| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 291401 | NA (NA) | 16 (0.280) | 12/128 | 1.2 | 21.6% | noncoding (1/768 nt) | IS1 | repeat region |
| ? | NC_000913 | = 480996 | 58 (1.000) | intergenic (‑288/+258) | tomB/acrB | protein that modulates Hha toxicity/multidrug efflux pump RND permease AcrB | |||||
TCATAACATTTCAGGATTATCGCCAGATGAAATTGGTGACACTAATACCAGGATTGCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAAT > NC_000913/480934‑481060 | tCATAACATTTCAGGATTATCGCCAGATGAAATTGGTGACACTAATACCAGGATTGCTCTGAata > 1:2154889/1‑65 (MQ=255) cATAACATTTCAGGATTATCGCCAGATGAAATTGGTGACACTAATACCAGGATTGCTCTGAatat > 1:3061024/1‑65 (MQ=255) cATAACATTTCAGGATTATCGCCAGATGAAATTGGTGACACTAATACCAGGATTGCTCTGAAggt > 1:835305‑M2/1‑62 (MQ=255) aCATTTCAGGATTATCGCCAGATGAAATTGGTGACACTAATACCAGGATTGCTCTGAAggtgatg < 1:696768‑M2/65‑8 (MQ=255) aCATTTCAGGATTATCGCCAGATGAAATTGGTGACACTAATACCAGGATTGCTCTGAATATGAcc < 1:680387/65‑2 (MQ=255) aCATTTCAGGATTATCGCCAGATGAAATTGGTGACACTAATACCAGGATTGCTCTGAATATGACg > 1:3325777/1‑65 (MQ=255) aCATTTCAGGATTATCGCCAGATGAAATTGGTGACACTAATACCAGGATTGCTCTGAATATGACg < 1:498506/65‑1 (MQ=255) aCATTTCAGGATTATCGCCAGATGAAATTGGTGACACTAATACCAGGATTGCTCTGAATATGACg > 1:2473804/1‑65 (MQ=255) aCATTTCAGGATTATCGCCAGATGAAATTGGTGACACTAATACCAGGATTGCTCTGAATATGACg > 1:2648060/1‑65 (MQ=255) aCATTTCAGGATTATCGCCAGATGAAATTGGTGACACTAATACCAGGATTGCTCTGAATATGACg > 1:1898947/1‑65 (MQ=255) aCATTTCAGGATTATCGCCAGATGAAATTGGTGACACTAATACCAGGATTGCTCTGAATATGACg < 1:3296663/65‑1 (MQ=255) aCATTTCAGGATTATCGCCAGATGAAATTGGTGACACTAATACCAGGATTGCTCTGAATATGACg > 1:331540/1‑65 (MQ=255) aCATTTCAGGATTATCGCCAGATGAAATTGGTGACACTAATACCAGGATTGCTCTGAATATGACg > 1:962747/1‑65 (MQ=255) aTTTCAGGATTATCGCCAGATGAAATTGGTGACACTAATACCAGGATTGCTCTGAATATGACGta < 1:4408585/65‑1 (MQ=255) ggATTATCGCCAGATGAAATTGGTGACACTAATACCAGGATTGCTCTGAATATGACGTAATAAcc < 1:1255384/65‑1 (MQ=255) ggATTATCGCCAGATGAAATTGGTGACACTAATACCAGGATTGCTCTGAATATGACGTAATAAcc > 1:4314297/1‑65 (MQ=255) gATTATCGCCAGATGAAATTGGTGACACTAATACCAGGATTGCTCTGAAggtgatgctgccaact > 1:2276393‑M2/1‑49 (MQ=255) cGCCAGATGAAATTGGTGACACTAATACCAGGATTGCTCTGAAggtgatgctgccaacttactga > 1:1006199‑M2/1‑43 (MQ=255) cGCCAGATGAAATTGGTGACACTAATACCAGGATTGCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGgaat > 1:2592941/1‑65 (MQ=255) ccAGATGAAATTGGTGACACTAATACCAGGATTGCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGgaatga < 1:1144073/65‑1 (MQ=255) ccAGATGAAATTGGTGACACTAATACCAGGATTGCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGgaatga > 1:375864/1‑65 (MQ=255) ccAGATGAAATTGGTGACACTAATACCAGGATTGCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGgaatga > 1:4118288/1‑65 (MQ=255) aTGAAATTGGTGACACTAATACCAGGATTGCTCTGAAggtgatgctgccaacttactgatttagt > 1:4412597‑M2/1‑37 (MQ=255) aTGAAATTGGTGACACTAATACCAGGATTGCTCTGAAggtgatgctgccaacttactgatttagt > 1:3261424‑M2/1‑37 (MQ=255) tGAAATTGGTGACACTAATACCAGGATTGCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATaaa < 1:2627362/65‑1 (MQ=255) aaaTTGGTGACACTAATACCAGGATTGCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGa > 1:571676/1‑65 (MQ=255) aaaTTGGTGACACTAATACCAGGATTGCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGa > 1:3735081/1‑65 (MQ=255) aaaTTGGTGACACTAATACCAGGATTGCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGa < 1:2745912/65‑1 (MQ=255) aaaTTGGTGACACTAATACCAGGATTGCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGa < 1:21320/65‑1 (MQ=255) aaaTTGGTGACACTAATACCAGGATTGCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGa < 1:4179696/65‑1 (MQ=255) aTTGGTGACACTAATACCAGGATTGCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAAt > 1:2940645/1‑65 (MQ=255) aTTGGTGACACTAATACCAGGATTGCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAAt > 1:3457888/1‑65 (MQ=255) ttGGTGACACTAATACCAGGATTGCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAAtt > 1:1477642/1‑65 (MQ=255) tGGTGACACTAATACCAGGATTGCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTa > 1:3151533/1‑65 (MQ=255) cacTAATACCAGGATTGCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGggtgatgctgccaacttactga > 1:3627439‑M2/1‑43 (MQ=255) cacTAATACCAGGATTGCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGggtgatgctgccaacttactga > 1:2340032‑M2/1‑43 (MQ=255) acTAATACCAGGATTGCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCaaa > 1:4583789/1‑65 (MQ=255) cTAATACCAGGATTGCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAaat > 1:2551672/1‑65 (MQ=255) tAATACCAGGATTGCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAaata < 1:2264406/65‑1 (MQ=255) aTACCAGGATTGCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGggtgatgctgccaacttactgatttag > 1:3092214‑M2/1‑38 (MQ=255) aCCAGGATTGCTCTGAAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgagg < 1:1615220‑M2/65‑49 (MQ=255) aCCAGGATTGCTCTGAAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgagg < 1:3108132‑M2/65‑49 (MQ=255) aCCAGGATTGCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTa > 1:3790371/1‑65 (MQ=255) aCCAGGATTGCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTa > 1:4106063/1‑65 (MQ=255) aCCAGGATTGCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTa > 1:4478128/1‑65 (MQ=255) aCCAGGATTGCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTa > 1:3379991/1‑65 (MQ=255) aCCAGGATTGCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTa > 1:2204511/1‑65 (MQ=255) aCCAGGATTGCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTa > 1:2080621/1‑65 (MQ=255) aCCAGGATTGCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTAACGCAAATAATTa > 1:2957545/1‑65 (MQ=255) ccAGGATTGCTCTGAAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggt > 1:2826239‑M2/1‑16 (MQ=255) cAGGATTGCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAg > 1:3048210/1‑65 (MQ=255) cAGGATTGCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAg < 1:4569571/65‑1 (MQ=255) cAGGATTGCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAg < 1:4014267/65‑1 (MQ=255) aGGATTGCTCTGAAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgc > 1:2583338‑M2/1‑14 (MQ=255) aGGATTGCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGa < 1:3944056/65‑1 (MQ=255) ggATTGCTCTGAAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgct > 1:4541142‑M2/1‑13 (MQ=255) ggATTGCTCTGAAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgct > 1:2287107‑M2/1‑13 (MQ=255) ggATTGCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGaa < 1:1105421/65‑1 (MQ=255) ggATTGCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGaa > 1:2424783/1‑65 (MQ=255) ggATTGCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGaa > 1:3381895/1‑65 (MQ=255) aTTGCTCTGAAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctcc < 1:3436710‑M2/65‑55 (MQ=255) aTTGCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATa > 1:4179649/1‑65 (MQ=255) aTTGCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATa > 1:1111563/1‑65 (MQ=255) aTTGCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATa > 1:2369962/1‑65 (MQ=255) aTTGCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATa > 1:4415695/1‑65 (MQ=255) aTTGCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATa > 1:377804/1‑65 (MQ=255) aTTGCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATa > 1:3799463/1‑65 (MQ=255) tGCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGc < 1:3427082/65‑1 (MQ=255) tGCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGc < 1:1692706/65‑1 (MQ=255) gCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGcc < 1:2200410/65‑1 (MQ=255) tctGAAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtgg < 1:977315‑M2/65‑60 (MQ=255) tctGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCctc > 1:4404892/1‑65 (MQ=255) tctGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCctc > 1:2430975/1‑65 (MQ=255) tctGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCctc > 1:1701031/1‑65 (MQ=255) ctGAATATGACGTAATAACCGAGGggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtt > 1:4381586‑M2/1‑24 (MQ=255) tGAAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggct > 1:3807413‑M2/1‑4 (MQ=255) tGAAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggct > 1:4024051‑M2/1‑4 (MQ=255) atatGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCCCTAAAt > 1:2922132/1‑65 (MQ=255) | TCATAACATTTCAGGATTATCGCCAGATGAAATTGGTGACACTAATACCAGGATTGCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAAT > NC_000913/480934‑481060 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |