTACGTTTATCGCGGTGATTGTTACTTATTaaaa < 1:583974/87‑1 (MQ=255) aGATAAAAATCTGTAATTGTTTTCCCCTGTTTAGTTGCTAAAAATTGGTTACGTTTATCGCGGTGATTGTTACTTATTAAAACTGTCCTCTAACTACAGAAGGCCCTACACCATGAAAATAAAGAACATTCTACTCACCCTTTGCACCTCACTCCTGCTTACCAACGTTGCTGCACACGCCAAAGAAGTCAAAATAGGTATGGCGATTGATGATCTCCGTCTTGAACGCTGGCAACAAGATCGAGATATCTTTGTGAAAAAGGCAGAATCTCTCg > 2:303078/1‑275 (MQ=255) | TTGCATATTGAACTCCATAATCAGGTAATGCCGCGGGTGATGGATGATGTCGTAATATTGGGCACTCCCTTTCAGTTGCTCAATTATGTTATTTCACACTGCTATTGAGATAATTCACAAGTGTGCGCTCGCTCGCAAAATAAAATGGAATGATGAAACTGGGTAATTCCTCGAAGAGAAAAATGCAATAAGTACAATTGCGCAACAAAAGTAAGATCTCGGTCATAAATCAAGAAATAAACCAAAAATCGTAATCGAAAGATAAAAATCTGTAATTGTTTTCCCCTGTTTAGTTGCTAAAAATTGGTTACGTTTATCGCGGTGATTGTTACTTATTAAAACTGTCCTCTAACTACAGAAGGCCCTACACCATGAAAATAAAGAACATTCTACTCACCCTTTGCACCTCACTCCTGCTTACCAACGTTGCTGCACACGCCAAAGAAGTCAAAATAGGTATGGCGATTGATGATCTCCGTCTTGAACGCTGGCAAAAAGATCGAGATATCTTTGTGAAAAAGGCAGAATCTCTCG > CP009273/3724120‑3724653 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |