New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP009273 | 266252 = | NA (NA) | 29 (0.720) | 27/310 | NT | 100% | intergenic (+6/‑62) | insN/insI1 | pseudogene, IS911 transposase A;IS, phage, Tn; Transposon‑related functions; extrachromosomal; transposon related/IS30 transposase |
? | CP009273 | = 879010 | 0 (0.000) | intergenic (‑166/‑119) | ybjG/mdfA | undecaprenyl pyrophosphate phosphatase/multidrug efflux system protein |
CGCCAGTATCCCTTAACATAGTGAAGATCGTTCCGGGTTTTGAACCCAGGATATTCGCTATTTCACTGAAGCCTGTTCCGTTCTTCCATAGTTCAAAAACAGAGGCTTTTTCCTCTGCTGTAAATGTTCGTCTCATTCAAAAAACCTCCGCAACCCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/266449‑266252 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ACGCTTTCTTTAAGTTTTATTTAACCTATGCCCGTTACAATCACCCACCGTAAACAGGCCGCTTGAGGGAAATAAGACGATGCCGCTTTACCCAGTTTAACCTGCACTTTATTCTCAACGACTTGCCTGTATTGGCTCCCTTTTAATCACTTTGCGTCGGGAAGTTATGCTGGAAAATTTGAATCTCTCTCTATTCTCTCTTATTAACGCGACGCCAGACTCGGCTCCGTGGATGATCTCGTTGGCGATTTTTATTGCTAAAGATTTGAT < CP009273/879010‑878741 CGCCAGTATCCCTTAACATAGTGAAGATCGTTCCGGGTTTTGAACCCAGGATATTCGCTATTTCACTGAAGCCTGTTCCGTTCTTCCATAGTTCAAAAACAGAGGCTTTTTCCTCTGCTGTAAATGTTCGTCTCATTCAAAAAACCTCCGCAACCCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACAACGCTTTCTTTACGTTTTATTTAACCTATGCCCGTTACAATCACCCACCGTAAACAGGCCGCTTGAGGGAAATAAG > 1:417747/1‑274 GATCGTTCCGGGTTTTGAACCCAGGATATTAGCTATTTCACTGAAGCCTGTTCCGTTCTTCCATAGTTCAAAAACAGAGGCTTTTTCCTCTGCTGTAAATGTTCGTCTCATTCAAAAAACCTCCGCAACCCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACAACGCTTTCTTTAAGTTTTATTTAACCTATGCCCGTTACAATCACCCACCGTAAACAGGCCGCT < 1:271146/236‑1 TTCCATAGTTCAAAAACAGAGGCTTTTTCCTCTGCTGTAAATGTTCGTCTCATTCAAAAAACCTCCGCAACCCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACAACGCTTTCTTTAAGTTTTATTTAACC > 2:716111/1‑141 ATAGTTCAAAAACAGAGGCTTTTTCCTCTGCTGTAAATGTTCGTCTCATTCAAAAAACCTCCGCAACCCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACAACGCTTTCTTTAAGTTTTATTTAACCTATG < 1:716125/141‑1 TTTTTCCTCTGCTGTTACTTTTCGTCTCATTCAAAAACCCTCCGCATCCCCATGTTTTCACATAACTGTTTCGTTGACCACTTGAATCTACAACGCTTTCTTTAAGTTTTATTTAACCTATGCCCGTTACAATCACCCACCGTAAACAGGCCGCTTGAGGGAAATAAGACGATGCCGCTTTACCCAGTTTAACCTGCACTTTATTCTCAACGACTTGCCTGTATTGGCTCCCTTTTAATCACTTTGCGTCGGGAAGTTATGCTGGAAAATTTGAA < 1:159948/275‑1 TTCCTCTGCTGTAAATGTTCGTCTCATTCAAAAAACCTCCGCAACCCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACAACGCTTTCTTTAAGTTTTCTTTAA > 2:260174/1‑113 TCCTCTGCTGTAAATGTTCGTCTCATTCAAAAAACCTCCGCAACCCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACAACGCTTTCTTT > 1:447925/1‑99 CTCTGCTGTAAATGTTCGTCTCATTCAAAAAACCTCCGCAACCCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACAACGCTTTCTTTAAGTTTTATTTAACCTATGCCCGTTACAATCACCCACCGTAAACAGGCCGCTTGAGGGAAATAAGACGATGCCGCTTTACCCAGTTTAACCTGCACTTTATTCTCAACGACTTGCCTGTATTGTCTCCCTTTTAATCACCTTGCGTCGGGAAGTTATGCTGGAAAATTTGAAT < 1:328869/270‑1 TCTGCTGTAAATGTTCGTCTCATTCAAAAAACCTCCGCAACCCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACAACGCTTTCTTTAAGTTTTATTTAACCTA < 1:260177/113‑1 CTGCTGTAAATGTTCGTCTCATTCAAAAAACCTCCGCAACCCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACAACGCTTTCTTTAAGTTTTATTTAACCTATGCCCGTTACAATCACCCACCGTAAACAGGCCGCTTGAGGGAAATAAGACAATGCCGCTTTACCCATTTTAACCTGCACTTTATTCACAACGCCT > 2:367199/1‑207 CTGCTGTAAATGTTCGTCTCATTCAAAAAACCTCCGCAACCCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACAACGCTTTCTTTAAGT < 2:447918/99‑1 TGTAAATGTTCGGCTCATTCAAAAAACCTCCGCAACCCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACAACGCTTTCTTTAAGTTTTATTTAACCTATGCCCGTTACAATCACCCACCGTAAACAGGCCGCTTGAGGGAAATAAGACGATGCCGCTTTACCCAGTTTAACCTGCACTTTATTCTCAACGACTTGCC < 1:367206/207‑1 TGTTCGTCTCATTCAAAAAACCTCCGCAACCCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACAA < 1:115719/75‑1 TCGTCTCATTCAAAAAACCTCCGCAACCCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACAACGCTTTCTTTAAGTTTTATTTAACCTATGCCCGTTACAATCACCCACCGTAAACAGGCCGCTTGAGGGAAAT > 2:467351/1‑144 CTCATTCAAAAAACCTCCGCAACCCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACAACGCTTTCTTTAAGTTTTATTTAACCTATGCCCGTTACAATCACCCACCGTAAACAGGCCGCTTGAGGGAAATAAGA < 1:467358/144‑1 CGCAACCCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACAACGCTTTCTTTAAGTTTTATTTAACCTATGCCCGTTACAATCACCCACCGTAAACAGGCCGCTTGAGGGAAATAAGACGATGCCGCTTTACCCAGTTTAA > 1:375599/1‑150 ACCCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACAACGCTTTCTTTAAGTTTTATTTAACCTATGCCCGTTACAATCACCCACCGTAAACAGGCCGCTTGAGGGAAATAAGACGATGCCGCTTTACCCAGTTTAACCTG < 2:375592/150‑1 TGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACAACGCTTTCTTTAAGTTTTATTTAACCTATGCCCGTTACAATCACCCACCGTAAACAGGCCGCTTGAGGGAAATAAGACGATGCCGCTTTACCCAGTTTAACCTGCACTTTATTCTCAACGACTTGCCTGTATTGGCTCCCTTTTAATCACTTTGCGTCGGGAAGTTATGCTGGAAAATTTGAATCTCTCTCTATTCTCTCTTATTAACGCGACGCCAGACTCGGCTCCGTGcctg > 1:177791/1‑271 CACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACAACGCTTTCTTTACGTTTTATTTAACCTATGCCCGTTACAATCACCCACCGTAAACAGGCCGCTTGAGGGAAATAAGACGATGCCGCTTTACCCAGTTTAACCTGCACTTTATTCTCAACGACTTGCCTGTATTGGCTCCCTTTTAATCACTTTGCGTCGGGAAGTTATGCTGGAAAATTTGAATCTCTCTCTATTCTCTCTTATTAACGCGACGCCAGACTCGGCTCCGTGGATGATCTCG > 1:151893/1‑275 CACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACAACGCTTTCTTTAAGTTTTATTTAACCTATGCCCGTTACAATCACCCACCGTAAACAGGCCGCTTGAGGGAAATAAGACGATGCCGCTTTACCCAGTTTAACCTGCACTTTATACTCAAGGACTTGCCTGTATTGGCTCCCTTTTAATCACTTTGCGTCGGGAAGTTATGCTGGAAAATTTGAATCTCTCTCTATTCTCTCTTATTAACGCGACGCCAGACTCGGCTCCGTGGATGACCTCG > 1:646100/1‑275 GCGTTGACCAATTGAATCTACAACGCTTTCTTTAAGTTTTATTTAACCTATGCACGTTACAATCACCCACCGTAAACAGGCCGCTTGAGGGAAATAAGACGATGCCGCTTTACCCAGTTTAACCTGCACTTTATTCTCAACGACTTGCCTGTATTGGC > 2:414868/1‑158 TGACCAATTGAATCTACAACGCTTTCTTTAAGTTTTATTTAACCTATGCCCGTTACAATCACCCACCGTAAACAGGCCGCTTGAGGGAAATAAGACGATGCCGCTTTACCCAGTTTAACCTGCACTTTATTCTCAACGACTTGCCTGTATTGGCTCCC < 1:414875/158‑1 cCCAATTGAATCTACAACGCTTTCTTTAAGTTTTATTTAACCTATGCCCGTTACAATCACCCACCGTAAAC > 1:240534/2‑71 ACCAATTGAATCTACAACGCTTTCTTTAAGTTTTATTTAACCTATGCCCGTTACAATCACCCACCGTAAACAGGCCGCT > 1:288191/1‑79 AATTGAATCTACAACGCTTTCTTTAAGTTTTATTTAACCTATGCCCGTTACAATCACCCACCGTAAACAGGCCGCTTGAGGGAAATAAGACGATGCCGCTTTACCCAGTTTAACCTNCACTTTATTCGCAACGACTTGCCTGTATTGGCTCCCTTTTAATCACTTTGCGTCGGGAAGTTATGCTGGAAAATTTGAATCTCTCTCTATTCTCTCTTATTAACGCGACGCCAGACTCGGCTCCGTGGATGATCTCGTTGGCGATTTTTATTGCTAAA < 1:663397/275‑1 ATTGAATCTACAACGCTTTCTTTAAGTTTTATTTAACCTATGCCCGTTACAATCACCCACCGTAAACAGGCCGCTTGAG < 2:288186/79‑1 ATTGAATCTACAACGCTTTCTTTAAGTTTTATTTAACCTATGCCCGTTACAATCACCCACCGTAAACAGGC < 2:240531/71‑1 TTGAATCTACAACGCTTTGTTTGAGTTTTATTTAACCTATGCCCGTTACAATCACCCACCGTAAACAGGCCGCTTGAGGGAAATAAGACGATGCCGCTTTACCCAGTTTAACCTGCACTTTATTCTCAACGACTTGCCTGTATTGGCTCCCTGTTAATCACTTTGCGTCGGGAAGTTATGCTGGAAAATTTGAATCTCTCTCTATTCTCTCTTATTAACACGACGCCAGACTCGGCTCCGTGGATGATCTCGTTGGCGATTTTTATTGCTAAAGA < 1:35512/275‑1 TTGAATCTACAACGCTTTCTTTAAGTTTTATTTAACCTATGCCCGTTACAATCACCCACCGTAAACAGGCCGCTTGAGGGAAATAAGACGATGCCGCTTTACCCAGTTTAACCTGCACTTTATTCTCAACGACTTGCCTGTATT > 2:148176/1‑144 ATCTACAACGCTTTCTTTAAGTTTTATTTAACCTATGCCCGTTACAATCACCCACCGTAAACAGGCCGCTTGAGGGAAATAAGACGATGCCGCTTTACCCAGTTTAACCTGCACTTTATTCTCAACGACTTGCCTGTATTGGCT < 1:148177/144‑1 aTACAACGCGTTCTTTAAGTTGTATTTAACCGATGCCCGTTACAATCACCCCCCGTAAACAGGCCGCTTGAGTGAAATAAGACGATGCCGCTTTACCCAGTTTAACCTGCACGTTATTCTCAACGACTTGCCTGTATTGGCTCCCTTTTAATCACTTTGCGTCGGGAAGTTATGCTGGAAAATTTGAATCTCTCTCTATTCTCTCTTATTAACGCGACGCCAGACTCGGCTCCGTGGATGATCTCGTTGGCGATTTTTATTGCTAAAGATTTGAT < 2:335590/274‑1 TACAACGCTTTCTTTAAGTTTTATTTAACCTATGCCCGTTACAATCACCCACCGTAAACAGGCCGCTTGAGGGAAATAAGACGATGCCGCTTTCCCCAGTTTAACCTGCACTTTATTCTCAAAGACTTGCCTGTATTGGCTCCCTTTTAATCACTTTTCGTCGGGAAGTTATGCTGGAACATTTGAATCTCTCTCTATTCTCTCTTATTACCGCGACGCCATACTCGGCTCCGTGTATGATCTCGTTGGCGATTTTTATTGCTAAAGATT > 1:335596/1‑270 TACAACGCTGTGTTTAAGTTTTATTTAACCTATTCCCGGTACAATCACCCACCGTAGACAGGCAGCTTGATGGAAATAAGACGGTGCCGCTTTACCCAGTTTAACCTGCACTTTAGTCTCAACGACTTGCCTGTATTGGCTCCCTTTTAATCACTTTGCGTCGGGAAGTTATGCTGGAAAATTTGAATCTCTCTCTATTCTCTCTTATTAACGTGACGCCAGACTCGGCTCCGTCGATGATCTCGTTGGCGATTTTTATTGCTAAAGATTTGAT < 2:646086/274‑1 CGCCAGTATCCCTTAACATAGTGAAGATCGTTCCGGGTTTTGAACCCAGGATATTCGCTATTTCACTGAAGCCTGTTCCGTTCTTCCATAGTTCAAAAACAGAGGCTTTTTCCTCTGCTGTAAATGTTCGTCTCATTCAAAAAACCTCCGCAACCCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/266449‑266252 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ACGCTTTCTTTAAGTTTTATTTAACCTATGCCCGTTACAATCACCCACCGTAAACAGGCCGCTTGAGGGAAATAAGACGATGCCGCTTTACCCAGTTTAACCTGCACTTTATTCTCAACGACTTGCCTGTATTGGCTCCCTTTTAATCACTTTGCGTCGGGAAGTTATGCTGGAAAATTTGAATCTCTCTCTATTCTCTCTTATTAACGCGACGCCAGACTCGGCTCCGTGGATGATCTCGTTGGCGATTTTTATTGCTAAAGATTTGAT < CP009273/879010‑878741 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |