| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 290634 = | NA (NA) | 53 (1.040) | 24/128 | 0.3 | 100% | noncoding (768/768 nt) | IS1 | repeat region |
| ? | NC_000913 | = 2806300 | 0 (0.000) | coding (291/1065 nt) | proW | glycine betaine ABC transporter membrane subunit ProW | |||||
CCCATTTCCGTCCCGTCTTCCAGGGCGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTG > NC_000913/2806239‑2806362 | cccATTTCCGTCCCGTCTTCCAGGGCGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCggt > 1:4013303‑M2/1‑62 (MQ=255)cccATTTCCGTCCCGTCTTCCAGGGCGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCggt < 1:1661191‑M2/65‑4 (MQ=255)cccATTTCCGTCCCGTCTTCCAGGGCGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCggt < 1:69369‑M2/65‑4 (MQ=255)cccATTTCCGTCCCGTCTTCCAGGGCGTGCGCGCTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCggt < 1:1005506‑M2/65‑4 (MQ=255) aTTTCCGTCCCGTCTTCCAGGGCGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCggtaat < 1:2993964‑M2/65‑7 (MQ=255) ttCCGTCCCGTCTTCCAGGGCGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCggtaatga > 1:325639‑M2/1‑57 (MQ=255) ttCCGTCCCGTCTTCCAGGGCGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCggtaatga > 1:3118435‑M2/1‑57 (MQ=255) cccgtcTTCCAGGGCGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCggtaatgactccaa > 1:2439050‑M2/1‑51 (MQ=255) cccgtcTTCCAGGGCGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCggtaatgactccaa > 1:2194058‑M2/1‑51 (MQ=255) cgtcgtCCAGGGCGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCggtaatggctccaact > 1:1938845‑M2/1‑49 (MQ=255) gctTCCAGGGCGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCggtaatgactccaactta > 1:1944083‑M2/2‑47 (MQ=255) aGGGCGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCggtaatgactccaacttattgata < 1:2347690‑M2/65‑25 (MQ=255) ggCGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCggtaatgactccaacttattgatagt > 1:3994411‑M2/1‑39 (MQ=255) ggCGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCggtaatgactccaacttattgatagt > 1:3232181‑M2/1‑39 (MQ=255) gCGTGCGCGTTCCGGTTGAGTATATCCTCAACGGTTTCggtaatgactccaacttattgatagtg > 1:14551‑M2/1‑38 (MQ=255) cGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCggtaatgactccaacttattgatagtgt > 1:4015737‑M2/1‑37 (MQ=255) cGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCggtaatgactccaacttattgatagtgt < 1:1023302‑M2/65‑29 (MQ=255) cGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCggtaatgactccaacttattgatagtgt > 1:3364483‑M2/1‑37 (MQ=255) cGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCggtaatgactccaacttattgatagtgt > 1:766294‑M2/1‑37 (MQ=255) cGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCggtaatgactccaacttattgatagtgt > 1:1473346‑M2/1‑37 (MQ=255) cGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCggtaatgactccaacttattgatagtgt > 1:901938‑M2/1‑37 (MQ=255) cGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCggtaatgactccaacttattgatagtgt < 1:143992‑M2/65‑29 (MQ=255) cgTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCggtaatgactccaacttattgatagtgttttatg < 1:1656499‑M2/65‑35 (MQ=255) ttCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgtt < 1:1163562‑M2/65‑37 (MQ=255) tCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttc < 1:51151‑M2/65‑38 (MQ=255) tCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttc < 1:3507302‑M2/65‑38 (MQ=255) ggTTGATTATATCCTCAACGGTTTCggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcaga > 1:1591499‑M2/1‑25 (MQ=255) ggTTGATTATATCCTCAACGGTTTCggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcaga > 1:497076‑M2/1‑25 (MQ=255) ggTTGATTATATCCTCAACGGTTTCggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcaga > 1:1382867‑M2/1‑25 (MQ=255) ggTTGAGTATATCCTCAACGGTTTCggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcaga > 1:1840825‑M2/1‑25 (MQ=255) tataTCCTCAACGGTTTCggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcc < 1:1771207‑M2/65‑48 (MQ=255) tataTCCTCAACGGTTTCggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcc > 1:358066‑M2/1‑18 (MQ=255) atatCCTCAACGGTTTCggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgctc < 1:3291819‑M2/65‑49 (MQ=255) atatCCTCAACGGTTTCggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgccc < 1:3492647‑M2/65‑49 (MQ=255) atCCTCAACGGTTTCggtaatgactccaattttttgatagtgttttatgttcagataatgcccga < 1:3059898‑M2/65‑51 (MQ=255) ccTCAACGGTTTCggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgtttagataattcccgatg < 1:1141342‑M2/65‑53 (MQ=255) ccTCAACGGTTTCggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatg < 1:963627‑M2/65‑53 (MQ=255) ccTCAACGGTTTCggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatg < 1:930539‑M2/65‑53 (MQ=255) ccTCAACGGTTTCggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatg < 1:3688683‑M2/65‑53 (MQ=255) ccTCAACGGTTTCggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatg < 1:3608239‑M2/65‑53 (MQ=255) ccTCAACGGTTTCggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatg < 1:3509857‑M2/65‑53 (MQ=255) ccTCAACGGTTTCggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatg < 1:3294225‑M2/65‑53 (MQ=255) ccTCAACGGTTTCggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatg < 1:2902922‑M2/65‑53 (MQ=255) ccTCAACGGTTTCggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatg < 1:2517765‑M2/65‑53 (MQ=255) ccTCAACGGTTTCggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatg < 1:1754971‑M2/65‑53 (MQ=255) ccTCAACGGTTTCggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatg < 1:1616433‑M2/65‑53 (MQ=255) ccTCAACGGTTTCggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatg < 1:14446‑M2/65‑53 (MQ=255) ccTCAACGGTTTCggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatg < 1:1339465‑M2/65‑53 (MQ=255) ccTCAACGGTTTCggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatg < 1:1069564‑M2/65‑53 (MQ=255) tCAACGGTTTCggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgac > 1:3800333‑M2/1‑11 (MQ=255) tCAACGGTTTCggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgac > 1:2858832‑M2/1‑11 (MQ=255) aCGGTTTCggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgacttt < 1:3805235‑M2/65‑58 (MQ=255) ttCggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcat > 1:155001‑M2/1‑3 (MQ=255) | CCCATTTCCGTCCCGTCTTCCAGGGCGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTG > NC_000913/2806239‑2806362 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |