| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 279163 = | NA (NA) | 217 (4.340) | 44/126 | 0.0 | 73.8% | noncoding (768/768 nt) | IS1 | repeat region |
| ? | NC_000913 | = 890745 | 77 (1.540) | coding (9/258 nt) | grxA | reduced glutaredoxin 1 | |||||
Only 100 of 299 total aligned reads displayed.
TCAATTTCTCAGCCAGATCTTTTGCACGCACACAGTAAGGGCAACCCGAACGACCAAAAATAACGGTTTGCATTATTTCTCTCCTCATAGATTTATGCCTGTAATGATCACGCTAAAATGTATTCGCTG > NC_000913/890681‑890809 | aaTTTCTCAGCCAGATCTTTTGCACGCACACAGTAAGGGCAACCCGAACGACCAAAAATAACGgg > 1:2122483‑M2/1‑63 (MQ=255) aaTTTCTCAGCCAGATCTTTTGCACGCACACAGTAAGGGCAACCCGAACGACCAAAAATAACGgg > 1:2369793‑M2/1‑63 (MQ=255) aaTTTCTCAGCCAGATCTTTTGCACGCACACAGTAAGGGCAACCCGAACGACCAAAAATAACGgg > 1:3436994‑M2/1‑63 (MQ=255) tttCTCAGCCAGATCTTTTGCACGCACACAGTAAGGGCAACCCGAACGACCAAAAATAACGggta > 1:3553497‑M2/1‑61 (MQ=255) tcAGCCAGATCTTTTGCACGCACACAGTAAGGGCAACCCGAACGACCAAAAATAACGggtaatga > 1:417708‑M2/1‑57 (MQ=255) tcAGCCAGATCTTTTGCACGCACACAGTAAGGGCAACCCGAACGACCAAAAATAACGggtaatga > 1:3984605‑M2/1‑57 (MQ=255) tcAGCCAGATCTTTTGCACGCACACAGTAAGGGCAACCCGAACGACCAAAAATAACGggtaatga > 1:557549‑M2/1‑57 (MQ=255) gCCAGATCTTTTGCACGCACACAGTAAGGGCAACCCGAACGACCAAAAATAACGGTTTGCattat < 1:441947/65‑1 (MQ=255) ccAGATCTTTTGCACGCACACAGTAAGGGCAACCCGAACGACCAAAAATAACGggtaatgactcc < 1:3183220‑M2/65‑13 (MQ=255) aaatcTTTTGCACGCACACAGTAAGGGCAACCCGAACGACCAAAAATAACGggtaatgactccaa > 1:2635461‑M2/3‑51 (MQ=255) aGATCTTTTGCACGCACACAGTAAGGGCAACCCGAACGACCAAAAATAACGggtaatgactccaa > 1:1362894‑M2/1‑51 (MQ=255) aGATCTTTTGCACGCACACAGTAAGGGCAACCCGAACGACCAAAAATAACGggtaatgactccaa > 1:2592400‑M2/1‑51 (MQ=255) aTCTTTTGCAGGCACACAGTAAGGGCAACCCGAACGACCAAAAATAACGggtaatgactccaact > 1:1942847‑M2/1‑49 (MQ=255) aTCTTTTGCACGCACACAGTAAGGGCAACCCGAACGACCAAAAATAACGggtaatgactccaact > 1:1428305‑M2/1‑49 (MQ=255) aTCTTTTGCACGCACACAGTAAGGGCAACCCGAACGACCAAAAATAACGggtaatgactccaact > 1:3786882‑M2/1‑49 (MQ=255) tCTTTTGCACGCACACAGTAAGGGCAACCCGAACGACCAAAAATAACGggtaatgactccaactt < 1:182665‑M2/65‑18 (MQ=255) cTTTTGCACGCACACAGTAAGGGCAACCCGAACGACCAAAAATAACGggtaatgactccaactta < 1:4017646‑M2/65‑19 (MQ=255) cTTTTGCACGCACACAGTAAGGGCAACCCGAACGACCAAAAATAACGggtaatgactccaactta < 1:3616142‑M2/65‑19 (MQ=255) cTTTTGCACGCACACAGTAAGGGCAACCCGAACGACCAAAAATAACGGTTTGCATTATTtctctc > 1:2940021/1‑65 (MQ=255) cTTTTGCACGCACACAGTAAGGGCAACCCGAACGACCAAAAATAACGGTTTGCATTATTtctctc > 1:281922/1‑65 (MQ=255) ttttGCACGCACACAGTAAGGGCAACCCGAACGACCAAAAATAACGGTTTGCATTATTTCTctcc < 1:3329028/65‑1 (MQ=255) ttttGCACGCACACAGTAAGGGCAACCCGAACGACCAAAAATAACGGTTTGCATTATTTCTctcc < 1:2214916/65‑1 (MQ=255) tttGCACGCACACAGTAAGGGCAACCCGAACGACCAAAAACAACGggtaatgactccaacttatt < 1:126172‑M2/65‑21 (MQ=255) tGCACGCACACAGTAAGGGCAACCCGAACGACCAAAAATAACGGTTTGCATTATTTCTCTCCTCa > 1:2440587/1‑65 (MQ=255) acgcacACAGTAAGGGCAACCCGAACGACCAAAAATAACGggtaatgactccaacttattgatag < 1:526759‑M2/65‑26 (MQ=255) gcacACAGTAAGGGCAACCCGAACGACCAAAAATAACGggtaatgactccaacttattgatagtg > 1:320483‑M2/1‑38 (MQ=255) gcacACAGTAAGGGCAACCCGAACGACCAAAAATAACGggtaatgactccaacttattgatagtg > 1:3745719‑M2/1‑38 (MQ=255) gcacACAGTAAGGGCAACCCGAACGACCAAAAATAACGggtaatgactccaacttattgatagtg > 1:2712082‑M2/1‑38 (MQ=255) cacacaGTAAGGGCAACCCGAACGACCAAAAATAACGggtaatgactccaacttattgatagtgt > 1:588108‑M2/1‑37 (MQ=255) cacacaGTAAGGGCAACCCGAACGACCAAAAATAACGggtaatgactccaacttattgatagtgt > 1:1814837‑M2/1‑37 (MQ=255) cacaGTAAGGGCAACCCGAACGACCAAAAATAACGggtaatgactccaacttattgatagtgttt > 1:3652639‑M2/1‑35 (MQ=255) acaGTAAGGGCAACCCGAACGACCAAAAATAACGGTTTGCATTATTTCTCTCCTCATAGATTTAt > 1:1788509/1‑65 (MQ=255) aGTAAGGGCAACCCGAACGACCAAAAATAACGggtaatgactccaacttattgatagtgttttat > 1:1224216‑M2/1‑32 (MQ=255) aGTAAGGGCAACCCGAACGACCAAAAATAACGggtaatgactccaacttattgatagtgttttat > 1:746974‑M2/1‑32 (MQ=255) tAAGGGCAACCCGAACGACCAAAAATAACGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgt < 1:610133‑M2/65‑36 (MQ=255) tAAGGGCAACCCGAACGACCAAAAATAACGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgt < 1:3145034‑M2/65‑36 (MQ=255) tAAGGGCAACCCGAACGACCAAAAATAACGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgt < 1:1280998‑M2/65‑36 (MQ=255) tAAGGGCAACCCGAACGACCAAAAATAACGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgt > 1:712644‑M2/1‑30 (MQ=255) tAAGGGCAACCCGAACGACCAAAAATAACGGTTTGCATTATTTCTCTCCTCATAGATTTATGccc > 1:1481701/1‑64 (MQ=255) tAAGGGCAACCCGAACGACCAAAAATAACGGTTTGCATTATTTCTCTCCTCATAGATTTATGCCt > 1:471615/1‑65 (MQ=255) tAAGCGCAACCCGAACGACCAAAAATAACGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgt > 1:2385010‑M2/1‑30 (MQ=255) aGGGCAACCCGAACGACCAAAAATAACGGTTTGCATTATTTCTCTCCTCATAGATTTATGCCTGt > 1:3714214/1‑65 (MQ=255) ggCAACCCGCACGACCAAACATAACGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcag < 1:163999‑M2/65‑40 (MQ=255) ggCAACCCGAACGACCAACAATAACGgggaatgactccaacttattgatagggctttatgttcag < 1:432607‑M2/65‑40 (MQ=255) ggCAACCCGAACGACCAAAAATAACGggtaatgactgcaacttattgatagtgttttgtgttcag < 1:1389339‑M2/65‑40 (MQ=255) ggCAACCCGAACGACCAAAAATAACGggtaatgactccaacttattgatagtgttttctgttccg < 1:1662122‑M2/65‑40 (MQ=255) ggCAACCCGAACGACCAAAAATAACGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgtttat < 1:2247758‑M2/65‑40 (MQ=255) ggCAACCCGAACGACCAAAAATAACGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcag < 1:2298739‑M2/65‑40 (MQ=255) ggCAACCCGAACGACCAAAAATAACGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcag < 1:3062856‑M2/65‑40 (MQ=255) ggCAACCCGAACGACCAAAAATAACGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcag < 1:3241060‑M2/65‑40 (MQ=255) ggCAACCCGAACGACCAAAAATAACGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcag < 1:3997872‑M2/65‑40 (MQ=255) ggCAACCCGAACGACCAAAAATAACGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcag < 1:3302188‑M2/65‑40 (MQ=255) ggCAACCCGAACGACCAAAAATAACGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcag < 1:2030516‑M2/65‑40 (MQ=255) ggCAACCCGAACGACCAAAAATAACGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcag < 1:970750‑M2/65‑40 (MQ=255) ggCAACCCGAACGACCAAAAATAACGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcag < 1:1081515‑M2/65‑40 (MQ=255) ggCAACCCGAACGACCAAAAATAACGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcag < 1:946217‑M2/65‑40 (MQ=255) ggCAACCCGAACGACCAAAAATAACGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcag < 1:881741‑M2/65‑40 (MQ=255) ggCAACCCGAACGACCAAAAATAACGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcag < 1:1348806‑M2/65‑40 (MQ=255) ggCAACCCGAACGACCAAAAATAACGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcag < 1:656384‑M2/65‑40 (MQ=255) ggCAACCCGAACGACCAAAAATAACGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcag < 1:1571549‑M2/65‑40 (MQ=255) ggCAACCCGAACGACCAAAAATAACGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcag < 1:638748‑M2/65‑40 (MQ=255) ggCAACCCGAACGACCAAAAATAACGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcag < 1:3020201‑M2/65‑40 (MQ=255) ggCAACCCGAACGACCAAAAATAACGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcag < 1:2169914‑M2/65‑40 (MQ=255) ggCAACCCGAACGACCAAAAATAACGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcag < 1:2674795‑M2/65‑40 (MQ=255) ggCAACCCGAACGACCAAAAATAACGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcag < 1:2769259‑M2/65‑40 (MQ=255) ggCAACCCGAACGACCAAAAATAACGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcag < 1:2892371‑M2/65‑40 (MQ=255) ggCAACCCGAACGACCAAAAATAACGGTTTGCATTATTTCTCTCCTCATAGATTTATGCCTGtct > 1:3229541/1‑63 (MQ=255) ggCAACCCGAACGACCAAAAATAACGGTTTGCATTATTTCTCTCCTCATAGATTTATGCCTGTaa > 1:485865/1‑65 (MQ=255) ggCAACCCGAACGACCAAAAATAACGGTTTGCATTATTTCTCTCCTCATAGATTTATGCCTGTaa > 1:980317/1‑65 (MQ=255) ggCAACCCGAACGACCAAAAATAACGGTTTGCATTATTTCTCTCCTCATAGATTTATGCCTGTaa > 1:3495161/1‑65 (MQ=255) 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gCAACCCGAACGACCAAAAATAACGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcaga > 1:286856‑M2/1‑25 (MQ=255) gCAACCCGAACGACCAAAAATAACGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcaga > 1:3856576‑M2/1‑25 (MQ=255) cccGAACGACCAAAAATAACGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataat > 1:393404‑M2/1‑21 (MQ=255) ccGAACGACCAAAAATAACGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagatactg < 1:1262652‑M2/65‑46 (MQ=255) ccGAACGACCAAAAATAACGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatg < 1:2572039‑M2/65‑46 (MQ=255) ccGAACGACCAAAAATAACGGTTTGCATTATTTCTCTCCTCATAGATTTATGCCTGTAATGATCa > 1:1760797/1‑65 (MQ=255) gAACGACCAAAAATAACGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcc > 1:3353935‑M2/1‑18 (MQ=255) gAACGACCAAAAATAACGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcc > 1:1989668‑M2/1‑18 (MQ=255) aCGACCAAAAATAACGGTTTGCATTATTTCTCTCCTCATAGATTTATGCCTGTAATGATCACGCt > 1:3396879/1‑65 (MQ=255) aCGACCAAAAATAACGGTTTGCATTATTTCTCTCCTCATAGATTTATGCCTGTAATGATCACGCt < 1:3894540/65‑1 (MQ=255) 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TCAATTTCTCAGCCAGATCTTTTGCACGCACACAGTAAGGGCAACCCGAACGACCAAAAATAACGGTTTGCATTATTTCTCTCCTCATAGATTTATGCCTGTAATGATCACGCTAAAATGTATTCGCTG > NC_000913/890681‑890809 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |