| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 291401 | NA (NA) | 25 (0.460) | 17/128 | 0.7 | 54.4% | noncoding (1/768 nt) | IS1 | repeat region |
| ? | NC_000913 | = 485687 | 21 (0.390) | intergenic (‑68/‑74) | acrA/acrR | multidrug efflux pump membrane fusion lipoprotein AcrA/DNA‑binding transcriptional repressor AcrR | |||||
AAACCTCGAGTGTCCGATTTCAAATTGGTCAATGGTCAAAAGTTAATAAACCCATTGCTGCGTTTATATTATCGTCGTGCTATGGTACATACATTCACAAATGTATGTAAATCTAACGCCTGTAAATT > NC_000913/485624‑485751 | aaaCCTCGAGTGTCCGATTTCAAATTGGTCAATGGTCAAAAGTTAATAAACCCATTGCTGCGttt > 1:2358243/1‑65 (MQ=255) aCCTCGAGTGTCCGATTTCAAATTGGTCAATGTTCAAAAATTAATAAACTCATTGCTGCGTTggt < 1:4116717‑M2/65‑4 (MQ=255) aCCTCGAGTGTCCGATTTCAAATTGGTCAATGGTCAAAAGTTAATAAACCCATTGCTGCGTTtat > 1:2634429/1‑65 (MQ=255) aCCTCGAGTGTCCGATTTCAAATTGGTCAATGGTCAAAAGTTAATAAACCCATTGCTGCGTTtat > 1:13724/1‑65 (MQ=255) aCCTCGAGTGTCCGATTTCAAATTGGTCAATGGTCAAAAGTTAATAAACCCATTGCTGCGTTtat < 1:2236102/65‑1 (MQ=255) aCCTCGAGTGTCCGATTTCAAATTGGTCAATGGTCAAAAGTTAATAAACCCATTGCTGCGTTggt < 1:224843‑M2/65‑4 (MQ=255) aCCTCGAGTGTCCGATTTCAAATTGGTCAATGGTCAAAAGTTAATAAACCCATTGCTGCGTTggt < 1:170278‑M2/65‑4 (MQ=255) ccTCGAGTGTCCGATTTCAAATTGGTCAATGGTCAAAAGTTAATAAACCCATTGCTGCGTTggtg < 1:1482999‑M2/65‑5 (MQ=255) gAGTGTCCGATTTCAAATTGGTCAATGGTCAAAAGTTAATAAACCCATTGCTGCGTTggtgatgc > 1:711667‑M2/1‑57 (MQ=255) gAGTGTCCGATTTCAAATTGGTCAATGGTCAAAAGTTAATAAACCCATTGCTGCGTTggtgatgc > 1:182825‑M2/1‑57 (MQ=255) gAGTGTCCGATTGCAAATTGGTCAATGGTCAAAAGTTAATAAACCCATTGCTGCCTTggtgatgc > 1:1789578‑M2/1‑57 (MQ=255) aGTGTCCGATTTCAAATTGGTCAATGGTCAAAAGTTAATAAACCCATTGCTGCGTTTATATTAtc > 1:568129/1‑65 (MQ=255) ccGATTTCAAATTGGTCAATGGTCAAAAGTTAATAAACCCATTGCTGCGTTTATATTATcgtcgt < 1:1150930/65‑1 (MQ=255) cGATTTCAAATTGGTCAATGGTCAAAAGTTAATAAACCCATTGCTGCGTTTATATTATCGTCGTg < 1:2245280/65‑1 (MQ=255) aTTTCAAATTGGTCAATGGTCAAAAGTTAATAAACCCATTGCTGCGTTggtgatgctgccaactt < 1:2473654‑M2/65‑18 (MQ=255) aTTTCAAATTGGTCAATGGTCAAAAGTTAATAAACCCATTGCTGCGTTTATATTATCGTCGTGCt < 1:743412/65‑1 (MQ=255) ttCAAATTGGTCAATGGTCAAAAGTTAATAAACCCATTGCTGCGTTTATATTATCGTCGTGCTAt < 1:3420017/65‑1 (MQ=255) cAAATTGGTCAATGGTCAAAAGTTAATAAACCCATTGCTGCGTTTATATTATCGTCGTGCTATgg < 1:1500325/65‑1 (MQ=255) cAAATTGGTCAATGGTCAAAAGTTAATAAACCCATTGCTGCGTTTATATTATCGTCGTGCTATgg < 1:364881/65‑1 (MQ=255) aaaTTGGTCAATGGTCAAAAGTTAATAAACCCATTGCTGCGTTggtgatgctgccaacttactga > 1:1515467‑M2/1‑43 (MQ=255) tggtcaatggtcaaAAGTTAATAAACCCATTGCTGCGTTggtgatgctgccaacttactgattta > 1:2631847‑M2/1‑39 (MQ=255) gtcaatggtcagAAGTTAAGAAGCCCATTGCTGCGTTggtgatgctgccaacttactgatttagt > 1:2548260‑M2/1‑37 (MQ=255) gtcaatggtcaaAAGTTAATAAACCCATTGCTGCGTTggtgatgctgccaacttactgatttagt > 1:603296‑M2/1‑37 (MQ=255) gtcaatggtcaaAAGTTAATAAACCCATTGCTGCGTTggtgatgctgccaacttactgatttagt > 1:2862323‑M2/1‑37 (MQ=255) caatggtcaaAAGTTAATAAACCCATTGCTGCGTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgt > 1:4199357‑M2/1‑35 (MQ=255) atggtcaaAAGTTAATAAACCCATTGCTGCGTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtat > 1:3646520‑M2/1‑33 (MQ=255) caaAAGTTAATAAACCCATTGCTGCGTTTATATTATCGTCGTGCTATGGTACATACATTCACaaa < 1:1326145/65‑1 (MQ=255) aGTTAATAAACCCATTGCTGCGTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtt < 1:1893570‑M2/65‑42 (MQ=255) aGTTAATAAACCCATTGCTGCGTTTATATTATCGTCGTGCTATGGTACATACATTCACAAatgta < 1:2652507/65‑1 (MQ=255) gTTAATAAACCCATTGCTGCGTTTATATTATCGTCGTGCTATGGTACATACATTCACAAatgtat < 1:1190460/65‑1 (MQ=255) gTTAATAAACCCATTGCTGCGTTTATATTATCGTCGTGCTATGGTACATACATTCACAAatgtat < 1:197800/65‑1 (MQ=255) ataaACCCATTGCTGCGTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttga > 1:1613343‑M2/1‑19 (MQ=255) gaCCCATTGCTGCGTTTATATTATCGTCGTGCTATGGTACATACATTCACAAATGTATGTAAATc < 1:617763/64‑1 (MQ=255) aaCCCATTGCTGCGTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggt < 1:1613728‑M2/65‑50 (MQ=255) aaCCCATTGCTGCGTTTATATTATCGTCGTGCTATGGTACATACATTCACACATGTATGTAAATc > 1:3589188/1‑65 (MQ=255) aaCCCATTGCTGCGTTTATATTATCGTCGTGCTATGGTACATACATTCACAAATGTATGTAAATc < 1:304474/65‑1 (MQ=255) aTTGCTGCGTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctcc > 1:3112071‑M2/1‑11 (MQ=255) tgctgcGTTTATATTATCGTCGTGCTATGGTACATACATTCACAAATGTATGTAAATCTAACGcc < 1:3363901/65‑1 (MQ=255) tgctgcGTTTATATTATCGTCGTGCTATGGTACATACATTCACAAATGTATGTAAATCTAACGcc < 1:2746094/65‑1 (MQ=255) gctgcGTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagt < 1:2188879‑M2/65‑58 (MQ=255) tgcGTTTATATTATCGTCGTGCTATGGTACATACATTCACAAATGTATGTAAATCTAACGCCTGt < 1:353124/65‑1 (MQ=255) tgctggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggct > 1:3462198‑M2/4‑4 (MQ=255) cGTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggct > 1:2693360‑M2/1‑4 (MQ=255) cGTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggct < 1:960261‑M2/65‑62 (MQ=255) atggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttc < 1:3607881‑M2/64‑64 (MQ=255) tggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttct > 1:3460727‑M2/1‑1 (MQ=255) | AAACCTCGAGTGTCCGATTTCAAATTGGTCAATGGTCAAAAGTTAATAAACCCATTGCTGCGTTTATATTATCGTCGTGCTATGGTACATACATTCACAAATGTATGTAAATCTAACGCCTGTAAATT > NC_000913/485624‑485751 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |