| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 481157 | 54 (0.930) | 15 (0.270) | 10/124 | 1.4 | 22.3% | intergenic (‑449/+97) | tomB/acrB | protein that modulates Hha toxicity/multidrug efflux pump RND permease AcrB |
| ? | NC_000913 | 1049778 = | NA (NA) | noncoding (1/768 nt) | IS1 | repeat region | |||||
CATAAGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTG > NC_000913/1049715‑1049842 | cATAAGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACggg < 1:935555/65‑1 (MQ=255) ataaattaactaacaatcagtattttttatgaattttatccgtggttaatactggttttcgGGTg > 1:1528911‑M2/62‑65 (MQ=255) ataaattaactaacaatcagtattttttatgaattttatccgtggttaatactggttttcgGGTg > 1:2551851‑M2/62‑65 (MQ=255) aGGATTGCAGCAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGAt > 1:1060360/1‑65 (MQ=255) aGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGAt > 1:3500224/1‑65 (MQ=255) aGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGAt > 1:3111804/1‑65 (MQ=255) aGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGAt > 1:1085061/1‑65 (MQ=255) ggATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGAtg > 1:2599835/1‑65 (MQ=255) ggATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGAtg > 1:532007/1‑65 (MQ=255) ggATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGAtg > 1:754936/1‑65 (MQ=255) ggATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGCGAtg > 1:2807784/1‑65 (MQ=255) gATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGAtgc > 1:2401840/1‑65 (MQ=255) gATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGAtgc < 1:1879776/65‑1 (MQ=255) attaactaacaatcagtattttttatgaattttatccgtggttaatactggttttcgGGTGAtgc < 1:3234676‑M2/8‑1 (MQ=255) attaactaacaatcagtattttttatgaattttatccgtggttaatactggttttcgGGTGAtgc < 1:3354552‑M2/8‑1 (MQ=255) aGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCaa > 1:3400581/1‑65 (MQ=255) gAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGCGATGCTGCCCAc > 1:1011711/1‑65 (MQ=255) aaaGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACt > 1:1712714/1‑65 (MQ=255) aaaGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACt < 1:3128051/65‑1 (MQ=255) gCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTAc > 1:2926117/1‑65 (MQ=255) tgtgTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGa < 1:3619288/65‑1 (MQ=255) tgtgTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGa < 1:149802/65‑1 (MQ=255) tgtgTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGa < 1:1312836/65‑1 (MQ=255) tgtgTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGa < 1:1713522/65‑1 (MQ=255) tattttttatgaattttatccgtggttaatactggttttcgGGTGATGCTGCCAACTTACTGAtt > 1:2965084‑M2/42‑65 (MQ=255) tttttatgaattttatccgtggttaatactggttttcgGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAg > 1:976243‑M2/39‑65 (MQ=255) ttCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAg < 1:1069025/65‑1 (MQ=255) ttCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAg > 1:4405428/1‑65 (MQ=255) ttttatgaattttatccgtggttaatcctggttttcgGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAgt < 1:3852895‑M2/28‑1 (MQ=255) ttttatgaattttatccgtggttaatactggttttcgGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAgt < 1:2098103‑M2/28‑1 (MQ=255) ttttatgaattttatccgtggttaatactggttttcgGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAgt < 1:1337342‑M2/28‑1 (MQ=255) tCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAgt < 1:3896710/65‑1 (MQ=255) tCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAgt < 1:4187226/65‑1 (MQ=255) tCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAgt < 1:4193720/65‑1 (MQ=255) tCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAgt < 1:38436/65‑1 (MQ=255) tCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAgt < 1:2748920/65‑1 (MQ=255) tCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAgt < 1:1351165/65‑1 (MQ=255) tCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAgt < 1:2722102/65‑1 (MQ=255) tCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAgt < 1:712184/65‑1 (MQ=255) tCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAgt < 1:534090/65‑1 (MQ=255) ctttatgaattttatccgtggttaatactggttttcgAGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAgt < 1:756130‑M2/28‑1 (MQ=255) ttatgaattttatccgtggttaatactggttttcgGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAgtgt < 1:1449398‑M2/30‑1 (MQ=255) atgaattttatccgtggttaatactggttttcgGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTat < 1:2593231‑M2/32‑1 (MQ=255) aaCTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTat < 1:524777/65‑1 (MQ=255) aaCTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTat < 1:1667000/65‑1 (MQ=255) aCTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTatg > 1:1878924/1‑65 (MQ=255) tCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGgt < 1:3232026/65‑1 (MQ=255) tttATTCATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGtt < 1:83738/65‑1 (MQ=255) tttATTCATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGtt < 1:1382677/65‑1 (MQ=255) atccgtggttaatactggttttcgGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGtt < 1:4425321‑M2/41‑1 (MQ=255) tggttaatactggttttcgGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGa < 1:1614583‑M2/46‑1 (MQ=255) tCATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGa > 1:979874/1‑65 (MQ=255) ttaattcttgttttcgGGTTATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGt < 1:4353253‑M2/49‑1 (MQ=255) tCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGt < 1:37048/65‑1 (MQ=255) tCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGt < 1:3648158/65‑1 (MQ=255) tCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGt < 1:499805/65‑1 (MQ=255) tCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGt < 1:4062706/65‑1 (MQ=255) tCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGt < 1:3358784/65‑1 (MQ=255) cATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTtct < 1:3288687/65‑1 (MQ=255) cATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTtct < 1:4379702/65‑1 (MQ=255) aTGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTtctc < 1:2967751/65‑1 (MQ=255) gACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAg < 1:1562547/65‑1 (MQ=255) cAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTg < 1:38373/65‑1 (MQ=255) aaTACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTgg < 1:4192990/65‑1 (MQ=255) aaTACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTgg > 1:1808000/1‑65 (MQ=255) tACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCt < 1:1166952/65‑1 (MQ=40) tACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCt < 1:2022966/65‑1 (MQ=40) tACGGGTGATGCTGCCAACGTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCt < 1:1063054/65‑1 (MQ=255) aCGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCtt > 1:1027021/1‑65 (MQ=39) aCGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCtt > 1:3107733/1‑65 (MQ=39) aCGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCtg > 1:2323700/1‑64 (MQ=39) aCGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTAAGGTTCTCCAGTGGCtt > 1:4191802/1‑65 (MQ=255) ggTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGGTGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTTTg > 1:2211045/1‑65 (MQ=255) ggTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTg > 1:695588/1‑65 (MQ=35) ggTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTg > 1:1792987/1‑65 (MQ=35) ggTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTg > 1:1689436/1‑65 (MQ=35) ggTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTg > 1:4218498/1‑65 (MQ=35) ggTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTg > 1:3986742/1‑65 (MQ=35) ggTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTg > 1:3465312/1‑65 (MQ=35) | CATAAGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTG > NC_000913/1049715‑1049842 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |