New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP009273 | 4238808 = | 47 (1.170) | 4 (0.100) | 3/300 | NT | 9.4% | coding (910/1341 nt) | lamB | maltose outer membrane porin (maltoporin) |
? | CP009273 | 4238948 = | 32 (0.820) | coding (1050/1341 nt) | lamB | maltose outer membrane porin (maltoporin) |
TGATAACTATCGTCTGGTTGATGGCGCATCGAAAGACGGCTGGTTATTCACTGCTGAACATACTCAGAGTGTCCTGAAGGGCTTTAACAAGTTTGTTGTTCAGTACGCTACTGACTCGATGACCTCGCAGGGTAAAGGGCTGTCGCAGGGTTCTGGCGTTGCATTTGATAACGAAAAATTTGCCTACAATATCAACAACAACGGTCACATGCTGCGTATCCTCGACCACGGTGCGATCTCCATGGGCGACAACTGGGACATGATGTACGTGGGTATGTACCAGGATATCAACTGGGATAACGACAACGGCACCAAGTGGTGGACCGTCGGTATTCGCCCGATGTACAAGTGGACGCCAATCATGAGCACCGTGATGGAAATCGGCTACGACAACGTCGAATCCCAGCGCACCGGCGACAAGAACAATCAGTACAAAATTACCCTCGCACAACAATGGCAGGCTGGCGACAGCATCTGGTCACGCCCGG > CP009273/4238570‑4239057 | tGATTATTATCGTCTGGTTGATGGTGCATCTAAAGACGGCTGGTTATTCACTGCTTAACATCCTCAGAGTGTCCTGAAGGTCTTTAACAAGTTTGTTGTTCAGTACGCTACTGACTCGATGACCTCGCAGGGTAAAGGGCTGTCGCAGGGTTCTGGCGTTGCATTTGATAACGAAAAATTTGCCTACAATATCAACAACAACGGTCACATGCTGCGTATCCTCGACCACGGTGCGATCTCCATGGGCGACAACTGGGACATGATGTACGTGGGt < 1:150832/274‑1 (MQ=255) ctgAACATACTCAGAGTGTCCTGAAGGGCTTTAACAAGTTTGTTGTTCAGTACGCTACTGACTCGATGACCTCGCAGGGTAAAGGGCTGTCGCAGGGTTCTGGCGTTGCATTTGATAACGAAAAATTTGCCTACAATATCAACAACAAAGGTCACATGCTGCGTATCCTCGACCACGGTGCGATCTCCATGGGCGACAACTGGGACATGATGTACGTGGGTATGTACCAGGATATCAACTGGGATAACGACAACGGCACCAAGTGGTGGACCGta > 1:93083/1‑274 (MQ=255) gagTGTCCTGAAGGGCTTTAACAAGTTTGTTGTTCAGTACGCTACTGACTCGCTGACCTCGCAGGGTAAAGGGCTGTCGCAGGGTTCTGGCGTTGCATTTGATAACGAAAACTTTGCCTACAATATCAACAACAACGGTCACATGCTGCGAATCCTCGACCACGAAGCGATCTCCATGGGCGACAACTGGGCCATGATGTACGTGGTTATGTACCAGGATATCAACTGGGATAACGAACACGTCCCCCAGTGTTGAACATTCGGTATTcacacg > 1:604857/1‑269 (MQ=255) tCCTGAAGGGCTTTAACAAGTTTGTTGTTCAGTACGCTACTGACTCGATGACCTCGCAGGGTAAAGGGCTGTCGCAGGGTTCTGGCGTTGCATTTGATAACGAAAAATTTGCCTACAATATCAACAACAACGGTCACATGCTGCGTATCCTCGACCACGGTGCGATCTCCATGGGCGACAACTGGGACATGATGTACGTGGGTATGTACCAGGATATCAAc > 1:303088/1‑221 (MQ=255) gAAGGGCTTTAACAAGTTTGTTGTTCAGTACGCTACTGACTCGATGACCTCGCAGGGTAAAGGGCTGTCGCAGGGTTCTGGCGTTGCATTTGATAACGAAAAATTTGCCTACAATATCAACAACAACGGTCACATGCTGCGTATCCTCGACCACGGTGCGATCTCCATGGGCGACAACTGGGACATGATGTACGTGGGTATGTACCAGGATATCAACTggg < 2:303083/221‑1 (MQ=255) aaGGGCTTTAACAAGTTTGTTGTTCAGTACGCTACTGACTCGATGACCTCGCAGGGTAAAGGGCTGTCGCAGGGTTCTGGCGTTGCATTTGATAACGAAAAATTTGCCTACAATATCAACAACAACGGTCACATGCTGCGTATCCTCGACCANGGTGCGATCTCCATGGGCGACAACTGGGACATGATGTACGTGGGTATGTACCAGGATATCAACTGGGATAACGACAACGGCACCAAGTGGTGGACCGTCGGTATTCGCCCGATGTACAAGTg > 1:631359/1‑275 (MQ=255) cTTTAACAAGTTTGTTGTTCAGTACGCTACTGACTCGATGACCTCGCAGGGTAAAGGGCTGTCGCAGGGTTCTGGCGTTGCATTTGATAACGAAAAATTTGCCTACAATATCAACAACAACGGTCACATGCTGCGTATCCTCGACCACGGTGCGATCTCCATGGGCGACAACTGGGACATGATGTACGTg > 2:106715/1‑190 (MQ=255) cTTTAACAAGTTTGTGGTTCAGTACGCTACTGACTCGCTGACCTCGCAGGGTAAAGGGCTGTCGGAGGGTTCGGGCGTTGCATTTGATAACGAAAAATTTGCCTACAATATCAACAACAACGGTCACATGCTGAGAAACCTCGACAACGGTGCGATCTCCATGGGCGACAACTGGGACATGCTGTACGGGGGTATGAACCAGGCAATCAACTGGGATAACGACAACTGCACCAAGGGGTGGACCGTCGATAGTCGCCAGATGTNACAGTGGGCga > 2:74736/1‑274 (MQ=255) aaCAAGTTTGTTGTTCAGTACGCTACTGACTCGATGACCTCGCAGGGTAAAGGGCTGTCGCAGGGTTCTGGCGTTGCATTTGATAACGAAAAATTTGCCTACAATATCAACAACAACGGTCACATGCTGCGTATCCTCGACCACGGTGCGATCTCCATGGGCGACAACTGGGACATGATGTACGTGGGTa < 1:106716/190‑1 (MQ=255) cAGTACGCTACTGACTCGATGACCTCGCAGGGTAAAGGGCTGTCGCAGGGTTCTGGCGTTGCATTTGATAACGAAAAATTTGCCTACAATATCAACAACAACGGTCACATGCTGCGTATCCTCGACCACGGTGCGATCTCCATGGGCGACAACTGGGACatgatg > 1:569846/1‑165 (MQ=255) aGTACGCTACTGACTCGATGACCTCGCAGGGTAAAGGGCTGTCGCAGGGTTCTGGCGTTGCATTTGATAACGAAAAATTTGCCTACAATATCAACAACAACGGTCACATGCTGCGTATCCTCGACCACGGTGCGATCTCCATGGGCGACAACTGGGACATGATGTACGTGGGTATGTACCAGGATATCAACTGGGATAACGACAACgg > 1:657144/1‑208 (MQ=255) aCGCTACTGACTCGATGACCTCGCAGGGTAAAGGGCTGTCGCAGGGTTCTGGCGTTGCATTTGATAACGAAAAATTTGCCTACAATATCAACAACAACGGTCACATGCTGCGTATCCTCGACCACGGTGCGATCTCCATGGGCGACAACTGGGACATGATGTACg < 2:569833/165‑1 (MQ=255) cGCTACTGACTCGATGACCTCGCAGGGTAAAGGGCTGTCGCAGGGTTCTGGCGTTGCATTTGATAACGAAAAATTTGCCTACAATATCAACAACAACGGTCACATGCTGCGTATCCTCGACCACGGTGCGATCTCCATGGGCGACAACTGGGACATGATGTACGTGGGTATGTACCAGGATATCAACTGGGATAACGACAACGGCAcc < 2:657130/208‑1 (MQ=255) aCTCGATGACCTCGCAGGGTAAAGGGCTGTCGCAGGGTTCTGGCGTTGCATTTGATAACGAAAAATTTGCCTACAATATCAACAACAACGGTCACATGCTGCGTATCCTCGACCACGGTGCGATCTCCATGGGCGACAACTGGGACATGATGTACGTGGGTATGTACCAGGATATCAACTGGGATAACGACAACGGCACCAAGTGGTGGACCGTCGGTATTCGCCCGATGTACAAGTGGACGCCAATCATGAGCACCGTGATGGAAATCGGCTa > 1:192717/1‑274 (MQ=255) aTGACCTCGCAGGGTAAAGGGCTGTCGCAGGGTTCTGGCGTTGCATTTGATAACGAAAAATTTGCCTACAATATCAACAACAACGGTCACATGCTACGTATCCTCGACCACGGTGCGATCTCCATGGGCGACAACTGGGACATGATGTACGTGGGTATGTACCAGGATATCAACTGGGATAACNACAACGGCACCAAGTGGTGGACCGTCGGTATTCGCCCGATGTACAAGTGGACGCCAATCATGAGCACCGTGATGGAAATCGACTACGACaa > 1:563646/1‑275 (MQ=255) tGTCGCAGGGTTCTGGCGTTGCATTTGATAACGAAAAATTTGCCTACAATATCAACAACAACGGTCACATGCTGCGTATCCTCGACCACGGTGCGATCTCCATGGGCGACAACTGGGACATGATGTACGTGGGTATGTACCAGGATATCAACTGGGATAACGACAACgg > 2:400612/1‑169 (MQ=255) tCGCAGGGTTCTGGCGTTGCATTTGATAACGAAAAATTTGCCTACAATATCAACAACAACGGTCACATGCTGCGTATCCTCGACCACGGTGCGATCTCCATGGGCGACAACTGGGACATGATGTACGTggg > 1:192087/1‑131 (MQ=255) cacAGGGTTCTGGGGTTGAAATTGAGAAGGGAAAATTTGCCTCCAATTTCAACAACAACGGTCACATGTTGCGTATCCTCGACCACGGTGCGATCGCAATGGGCGAAAACTGGGACAGGATGTACGTGGGTATGTACCAGGATATCAACGGGGATAACGACAACGGCACCAAGTGGTGGACCGTCGGTATTCGCCCGATGTACAAGTGGACGCCAATCATGAGCACCGTGATGGAAATCGGCTACGACAACGTCGAATCCCAGCGCACCGGCGa < 2:192715/272‑1 (MQ=255) gCAGGGTTCTGGCGTTGCATTTGATAACGAAAAATTTGCCTACAATATCAACAACAACGGTCACATGCTGCGTATCCTCGACCACGGTGCGATCTCCATGGGCGACAACTGGGACATGATGTACGTGGGTATGTACCAGGATATCAACTGGGATAACGACAACGGCAcc < 1:400619/169‑1 (MQ=255) aGGGTTCTGGCGTTGCATTTGATAACGAAAAATTTGCCTACAATATCAACAACAACGGTCACATGCTGCGTATCCTCGACCACGGTGCGATCTCCATGGGCGACAACTGGGACATGATGTACGTGGGTATg < 2:192085/131‑1 (MQ=255) cagcctgccattgttgtgcgagggtaattttgtactgattgttcttgtcgccggtgcgctgggattcgacgttgtcgtagccgattTCCATGGGCGACAACTGGGACATGATGTACGTGGGTATGTACCAGGATATCAACTGGGATAACGACTACGGCACCAAGTGGTGGACCGTCGGTATTCGCCCGATGTACAAGTGGAc < 1:655581‑M1/116‑1 (MQ=255) cTGGCGTTGCATTTGATAACGAAAAATTTGCCTACAATATCAACAACAACGGTCACATGCTGCGTATCCTCGACCACGGTGCGATCTCCAt > 2:254360/1‑91 (MQ=255) atGGAGTTGCACCNNATAACCACAACNTTGCCTACAATATCAACACCAACGGTCACCGGCTGCGTTTCCGCGCACACGGTGCGATCTCCATGGGCGACAACTGGGACATGATGTACGTGGGTATGTACCAGGATATCAACCGGGATAACTACAACTGCACCAAGTTGTGGACCGTCGGTATTCGCCCGATGTACAAGTGGACGCCAATCATGAGCACCGTGATGGAAATCGGATACGACAACGTCGAATCCCAGCGCACCGGCGACAAGAACAAt < 2:499661/274‑1 (MQ=255) ctgccattgttgtgcgagggtaattttgtactgattgttcttgtcgccggtgcgctgggattcgacgttgtcgtagccgattTCCATGGGCGACAACTGGGACATGATGTACGTGGGTATGTACCAGGATATCAACTGGGATAACGACAACGGCACCAAGTGGTGGACCGTCGGTATTCGCCCGATGTACAAGTGGACGCCa > 2:655567‑M1/83‑202 (MQ=255) cGTTGCATTTGATAACGAAAAATTTGCCTACAATATCAACAACAACGGTCACATGCTGCGTATCCTCGACCACGGTGCGATCTCCATGGGc < 1:254363/91‑1 (MQ=255) gCATTTGATAACGAAACATTTGCCTACACTATCAACAACAACGGGCACATGCTGCGTATCCTCGACCACGGTGCGATCTCCATGGGCGACAACTGGGACATGATGTACGTg > 1:543124/1‑111 (MQ=255) gCATTTGATAACGAAAAATTTCCCTACAATATCAACAACAACGGTCACATGCTGCGTATCCTCGACCACGGTGCGATCTCCATGGGCGACAACTGGGACATGATGTACGTGGGTATGTACCAGGATATCAACTGGGATAACGACAACGGCACCAAGTGGTGGACCGTCGGTATTCGCCCGATGNACAAGTGGACGCCAATCATGAGCACCGTGATGGAAATCGGCTACGACAACGTCGAATCCCAGCGCACCGGCGACAAGaa > 1:499670/1‑263 (MQ=255) ttGATAACGAAAAATTTGCCTACAATATCAACAACAACGGTCACATGCTGCGTATCCTCGACCACGGTGCGATCTCCATGGGCGACAACTGGGACATGATGTACGTGGGTa < 2:543113/111‑1 (MQ=255) gCCTACAATATCAACAACAACGGTCACATGCTGCGTATCCTCGACCACGGTGCGATCTCCATGGGCGACAACTGGGACATGATGTACGTGGGTATGTACCAGGATATCAACTGGGATAACGACAACGGCACCAAGTGGTGCACCGTCGGTATTCGCCCGATGTACAAGTGGACGCCAATCATGAGCACCGTGATGCAAATCGGCTACGACAACGTCGAATCCCAGAGCACCGGCGACAAGAACAATCAGTACAAAATTACACACGCAcaacaaag > 1:733270/1‑273 (MQ=255) atatCAACAACAACGGTCACATGCTGCGTATCCTCGACCACGGTGCGATCTCCATGGGCGACAACTGGGACATGATGTACGTGGGTATGTACCAGGATATCAACTGGGATAACGACAACGGCACCAAGTGGTGGACCGTCGGTATTCGCCCGNTGTACAAGTGGACGCCAATCATGAGCACCGTGATGGAAATCGGCTACGACAACGTCGAATCCCAGCGCACCGGCGACAAGAACAATCAGTACAAAATTAACCTCGCACAACAATGGCa > 1:626212/1‑271 (MQ=255) tcttgtcgccggtgcgctgggattcgacgttgtcgtagccgattTCCATGGGCGACAACTGGGACATGATGTACGTGGGTATGTACCAGGATATCAACTGGGATAACGACAACGGCACCAAGTGGTGGACCGTCGGTATTCGCCCGATGTACAAGTGGAc < 2:466539‑M1/116‑1 (MQ=255) gtcgccggtgcgctgggattcgacgttgtcgtagccgattTCCATGGGCGACAACTGGGACATGATGTACGTGGGTATGTACCAGGATATCAACTGGGATAACGACAACGGCACCAAGTGGTGGACCGTCGGTATTCGCCCGATGTACAAGTGGACGCCa > 1:466546‑M1/41‑160 (MQ=255) gTCACATGCTGCGTATCCTCGACCACGGTGCGATCTCCATGGGCGACAACTGGGACATGATGTACGTGGGTATGTACCAGGATATCAACTGGGATAACGACAACgg > 1:282475/1‑106 (MQ=255) acaTGCTGCGTATCCTCGACCACGGTGCGATCTCCATGGGCGACAACTGGGACATGATGTACGTGGGTATGTACCAGGATATCAACTGGGATAACGACAACGGCACCAAGTGGTGGACCGTCGGTCTTCGCCCGATGTACAAGTGGACGAGAATCATGAGCACCGGGATGGCAATCGGCTACGACAACGTCGAAAGCGAGCGCAACGGACACACGAACCAGCAGAAAAAAATAAAACGCGCACAACAAGGGCACGACGGAGACAgacaagggta > 2:679609/1‑265 (MQ=255) caTGCTGCGTATCCTCGACCACGGTGCGATCTCCATGGGCGACAACTGGGACATGATGTACGTGGGTATGTACCAGGATATCAACTGGGATAACGACAACGGCAcc < 2:282470/106‑1 (MQ=255) caTGCTGCGTATCCTCGACCACGGTGCGATCTCCATGGGCGACAACTGGGACATGATGTACGTGGGTATGTACCAGGATATCAACTGGGATAACGACAACGGCACCAAGTGGTGGACCGTCGGTATTCGCCCGATGTACAAGTGGACGCCAATCATGAGCACCGTGATGGAAATCGGc < 1:579365/178‑1 (MQ=255) tgctgcGTATCCTCGACCACGGTGCGATCTCCATGGGCGACAACTGGGACATGATGTACGTGGGTATGTACCAGGATATCAACTGGGATAACGACAACGGCACCAAGTGGTGGACCGTCGGTATTCGCCCGATGTACAAGTGGACGCCAATCATGAGCACCGTGATGGAAATCGGCTACGACAACGCCGAATCACAGCGCACAGGAGACAAGAACAATCAGTACAAAATTACCCACGCACAACAAGGGAAGGCTGGCGAAAGCATCGGGtaaaa > 2:213311/1‑270 (MQ=255) tgcGTATCCTCGACCACGGTGCGATCTCCATGGGCGACAACTGGGACATGATGTACGTGGGTATGTACCAGGATATCAACTGGGATAACGACAACGGCACCAAGTGGTGGACCGTCGGTATTCGCCCGATGTACAAGTGGACGCCAATCATGAGCACCGTGATGGAAATCGGCTACGACAACGTCGAATCCCAGCGCACCGGCGACAAGAACAATCAGTACAAAATTACCCTCGCACAACAATGGCAGGCTGGCGAc < 1:465117/257‑1 (MQ=255) gcGTATCCTCGACCACGGTGCGATCTCCATGGGCGACAACTGGGACATGATGTACGTGGGTATGTACCAGGATATCAACTGGGATAACGACAACGGCACCAAGTGGTGGACCGTCGGTATTCGCCCGATGTACAAGTGGACGCCAATCATGAGCACCGTGATGGAAATCGGCTACGACAAc > 2:34488/1‑181 (MQ=255) cGTATCCTCGACCACGGTGCGATCTCCATGGGCGACAACTGGGACATGATGTACGTGGGTATGTACCAGGATATCAACTGGGATAACGACAACGGCACCAAGTGGTGGACCGTCGGTATTCGCCCGATGTACAAGTGGACGCCAATCATGAGCACCGTGATGGAAATCGGCTACGACGACGTCGAATCCCAGCGCACCGGCGACAAGAACAATCAGTACAAAATTAcc > 1:377644/1‑228 (MQ=255) cGTATCCTCGACCACGGTGCGATCTCCATGGGCGACAACTGGGACATGATGTACGTGGGTATGTACCAGGATATCAACTGGGATAACGACAACGGCACCAAGTGGTGGACCGTCGGTATTCGCCAGATGTACAAGTGGACGCCAATCATGAGCACCGTGATGGAAATCGGCTACGACAACGTCGAATACCAGCGAACCGGCGACAAGAACAATCAGTACAAAATTAACCTCGCACAACAATGGCAGGCTGGCGACAGAAACTGGTAACGCCCgg > 1:26767/1‑274 (MQ=255) cGTATCCTCGACCACGGTGCGATCTCCATGGGCGACAACTGGGACATGATGTACGTGGGTATGTACCAGGATATCAACTGGGATAACGACAACGGCACCAAGTGGTGGACCGTCAGTATTCGCCCGATGTACAAGTGGAc > 2:615635/1‑140 (MQ=255) aTCCTCGACCACGGTGCGATCTCCATGGGCGACAACTGGGACATGATGTACGTGGGTATGTACCAGGATATCAACTGGGATAACGACAACGGCACCAAGTGGTGGACCGTCGGTATTCGCCCGATGTACAAGTGGACGCCAATCATGAGCACCGTGATGGAAATCGGCTACGACAACGTCg < 1:34489/181‑1 (MQ=255) tCCTCGACCACGGTGCGATCTCCATGGGCGACAACTGGGa > 2:237333/1‑40 (MQ=255) tCCTCGACCACGGTGCGATCTCCATGGGCGACAACTGGGACATGATGTACGTGGGTATGTACCAGGATATCAACTGGGATAACGACAACgg > 1:692282/1‑91 (MQ=255) tCCTCGACCACGGTGCGATCTCCATGGGCGACAACTGGGACATGATGTACGTGGGTATGTACCAGGATATCAACTGGGATAACGACAACGGCACCAAGTGGTGGACCGTCAGTATTCGCCCGATGTACAAGTGGACGCCa < 1:615648/140‑1 (MQ=255) cGACCACGGTGCGATCTCCATGGGCGACAACTGGGACatg < 1:237336/40‑1 (MQ=255) cGACCACGGTGCGATCTCCATGGGCGACAACTGGGACATGATGTACGTGGGTATGTACCAGGATATCAACTGGGATAACGACAACGGCAcc < 2:692268/91‑1 (MQ=255) cGGTGCGATCTCCATGGGCGACAACTGGGACATGATGTACGTGGGTATGTACCAGGATATCAACTGGGATAAc > 1:167792/1‑73 (MQ=255) cGGTGCGATCTCCATGGGCGACAACTGGGACATGATGTACGTGGGTATGTACCAGGATATCAACTGGGATAACGACAACGGCACTAAGTGGTGGACCGTCGGTATTCGccc > 2:517580/1‑111 (MQ=255) gCGATCTCCATGGGCGACAACTGGGACATGATGTACGTGGGTATGTACCAGGATATCAACTGGGATAACGACa < 2:167790/73‑1 (MQ=255) gCGATCTCCATGGGCGACAACTGGGACATGATGTACGTGGGTATGTACCAGGATATCAACTGGGATAACGACAACGGCACCAAGTGCGGGACCGTCGGTATTCGCCCGATg < 1:517589/111‑1 (MQ=255) | TGATAACTATCGTCTGGTTGATGGCGCATCGAAAGACGGCTGGTTATTCACTGCTGAACATACTCAGAGTGTCCTGAAGGGCTTTAACAAGTTTGTTGTTCAGTACGCTACTGACTCGATGACCTCGCAGGGTAAAGGGCTGTCGCAGGGTTCTGGCGTTGCATTTGATAACGAAAAATTTGCCTACAATATCAACAACAACGGTCACATGCTGCGTATCCTCGACCACGGTGCGATCTCCATGGGCGACAACTGGGACATGATGTACGTGGGTATGTACCAGGATATCAACTGGGATAACGACAACGGCACCAAGTGGTGGACCGTCGGTATTCGCCCGATGTACAAGTGGACGCCAATCATGAGCACCGTGATGGAAATCGGCTACGACAACGTCGAATCCCAGCGCACCGGCGACAAGAACAATCAGTACAAAATTACCCTCGCACAACAATGGCAGGCTGGCGACAGCATCTGGTCACGCCCGG > CP009273/4238570‑4239057 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |