New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | 3427075 = | NA (NA) | 15 (0.330) | 14/374 | 2.4 | 40.5% | intergenic (‑42/+1) | alaU/ileU | tRNA‑Ala/tRNA‑Ile |
? | NC_000913 | 4037222 = | 22 (0.480) | intergenic (+5/‑38) | ileT/alaT | tRNA‑Ile/tRNA‑Ala |
GTGGGTTGCAAAAGAAGTAGGTAGCTTAACCTTC‑GGGA‑GGGCGCTTACC‑AC‑TTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAA‑GGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGTTGGATCACCTCC‑TTACCTT‑AAAGAAGCGTTC‑TTTGAAGTGCTC‑ACACAGATTGT‑CTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAG‑CTC‑AGG‑TGGTTAGAGCGC‑ACCCCTGATAA‑GGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACC‑AAA‑TTTGCACGGC‑AAA‑TTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTT‑ATGGGGC‑TATAGCTCA‑GC‑T‑GGGAGAGCGCCTGCTTTGCA‑CGCAGGAGGTCTGC‑GGTTCGATCCCGCATAG‑CTCCACCAT‑CT‑CTGTAGTGATTAAAT‑AAAAAATACTTCAGAGTGTACCTGCAAAGGTTCACTGCGAAG‑TTTTGCT‑CTTTAAAAATCTGGATCAAGCTGAAAATTG‑AAACACTGAACAAC‑G‑AAAGTTGTTCGTGAGTCTCTCAAA‑TTTTCG‑CAACACGATGATGAATCGAAAGAAACA > NC_000913/4036949‑4037504 | gTGGGTTGCAAAAGAAGTAGGTAGCTTAACCTTC‑GGGA‑GGGCGCTTACCGAC‑TTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGTTGGATCACCTCC‑TTACCTT‑AAAGAAGCGTTC‑TTTGAAGTGCTC‑ACACAGATTGT‑CTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAG‑CTC‑AGG‑TGGTTAGAGCGC‑ACCCCTGATAA‑GGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAAA‑TTTGCACGGCAAAA‑TTTGAAGAGGtttt < 1:863044/302‑1 (MQ=9) aaaagaagtaggtagcttaaccttcggggaggggcgcttaccacttgtgattcatgactggggtgaagtcgtaacaaggtaaccgtaggggaacctgcggttggatcacctccttaccttaaagaagcgtactttgcagtgctcacacagattgtctgatgaaaatgagcagtaaaacctctacaggcttgtagctcaggtggttagagcgcacccctgataaggggtgaggtcggtggttcaagtccactcaggcctaccaatTGCACGGC‑AAA‑TTTGAAGAGGTTTTAACTACATGtt > 1:367259‑M2/265‑300 (MQ=255) caaaagaagtaggtagcttaaccttcggggagggcgcttaccacttgtgattcatgactggggtgaagtcgtaacaaggtaaccgtaggggaacctgcggttggatcacctccttaccttaaagaagcgtacttgcagtgctcacacagattgtctgatgaaaatgagcagtaaaacctctacaggcttgtagctcaggtggttagagcgcacccctgataaggggtgaggtcggtggttcaagtccactcaggcctaccaatTGCACGGC‑AAA‑‑TTGAAGAGGTTTTAACTACATGTT‑ATGGGGC‑ta > 1:367258‑M2/264‑307 (MQ=255) aCCTTCGGGGAGGGGCGCTTACC‑AC‑TTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAA‑GGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGTTGGATCACCTCC‑TTACCTT‑AAAGAAGCGTTC‑TTTGAAGTGCTC‑ACACAGATTGT‑CTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAG‑CTC‑AGG‑TGGTTAGAGCGC‑ACCCCTGATAA‑GGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACC‑AAA‑‑TTGCACGGC‑AAA‑TTTGAaga > 1:863050/1‑265 (MQ=12) tACC‑ACTTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAA‑GGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGTTGGATCACCTCC‑TTACCTT‑AAAGAAGCGTTC‑TTTGAAGTGCTC‑ACACAGATTGT‑CTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAG‑CTC‑AGG‑TGGTTAGAGCGC‑ACCCCTGATAA‑GGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACC‑AA‑‑‑‑TGCAC‑GC‑AAA‑TTTG‑AGAGGtttt > 1:1143260/1‑249 (MQ=11) tgtgATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAA‑GGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGTTGGATCACCTCC‑TTACCTT‑AAAGAAGCGTTC‑TTTGAAGTGCTC‑ACACAGATTGT‑CTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAG‑CTC‑AGG‑TGGTTAGAGCGC‑ACCCCTGATAA‑GGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACC‑AAA‑‑TTGCACGGC‑AAA‑TTTGAaga > 1:286945/1‑238 (MQ=17) tgATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAA‑GGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGTTGGATCACCTCC‑TTACCTT‑AAAGAAGCGTTCTTTTGAAGTGCTC‑ACACAGATTGT‑CTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAG‑CTC‑AGG‑TGGTTAGAGCGC‑ACCCCTGATAA‑GGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACC‑AA‑‑‑TTGCACGGC‑AAA‑TTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTT‑ATGGGGC‑TATAGCTCA‑GC‑T‑ggggag > 1:863056/1‑275 (MQ=12) ttCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAA‑GGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGTTGGATCACCTCC‑TTACCTTAAAAGAAGCGTTC‑TTTGAAGTGCTC‑ACACAGATTGT‑CTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAG‑CTC‑AGG‑TGGTTAGAGCGC‑ACCCCTGATAA‑GGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAAA‑TTTGCACGGC‑AAA‑TTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTT‑ATGGGGc < 1:863054/260‑1 (MQ=17) cATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAA‑GGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGTTGGATCACCTCC‑TTACCTT‑AAAGAAGCGTTCTTTTGAAGTGCTC‑ACACAGATTGT‑CTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAG‑CTC‑AGG‑TGGTTAGAGCGC‑ACCCCTGATAA‑GGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACC‑AAA‑‑TTGCACGGC‑AAA‑TTTGAAGAGGTTTTAACt > 1:863057/1‑242 (MQ=17) taccacttgtgattcatgactggggtgaagtcgtaacaaggtaaccgtaggggaacctgcggttggatcacctccttaccttaaagaagcgtacttgcagtgctcacacagattgtctgatgaaaatgagcagtaaaacctctacaggcttgtagctcaggtggttagagcgcacccctgataagggtgaggtcggtggttcaagtccactcaggcctaccaatTGCACGGC‑AAA‑TTTGAAGAGGTTTTAAc > 1:788103‑M2/225‑252 (MQ=255) gACTGGGGTGAAGTCGTAACAA‑GGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGTTGGATCACCTCC‑TTACCTT‑AAAGAAGCGTTC‑TTTGAAGTGCTC‑ACACAGATTGT‑CTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAG‑CTC‑AGG‑TGGTTAGAGCGC‑ACCCCTGATAA‑GGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAAA‑TTTGCACGGT‑AAA‑TTTGAAGAGGtt < 1:863053/234‑1 (MQ=17) tgtgattcatgactggggtgaagtcgtaacaaggtaaccgtaggggaacctgcggttggatcacctccttaccttaaagaagcgtactttgcagtgctcacacagattgtctgatgaaaatgagcagtaaaacctactacaggcttgtagctcaggtggttagagcgcacccctgataagggtgaggtcggtggttcaagtccactcaggcctaccaaaTGCACGGC‑AAA‑TTTGAAGAgg > 1:1058642‑M2/220‑240 (MQ=255) gattcatgactggggtgaagtcgtaacaaggtaaccgtaggggaacctgcggttggatcacctccttaccttaaagaagcgtactttgcagtgctcacacagattgtctgatgaaatgagcagtaaaacctctacaggcttgtagctcaggtggttagagcgcacccctgataagggtgaggtcggtggttcaagtccactcaggcctaccaaTGCACGGC‑AAA‑‑TTGAAGAGGTTTTAACTACATGTT‑ATGGGGC‑TATagctcatgctg > 1:245346‑M2/214‑264 (MQ=255) 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gAACCTGCGGTTGGATCACCTCC‑TTACCTT‑AAAGAAGCGTTC‑TTTGAAGTGCTC‑ACACAGATTGT‑CTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAG‑CTC‑AGG‑TGGTTAGAGCGC‑ACCCCTGATAAGGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACC‑AAA‑‑TTGCACGGC‑AAATTTTGAAGAGGTTTTAACTACATGt > 1:863060/1‑211 (MQ=255) aggtaaccgtaggggaacctgcggttggatcacctccttaccttaaagaagcgtactttgcagtgctcacacagattgtctgatgaaaatgagcagtaaaacctctacaggcttgtagctcaggtggttagagcgcacccctgataagggtgaggtcggtggttcaagtccactcaggcctaccaatTGCACGGC‑AAA‑TTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTT‑ATGGGGC‑TATAGCTCA‑GC‑T‑GGGAGAGCG‑CTGCTTTGCAGCGCAGGAGGTCTGCTGGTTCGATCCCGCATAGCCTCCACC‑T‑CT‑CTGTa > 1:15200‑M2/188‑310 (MQ=255) gATCACCTCC‑TTACCTT‑AAAGAAGCGTTC‑TTTGAAGTGCTC‑ACACAGATTGT‑CTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAG‑CTC‑AGG‑TGGTTAGAGCGC‑A‑CCCTGATAA‑GGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACC‑AAA‑TTTGCACGGCAAAA‑TTTGa < 1:286949/178‑1 (MQ=16) cc‑ttacctt‑aAAGAAGCGTTCTTTTGAAGTGCTC‑ACACAGATTGT‑CTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAG‑CTC‑AGG‑TGGTTAGAGCGCTACCCCTGATAAGGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACC‑AA‑‑‑TTGCACGGC‑AAA‑TTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTAATGGGGC‑TATAGCTCA‑GC‑T‑ggg > 1:863061/1‑214 (MQ=11) cc‑ttacctt‑aAAGAAGCGTTC‑TTTGAAGTGCTC‑ACACAGATTGT‑CTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAG‑CTC‑AGG‑TGGTTAGAGCGC‑ACCCCTGATAA‑GGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACC‑AAA‑‑TTGCACGGC‑AAA‑TTTGAAGAGGTTTTAACt > 1:286951/1‑182 (MQ=18) acctt‑aAAGAAGCGTTC‑TTTGAAGTGCTC‑ACACAGATTGT‑CTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAG‑CTC‑AGG‑TGGTTAGAGCGC‑ACCCCTGATAAGGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACC‑AAA‑‑TTGCACGGC‑AAA‑TTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTT‑ATGGGGC‑TATAGCTCA‑GC‑TGGGGAGAGCGCCTGC‑TTGCA‑CGCAGGAGGTCTGC‑GGTTCGATCCCGCATAG‑CTCCACCAT‑CT‑CTGTa > 1:863063/1‑272 (MQ=255) acctt‑aAAGAAGCGTTC‑TTTGAAGTGCTC‑ACACAGATTGT‑CTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAG‑CTC‑AGG‑TGGTTAGAGCGC‑ACCCCTGATAA‑GGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACC‑AAA‑‑TTGCACGGC‑AAA‑TTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTT‑ATGGGGC‑TATAGCTCA‑GC‑TGGGGAGAGCGCCTGCTTTGCA‑CGCAGGAGGTCTGC‑GGTTCGATCCCGc > 1:863062/1‑252 (MQ=17) gCGTTC‑TTTGAAGTGCTC‑ACACAGATTGTACTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAGCCTC‑AGG‑TGGTTAGAGCGC‑ACCCCTGATAA‑GGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACC‑AAA‑TTTGCACGGC‑AAA‑TTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTT‑ATGGGGC‑TATAGCTCA‑GC‑T‑GGGAGAGCGCCTGCTTTGCA‑CGCAGGAGGTCTGC‑GGTTCGATCCCGCATAG‑CTCCACCAT‑CT‑CTGTAGTGATTAAAT‑AAAAAATACTTCAGAGTGTACCTGCAAAGGtt < 1:286952/305‑1 (MQ=14) tC‑TTTGAAGTGCTCAACACAGATTGTACTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAG‑CTCGAGG‑TGGTTAGAGCGC‑ACCCCTGATAA‑GGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAAA‑TTTGCACGGC‑‑AA‑TTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTT‑ATGGGGCGTATAGCTCA‑GC‑T‑GGGAGAgc < 1:1126806/202‑1 (MQ=11) c‑TTTGAAGTGCTC‑ACACAGATTGT‑CTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAG‑CTC‑AGG‑TGGTTAGAGCGC‑ACCCCTGATAA‑GGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACC‑AA‑‑‑TTGCACGGC‑AAA‑TTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTT‑ATggg > 1:286953/1‑173 (MQ=14) acagattgtctgatgaaaatgagcagtaaaacctctacaggcttgtagctcaggtggttagagcgcacccctgataagggtgaggtcggtggttcaagtccactcaggcctaccaaaTGCACGGC‑AAA‑TTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTT‑ATGGGGC‑TATAGCTCA‑GCGT‑GGGAGAGCGCCTGC‑TTGCAGCGCAGGAGGTCTGC‑GGTTCGATCCCGCATAG‑CTCCACCATCCT‑CTGt > 1:1034970‑M2/118‑240 (MQ=255) cagattgtctgatgaaatgagcagtaaaacctctacaggcttgtagctcaggtggttagagcgcacccctgataagggtgaggtcggtggttcaagtccactcaggcctaccaatTGCACgg > 1:1130616‑M2/116‑122 (MQ=255) ctacaggcttgtagctcaggtggttagagcgcacccctgataagggtgaggtcggtggttcaagtccactcaggcctaccaaaTGCACGGC‑AAA‑‑TTGAAGAGGTTTTAACTACATGTT‑ATGGGGC‑TATAGCTCATGCGT‑GGGAGAGCGCCTGCTTTGCAGCGCAGGAGGTCTGC‑GGTTCGATCCCGCAt > 1:1082109‑M2/84‑189 (MQ=255) caggtggttagagcgcacccctgataagggtgaggtcggtggttcaagtccactcaggcctaccaaTGCACGGC‑AAA‑TTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTT‑a > 1:15205‑M2/67‑103 (MQ=255) cctgataagggtgaggtcggtggttcaagtccactcaggcctaccaaTGCACGGC‑AAA‑TTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTT‑ATGGGGC‑TATAGCTCA‑GC‑T‑GGGAGAGCGCCTGCTTTGCA‑CGCAGGAGGTCTGC‑GGTTCGATCCCGCATAG‑CTCCACCAT‑CT‑CTGTAGTGATTAAAT‑AAAAAATACTTCAGAGTGTACCTGCAAAGGTTCAc > 1:286956‑M2/48‑214 (MQ=255) aagggtgaggtcggtggttcaagtccactcaggcctaccaaTGCAc > 1:15208‑M2/42‑46 (MQ=255) ccactcaggcctaccaaTGCACGGC‑AAA‑‑TTGAAGAGGTTTTAACTACATGTT‑ATGGGGC‑TATAGCTCA‑GC‑T‑GGGAGAGCGCCTGCTTTGCA‑CGCAGGAGGTCTGC‑GGTTCGATCCCGCATAG‑CTCCACCAT‑CT‑CTGTAGTGATTAAAT‑AAAAAATACTTCAGAGTGTACCTGCAAAGGTTCACTGCGAAGTTTTTGCT‑CTTTAAAAATCTGGATCAAGCTG‑AAATT‑‑AAACACTGAACAAC‑G‑AAAGTTGTTCGTGAGTCTCTCAAA‑TTTTCGTCAACACGATGATGAATCGAAAGAAACa > 1:1252156‑M2/18‑299 (MQ=255) cTACC‑AAATTTTGCACGGC‑AAA‑TTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTT‑ATGGGGC‑TATAGCTCA‑GC‑TGGGGAGAGCGCCTGC‑TTGCA‑CGCAGGAGGTCTGC‑GGTTCGATCCCGCATAG‑CTCCACCAT‑CT‑CTGTAGTGATTAAATAAAAAAATACTTCAGAGTGTACCTGCAAAGGTTCACTGCGAAG‑TTTTGCTACTTTAAAAATCTGGATCAAGCTGAAAATTGAAAACACTGAACAACTGAAAAGTTGTTCGTGAGTCTCTCAAATTTTTCG‑CAACACgaat > 1:863077/1‑281 (MQ=11) aggcctaccaatTGCACGGC‑AAA‑TTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTT‑ATGGGGC‑TATAGCTCA‑GC‑T‑GGGAGAGCGCCTGCTTTGCA‑CGCAGGAGGTCTGC‑GGTTCGATCCCGCATAG‑CTCCACCAT‑CT‑CTGTAGTGATTAAAT‑AAAAAATACTTCAGAGTGTACCTGCAAAGGTTCACTGCGAAGTTTTTGCT‑CTTTAAAAATCTGGa > 1:245338‑M2/13‑209 (MQ=255) caaattttGCACGGC‑AAA‑TTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTT‑ATGGGGC‑TATAGCTCA‑GC‑T‑GGGAGAGCGCCTGCTTTGCA‑CGCAGGAGGTCTGC‑GGTTCGATCCCGCATAG‑CTCCACCAT‑CTCCTGTAGTGATTAAAT‑AAAAAATACTTCAGAGTGTACCTgac > 1:286958/6‑164 (MQ=0) caaaTGCACGGC‑AAA‑TTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTT‑ATGGGGC‑TATAGCTCA‑GC‑T‑GGGAGAGCGCCTGCTTTGCA‑CGCAGGAGGTCTGC‑GGTTCGATCCCGCATAG‑CTCCACCAT‑CT‑CTGTAGTGATTAAAT‑aaaa > 1:990342‑M2/5‑140 (MQ=255) | GTGGGTTGCAAAAGAAGTAGGTAGCTTAACCTTC‑GGGA‑GGGCGCTTACC‑AC‑TTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAA‑GGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGTTGGATCACCTCC‑TTACCTT‑AAAGAAGCGTTC‑TTTGAAGTGCTC‑ACACAGATTGT‑CTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAG‑CTC‑AGG‑TGGTTAGAGCGC‑ACCCCTGATAA‑GGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACC‑AAA‑TTTGCACGGC‑AAA‑TTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTT‑ATGGGGC‑TATAGCTCA‑GC‑T‑GGGAGAGCGCCTGCTTTGCA‑CGCAGGAGGTCTGC‑GGTTCGATCCCGCATAG‑CTCCACCAT‑CT‑CTGTAGTGATTAAAT‑AAAAAATACTTCAGAGTGTACCTGCAAAGGTTCACTGCGAAG‑TTTTGCT‑CTTTAAAAATCTGGATCAAGCTGAAAATTG‑AAACACTGAACAAC‑G‑AAAGTTGTTCGTGAGTCTCTCAAA‑TTTTCG‑CAACACGATGATGAATCGAAAGAAACA > NC_000913/4036949‑4037504 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |