| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 1070341 = | NA (NA) | 7 (0.020) | 5/94 | NT | NA | noncoding (1/28 nt) | REP93 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP93 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences |
| ? | CP009273 | 1070369 = | NA (NA) | intergenic (+33/+7) | rutR/putA | rut operon transcriptional repressor for/fused DNA‑binding transcriptional regulator/proline dehydrogenase/pyrroline‑5‑carboxylate dehydrogenase | |||||
TGCCGCTGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCTCCGGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/1070415‑1070341‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tcctccggcTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGCGA > CP009273/1070369‑1070435 TGCCGCTGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCT < 1:21135811/67‑1TGCCGCTGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCT < 1:15193466/67‑1TGCCGCTGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCT < 1:40279477/67‑1 GCCGCTGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCC < 1:3365715/68‑1 GCCGCTGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCC < 1:6415510/68‑1 GCCGCTGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCC < 1:12106029/68‑1 GCCGCTGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCC < 1:12106065/68‑1 GCCGCTGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCC < 1:12564562/68‑1 GCCGCTGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCC < 1:24910854/68‑1 GCCGCTGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCC < 1:40003960/68‑1 GCCGCTGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCT > 1:25989550/1‑66 CGCTGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCTC < 1:18698083/68‑1 CGCTGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCT > 1:1970563/1‑67 CGCTGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCT > 1:28070564/1‑67 CGCTGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCT > 1:32171711/1‑67 CGCTGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCT < 1:26840415/67‑1 CGCTGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCT < 1:13177085/67‑1 CGCTGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCT < 1:16099487/67‑1 GCTGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCTCC < 1:15919488/68‑1 GCTGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCTCC > 1:41149063/1‑68 GCTGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCTCC < 1:2528059/68‑1 TGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCTCCGG < 1:16687853/68‑1 TGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCTCCGG < 1:11927271/68‑1 TGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCTCCGG < 1:13578945/68‑1 TGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCTCCGG < 1:21684592/68‑1 TGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCTCCGG < 1:38633415/68‑1 TGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCTCCG > 1:38527673/1‑67 ATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAA‑‑‑CCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCA < 1:37970850/68‑1 TGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGT < 1:27764140/68‑1 TGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGT < 1:15159976/68‑1 TGACTATAGGTTAAACAGCTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGT < 1:10544291/68‑1 GACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTC < 1:27903549/68‑1 ACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCTCCGG < 1:14366213/46‑1 AGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAG < 1:17641026/68‑1 TAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGG < 1:3150335/68‑1 TCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACA < 1:3866401/68‑1 TCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACA < 1:3678681/68‑1 TCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACA < 1:36252443/68‑1 TCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACA < 1:28539083/68‑1 TCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACA < 1:6531584/68‑1 CCTCCGGCTACCTGTTTACCCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTAAC > 1:25619086/1‑66 CCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCCGCGGTATTCAC > 1:37238653/1‑66 CCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCAC > 1:5244273/1‑66 CCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCAC > 1:37647670/1‑66 CCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCAC > 1:28508620/1‑66 CCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCAC > 1:40527203/1‑66 CCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCAC > 1:9894646/1‑66 CCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCAC > 1:10947669/1‑66 CCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCAC > 1:1174958/1‑66 CCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCAC > 1:27218457/1‑66 CCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCAC > 1:19510038/1‑66 CCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCAC > 1:26969726/1‑66 CCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCAC > 1:20776802/1‑66 CCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCAC > 1:22020648/1‑66 CCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGATACCGCCAGCCGCAGCGGTATTCAC > 1:5127727/1‑66 CCTCCGGCTACCTGTTTAAAATATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGACAGCGGAAGCTGTATTCAaaa > 1:5071884/1‑65 CCTCCGGCGACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACAC > 1:27467661/1‑68 CTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACT < 1:27537798/68‑1 CTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACT < 1:5230827/68‑1 CTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACT < 1:39463055/68‑1 CTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACT < 1:39413524/68‑1 CTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACT < 1:21737066/68‑1 CTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACT < 1:23396897/68‑1 CTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACT < 1:28768023/68‑1 CTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACAC > 1:17213489/1‑67 TCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTC > 1:31586282/1‑68 TCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTC < 1:4225957/68‑1 TCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTC < 1:12773161/68‑1 TCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTC > 1:29263462/1‑68 TCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTC > 1:40637765/1‑68 TCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTC > 1:17464361/1‑68 TCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGATGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTC > 1:38693028/1‑68 CCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCA < 1:39626211/68‑1 CGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAG < 1:22740700/68‑1 CGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAG < 1:11984165/68‑1 CGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCA > 1:39027235/1‑67 CGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCACCGGCAGCGGTATTCACACTCA > 1:33465717/1‑67 GGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGC < 1:31516576/68‑1 GGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGC > 1:5091392/1‑68 GGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGC > 1:2804477/1‑68 GGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGC > 1:42412698/1‑68 GGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGC < 1:23898606/68‑1 GCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGCG > 1:42873265/1‑68 GCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGCG > 1:42482104/1‑68 GCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGCG > 1:42084208/1‑68 GCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGCG > 1:24842092/1‑68 GCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGCG > 1:11968166/1‑68 GCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGCG > 1:93601/1‑68 GCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGCG > 1:22393221/1‑68 GCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGAGGTATTCACACTCAGCG > 1:35072993/1‑68 CTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGCGA > 1:7731390/1‑68 CTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGCGA > 1:8694194/1‑68 CTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGCGA > 1:9375175/1‑68 CTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGCGA > 1:9424104/1‑68 TGCCGCTGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCTCCGGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/1070415‑1070341‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tcctccggcTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGCGA > CP009273/1070369‑1070435 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |