| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 2481751 = | 63 (0.620) | 49 (0.490) | 28/270 | 1.8 | 36.1% | coding (426/1539 nt) | emrY | tripartite efflux pump membrane subunit EmrY |
| ? | NC_000913 | = 2481901 | 112 (1.130) | coding (276/1539 nt) | emrY | tripartite efflux pump membrane subunit EmrY | |||||
AATGTGTAGCCTATCGACCAATCTTGATGTGCTGATATTTTTTAGAGTCGTTCAGGGGTTAATGGCGGGGCCGTTAATTCCACTGTCACAGAGTTTATTATTAAGGAATTATCCGCCAGAAAAAAGAACATTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/2481883‑2481751‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tttTTTTTCGCTGTCTTCATTAATGTGTAGCCTATCGACCAATCTTGATGTGCTGATATTTTTTAGAGTCGTTCAGGGGTTAATGGCGGGGCCGTTAATTCCACTGTCACAGAGTTTATTATT < NC_000913/2481901‑2481782 AATGTGTAGCCTATCGACCAATCTTGATGTGCTGATATTTTTTAGAGTCGTTCAGGGGTTAATGGCGGGGCCGTTAATTCCACTGTCACAGAGTTTATTATTAAGGAATTATCCGCCAGAAAAAAGAACATTTTTTTTCG < 1:465329/140‑1AATGTGTAGCCTATCGACCAATCTTGATGTGCTGATATTTTTTAGAGTCGTTCAGGGGTTAATGGCGGGGCCGTTAATTCCACTGTCACAGAGTTTATTATTAAGGAATTATCCGCCAGAAAAAAGAACATTTTTTTTCG < 1:448803/140‑1AATGTGTAGCCTATCGACCAATCTTGATGTGCTGATATTTTTTAGAGTCGTTCAGGGGTTAATGGCGGGGCCGTTAATTCCACTGTCACAGAGTTTATTATTAAGGAATTATCCGCCAGAAAAAAGAACATTTTTTTTCG < 2:381041/140‑1AATGTGTAGCCTATCGACCAATCTTGATGTGCTGATATTTTTTAGAGTCGTTCAGGGGTTAATGGCGGGGCCGTTAATTCCACTGTCACAGAGTTTATTATTAAGGAATTATCCGCCAGAAAAAAGAACATTTTTTTTCG < 1:1632947/140‑1 TGTGTAGCCTATCGACCAATCTTGATGTGCTGATATTTTTTAGAGTCGTTCAGGGGTTAATGGCGGGGCCGTTAATTCCACTGTCACAGAGTTTATTATTAAGGAATTATCCGCCAGAAAAAAGAACATTTTTTTTCGCT < 1:1192977/140‑1 TGTGTAGCCTATCGACCAATCTTGATGTGCTGATATTTTTTAGAGTCGTTCAGGGGTTAATGGCGGGGCCGTTAATTCCACTGTCACAGAGTTTATTATTAAGGAATTATCCGCCAGAAAAAAGAACATTTTTTTTCGCT < 1:62112/140‑1 TGTAGCCTATCGACCAATCTTGATGTGCTGATATTTTTTAGAGTCGTTCAGGGGTTAATGGCGGGGGCGTTAATTTCACTTTCACAGAGTTTTTTTTTAAGGAATTATTCCCCCGAAAAAAAAAAAATTTTTTTttcttt > 2:1617231/1‑134 TGTAGCCTATCGACCAATCTTGATGTGCTGATATTTTTTAGAGTCGTTCAGGGGTTAATGGCGGGGCCGTTAATTCCACTGTCACAGAGTTTATTATTAAGGAATTATCCGCCAGAAAAAAGAACATTTTTTTTCGCTGT < 1:647775/140‑1 TGTAGCCTATCGACCAATCTTGATGTGCTGATATTTTTTAGAGTCGTTCAGGGGTTAATGGCGGGGCCGTTAATTCCACTGTCACAGAGTTTATTATTAAGGAATTATCCGCCAGAAAAAAGAACATTTTTTTTCGCTGT < 1:325363/140‑1 TGTAGCCTATCGACCAATCTTGATGTGCTGATATTTTTTAGAGTCGTTCAGGGGTTAATGGCGGGGCCGTTAATTCCACTGTCACAGAGTTTATTATTAAGGAATTATCCGCCAGAAAAAAGAACATTTTTTTTCGCTGT < 2:368398/140‑1 AGCCTATCGACCAATCTTGATGTTCTGATATTTTTTAGAGTCGTTCAGGGGTTAATGGCGGGGCCGTTAATTCCACTGTCACAGAGTTTATTATTAAGGAATTATCCGCCAGAAAAAAGAACATTTTTTTTCGCTGTCTT < 2:1543776/140‑1 AGCCTATCGACCAATCTTGATGTGCTGATATTTTTTAGAGTCGTTCAGGGGTTAATGGCGGGGCCGTTAATTCCACTGTCACAGAGTTTATTATTAAGGAATTATCCGCCAGAAAAAAGAACATTTTTTTTCGCTGTCTT < 1:793206/140‑1 ATCGACCAATCTTGATGTGCTGATATTTTTTAGAGTCGTTCAGGGGTTAATGGCGGGGCCGTTAATTCCACTGTCACAGAGTTTATTATTAAGGAATTATCCGCCAGAAAAAAGAACATTTTTTTTCGCTGTCTTCATaa < 1:207389/140‑3 ATCGACCAATCTTGATGTGCTGATATTTTTTAGAGTCGTTCAGGGGTTAATGGCGGGGCCGTTAATTCCACTGTCACAGAGTTTATTATTAAGGAATTATCCGCCAGAAAAAAGAACATTTTTTTTCGCTGTCTTCATTA < 1:153764/140‑1 ATCGACCAATCTTGATGTGCTGATATTTTTTAGAGTCGTTCAGGGGTTAATGGCGGGGCCGTTAATTCCACTGTCACAGAGTTTATTATTAAGGAATTATCCGCCAGAAAAAAGAACATTTTTTTTCGCTGTCTTCATTA < 1:431460/140‑1 CGACCAATCTTGATGTGCTGATATTTTTTAGAGTCGTTCAGGGGTTAATGGCGGGGCCGTTAATTCCACTGTCACAGAGTTTATTATTAAGGAATTATCCGCCAGAAAAAAGAACATTTTTTTTCGCTGTCTTCATTAAT < 1:97325/140‑1 acagGATATTTTTTAGAGTCGTTCAGGGGTTAATGGCGGGGCCGTTAATTCCACTGTCACAGAGTTTATTATTAAGGAATTATCCGCCAGAAAAAAGAACATTTTTTTTCGCTGTCTTCATTAATGTGTAGCCTATCGAC < 1:126595/136‑1 TGCTGATATTTTTTAGAGTCGTTCAGGGGTTAATGGCGGGGCCGTTAATTCCACTGTCACAGAGTTTATTATTAAGGAATTATCCGCCAGAAAAAAGAACATTTTTTTTCGCTGTCTTCATTAATGTGTAGCCTATCGAC < 1:1419190/140‑1 TGCTGATATTTTTTAGAGTCGTTCAGGGGTTAATGGCGGGGCCGTTAATTCCACTGTCACAGAGTTTATTATTAAGGAATTATCCGCCAGAAAAAAGAACATTTTTTTTCGCTGTCTTCATTAATGTGTAGCCTATCGAC < 1:1600770/140‑1 TGCTGATATTTTTTAGAGTCGTTCAGGGGTTAATGGCGGGGCCGTTAATTCCACTGTCACAGAGTTTATTATTAAGGAATTATCCGCCAGAAAAAAGAACATTTTTTTTCGCTGTCTTCATTAATGTGTAGCCTATCGAC < 1:565971/140‑1 CTGATATTTTTTAGAGTCGTTCAGGGGTTAATGGCGGGGGCGGTAATTTCACTGTCACAGAGGTTATTATTAATGAATTATCCGCCAGAAAAAAAAAAAATTTTTTTTTCTGTTTTCATTAATTTGTAGCCTATCGACCA > 2:959280/1‑140 TTTTAGAGTCGTTCAGGGGTTAATGGCGGGGCCGTTAATTCCACTGTCACAGAGTTTATTATTAAGGAATTATCCGCCAGAAAAAAGAACATTTTTTTTCGCTGTCTTCATTAATGTGTAGCCTATCGACCAATCTTGAT < 1:959280/140‑1 TTAATGGCGGGGCCGTTAATTCCACTGTCACAGAGTTTATTATTAAGGAATTATCCGCCAGAAAAAAGAACATTTTTTTTCGCTGTCTTCATTAATGTGTAGCCTATCGACCAATCTTGATGTGCTGATATTTTTTAGAG < 1:322024/140‑1 TTAATGGCGGGGCCGTTAATTCCACTGTCACAGAGTTTATTATTAAGGAATTATCCGCCAGAAAAAAGAACATTTTTTTTCGCTGTCTTCATTAATGTGTAGCCTATCGACCAATCTTGATGTGCTGATATTTTTTAGAG < 1:1383671/140‑1 GGCTGGCCCGTTAATTCCACTTTGCCCAAATTTATTATTAAGGAATTATCCTCCAGAAATAAGACCATTTTTTTTCGCTGTCTTCATTAATGTGTAGCCTATCGACCAATCTTGATGTGCTGATATTTTTTAGAGTCGTT < 2:298852/140‑1 atGGGTCGTTAATTCCGGTTGCACAAAATTTATTATTAATTAATTATCCTCCAAAAAAAAGAACATTTTTTTTCGCTGTCTTCATTAATGTGTAGCCTATCGACCAATCTTGATGTGCTGATATTTTTTAGAGTCGTTCA < 2:114896/138‑1 CGGGGCCGTTAATTCCAGTTTCACAGAGTTTATTATGAAGTAATTATCCTCCAGCAAAAAGAACATTTTTTTTCGCTGTCTTCATTAATGTGTAGCCTATCGACCAATCTTGATGTGCTGATATTTTTTAGAGTCGTTCA < 2:27441/140‑1 TAATTCCACTGTCACAGAGTTTATTATTAAGGAATTATCCGCCAGAAAAAAGAACATTTTTTTTCGCTGTCTTCATTAATGTGTAGCCTATCGACCAATCTTGATGTGCTGATATTTTTTAGAGTCGTTCAGGGGTTAAT > 1:463635/1‑140 TGTCACAGAGTTTATTATTAAGGAATTATCCGCCAGAAAAAAGAACATTTTTTTTCGCTGTCTTCATTAATGTGTAGCCTATCGACCAATCTTGATGTGCTGATATTTTTTAGAGTCGTTCAGGGGTTAATGGCGGGGgc > 1:1299527/1‑138 TCACAGAGTTTATTATTAAGGAATTATCCGCCAGAAAAAAGAACATTTTTTTTCGCTGTCTTCATTAATGTGTAGCCTATCGACCAATCTTGATGTGCTGATATTTTTTAGAGTCGTTCAGGTGTTAATGGCTGGGGCGg > 2:431407/1‑139 ACAGAGTTTATTATTAAGGAATTATCCGCCAGAAAAAAGAACATTTTTTTTCGCTGTCTTCATTAATGTGTAGCCTATCGACCAATCTTGATGTGCTGATATTTTTTAGAGTCGTTCAGGGGTTAATGGCGGGGGCGTTA > 2:729050/1‑140 TTTATTATTAAGGAATTATCCGCCAGAAAAAAGAACATTTTTTTTCGCTGTCTTCATTAATGTGTAGCCTATCGACCAATCTTGATGTGCTGATATTTTTTAGAGTCGTTCAGGGGTTAATGGCGGGGCCGTTAATTCCA < 1:1709958/140‑1 TTTATTATTAAGGAATTATCCGCCAGAAAAAAGAACATTTTTTTTCGCTGTCTTCATTAATGTGTAGCCTATCGACCAATCTTGATGTGCTGATATTTTTTAGAGTCGTTCAGGGGTTAATGGCGGGGCCGTTAATTCCA < 1:90071/140‑1 TATTATTAAGGAATTATCCGCCAGAAAAAAGAACATTTTTTTTCGCTGTCTTCATTAATGTGTAGCCTATCGACCAATCTTGATGTGCTGATATTTTTTAGAGTCGTTCAGGGGTTAATGGCGGGGGCGGTAAattttca > 2:663455/1‑133 TATTATTAAGGAATTATCCGCCAGAAAAAAGAACATTTTTTTTCGCTGTCTTCATTAATGTGTAGCCTATCGACCAATCTTGATGTGCTGATATTTTTTAGAGTCGTTCAGGGGTTAATGGCGGGGGCGGTAATTCTACT > 2:90071/1‑140 TATTATTAAGGAATTATCCGCCAGAAAAAAGAACATTTTTTTTCGCTGTCTTCATTAATGTGTAGCCTATCGACCAATCTTGATGTGCTGATATTTTTTAGAGTCGTTCAGGGGTTAATGGCGGGGCCGTTAATTCCACT > 2:1046777/1‑140 ATTAAGGAATTATCCGCCAGAAAAAAGAACATTTTTTTTCGCTGTCTTCATTAATGTGTAGCCTATCGACCAATCTTGATGTGCTGATATTTTTTAGAGTCGTTCAGGGGTTAATGGCGGGGCCGTTAATTCCACTGTCA > 1:1284307/1‑140 TTAAGGAATTATCCGCTAGAAAAAAGAACATTTTTTTTCGCTGTCTTCATTAATGTGTAGCCTATCGACCAATCTTGATGTGCTGATATTTTTTAGAGTCGTTCAGGGGTTAATGGCGGGGCCGTTAATTCCACTGTCAC < 2:1333385/140‑1 TAAGTAATTATACGTCAGAAAAAAGACCATTTTTTTTCGCTGTCTTCATTAATGTGTAGCCTATCGACCAATCTTGATGTGCTGATATTTTTTAGAGTCGTTCAGGGGTTAATGGCGGGGCCGTTAATTCCACTGTCACA < 2:554156/140‑1 TAAGGAATTATCCGCCAGAAAAAAGAACATTTTTTTTCGCTGTCTTCATTAATGTGTAGCCTATCGACCAATCTTGATGTGCTGATATTTTTTAGAGTCGTTCAGGGGTTAATGGCGGGGCCGTTAATTCCACTGTCACA < 1:1469780/140‑1 TAAGGAATTATCCGCCAGAAAAAAGAACATTTTTTTTCGCTGTCTTCATTAATGTGTAGCCTATCGACCAATCTTGATGTGCTGATATTTTTTAGAGTCGTTCAGGGGTTAATGGCGGGGCCGTTAATTCCACTGTCACA < 1:1046777/140‑1 TAAGGAATTATCCGCCAGAAAAAAGAACATTTTTTTTCGCTGTCTTCATTAATGTGTAGCCTATCGACCAATCTTGATGTGCTGATATTTTTTAGAGTCGTTCAGGGGTTAATGGCGGGGCCGTTAATTCCA < 2:1490116/132‑1 TAAGGAATTATCCGCCAGAAAAAAGAACATTTTTTTTCGCTGTCTTCATTAATGTGTAGCCTATCGACCAATCTTGATGTGCTGATATTTTTTAGAGTCGTTCAGGGGTTAATGGCGGGGCCGTTAATTCCA > 1:1490116/1‑132 AGGAATTATCCGCCAGAAAAAAGAACATTTTTTTTCGCTGTCTTCATTAATGTGTAGCCTATCGACCAATCTTGATGTGCTGATATTTTTTAGAGTCGTTCAGGGGTTAATGGCGGGGGCGTTAATTTTACTGTCTCAGA > 2:1709958/1‑140 AGGAATTATCCGCCAGAAAAAAGAACATTTTTTTTCGCTGTCTTCATTAATGTGTAGCCTATCGACCAATCTTGATGTGCTGATATTTTTTAGAGTCGTTCAGGGGTTAATGGCGGGGGCGTTAATTTCACTGTCACAGA > 1:971134/1‑140 GAATTATCCGCCAGAAAAAAGAACATTTTTTTTCGCTGTCTTCATTAATGTGTAGCCTATCGACCAATCTTGATGTGCTGATATTTTTTAGAGTCGTTCAGGGGTTAATGGCGGGGCCGTTAATTCCACTGTCACAGAGT < 1:919578/140‑1 TTATCCGCCAGAAAAAAGAACATTTTTTTTCGCTGTCTTCATTAATGTGTAGCCTATCGACCAATCTTGATGTGCTGATATTTTTTAGAGTCGTTCAGGGGTTAATGGCGGGGCCGTTAATTCCACTGTCACAGAGTTTA < 1:729050/140‑1 ATCCGCCAGAAAAAAGAACATTTTTTTTCGCTGTCTTCATTAATGTGTAGCCTATCGACCAATCTTGATGTGCTGATATTTTTTAGAGTCGTTCAGGGGTTAATGGCGGGGGCGGTAATTTCACTGTCACAGAGGTTTTT > 2:341198/1‑140 CGCCAGAAAAAAGAACATTTTTTTTCGCTGTCTTCATTAATGTGTAGCCTATCGACCAATCTTGATGTGCTGATATTTTTTAGAGTCGTTCAGGGGTTAATGGCGGGGCCGTTAATTCCACTGTCACAGAGTTTATTATT < 1:341198/140‑1 AATGTGTAGCCTATCGACCAATCTTGATGTGCTGATATTTTTTAGAGTCGTTCAGGGGTTAATGGCGGGGCCGTTAATTCCACTGTCACAGAGTTTATTATTAAGGAATTATCCGCCAGAAAAAAGAACATTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/2481883‑2481751‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tttTTTTTCGCTGTCTTCATTAATGTGTAGCCTATCGACCAATCTTGATGTGCTGATATTTTTTAGAGTCGTTCAGGGGTTAATGGCGGGGCCGTTAATTCCACTGTCACAGAGTTTATTATT < NC_000913/2481901‑2481782 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |