| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 360070 = | 420 (0.800) | 1446 (3.660) +CTGATCAGTGAATT |
27/84 | NT | 81.4% | intergenic (‑4/+591) | lacZ/lacI | pseudogene, truncated/DNA‑binding transcriptional repressor |
| ? | CP009273 | = 561564 | 464 (0.880) | pseudogene (269/279 nt) | exoD | pseudogene, DLP12 prophage; phage‑type exonuclease family;Phage or Prophage Related | |||||
Only 100 of 1458 total aligned reads displayed.
GGATCGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/360101‑360070‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGGTACCT < CP009273/561564‑561525 |||||||||||||| atGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGAT > 1:14031435/3‑68 atGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGA < 1:29485854/65‑1 atGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGA < 1:24974874/65‑1 atGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGA < 1:30823085/65‑1 atGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGA < 1:9487263/65‑1 atGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGA < 1:22905778/65‑1 atGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGA < 1:37478978/65‑1 atGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGA < 1:13154769/65‑1 atGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGA < 1:22176214/65‑1 atGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGA < 1:21912376/65‑1 atGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGA < 1:14712160/65‑1 atGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGA < 1:21134389/65‑1 tGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGAT < 1:38843331/66‑1 tGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGAT < 1:10003030/66‑1 tGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGAT < 1:19620108/66‑1 tGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGAT < 1:3666282/66‑1 tGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGAT < 1:32639410/66‑1 tGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGAT < 1:22613101/66‑1 tGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGAT < 1:26729687/66‑1 tGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGAT < 1:11227569/66‑1 tGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGAT < 1:11532492/66‑1 tGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGAT < 1:16422144/66‑1 tGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGAT < 1:6143687/66‑1 tGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGAGCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGAT < 1:8559307/66‑1 GGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAA > 1:34031037/1‑68 GGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAA > 1:4756194/1‑68 GAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAAT > 1:28715067/1‑68 GAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAAT > 1:23321712/1‑68 AATTCTCATGTTTGACAGCTTATCGCTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAAT < 1:17692041/67‑1 AATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATA > 1:37006202/1‑68 AATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAAT < 1:31534285/67‑1 AATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAAT < 1:26276835/67‑1 AATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAAT < 1:31224880/67‑1 AATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAAT < 1:12208395/67‑1 AATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAAT < 1:41243031/67‑1 ATTCTCATGTTTGACATCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATA < 1:17452758/67‑1 ATTCTCATGTTTGACAGCTTATCAGTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATAT < 1:6603619/68‑1 ATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATAT < 1:8251584/68‑1 ATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATAT < 1:10229754/68‑1 ATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATAT < 1:27523312/68‑1 ATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATAT < 1:9682322/68‑1 ATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATAT < 1:30530860/68‑1 ATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATAT < 1:40437401/68‑1 ATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATAT < 1:39518018/68‑1 ATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATAT < 1:1059875/68‑1 ATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATA < 1:8910/67‑1 ATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATA < 1:15477675/67‑1 ATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATA < 1:383211/67‑1 ATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATA > 1:18942909/1‑67 ATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATA < 1:20100077/67‑1 ATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATA < 1:2046545/67‑1 ATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATAGCGATGACGCATCCTCACGATAATAT < 1:35810194/68‑1 ATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATAAGTGAATTAATGGCGATTACGCATCCTCACGATAATA > 1:20796614/1‑67 TTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATAT > 1:41825159/1‑67 TTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATAT > 1:40910094/1‑67 TCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCC > 1:18596394/1‑68 TCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCC > 1:15979419/1‑68 TCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCC > 1:42215273/1‑68 TCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCC > 1:37921298/1‑68 CTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCG < 1:4370525/68‑1 TCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGG < 1:33455600/68‑1 TCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGG < 1:34466971/68‑1 TCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGG < 1:3010204/68‑1 TCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGG < 1:6961947/68‑1 TCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGG < 1:14344617/68‑1 TCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGG < 1:24561791/68‑1 TCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGACAATATCCGG < 1:19318742/68‑1 CATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGG > 1:25227853/1‑68 CATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGG > 1:43260368/1‑68 CATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGG > 1:16787348/1‑68 CATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGG > 1:29089928/1‑68 CATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGG > 1:5123208/1‑68 CATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGG > 1:26988483/1‑68 CATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGG > 1:25713514/1‑68 CATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGG < 1:7497734/68‑1 CATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGG < 1:7825249/68‑1 CATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGG < 1:32282350/68‑1 ATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGGT > 1:24179042/1‑68 TGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCNNNNTAATATCCGGGTA > 1:5624194/1‑68 TGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGGTA > 1:11758979/1‑68 TGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGGTA > 1:42568306/1‑68 TGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGGTA > 1:41581363/1‑68 TGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGGTA > 1:21472412/1‑68 TGTTTGAAAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATACTCACGATAATATCCGTGTA > 1:27869892/1‑68 TTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGGTAg > 1:42915414/1‑66 TTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGGTAg > 1:32964480/1‑66 TTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGGTAggc > 1:39782108/1‑65 TTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGGTAggc < 1:36280331/68‑4 TTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGGTAggc > 1:32020102/1‑65 TTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGGTAggc < 1:35414531/68‑4 TTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGGTAggc > 1:13715514/1‑65 TTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGGTAggc < 1:28326149/68‑4 TTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGGTAggc > 1:9226041/1‑65 TTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGGTAggc > 1:29764338/1‑65 TTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGGTAgg < 1:17082340/67‑3 TTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGGTAgg < 1:18096588/67‑3 TTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGGTAgg < 1:39230436/67‑3 TTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGGTAgg < 1:23885646/67‑3 TTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGGTAgg < 1:3499931/67‑3 GCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATACTCACGATAATA > 1:12831951/1‑51 |||||||||||||| GGATCGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/360101‑360070‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGGTACCT < CP009273/561564‑561525 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |