| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 1104827 = | 13 (0.190) | 66 (0.940) | 40/134 | 0.1 | 83.5% | coding (37/1536 nt) | opgG | osmoregulated periplasmic glucan (OPG) biosynthesis periplasmic protein |
| ? | CP009273 | = 1391495 | NA (NA) | intergenic (+146/‑127) | insH1/ynaJ | IS5 transposase and trans‑activator/DUF2534 family putative inner membrane protein | |||||
ACATGAAGAAATGAAATGACTGAGTCAGCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAACTAATCAATGCGTTGATTGTAAATCCAGCTAAGAGGTGAGGTTTTCAGAGCAGACAACGGTGA > CP009273/1391434‑1391562 | aCATGAAGAAATGAAATGACTGAGTCAGCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCctaact < 1:1659014/68‑1 (MQ=31) cATGAAGAATTGAAATGACTGAGTCAGCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCctaacta < 1:4449541/68‑1 (MQ=18) cATGAAGAAATGAAATGACTGAGTCAGCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCctaacta < 1:3421540/68‑1 (MQ=33) gaagaaATGAAATGACTGAGTCAGCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAACTAATc < 1:4980/68‑1 (MQ=39) agaaATGAAATGACTGAGTCAGCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAACTAATCaa > 1:5070049/1‑68 (MQ=255) agaaATGAAATGACTGAGTCAGCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAACTAATCaa > 1:2637002/1‑68 (MQ=255) agaaATGAAATGACTGAGTCAGCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAACTAATCaa > 1:5564051/1‑68 (MQ=255) agaaATGAAATGACTGAGGCAGCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGTACCTTGCCTAACTAATGaa > 1:961620/1‑68 (MQ=11) aaatgaaatgACTGAGTCAGCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAACTAATCAATg > 1:4628234/1‑68 (MQ=255) aaatgaaatgACTGAGACAGCCGAGAAGAATTTCCCCTCTTATTCGCACCTTCCCTAACTAATAAATg > 1:2559186/1‑68 (MQ=14) atgaaatgaCTGAGTCAGCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAACTAATCAATGCg > 1:4418912/1‑68 (MQ=255) tgaaatgaCTGAGTCAGCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAACTAATCAATGCGt > 1:1438396/1‑68 (MQ=255) tgaaatgaCTGAGTCAGCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAACTAATCAATGCGt < 1:904750/68‑1 (MQ=255) aatgaCTGAGTGAGCCGAGTAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAACTAATCACTGCGGTGa > 1:5234158/1‑68 (MQ=14) aatgaCTGAGTCAGCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCCCCTTCCCTAACTAATCAATGCGTTGa > 1:2905021/1‑68 (MQ=255) aatgaCTGAGTCAGCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAACTAATCAATGCGTTGa < 1:4816175/68‑1 (MQ=255) aatgaCTGAGTCAGCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAACTAATCAATGCGTTGa > 1:5621302/1‑68 (MQ=255) tgaCTGAGTCAGCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAACTAATCAATGCGTTGAtt < 1:3068480/68‑1 (MQ=255) tgaCTGAGTCAGCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAACTAATCAATGCGTTGAtt > 1:4518069/1‑68 (MQ=255) tgaCTGAGTCAGCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTCCCCTTACTAATCAATGCGTTGAtt < 1:1230277/68‑1 (MQ=255) gaCTGAGTCAGCCGATAATAATATCCCCGCTTAATCGCACCTTCCCTAACTAATCAATGCGTTGATTg < 1:3368642/68‑1 (MQ=18) gaCTGAGTCAGCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAACTAATCAATGCGTTGATTg < 1:1701948/68‑1 (MQ=255) gaCTGAGTCAGCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAACTAATCAATGCGTTGATTg < 1:156265/68‑1 (MQ=255) caCTGAGTCAGCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAACTAATCAATGCGTTGATTg < 1:1670313/67‑1 (MQ=255) cTGAGTCAGCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTAATCGAACCTTCCCTAACTAATCAATGCGAAGATTGTa > 1:6107652/1‑68 (MQ=17) tGAGTCAGCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTACCTAATCAATGCGTTGATTGTaa > 1:3654782/1‑68 (MQ=255) tGAGTCAGCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAACTAATCAATGCGTAGATTGTaa > 1:4718755/1‑68 (MQ=255) aGTCAGCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAACTAATCAATGCGTTGATTGTAAAt < 1:3533926/68‑1 (MQ=255) aGTCAGCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAACTAATCAATGCGTTGATTGTAAAt < 1:4618946/68‑1 (MQ=255) aGTCACCCGAGAAGAATATCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAACTAATCAATGCGTTGATTGTAAAt < 1:531255/68‑1 (MQ=255) tCAGCCGAGAAGAATTACCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAACTAATCAATGCGTTGATTGTAAATcc < 1:1054282/68‑1 (MQ=255) gCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCTCTCCTTCCCTATCTAATCAATGCGTTGATTGTTAATCGAGc < 1:3435547/68‑1 (MQ=21) gCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAACTAATCAATGCGTTGATTGTAAATCCAGc < 1:4495230/68‑1 (MQ=255) gCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAACTAATCAATGCGTTGATTGTAAATCCAGc < 1:5944767/68‑1 (MQ=255) gCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAACTAATCAATGCGTTGATTGTAAATCCAGc < 1:4849564/68‑1 (MQ=255) gCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAACTAATCAATGCGTTGATTGTAAATCCAGc < 1:2600197/68‑1 (MQ=255) gCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAACTAATCAATGCGTTGATTGTAAATCCAGc < 1:2760286/68‑1 (MQ=255) ccGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAACTAATCAATGCGTTGATTGTAAATCCAGCt > 1:4630911/1‑68 (MQ=255) cGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAACTAATCAATGCGTTGATTGTAAATCAAGCTa > 1:4597407/1‑68 (MQ=255) gaagaaTTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAACTAATCAATGCTTTGATTGTAAATCCAGCTAaga < 1:4458325/68‑1 (MQ=255) aTTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAACTAATCAATGCGTTGATTGTAAATCCAGCTAAgaggtga < 1:2917250/68‑1 (MQ=255) ttCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAACTAATCAATGCGTTGATTGTAAATCCAGCTAtgaggtgagg < 1:4930816/68‑1 (MQ=255) ttCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAACTAATCAATGCGTTGATTGTAAATCCAGCTAAgaggtgagg > 1:840941/1‑68 (MQ=255) tCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTTACTAATCAATGCGTTGATTGTAAATCCAGCTAAgaggtgaggt > 1:3987160/1‑68 (MQ=255) tCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAACTAATCAATGCGTTGATTGTAAATCCAGCTAAgaggtgaggt < 1:755681/68‑1 (MQ=255) cccGCTTATTCGCACCTTCCCTAACTAATCAATGCGTTGATTGTAAATCCAGCTAAGAGGTGAGGttt > 1:450480/1‑68 (MQ=255) cTTATTCGCACCTTCCCTAACTAATCAATGCGTTGATTGTAAATCCAGCTAAGAGGTGAGGTTTTCag < 1:4588448/68‑1 (MQ=255) ttATTCGCACCTTCCCTAACTAATCAATGCGTTGATTGTAAATCCAGCTAAGAGGTGAGGTTTTCaga < 1:3737723/68‑1 (MQ=255) tATTCGCACCTTCCCTAACTAATCAATGCGTTGATTGTAAATCCAGCTAAGAGGTGAGGTTTTCagag < 1:4518917/68‑1 (MQ=255) tATTCGCACCTTCCCTAACTAATCAATGCGTTGATTGTAAATCCAGCTAAGAGGTGAGGTTTTCagag > 1:5991823/1‑68 (MQ=255) aTTCGCACCTTCCCTAACTAATCAATGCGTTGATTGTAAATCCAGCTAAGAGGTGAGGTTTTCAGAGc < 1:400895/68‑1 (MQ=255) cGCACCTTCCCTAACTAATCAATGCGTTGATTGTAAATCCAGCTAAGAGGTGAGGTTTTCAGAGCAGa < 1:4165753/68‑1 (MQ=255) cGCACCTTCCCTAACTAATCAATGCGTTGATTGTAAATCCAGCTAAGAGGTGAGGTTTTCAGAGCAGa < 1:416969/68‑1 (MQ=255) cACCTTCCCTAACTAATCAATGCGTTGATTGTAAATCCAGCTAAGAGGTGAGGTTTTCAGAGCAGACa < 1:3558706/68‑1 (MQ=255) aCCTTCCCTAACTAATCAATGCGTTGATTGTAAATCCAGCTAAGAGGTGAGGTTTTCAGAGCAGACaa > 1:822374/1‑68 (MQ=255) aCCTTCCCTAACTAATCAATGCGTTGATTGTAAATCCAGCTAAGAGGTGAGGTTTTCAGAGCAGACaa > 1:899892/1‑68 (MQ=255) aCCTTCCCTAACTAATCAATGCGTTGATTGTAAATCCAGCTAAGAGGTGAGGTTTTCAGAGCAGACaa > 1:1458592/1‑68 (MQ=255) aCCTTCCCTAACTAATCAATGCGTTGATTGTAAATCCAGCTAAGAGGTGAGGTTTTCAGAGCAGACaa > 1:993854/1‑68 (MQ=255) ccTTCCCTAACTAATCAATGCGTTGATTGTAAATCCAGCTAAGAGGTGAGGTTTTCAGAGCAGACAAc > 1:1664073/1‑68 (MQ=255) cTTCCCTAACTAATCAATGCGTTGATTGTAAATCCAGCTAAGAGGTGAGGTTTTCAGAGCAGACAACg > 1:170631/1‑68 (MQ=255) ttCCCTAACTAATCAATGCGTTGATTGTAAATCCAGCTAAGAGGTGAGGTTTTCAGAGCAGACAACgg < 1:5773835/68‑1 (MQ=255) ttCCCTAACTAATCAATGCGTTGATTGTAAATCCAGCTAAGAGGTGAGGTTTTCAGAGCAGACAACgg < 1:819100/68‑1 (MQ=255) tCCCTAACTAATCAATGCGTTGATTGTAAATCCAGCTAAGAGGTGAGGTTTTCAGAGCAGACAACGGt < 1:2324513/68‑1 (MQ=255) tCCCTAACTAATCAATGCGTTGATTGTAAATCCAGCTAAGAGGTGAGGTTTTCAGAGCAGACAACGGt < 1:4523562/68‑1 (MQ=255) ccTAACTAATCAATGCGTTGATTGTAAATCCAGCTAAGAGGTGAGGTTTTCAGAGCAGACAACGGTGa < 1:4532551/68‑1 (MQ=255) ccTAACTAATCAATGCGTTGATTGTAAATCCAGCTAAGAGGTGAGGTTTACAGAGCAGACAACGGTGa > 1:4019240/1‑68 (MQ=255) | ACATGAAGAAATGAAATGACTGAGTCAGCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAACTAATCAATGCGTTGATTGTAAATCCAGCTAAGAGGTGAGGTTTTCAGAGCAGACAACGGTGA > CP009273/1391434‑1391562 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |