| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 270860 | NA (NA) | 112 (1.980) | 45/134 | 0.0 | 95.7% | noncoding (320/1221 nt) | IS30 | repeat region |
| ? | CP009273 | = 1104830 | 5 (0.090) | coding (40/1536 nt) | opgG | osmoregulated periplasmic glucan (OPG) biosynthesis periplasmic protein | |||||
Only 100 of 168 total aligned reads displayed.
TTACTAATTATGAAACATAAACTACAAATGATGAAAATGCGTTGGTTGAGTGCTGCAGTAATGTTAACCCTGTATACATCTTCAAGCTGGGCTTTCAGTATTGATGATGTCGCAAAGCAAGCTCAATCTTTAGC > CP009273/1104764‑1104897 | aacatgaagaaatgaaatgactgagtcagccgagaagaatttccccgcttattcgcaccttccTTAAc > 1:2004154‑M1/64‑68 (MQ=255) catgaagaaatgaaatgactgagtcagccgagaagaatttccccgcttattcgcaccttccTTaacag < 1:3450992‑M1/7‑3 (MQ=255) catgaagaaatgaaatgactgagtcagccgagaagaatttccccgcttattcgcaccttccTTAAccc > 1:4772468‑M1/62‑68 (MQ=255) cTAATTATGAAACATAAACTACAAATGATGAAAATGCGTTGGTTGAGTGCTGCAGTAATGTTAAggaa < 1:3904174‑M2/68‑5 (MQ=255) atgaagaaatgaaatgactgagtcagccgagaagaatttccccgcttattcgcaccttccTTAACCCt > 1:2788789‑M1/61‑68 (MQ=255) tgaagaaatgaaatgactgagtcagccgagaagaatttccccgcttattcgcaccttccTTAACCCTg > 1:3600095‑M1/60‑68 (MQ=255) gaagaaatgaaatgactgagtcagccgagaagaatttccccgcttattcgcaccttccTTAACCCTGt > 1:4009698‑M1/59‑68 (MQ=255) gaagaaatgaaatgactgagtcagccgagaagaatttccccgcttattcgcaccttccTTAACCCTGt > 1:5399124‑M1/59‑68 (MQ=255) aaTTATGAAACATAAACTACAAATGATGAAAATGCGTTGGTTGAGTGCTGCAGTAATGTTAAggaagg > 1:4231221‑M2/1‑62 (MQ=255) tATGAAACATAAACTACAAATGATGAAAATGCGTTGGTTGAGTGCTGCAGTAATGTTAAggaaggtgc < 1:3953017‑M2/68‑10 (MQ=255) gaaatgaaatgactgagtcagccgagaagaatttccccgcttattcgcaccttccTTAACCCTGtata < 1:3543182‑M1/13‑1 (MQ=255) tGAAACATAAACTACAAATGATGAAAATGCGTTGGTTGAGTGCTGCAGTAATGGTAAggaaggtgcga > 1:654483‑M2/1‑57 (MQ=255) gaaatgactgagtcagccgagaagaatttccccgcttattcgcaccttccTTAACCCTGTATACATCt > 1:1435221‑M1/51‑68 (MQ=255) aaCATAAACTACAAATGATGAAAATGCGTTGGTTGAGTGCTGCAGTAATGTTAAggaaggtgcgaaca < 1:2709345‑M2/68‑15 (MQ=255) aaCATAAACTACAAATGATGAAAATGCGTTGGTTGAGTGCTGCAGTAATGTTAAggaaggtgcgaaca > 1:2359494‑M2/1‑54 (MQ=255) aCATAAACTACAAATGATGAAAATGCGTTGGTTGAGTGCTGCAGTAATGTTAAggaaggtgcgaacaa < 1:40015‑M2/68‑16 (MQ=255) cATAAACCACAAATGATGAAAATGCGTTGGTTGAGTGCTGCAGTACTGTTAAggaaggtgcgaacaag > 1:1063504‑M2/1‑52 (MQ=255) aTAAACTACAAATGATGAAAATGCGTTGGTTGAGTGCTGCAGTAATGTTAAggaaggtgcgaacaagt > 1:1143444‑M2/1‑51 (MQ=255) tgacttagtcagccgagaagaatttccccgcttattcgcaccttccTTAACCCTGTATACATCTTCaa > 1:5252932‑M1/47‑68 (MQ=255) aaCTTCAAATGATTAAAATGAGTTGGTTGAGTGCTGCAGTAATGTTAAggaaggtgcgaacaagtccc > 1:3714332‑M2/1‑48 (MQ=255) aaCTACAAATGATGAAAATGCGTTGGTTGAGTGCTGCAGTAATGTTAAggaaggtgcgaacaagtccc > 1:1542245‑M2/1‑48 (MQ=255) tgagtcagccgagaagaatttccccgcttattcgcaccttccTTAACGCTGTATACATCTTCAAGCTg < 1:2076986‑M1/26‑1 (MQ=255) cTACAAATGATGAAAATGCGTTGGTTGAGTGCAGCAGTAATGTTAAggaaggtgcgaacaagtcgctg < 1:5277788‑M2/68‑23 (MQ=255) tACAAATGATGAAAATGCGTTGGTTGAGTGCTGCAGTAATGTTAAggaaggtgcgaacaagtccctga > 1:1724874‑M2/1‑45 (MQ=255) tACAAATGATGAAAATGCGTTGGTTGAGTGCTGCAGTAATGTTAAggaaggtgcgaacaagtccctga < 1:1343090‑M2/68‑24 (MQ=255) tACAAATGATGAAAATGCGTTGGTTGAGTGCTGCAGTAATGTTAAggaaggtgcgaacaagtccctga > 1:40382‑M2/1‑45 (MQ=255) tACAAATGATGAAAATGCGGTGGTTGAGTGCTGCAGTAATGTTAAggaagttgcgaacaagtccctga > 1:4382463‑M2/1‑45 (MQ=255) aCAAATGATGAAAATGCGTTGGTTGAGTGCTGCAGTAATGTTAAggaaggtgcgaacaagtccctgat > 1:2260794‑M2/1‑44 (MQ=255) aCAAATGATGAAAATGCGTTGGTTGAGTGCTGCAGTAATGTTAAggaaggtgcgaacaagtccctgat > 1:5428673‑M2/1‑44 (MQ=255) gtcagccgagaagaatttccccgcttattcgcaccttccTTAACCCTGTATACATCTTCAAGCTGGGc > 1:5512455‑M1/40‑68 (MQ=255) gtcagccgagaagaatttccccgcttattcgcaccttccTTAACCCTGTATACATCTTCAAGCTGGGc > 1:1915341‑M1/40‑68 (MQ=255) gtcagccgagaagaatttccccgcttattcgcaccttccTTAACCCTGTATACATCTTCAAGCTGGGc > 1:4439681‑M1/40‑68 (MQ=255) gcagccgagaagaatttccccgcttattcgcaccttccTTAACCCTGTATACATCTTCAAGCTGGGCt > 1:526831‑M1/39‑68 (MQ=255) cagccgagaagaatttccccgcttattcgcaccttccTTAACCCTGTATACATCTTCAAGCTGGGCtt > 1:3333738‑M1/38‑68 (MQ=255) atgatgAAAATGCGTTGGTTGAGTGCTGCAGTAATGTTAAggaaggtgcgaacaagtccctgatatga > 1:407522‑M2/1‑40 (MQ=255) tgatgaAAATGCGTTGGTTGAGTGCTGCAGTAATGTTAAggaaggtgcgaacaagtccctgatatgag > 1:4447789‑M2/1‑39 (MQ=255) tgatgaAAATGCGTTGGTTGAGTGCTGCAGTAATGTTAAggaaggtgcgaacaagtccctgatatgag > 1:2459536‑M2/1‑39 (MQ=255) tgatgaAAATGCGTTGGTTGAGTGCTGCAGTAATGTTAAggaaggtgcgaacaagtccctgatatgag > 1:765809‑M2/1‑39 (MQ=255) gatgaAAATGCGTTGGTTGAGTGCTGCAGTAATGTTAAggaaggtgcgaacaagtccctgatatgaga > 1:2541794‑M2/1‑38 (MQ=255) gatgaAAATGCGTTGGTTGAGTGCTGCAGTAATGTTAAggaaggtgcgaacaagtccctgatatgaga > 1:3134564‑M2/1‑38 (MQ=255) gatgaAAATGCGTTGGTTGAGTGCTGCAGTAATGTTAAggaaggtgcgaacaagtccctgatatgaga > 1:3171536‑M2/1‑38 (MQ=255) agaagaatttccccgcttattcgcaccttccTTAACCCTGTATACATCTTCAAGCTGGGCTTTCAGTa > 1:546958‑M1/32‑68 (MQ=255) gaagaatttccccgcttattcgcaccttccTTAACCCTGTATACATCTTCAAGCTGGGCTTTCAGTAt > 1:5483051‑M1/31‑68 (MQ=255) gaagaatttccccgcttattcgcaccttccTTAACCCTGTATACATCTTCAAGCTGGGCTTTCAGTAt > 1:93531‑M1/31‑68 (MQ=255) aaaTGCGTTGGTTGAGTGCTGCAGTAATGTTAAggaaggtgcgaacaagtccctgatatgagatcatg > 1:1339701‑M2/1‑33 (MQ=255) aaTGCGTTGGTTGAGTGCTGCAGTAATGTTAAggaaggtgcgaacaagtccctgatatgagatcatgt < 1:302433‑M2/68‑37 (MQ=255) aTGCGTTGGTTGAGTGCTGCAGTAATGTTAAggaaggtgcgaacaagtccctgatatgagatcatgtt < 1:5182187‑M2/68‑38 (MQ=255) aTGCGTTGGTTGAGTGCTGCAGTAATGTTAAggaaggtgcgaacaagtccctgatatgagatcatgtt > 1:364879‑M2/1‑31 (MQ=255) aTGCGTTGGTTGAGTGCTGCAGTAATGTTAAggaaggtgcgaacaagtccctgatatgagatcatgtt > 1:873377‑M2/1‑31 (MQ=255) aTGCGTTGGTTGAGTGCTGCAGTAATGTTAAggaaggggcgaacaagtccctgatatgagatcatgtt > 1:1275838‑M2/1‑31 (MQ=255) cGTTGGTTGAGTGCTGCAGTAATGTTAAggaaggtgcgaacaagtccctgatatgagatcatgtttgt > 1:2616516‑M2/1‑28 (MQ=255) ggttgAGTGCTGCAGTAATGTTAAggaaggtgcgaacaagtccctgatatgagatcatgtttgtcatc > 1:5100732‑M2/1‑24 (MQ=255) cccgcttattcgcaccttccTTAACCCTGTATACATCTTCAAGCTGGGCTTTCAGTATTGATGATGTc < 1:3796739‑M1/48‑1 (MQ=255) ttgAGTGCTGCAGTAATGTAAAggaaggtgcgaacaagtccctgatatgagatcatgtttgtcatctg < 1:2114713‑M2/68‑47 (MQ=255) ttattcgcaccttccTTAACCCTGTATACATCTTCAAGCTGGGCTTTCAGTATTGATGATGTCGCaaa > 1:348016‑M1/16‑68 (MQ=255) tgctgcAGTAATGTTAAggaaggtgcgaacaagtccctgatatgagatcatgtttgtcatctggagcc > 1:1640317‑M2/1‑17 (MQ=255) tgctgcAGTAATGTTAAggaaggtgcgaacaagtccctgatatgagatcatgtttgtcatctggagcc > 1:4158810‑M2/1‑17 (MQ=255) tgctgcAGTAATGTTAAggaaggtgcgaacaagtccctgatatgagatcatgtttgtcatctggagcc > 1:4257859‑M2/1‑17 (MQ=255) tgctgcAGTAATGTTAAggaaggtgcgaacaagtccctgatatgagatcatgtttgtcatctggagcc > 1:4330365‑M2/1‑17 (MQ=255) tgctgcAGTAATGTTAAggaaggtgcgaacaagtccctgatatgagatcatgtttgtcatctggagcc > 1:2303401‑M2/1‑17 (MQ=255) ttcgcaccttccTTAACCCTGTATACATCTTCAAGCTGGGCTTTCAGTATTGATGATGTCGCAaagca < 1:4879868‑M1/56‑1 (MQ=255) gctgcAGTAATGTTAAggaaggtgcgaacaagtccctgatatgagatcatgtttgtcatctggagcca < 1:1264554‑M2/68‑53 (MQ=255) ctgcAGTAATGTTAAggaaggtgcgaacaagtccctgatatgagatcatgtttgtcatctggagccat > 1:1707880‑M2/1‑15 (MQ=255) ctgcAGTAATGTTAAggaaggtgcgaacaagtccctgatatgagatcatgtttgtcatctggagccat > 1:647584‑M2/1‑15 (MQ=255) gcaccttccTTAACCCTGTATACATCTTCAAGCTGGGCTTTCAGTATTGATGATGTCGCAaagcaagc < 1:3964162‑M1/59‑1 (MQ=255) gcAGTAATGTTAAggaaggtgcgaacaagtccctgatatgagatcatgtttgtcatctggagccatag < 1:3351718‑M2/68‑56 (MQ=255) cAGTATTGTTAAggaaggtgcgaacaagtccctgatatgagatcatgtttgtcatctggagccataga > 1:5583300‑M2/1‑12 (MQ=255) aaTGTTAAggaaggtgcgaacaagtccctgatatgagatcatgtttgtcatctggagccatagaacag < 1:2385119‑M2/68‑61 (MQ=255) tGTTAAggaaggtgcgaacaagtccctgatatgagatcatgtttgtcatctggagccatagaacaggg < 1:1899507‑M2/68‑63 (MQ=255) tGTTAAggaaggagcgaacaagtccctgatatgagatcatgtttgtcatctggagccatagaacaggg > 1:4204065‑M2/1‑6 (MQ=255) gTTAAggaaggtgcgaacaagtccctgatatgagatcatgtttgtcatctggagccatagaacagggt > 1:2427300‑M2/1‑5 (MQ=255) gTTAAggaaggtgcgaacaagtccctgatatgagatcatgtttgtcatctggagccatagaacagggt > 1:4434084‑M2/1‑5 (MQ=255) gTTAAggaaggtgcgaacaagtccctgatatgagatcatgtttgtcatctggagccatagaacagggt < 1:802298‑M2/68‑64 (MQ=255) gTTAAggaaggtgcgaacaagtccctgatatgagatcatgtttgtcatctggagccatagaacagggt > 1:1104701‑M2/1‑5 (MQ=255) ttAAggaaggtgcgtacaagtgcctgatatgagatcatgtttgtcatctggagccatagaacagggtt > 1:2663981‑M2/1‑4 (MQ=255) ttAAggaaggtgcgaacaagtccctgatatgagatcatgtttgtcatctggagccatagaacagggtt > 1:5131472‑M2/1‑4 (MQ=255) ttAAggaaggtgcgaacaagtccctgatatgagatcatgtttgtcatctggagccatagaacagggtt > 1:1824303‑M2/1‑4 (MQ=255) tAAggaaggtgcgaacaagtccctgatatgagatcatgtttgtcatctggagccatagaacagggttc < 1:1515436‑M2/68‑66 (MQ=255) tAAggaaggtgcgaacaagtccctgatatgagatcatgtttgtcatctggagccatagaacagggttc < 1:4865067‑M2/68‑66 (MQ=255) tAACCCTGTATACATCTTCAAGCTGGGCTTTCAGTATTGATGATGTCGCAAAGCAAGCTCAATCTTTa > 1:2739614/1‑68 (MQ=255) aaggaaggtgcgaacaagtccctgatatgtgatcatgtttgtcatctggagccatagaacagggttca > 1:1428461‑M2/1‑2 (MQ=255) aaggaaggtgcgaacaagtccctgatatgagatcatgtttgtcatctggagccatagaacagggttca > 1:3395532‑M2/1‑2 (MQ=255) aaggaaggtgcgaacaagtccctgatatgagatcatgtttgtcatctggagccatagaacagggttca > 1:637215‑M2/1‑2 (MQ=255) aaggaaggtgcgaacaagtccctgatatgagatcatgtttgtcatctggagccatagaacagggttca > 1:1227078‑M2/1‑2 (MQ=255) aaggaaggtgcgaacaagtccctgatatgagatcatgtttgtcatctggagccatagaacagggttca > 1:1868730‑M2/1‑2 (MQ=255) aaggaaggtgcgaacaagtccctgatatgagatcatgtttgtcatctggagccatagaacagggttca > 1:2584394‑M2/1‑2 (MQ=255) aaggaaggtgcgaacaagtccctgatatgagatcatgtttgtcatctggagccatagaacagggttca > 1:3921949‑M2/1‑2 (MQ=255) aaggaaggtgcgaacaagtccctgatatgagatcatgtttgtcatctggagccatagaacagggttca > 1:3856150‑M2/1‑2 (MQ=255) aaggaaggtgcgaacaagtccctgatatcagatcatgtttgtcatctggagccatagaacagggttca > 1:4088928‑M2/1‑2 (MQ=255) aaggaaggtgcgaacaagtccctgaaatgagatcatgtttgtcatctggagccatagaacagggttca > 1:4712617‑M2/1‑2 (MQ=255) aaCCCTGTATACATCTTCAAGCTGGGCTTTCAGTATTGATGATGTCGCAAAGCAAGCTCAATCTTTAg < 1:5477127/68‑1 (MQ=255) aggaaggtgcgaacaagtcccttatatgagatcatgtttgtcatctggagccatagaacagggttcat > 1:1475729‑M2/1‑1 (MQ=255) aggaaggtgcgaacaagtccctgatatgagatcatgtttgtcatctggagccatagaacagggttcat > 1:4991310‑M2/1‑1 (MQ=255) aggaaggtgcgaacaagtccctgatatgagatcatgtttgtcatctggagccatagaacagggttcat > 1:2147471‑M2/1‑1 (MQ=255) aggaaggtgcgaacaagtccctgatatgagatcatgtttgtcatctggagccatagaacagggttcat > 1:2279582‑M2/1‑1 (MQ=255) aggaaggtgcgaacaagtccctgatatgagatcatgtttgtcatctggagccatagaacagggttcat > 1:616528‑M2/1‑1 (MQ=255) aggaaggtgcgaacaagtccctgatatgagatcatgtttgtcatctggagccatagaacagggttcat < 1:4027044‑M2/68‑68 (MQ=255) aggaaggtgcgaacaagtccctgatatgagatcatgtttgtcatctggagccatagaacagggttcat > 1:2800784‑M2/1‑1 (MQ=255) aCCCTGTATACATCTTCAAGCTGGGCTTTCAGTATTGATGATGTCGCAAAGCAAGCTCAATCTTTAGc > 1:851098/1‑68 (MQ=255) aCCCTGTATACATCTTCAAGCTGGGCTTTCAGTATTGATGATGTCGAAAAGCAAGCTCAATCTTTAGc > 1:3242616/1‑68 (MQ=255) | TTACTAATTATGAAACATAAACTACAAATGATGAAAATGCGTTGGTTGAGTGCTGCAGTAATGTTAACCCTGTATACATCTTCAAGCTGGGCTTTCAGTATTGATGATGTCGCAAAGCAAGCTCAATCTTTAGC > CP009273/1104764‑1104897 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |