| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 2209206 | 65 (1.620) | 14 (0.360) | 5/302 | NT | 19.4% | coding (71/108 nt) | yohO | putative membrane protein |
| ? | CP009273 | = 2209278 | 53 (1.360) | coding (678/732 nt) | yehW | inner membrane putative ABC superfamily transporter permease | |||||
CTACGCCCTGAACTATTCGAAGGCCGTACATTGCTGGTGTGGTGCGGTGAAAATCGAACCTCCGCCCAACAGCAGCAACTCACCAGTTGGCAAGAACAAGGCCATGATATTTTCCCACTCGGCATTTAATGATTCGTTAACAAATGCGCTTTACTGTACAATCCTTTCGTTAACATAAGGAGTGCATTATGCGCATAGCTAAAATTGGGGTCATCGCCCTGTTCCTGTTTATGGCGTTA‑‑GGCGGAATTGGTGGCG‑TCATGCTCGCAGGTTATACCTTTATTTTGCGTGCTGGCTAAGCGCCTGCACCAGCCTTTCAAACAGGCGGTCTGCGATGATCGCCGCCAGTGCCACCAGTAACGCCCCCTGGATCACATACGCGGTATTAAATCCGCTAAGCCCGATGATGATGGGCGTACCCAGCGTGCTGGCCCCTACCGTTGAGGCGATCGTCGCCGTACCAATGTTGATAATCACCGAAGTTCGCACGCCCGCCAGAATCACCGGAGCCGCCAGCGGTAGCTCGA > CP009273/2208948‑2209471 | cTACACACTTAACTTTTCTAAGGCCTTACATTGCTGTTGTGGTGCGGTTAAAATCGAACCTCCTCCTAATCGCAGTAACTCACGAGTTAGCAACAACTTGGCCATGATATTTTTCCTTTAGGCATTTCTTGATTCGTTAAGATATACGCTTTACTGTACTATACATTCGTTAACATAAGGGGTGAATGATGCGCATAGCTAGTATTGGTGTCATCGCCCTGTTCCTGTGTATGGCGTTA‑‑GGCGGAATTGGTTGCG‑TCATGCTCGCAGGTTATAcc < 2:162032/275‑1 (MQ=255) ccTGAACTATTCGAAGGCCGTACATTGCTGGTGTGGTGCGGTGAAAATCGAACCTCCGCCCAACAGCAGCAACTCACCAGTTGGCAAGAACAAGGCCATGATATTTTCCCACTCGGCATTTAATGATTCGTTAACAAATGCGCTTTACTGTACAATCCTTTCGTTAACATAAGGAGTGCATTATGCGCATAGCTAAAATTGGGGTCATCGCCCTGTTCCTGTTTATGGCGTTA‑‑GGCGGAATTGGTGGCG‑TCATGCTCGCAGGTTATACCTTTAtt > 1:447825/1‑275 (MQ=255) aaCTATTCGAAGGCGGTACATTGCTGGTTTGGTGCGGTGAAAATTGAACCTCCGCCCAACAGCAGCAACTCAACAGTTGGCAAGAACAAGGCCCTGCTATATTCCCACTCGTCATTTAATGATTCGTTAACCACTGCGCTTTACTGTACAATCCTTTCGTTAACATAAGGAGTGCATTATGCGNATAGCTAAAATTGGAGTCATCTCCCTGTTCCTGTTTATGGCGTTC‑‑GTCGGAATTGGTTGCG‑TCATGATCGAAGTTTATACCTTAATTATg > 1:550193/1‑274 (MQ=255) aaCTATTCGAAGGCCGTACATTGCTGGTGTGGTGCGGTGAAAATCGAACCTCCGCCCAACAGCAGCAACTCACCAGTTGGCAAGAACAAGGCCATGATATTTTCCCACTCGGCATTTAATGATTCGTTAACAAATGCGCTTTACTGTACAATCCTTTCGTTAACATAAGGAGTGCATTATGCGNATAGCTAANATTGGGGTCATCGCCCTGTTCCTGTTTATGGCGTTA‑‑GGCGGAATTGGTGGCG‑TCATGCTCGCAGGTTATACCTTTATTTTg > 1:492130/1‑274 (MQ=255) gtgtggtgCGGTGAAAATCGAACCTCCGCCCAACAGCAGCAACTCACCAGTTGGCAAGAACAAGGCCATGATATTTTCCCACTCGGCATTTAATGATTCGTTAACAAATGCGCTTTACTGTACAATCCTTTCGTTAACATAAGGAGTGCATTATGCGCATAGCTAAAATTGGGGTCATCGCCCTGTTCCTGTTTATGGCGTTA‑‑GGCGGAATTGGTGGCG‑TCATGCTCGCAGGTTATACTTTTATTTTGCGTGTTGGCTATGCGCCTGCACCATcc > 2:323668/1‑275 (MQ=255) gtgCGGTGAAAATCGAACCTCCGCCCAACAGCAGCAACTCACCAGTTGGCAAGAACAAGGCCATGATATTTTCCCACTCGGCATTTAATGATTCGTTAACAAATGCGCTTTACTGTACAATCCTTTCGTTAACATAAGGAGTGCATTATGCGCATAGCTAAAATTGTGGTCATCGCCCTGTTCCTGTTTATGGCGTTA‑‑GGCGGAATTGGTGGCG‑TCATGCTCGCAGGTTATACCTTTATTTTGTGTGCTGGCTAAGCGACTGCACCAGCCTTTCa > 1:200283/1‑275 (MQ=255) aCTCACCAGTTGGCAAGAACAAGGCCATGATATTTTCCCACTCGGCATTTAATGATTCGTTAACAAATGCGCTTTACTGTACAATCCTTTCGTTAACATAAGGAGTGCATTATGCGCATAGCTAAAATTGGGGTCATCGCCCTGTTCCTGTTTATGGCGTTA‑‑GGCGGAATTGGTGGCG‑TCATGCTCGCAGGTTATACCTTTATTTTGCGTTCTGGCTAAGCGCCTGAACCAGCCTTTCAAACAGGCGGTCTGCGATGATCGCCGCCCGGGcccc > 2:682795/1‑272 (MQ=255) cATGATATTTTCCCACTCGGCATTTAATGATTCGTTAACAAATGCGCTTTACTGTACAATCCTTTCGTTAACATAAGGAGTGCATTATGCGCATAGCTAAAATTGGGGTCATCGCCCTGTTCCTGTTTATGGCGTTA‑‑GGCGGAATTGGTGGCG‑TCATGCTCGCAGGTTATACCTTTATTTTGCGTGCTGGCTAAGCGCCTGCACCAGCCTTTCAAACAGGCGGTCTGCGATGATCGCCGCCAGTGCCACCAGTAACGCCCCCTGGATCACATAcg < 1:323674/275‑1 (MQ=255) ttcttatTTTCCCCCTCGGCATTTAATGATTCGTTAACAAATGCGCTTTACTGTACAATCCTTTCGTTAACATAAGGAGTGCATTATGCGCATAGCTAAAATTGGGGTCATCGCCCTGTTCCTGTTTATGGCGTTA‑‑GGCGGAATTGGTGGCG‑TCATGCTCGCAGGTTATACCTTTATTTTGCGTGCTGGCTAAGCGCCTGCACCAGCCTTTCAAACAGGCGGTCTGCGATGATCGCCGCCAGTGCCACCAGTAACGCCCCCTGGAACACATAcg < 2:192323/270‑1 (MQ=255) ttCCCACTCGGCATTTAATGATTCGTTAACAAATGCGCTTTACTGTACAATCCTTTCGTTAACATAAGGAGTGCATTATGCGCATAGCTAAAATTGGGGTCATCGCCCTGTTCCTGTTTATGGCGTTA‑‑GGCGGAATTGGTGGCG‑TCATGCTCGCAGGTTATACCTTTATTTTGCGTGCTGGCTAAGCGCCTGc > 1:416404/1‑193 (MQ=255) 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ttCGTTAACAAATGCGCTTTACTGTACAATCCTTTCGTTAACATAAGGAGTGCATTATGCGCATAGCTAAAATTGGGGTCATCGCCCTGTTCCTGTTTATGGCGTTA‑‑GGCGGAATTGGTGGCG‑TCATGCTCGCAGGTTATACCTTTATTTTGCGTGCTGGCTAAGCGCCTGCACCAGCCTTTCAAACAGGCGTTCTGCGATGATCGCCGCCAGTGCCACCCGTAAAGCACCCATGATCACCTCCCCTTAATTAAATCCTCCAATccctaa > 2:387798/1‑267 (MQ=255) ttCGTTAACAAATGCGCTTTACTGTACAATCCTGTCGTTAACATAAGGAGTGCATTATGCGCATAGCTAAAATTGGGGTCATCGCCCGGTTCCTGTTTATGGCGTGA‑‑GGCGGAATTGGTGGCG‑TCATGCTCGCAGGTTATACCTTTATTTGGCGTGCTGGCTAAGCGCCTGCACCAGCCTTTCAAGCAGGCGGTCTGCGATGATCGCCGCCAGTGCCACCAGTAACGCCCCCTGGATCACATACGCGGTATTAAATCCGCTAAGCCCgatgatga < 1:243135/275‑1 (MQ=255) ttAACAAATGCGCTTTACTGTACAATCCTTTCGTTAACATAAGGAGTGCATTATGCGCATAGCTAAAATTGGGGTCATCGCCCTGTTCCTGTTTATGGCGTTA‑‑GGCGGAATTGGTGGCG‑TCATGCTCGCAGGTtata < 1:37611/137‑1 (MQ=255) tACAATCCTTTCGTTAACATAAGGAGTGCATTATGCGCATAGCTAAAATTGGGGTCATCGCCCTGTTCCTGTTTATGGCGTTA‑‑GGCGGAATTGGTGGCG‑TCATGCTCGCAg > 2:312309/1‑111 (MQ=255) 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tAACATAAGGAGTGCATTATGCGCATAGCTAAAATTGGGGTCATCGCCCTGTTCCTGTTTATGGCGTTA‑‑GGCGGAATTGGTGGCG‑TCATGCTCGCAGGTTATACCTTTATTTTGCGTGCTGGCTa < 1:313093/125‑1 (MQ=255) tAACATAAGGAGTGAATTATTCGCATAGCTAAAATTGGGGTCATCGACCTGTTCCTGTTTATGGTGTTA‑‑TGCGGAATTGGGTGCG‑TCATGCTTGCAGGTTATACCTTTATTTTGCGTGCTGGCTAAGCGCCTGCACCAGCCTTTCCAACAGGCGTTCTGCGATGATCGCTGCCAGTGCTACCAGTAACGCCCCCTGGATAACATAcga < 2:206843/208‑2 (MQ=255) aaCATAAGGAGTGCATTATGCGCATAGCTAAAATTGGGGTCATCGCCCTGTTCCTGTTTATGGCGTTA‑‑GGCGGAATTGGTGGCG‑TCATGCTCGCAGGTTATACCTTTATTTTGCGTGCTGGCTAAGCGCCTGCACCAGCCTTTCAAACAGGCGGTCTGCGATGATCGCCGCCAGTGCCACCAGTAACGCCCCCTGGATCACATATGAGGTATTAAATCCACTAAGCCCGATGAGGATGGGGGAACCCAGCGTGCTGGCCCCTACCGTTggtgct > 2:703432/1‑269 (MQ=255) aaCATAAGGAGTGCATTATGCGCATAGCTAAAATTGGGGTCATCGCCCTGTTCCTGTTTATGGCGTTA‑‑GGCGGAATTGGTGGCG‑TCATGCTCGCAGGTTATACCTTTATTTTGCGTGCTGGCTAAGCGCCTGCACCAGCCTTTCAAACAGGCGGTCTGCGATGATCGCCGCCAGTGCCACCAGTAACGCCCCCTGGATCACATACGCGGTATTAAATCCGCTAAGCCCGATGATGATGGGCGTACCCAGCGTGCTGGCCCCTACCGTTGAGGCg > 1:438189/1‑274 (MQ=255) 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gttcctgttTATGGCGTTA‑‑GGCGGAATTGGTGGCG‑TCATGCTCGCAGGTTATACCTTTATTTTGCGTGCTGGCTAAGCGCCTGCACCAGCCTTTCAAACAGGCGGTCTGCGATGATCGCCGCCAGTGccacc > 1:39070/1‑132 (MQ=255) ctgttTATGGCGTTA‑‑GGCGGAATTGGTGGCG‑TCATGCTCGCAGGTTATACCTTTATTTTGCGTGCTGGCTAAGCGCCTGCACCAGCCTTTCAAACAGGCGGTCTGCGATGATCGCCGCCAGTGCCACCAGTa < 2:39069/132‑1 (MQ=255) tGGCGTTA‑‑GGCGGAATTGGTGGCG‑TCATcgcagaccgcctgtttgaaaggctggtgcaggcgcttagccagcacgcaa > 1:136297‑M1/1‑28 (MQ=255) tGGCGTTA‑‑GGCGGAATTGGTGGCG‑TCATGCTCGCAGGTTATACCTTTATTTTg > 1:261695/1‑53 (MQ=255) tGGCGTTA‑‑GGCGGAATTGGTGGCG‑TCATGCTCGCAGGTTATACCTTTATTTTGCGTGCTGGCTAAGCGCCTGCACCAGCCTTTCAAACAGGCGGTCTGCGATGATCGCCGCCAGTGCCACCAGTAAc > 1:352066/1‑127 (MQ=255) tGGCGTTA‑‑GGCGGAATTGGTGGCG‑TCATGCTCGCAGGTTATACCTTTATTTTGCGTGCTGGCTAAGCGCCTGCACCAGCCTTTCAAACAGGCGGTCTGCGATGATCGCCGCCAGTGCCACCAGTAACGCCCCCTGGATCACATACGCGGTATTAAATc > 1:81669/1‑158 (MQ=255) tGGCGTTA‑‑GGCGGAATTGGTGGCG‑TCATGCTCGCAGGTTATACCTTTATTTTGCGTGCTGGCTAAGCGCCTGCACCAGCCTTTCAAACAGGCGGTCTGCGATGATCGCCGCCAGTGCCACCAGTAACGCCCCCTGGATCACATACGCGGTATTAAATCCGCTAAGCCCGATGATGATGGGCGTACCCAGCGTGCTGGCCCCTACCGTTGAGGCGATCGTCGCCGTACCAATGTGGATAATCACCGAAGTTCGCACGCCCGCCAGAATCACCGGa > 2:311885/1‑274 (MQ=255) tttA‑‑GGCGGGATTGGTGGCG‑TCATGCGCGCAGGGTATACCTTTATTTTGCGTGCTGGCTAAGCGCCTGCACCAGCCTTTCACACAGGCGGTCTGCGATGATCGCCGCCAGTGCCACCAGTAACGCCCCCTGGATCACATACGCGGTATTAAATCCGCt < 2:81668/157‑1 (MQ=255) gTTA‑‑GGCGGAATTGGTGGCG‑TCATcgcagaccgcctgtttgaaaggctggtgcaggcgcttagccagcacgcaaaata < 2:136296‑M1/78‑55 (MQ=255) gTTA‑‑GGCGGAATTGGTGGCG‑TCATGCTCGCAGGTTATACCTTTATTTTGCGTg < 2:261692/53‑1 (MQ=255) gTTA‑‑GGCGGAATTGGTGGCG‑TCATGCTCGCAGGTTATACCTTTATTTTGCGTGCTGGCTAAGCGCCTGCACCAGCCTTTCAAACAGGCGGTCTGCGATGATCGCCGCCAGTGcc < 1:366868/114‑1 (MQ=255) gTTA‑‑GGCGGAATTGGTGGCG‑TCATGCTCGCAGGTTATACCTTTATTTTGCGTGCTGGCTAAGCGCCTGCACCAGCCTTTCAAACAGGCGGTCTGCGATGATCGCCGCCAGTGCCACCAGTAACGccc < 2:352060/127‑1 (MQ=255) gtggCG‑TCATGCTCGCAGGTTATACCTTTATTTTGCGTGCTGGCTAAGCGCCTGCACCAGc > 1:736939/1‑61 (MQ=255) gtggCG‑TCATGCTCGCAGGTTATACCTTTATTTTGCGTGCTGGCTAAGCGCCTGCACCAGCCTTTCAAACAGGCGGTCTGCGATGATCGCCGCCAGTGCCACCAGTAACGCCCCCTGGATCACATACGCGGTATTAAATc > 2:457079/1‑140 (MQ=255) gtggCG‑TCATGCTCGCAGGTTATACCTTTATTTTGCGTGCTGGCTAAGCGCCTGCACCAGCCTTTCAAACAGGCGGTCTGCGATGATCGCCGCCAGTGCCACCAGTAACGCCCCCTGGATCACATACGCGGTATTAAATCCGCTAAGCCCGATGATGATGGGCGTACCCAGCGTGCTGGCCCCTACCGTTGAGGCGATCGTCGCCGTACCAATGTTGATAATCACCGAAGTTCGCACGCCCGCCAGAATCACCGGAGCCGCCAGCGGTAGCTCGa < 1:311890/275‑1 (MQ=255) tggCG‑TCATGCTCGCAGGTTATACCTTTATTTTGCGTGCTGGCTAAGCGCCTGCACCAGCCTTTCAAACAGGCGGTCTGCGATGATCGCCGCCAGTGCCACCAGTAACGCCCCCTGGATCACATACGCGGTATTAAATCCGCTACGCCCGATGATGATGGGCGTACCCAGCGTGCTGGCCCCTACCGTTGAGGCGATCGTCGCCGTACCAATGGTGATAATCACCGAAGTTCGCACGCCCGCCAGAAACACCGGAGCCGCCacccttcgctccc > 2:601809/1‑262 (MQ=255) cG‑TCATGCTCGCAGGTTATACCTTTATTTTGCGTGCTGGCTAAGCGCCTGCACCAGCCttt < 2:736925/61‑1 (MQ=255) cG‑TCATGCTCGCAGGTTATACCTTTATTTTGCGTGCTGGCTAAGCGCCTGCACCAGCCTTTCAAACAGGCGGTCTGCGATGATCGCCGCCAGTGCCACCAGTAACGCCCCCTGGATCACATACGCGGTATTAAATCCGCt < 1:457086/140‑1 (MQ=255) g‑TCATGCTCGCAGGTTATACCTTTATTTTGCGTGCTGGCTAAGCGCCTGCACCAGCCTTTCAAACAGGCGGTCTGCGATGATCGCCGCCAGTGCCACCAGTAACGCCCCCTGGATCACATACGCGGTATTAAATCCGCTAAGCCCGATGATGATGGGCGTACCCAGCGTGCTGGCCCCTACCGTTGAGGCGa > 1:256686/1‑192 (MQ=255) | CTACGCCCTGAACTATTCGAAGGCCGTACATTGCTGGTGTGGTGCGGTGAAAATCGAACCTCCGCCCAACAGCAGCAACTCACCAGTTGGCAAGAACAAGGCCATGATATTTTCCCACTCGGCATTTAATGATTCGTTAACAAATGCGCTTTACTGTACAATCCTTTCGTTAACATAAGGAGTGCATTATGCGCATAGCTAAAATTGGGGTCATCGCCCTGTTCCTGTTTATGGCGTTA‑‑GGCGGAATTGGTGGCG‑TCATGCTCGCAGGTTATACCTTTATTTTGCGTGCTGGCTAAGCGCCTGCACCAGCCTTTCAAACAGGCGGTCTGCGATGATCGCCGCCAGTGCCACCAGTAACGCCCCCTGGATCACATACGCGGTATTAAATCCGCTAAGCCCGATGATGATGGGCGTACCCAGCGTGCTGGCCCCTACCGTTGAGGCGATCGTCGCCGTACCAATGTTGATAATCACCGAAGTTCGCACGCCCGCCAGAATCACCGGAGCCGCCAGCGGTAGCTCGA > CP009273/2208948‑2209471 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |