New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP009273 | 266252 = | NA (NA) | 29 (0.720) | 27/310 | NT | 100% | intergenic (+6/‑62) | insN/insI1 | pseudogene, IS911 transposase A;IS, phage, Tn; Transposon‑related functions; extrachromosomal; transposon related/IS30 transposase |
? | CP009273 | = 879010 | 0 (0.000) | intergenic (‑166/‑119) | ybjG/mdfA | undecaprenyl pyrophosphate phosphatase/multidrug efflux system protein |
AATCAAATCTTTAGCAATAAAAATCGCCAACGAGATCATCCACGGAGCCGAGTCTGGCGTCGCGTTAATAAGAGAGAATAGAGAGAGATTCAAATTTTCCAGCATAACTTCCCGACGCAAAGTGATTAAAAGGGAGCCAATACAGGCAAGTCGTTGAGAATAAAGTGCAGGTTAAACTGGGTAAAGCGGCATCGTCTTATTTCCCTCAAGCGGCCTGTTTACGGTGGGTGATTGTAACGGGCATAGGTTAAATAAAACTTAAAGAAAGCGTAGCTATACTCGTAATAATGTAAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTTTACGAATTTTCAA > CP009273/878740‑879213 | actgtccagacttctagaatttactgtcagcaccggctttaaagtttacttctgcgatcctcagagtccttggcagcggggatcaaatnataacacaaatgtgctaattcggcagtactttcctaaaaagacatgtcttgcccaatatactcaacatgaactagatctggttgctgctcagctaaacaacagaccgagaaagacactgaagttcaaaacaccgaaagagataattgaaaggggcgttgcattgacagattgaatctacaGTa < 1:524921‑M2/3‑1 (MQ=255) aTCAAATCTTTAGCAATAAAAATCGCCAACGAGATCATCGACGGAGCCGAGTCTGGCGTCACGTTAATAAGAGAGAATAGAGAGAGATTCAAATTTTCCAGCATAACTTCCCGACGCAAAGTGATTAAAAGGGAGCCAATACAGGCAAGTCGTTGAGACTAAAGTGCAGGTTAAACTGGGTAAAGCGGCACCGTCTTATTTCCATCAAGCTGCCTGTCTACGGTGGGTGATTGTACCGGGAATAGGTTAAATAAAACTTAAACACAGCGTtgta < 2:646086‑M2/274‑5 (MQ=255) aTCAAATCTTTAGCAATAAAAATCGCCAACGAGATCATCCACGGAGCCGAGTCTGGCGTCGCGTTAATAAGAGAGAATAGAGAGAGATTCAAATTTTCCAGCATAACTTCCCGACGCAAAGTGATTAAAAGGGAGCCAATACAGGCAAGTCGTTGAGAATAACGTGCAGGTTAAACTGGGTAAAGCGGCATCGTCTTATTTCACTCAAGCGGCCTGTTTACGGGGGGTGATTGTAACGGGCATCGGTTAAATACAACTTAAAGAACGCGTtgtat < 2:335590‑M2/275‑6 (MQ=255) aaTCTTTAGCAATAAAAATCGCCAACGAGATCATACACGGAGCCGAGTATGGCGTCGCGGTAATAAGAGAGAATAGAGAGAGATTCAAATGTTCCAGCATAACTTCCCGACGAAAAGTGATTAAAAGGGAGCCAATACAGGCAAGTCTTTGAGAATAAAGTGCAGGTTAAACTGGGGAAAGCGGCATCGTCTTATTTCCCTCAAGCGGCCTGTTTACGGTGGGTGATTGTAACGGGCATAGGTTAAATAAAACTTAAAGAAAGCGTtgta > 1:335596‑M2/1‑266 (MQ=255) tCTTTAGCAATAAAAATCGCCAACGAGATCATCCACGGAGCCGAGTCTGGCGTCGTGTTAATAAGAGAGAATAGAGAGAGATTCAAATTTTCCAGCATAACTTCCCGACGCAAAGTGATTAACAGGGAGCCAATACAGGCAAGTCGTTGAGAATAAAGTGCAGGTTAAACTGGGTAAAGCGGCATCGTCTTATTTCCCTCAAGCGGCCTGTTTACGGTGGGTGATTGTAACGGGCATAGGTTAAATAAAACTCAAACAAAGCGTtgtagattcaa < 1:35512‑M2/275‑12 (MQ=255) tttAGCAATAAAAATCGCCAACGAGATCATCCACGGAGCCGAGTCTGGCGTCGCGTTAATAAGAGAGAATAGAGAGAGATTCAAATTTTCCAGCATAACTTCCCGACGCAAAGTGATTAAAAGGGAGCCAATACAGGCAAGTCGTTGCGAATAAAGTGNAGGTTAAACTGGGTAAAGCGGCATCGTCTTATTTCCCTCAAGCGGCCTGTTTACGGTGGGTGATTGTAACGGGCATAGGTTAAATAAAACTTAAAGAAAGCGTtgtagattcaatt < 1:663397‑M2/275‑14 (MQ=255) tagaatttactgtcagcaccggcgttaaagtttacttctgcgatcctcagagtccttggcagcggggaacaaatgagaacacaaatgggctaattcggcagtactttcctaaaaagacatgtcttgcccaatatactcaacatgaactagatctggttgctgctcagctaaacaacagaccgagaaagacactgaagttcaaaacaccgaaagagataattgaaaggggtgttgcattgacagattgaatctacaGTAGCTATAATCGTaataat > 1:349918‑M2/256‑275 (MQ=255) tactgtcagcaccggcgttaaagtttacttctgcgatcctcagagtccttggcagcggggaacaaatgagaacacaaatgggctaattcggcagtactttcctaaaaagacatgtcttgcccaatatactcaacatgaactagatctggttgctgctcagctaaacaacagaccgagaaagacnctgaagttcaaaacaccgaaagagataattgaaaggggtgttgcattgacagattgaatctacaGTAGCTATACTc > 1:554837‑M2/249‑260 (MQ=255) cGAGGTCATCCACGGAGCCGAGTCTGGCGTCGCGTTAATAAGAGAGAATAGAGAGAGATTCAAATTTTCCAGCATAACTTCCCGACGCAAAGTGATTAAAAGGGAGCCAATACAGGCAAGTCCTTGAGTATAAAGTGCAGGTTAAACTGGGTAAAGCGGCATCGTCTTATTTCCCTCAAGCGGCCTGTTTACGGTGGGTGATTGTAACGGGCATAGGTTAAATAAAACTTAAAGAAAGCGTtgtagattcaattggtcaacgcaacagttatgtg > 1:646100‑M2/1‑241 (MQ=255) cGAGATCATCCACGGAGCCGAGTCTGGCGTCGCGTTAATAAGAGAGAATAGAGAGAGATTCAAATTTTCCAGCATAACTTCCCGACGCAAAGTGATTAAAAGGGAGCCAATACAGGCAAGTCGTTGAGAATAAAGTGCAGGTTAAACTGGGTAAAGCGGCATCGTCTTATTTCCCTCAAGCGGCCTGTTTACGGTGGGTGATTGTAACGGGCATAGGTTAAATAAAACGTAAAGAAAGCGTtgtagattcaattggtcaacgcaacagttatgtg > 1:151893‑M2/1‑241 (MQ=255) 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(MQ=255) ggCAAGTCGTTGAGAATAAAGTGCAGGTTAAACTGGGTAAAGCGGCATCGTCTTATTTCCCTCAAGCGGCCTGTTTACGGTGGGTGATTGTAACGGGCATAGGTTAAATAAAACTTAAAGAAAGCGTtgtagattcaattggtcaacgcaacagttatgtgaaaacatggggttgcggaggttttttgaatgagccgaacatttaca < 1:367206‑M2/207‑81 (MQ=255) aGGCGTTGTGAATAAAGTGCAGGTTAAAATGGGTAAAGCGGCATTGTCTTATTTCCCTCAAGCGGCCTGTTTACGGTGGGTGATTGTAACGGGCATAGGTTAAATAAAACTTAAAGAAAGCGTtgtagattcaattggtcaacgcaacagttatgtgaaaacatggggttgcggaggttttttgaatgagacgaacatttacagcag > 2:367199‑M2/1‑123 (MQ=255) tcaacatgaaatagatctggttgctgctcagctaaacaacagaccgagaaagacactgaagttcaaaacaccgaaagagataatagaaaggggtgttgcattgacagattgaatctacaGTAGCTATAATCGt > 2:525944‑M2/120‑133 (MQ=255) aacatgaactagatctggttgctgctcagctaaacaacagaccgagaaagacactgaagttcaaaacaccgaaagagataattgaaaggggtgttgcattgacagattgaatctacaGTAGCTATACTc > 2:417154‑M2/118‑129 (MQ=255) aacatgaactagatcgggttgctgctcaactaaacaacagaccgagaaagacactgaagttcaaaacaccgaaagagataattgaaaggggtgttgcattgacagattgaatctacaGTAGCTATACTAGTAATAATGTAAGAATGTGCTTAACCGTGGGTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTNGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCATACAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACg > 1:524468‑M2/118‑275 (MQ=255) catgaactagatctggttgctgctcatctaaacaacagaccgagaaagacactgaagttcaaaacaccgaaagagataattgaaaggggtgttgcattgacaaagtgactctacaGTAGCTATACTCGtaata < 1:525953‑M2/18‑1 (MQ=255) atgaactagatctggttgctgctcagctaaacaacagaccgagaaagacactgaagttcaaaacaccgaaagagataattgaaaggggtgttgcattgacagattgaatctacaGTAGCt > 2:296542‑M2/115‑120 (MQ=255) atgaactagatctggttgctgctcagctaaacaacagaccgagaaagacactgaagttcaaaacaccgaaagagataattgaaaggggtgttgcattgacagattgaatctacaGTAGCTATACTCGTAATAATGTAAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAActc > 1:358697‑M2/115‑205 (MQ=255) 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tctacaGTAGCTATACTCGTAATAATGTAAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATtgcatg < 2:33766‑M2/123‑1 (MQ=255) ttgtagattcaattggtcaacgcaacagttatgtgaaaacatggggttgcggaggttttttgaatgagacgaaca < 1:115719‑M2/75‑75 (MQ=255) | AATCAAATCTTTAGCAATAAAAATCGCCAACGAGATCATCCACGGAGCCGAGTCTGGCGTCGCGTTAATAAGAGAGAATAGAGAGAGATTCAAATTTTCCAGCATAACTTCCCGACGCAAAGTGATTAAAAGGGAGCCAATACAGGCAAGTCGTTGAGAATAAAGTGCAGGTTAAACTGGGTAAAGCGGCATCGTCTTATTTCCCTCAAGCGGCCTGTTTACGGTGGGTGATTGTAACGGGCATAGGTTAAATAAAACTTAAAGAAAGCGTAGCTATACTCGTAATAATGTAAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTTTACGAATTTTCAA > CP009273/878740‑879213 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |