| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 1070341 = | NA (NA) | 7 (0.020) | 5/94 | NT | NA | noncoding (1/28 nt) | REP93 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP93 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences |
| ? | CP009273 | 1070369 = | NA (NA) | intergenic (+33/+7) | rutR/putA | rut operon transcriptional repressor for/fused DNA‑binding transcriptional regulator/proline dehydrogenase/pyrroline‑5‑carboxylate dehydrogenase | |||||
Only 100 of 809 total aligned reads displayed.
TTTTTCAATCAAACGGTTGAAAACGTGCAGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACC > CP009273/1070274‑1070405 | tttttCAATCAAACGGTTGAAAACGTGCAGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATg < 1:21350897/68‑1 (MQ=255) tttCAATCAAACGGTTGAAAACGTGCAGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGcc < 1:18413315/68‑1 (MQ=255) gctgagtgtgaataccgctgccgctggcggtaacgccagcttaatgactataggttaaacaggtaGcc > 1:5091392‑M1/66‑68 (MQ=255) ttCAATCAAACGGTTGAAAACGTGCAGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCg > 1:34864265/1‑68 (MQ=255) ctgagtgtgaataccgctgccgctggcggtaacgccagcttaatgactataggttaaacaggtaGCCg < 1:11984165‑M1/4‑1 (MQ=255) tcaatcaaACGGTTGAAAACGTGCAGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCgg > 1:36394004/1‑68 (MQ=255) tcaatcaaACGGTTGAAAACGTGCAGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCgg > 1:43116287/1‑68 (MQ=255) tcaatcaaACGGTTGAAAACGTGCAGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCgg > 1:14733154/1‑68 (MQ=255) 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aaaCGGTTGAAAACGTGCAGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGaggagg < 1:23575582/68‑1 (MQ=255) aaaCGGTTGAAAACGTGCAGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGaggagg < 1:2163177/68‑1 (MQ=255) aaaCGGTTGAAAACGTGCAGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGaggagg < 1:4747115/68‑1 (MQ=255) aaCGGTTGAAAACGTGCAGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGt < 1:29114313/68‑1 (MQ=255) aCGGTTGAAATCGTGCAGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGtt < 1:38232161/68‑1 (MQ=255) aCGGTTGAAAACGTGCAGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGtt < 1:42458435/68‑1 (MQ=255) ggTTGAAAACGTGCAGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGCCCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGt > 1:31028209/1‑68 (MQ=255) ggTTGAAAACGTGCAGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGt < 1:16030686/68‑1 (MQ=255) ggTTGAAAACGTGCAGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGt < 1:40164102/68‑1 (MQ=255) aaaCGTGCAGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACAt > 1:25644137/1‑67 (MQ=255) 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ttattattGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGt < 1:1393032/68‑1 (MQ=255) ttattattGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGt < 1:41992442/68‑1 (MQ=255) ttattattGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGt < 1:6730958/68‑1 (MQ=255) ttattattGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGt < 1:1422033/68‑1 (MQ=255) ttattattGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGt < 1:1131626/68‑1 (MQ=255) ttattattGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGt < 1:43471896/68‑1 (MQ=255) ttattattGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGt < 1:34367415/68‑1 (MQ=255) attattGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGttt > 1:7214890/1‑68 (MQ=255) tattGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTaa < 1:5932027/68‑1 (MQ=255) tattGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTaa < 1:3060738/68‑1 (MQ=255) tattGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTaa < 1:22729963/68‑1 (MQ=255) tattGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTaa < 1:13282842/68‑1 (MQ=255) tattGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTaa < 1:20277765/68‑1 (MQ=255) tattGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTaa < 1:19184101/68‑1 (MQ=255) tattGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTaa < 1:15582898/68‑1 (MQ=255) attGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTaa > 1:35608262/1‑67 (MQ=255) attGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTaa > 1:10300764/1‑67 (MQ=255) attGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTaa > 1:10057008/1‑67 (MQ=255) attGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTaa > 1:13503113/1‑67 (MQ=255) attGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTaa > 1:19861532/1‑67 (MQ=255) 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tGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCt > 1:1295822/1‑68 (MQ=255) tGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCt > 1:24889892/1‑68 (MQ=255) tGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCt > 1:2107926/1‑68 (MQ=255) tGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCt > 1:21917022/1‑68 (MQ=255) tGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCt > 1:29638621/1‑68 (MQ=255) aGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCtat > 1:37316630/1‑68 (MQ=255) ggggATTCGCCCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCtata > 1:7662590/1‑68 (MQ=255) ggggATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCtata > 1:26469796/1‑68 (MQ=255) ggggATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCtata > 1:26028386/1‑68 (MQ=255) ggggATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCtata > 1:34096250/1‑68 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |