| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 481157 | 54 (0.930) | 15 (0.270) | 10/124 | 1.4 | 22.3% | intergenic (‑449/+97) | tomB/acrB | protein that modulates Hha toxicity/multidrug efflux pump RND permease AcrB |
| ? | NC_000913 | 1049778 = | NA (NA) | noncoding (1/768 nt) | IS1 | repeat region | |||||
ATAAATTAACTAACAATCAGTATTTTTTATGAATTTTATCCGTGGTTAATACTGGTTTTCGTATGAGATCCTGAGTTGGTGGTTCAATTACTCCTTAATGTTCGTAGGTTATGCATAAAA > NC_000913/481097‑481216 | ataAATTAACTAACAATCAGTATTTTTTATGAATTTTATCCGTGGTTAATACTGGTTTTCGggtg > 1:1528911‑M1/1‑61 (MQ=255)ataAATTAACTAACAATCAGTATTTTTTATGAATTTTATCCGTGGTTAATACTGGTTTTCGggtg > 1:2551851‑M1/1‑61 (MQ=255)ataAATTAACTAACAATCAGTATTTTTTATGAATTTTATCCGTGGTTAATACTGGTTTTCGTATg > 1:1556215/1‑65 (MQ=255)ataAATTAACTAACAATCAGTATTTTTTATGAATTTTATCCGTGGTTAATACTGGTTTTCGTATg > 1:1855354/1‑65 (MQ=255)ataAATTAACTAACAATCAGTATTTTTTATGAATTTTATCCGTGGTTAATACTGGTTTTCGTATg > 1:4359306/1‑65 (MQ=255)ataAATTAACTAACAATCAGTATTTTTTATGAATTTTATCCGTGGTTAATACTGGTTTTCGTATg > 1:328506/1‑65 (MQ=255)ataAATTAACTAACAATCAGTATTTTTTATGAATTTTATCCGTGGTTAATACTGGTTTTCGTATg > 1:3568660/1‑65 (MQ=255) taAATTAACTAACAATCAGTATTTTTTATGAATTTTATCCGTGGTTAATACTGGTTTTCGTATga < 1:96835/65‑1 (MQ=255) aaTTAACTAACAATCAGTATTTTTTATGAATTTTATCCGTGGTTAATACTGGTTTTCGTATgaga < 1:3071049/65‑1 (MQ=255) aaTTAACTAACAATCAGTATTTTTTATGAATTTTATCCGTGGTTAATACTGGTTTTCGTATgaga < 1:909963/65‑1 (MQ=255) aaTTAACTAACAATCAGTATTTTTTATGAATTTTATCCGTGGTTAATACTGGTTTTCGTATgaga < 1:711208/65‑1 (MQ=255) aaTTAACTAACAATCAGTATTTTTTATGAATTTTATCCGTGGTTAATACTGGTTTTCGTATgaga < 1:1821077/65‑1 (MQ=255) aaTTAACTAACAATCAGTATTTTTTATGAATTTTATCCGTGGTTAATACTGGTTTTCGTATgaga < 1:4595907/65‑1 (MQ=255) aTTAACTAACAATCAGTATTTTTTATGAATTTTATCCGTGGTTAATACTGGTTTTCGggtgatgc < 1:3234676‑M1/65‑9 (MQ=255) aTTAACTAACAATCAGTATTTTTTATGAATTTTATCCGTGGTTAATACTGGTTTTCGggtgatgc < 1:3354552‑M1/65‑9 (MQ=255) aTTAACTAACAATCAGTATTTTTTATGAATTTTATCCGTGGTTAATACTGGTTTTCGTATGAGAt < 1:3051838/65‑1 (MQ=255) aTTAACTAACAATCAGTATTTTTTATGAATTTTATCCGTGGTTAATACTGGTTTTCGTATGAGAt > 1:2043159/1‑65 (MQ=255) aTTAACTAACAATCAGTATTTTTTATGAATTTTATCCGTGGTTAATACTGGTTTTCGTATGAGAt > 1:985398/1‑65 (MQ=255) aTTAACTAACAATCAGTATTTTTTATGAATTTTATCCGTGGTTAATACTGGTTTTCGTATGAGAt < 1:99520/65‑1 (MQ=255) ttAACTAACAATCAGTATTTTTTATGAATTTTATCCGTAGTTAATACTGGTTTTCGTATGAGATc < 1:3736041/65‑1 (MQ=255) ctaacGATCAGTATTTTTTATGAATTTTATCCGTGGTTAATACTGGTTTTCGTATGAGATCCTGa < 1:730312/65‑1 (MQ=255) ctaacAATCAGTATTTTTTATGAATTTTATCCGTGGTTAATACTGGTTTTCGTATGAGATCCTGa < 1:3572298/65‑1 (MQ=255) ctaacAATCAGTATTTTTTATGAATTTTATCCGTGGTTAATACTGGTTTTCGTATGAGATCCTGa < 1:1467245/65‑1 (MQ=255) taacAATCAGTATTTTTTATGAATTTTATCCGTGGTTAATACTGGTTTTCGTATGAGATCCTGAg > 1:4352968/1‑65 (MQ=255) aacAATCAGTATTTTTTATGAATTTTATCCGTGGTTAATACTGGTTTTCGTATGAGATCCTGAGt < 1:3332939/65‑1 (MQ=255) aaTCAGTATTTTTTATGAATTTTATCCGTGGTTAATACTGGTTTTCGTATGAGATCCTGAGTtgg > 1:3344968/1‑65 (MQ=255) cAGTATTTTTTATGAATTTTATCCGTGGTTAATACTGGTTTTCGTATGAGATCCTGAGTtggtgg < 1:3631961/65‑1 (MQ=255) aGTATTTTTTATGAATTTTATCCGTGGTTAATACTGGTTTTCGTATGAGATCCTGAGTTggtggt < 1:2156820/65‑1 (MQ=255) tATTTTTTATGAATTTTATCCGTGGTTAATACTGGTTTTCGggtgatgctgccaacttactgatt > 1:2965084‑M1/1‑41 (MQ=255) aTTTTTTATGAATTTTATCCGTGGTTAATACTGGTTTTCGTATGAGATCCTGAGTTGGTGGTTCa > 1:2361276/1‑65 (MQ=255) ttttgtATGAATTTTATCCGTGGTTAATACTGGTTTTCGTATGAGATCCTGAGTTGGTGGTTCaa < 1:651325/65‑1 (MQ=255) tttttATGAATTTTATCCGTGGTTAATACTGGTTTTCGggtgatgctgccaacttactgatttag > 1:976243‑M1/1‑38 (MQ=255) ttttATGAATTTTATCCGTGGTTAATCCTGGTTTTCGggtgatgctgccaacttactgatttagt < 1:3852895‑M1/65‑29 (MQ=255) ttttATGAATTTTATCCGTGGTTAATACTGGTTTTCGggtgatgctgccaacttactgatttagt < 1:2098103‑M1/65‑29 (MQ=255) ttttATGAATTTTATCCGTGGTTAATACTGGTTTTCGggtgatgctgccaacttactgatttagt < 1:1337342‑M1/65‑29 (MQ=255) ctttaTGAATTTTATCCGTGGTTAATACTGGTTTTCGagtgatgctgccaacttactgatttagt < 1:756130‑M1/64‑29 (MQ=255) ttATGAATTTTATCCGTGGTTAATACTGGTTTTCGggtgatgctgccaacttactgatttagtgt < 1:1449398‑M1/65‑31 (MQ=255) aTGAATTTTATCCGTGGTTAATACTGGTTTTCGggtgatgctgccaacttactgatttagtgtat < 1:2593231‑M1/65‑33 (MQ=255) aTGAATTTTATCCGTGGTTAATACTGGTTTTCGTATGAGATCCTGAGTTGGTGGTTCAATTACTc < 1:4596445/65‑1 (MQ=255) aTGAATTTTATCCGTGGTTAATACTGGTTTTCGTATGAGATCCTGAGTTGGTGGTTCAATTACTc < 1:3593654/65‑1 (MQ=255) tGAATTTTATCCGTGGTTAATACTGGTTTTCGTATGAGATCCTGAGTTGGTGGTTCAATTACTcc < 1:741498/65‑1 (MQ=255) tGAATTTTATCCGTGGTTAATACTGGTTTTCGTATGAGATCCTGAGTTGGTGGTTCAATTACTcc < 1:1884573/65‑1 (MQ=255) tGAATTTTATCCGTGGTTAATACTGGTTTTCGTATGAGATCCTGAGTTGGTGGTTCAATTACTcc < 1:4347961/65‑1 (MQ=255) tGAATTTTATCCGTGGTTAATACTGGTTTTCGTATGAGATCCTGAGTTGGTGGTTCAATTACTcc < 1:2553687/65‑1 (MQ=255) tGAATTTTATCCGTGGTTAATACTGGTTTTCGTATGAGATCCTGAGTTGGTGGTTCAATTACTcc < 1:483746/65‑1 (MQ=255) tGAATTTTATCCGTGGTTAATACTGCTTTTCGTATGAGATCCTGAGTTGGTGGTTCAATTACTcc < 1:4054203/65‑1 (MQ=255) tATCCGTGGTTAATACTGGTTTTCGTATGAGATCCTGAGTTGGTGGTTCAATTACTCCTTAATGt < 1:1639565/65‑1 (MQ=255) caTCCGTGGTTAATACTGGTTTTCGTATGAGATCCTGAGTTGGTGGTTCAATTACTCCTTAATGt < 1:739591/64‑1 (MQ=255) aTCCGTGGTTAATTCTGGTTTTCGTATGAGATCCTGAGTTGGTGGTTCAATTACTCCTTAATGtt < 1:1483751/65‑1 (MQ=255) aTCCGTGGTTAATACTGGTTTTCGggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtt < 1:4425321‑M1/65‑42 (MQ=255) aTCCGTGGTTAATACTGGTTTTCGTATGAGATCCTGAGTTGGTGGTTCAATTACTCCTTAATGtt < 1:1035380/65‑1 (MQ=255) tCCGTGGTTAATACTGGTTTTCGTATGAGATCCTGAGTTGGTGGTTCAATTACTCCTTAATGTTc > 1:557020/1‑65 (MQ=255) tGGTTAATACTGGTTTTCGggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttga < 1:1614583‑M1/65‑47 (MQ=255) ggTTAATACTGGTTTTCGTATGAGATCCTGAGTTGGTGGTTCAATTACTCCTTAATGTTCGTAgg < 1:3527054/65‑1 (MQ=255) ggtAATACTGGTTTTCGTATGAGATCCTGAGTTGGTGGTTCAATTACTCCTTAATGTTCGTAGGt < 1:383299/63‑1 (MQ=255) gTTAATACTGGTTTTCGTATGAGATCCTGAGTTGGTGGTTCAATTACTCCTTAATGTTCGTAGGt < 1:1891583/65‑1 (MQ=255) gTTAATACTGGTTTTCGTATGAGATCCTGAGTTGGTGGTTCAATTACTCCTTAATGTTCGTAGGt < 1:3480237/65‑1 (MQ=255) ttAATTCTTGTTTTCGggttatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggt < 1:4353253‑M1/65‑50 (MQ=255) aaTACTGGTTTTCGTATGAGATCCTGAGTTGGTGGTTCAATTACTCCTTAATGTTCGTAGGTTAt < 1:2647226/65‑1 (MQ=255) aTACTGGTTTTCGTATGAGATCCTGAGTTGGTGGTTCAATTACTCCTTAATGTTCGTAGGTTATg > 1:1824035/1‑65 (MQ=255) tACTGGTTTTCGTATGAGATCCTGAGTTGGTGGTTCAATTACTCCTTAATGTTCGTAGGTTATGc < 1:525436/65‑1 (MQ=255) tACTGGTTTTCGTATGAGATCCTGAGTTGGTGGTTCAATTACTCCTTAATGTTCGTAGGTTATGc < 1:3817201/65‑1 (MQ=255) aCTGGTTTTCGTATGAGATCCTGAGTTGGTGGTTCAATTACTCCTTAATGTTCGTAGGTTATGCa > 1:4585495/1‑65 (MQ=255) aCTGGTTTTCGTATGAGATCCTGAGTTGGTGGTTCAATTACTCCTTAATGTTCGTAGGTTATGCa > 1:4542816/1‑65 (MQ=255) aCTGGTTTTCGTATGAGATCCTGAGTTGGTGGTTCAATTACTCCTTAATGTTCGTAGGTTATGCa > 1:4279701/1‑65 (MQ=255) aCTGGTTTTCGTATGAGATCCTGAGTTGGTGGTTCAATTACTCCTTAATGTTCGTAGGTTATGCa > 1:4228292/1‑65 (MQ=255) aCTGGTTTTCGTATGAGATCCTGAGTTGGTGGTTCAATTACTCCTTAATGTTCGTAGGTTATGCa > 1:3999084/1‑65 (MQ=255) aCTGGTTTTCGTATGAGATCCTGAGTTGGTGGTTCAATTACTCCTTAATGTTCGTAGGTTATGCa > 1:3966626/1‑65 (MQ=255) ttttCGTATGAGATCCTGAGTTGGTGGTTCAATTACTCCTTAATGTTCGTAGGTTATGCATaaaa > 1:3451461/1‑65 (MQ=255) | ATAAATTAACTAACAATCAGTATTTTTTATGAATTTTATCCGTGGTTAATACTGGTTTTCGTATGAGATCCTGAGTTGGTGGTTCAATTACTCCTTAATGTTCGTAGGTTATGCATAAAA > NC_000913/481097‑481216 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |