| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 1958516 = | 416 (0.790) | 21 (0.050) | 9/96 | NT | 6.2% | coding (792/2079 nt) | flhA | putative flagellar export pore protein |
| ? | CP009273 | 1958598 = | 280 (0.620) | coding (710/2079 nt) | flhA | putative flagellar export pore protein | |||||
Only 100 of 169 total aligned reads displayed.
AGTTATACGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/1958587‑1958516‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ccgccgcgTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGACCATGA > CP009273/1958598‑1958664 AGTTATACGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGC < 1:28961602/68‑1AGTTATACGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGC < 1:35951679/68‑1 GTTATACGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCC > 1:28643766/1‑68 GTTATACGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCC > 1:9249081/1‑68 TATCCGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGC < 1:18980678/68‑1 TATACGCTATTGAGCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCG < 1:3942766/67‑1 TATACGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGC < 1:14008288/68‑1 TATACGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGC < 1:3013366/68‑1 TATACGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGC < 1:41704271/68‑1 TATACGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCG < 1:2502737/67‑1 TATACGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCG < 1:39081482/67‑1 TATACGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCC < 1:37798063/66‑1 TATACGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCC < 1:34165910/66‑1 TATACGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCC < 1:22249810/66‑1 TATACGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCC < 1:13800192/66‑1 TATACGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCC < 1:36567609/66‑1 TATACGCTATTGACCATAGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCG < 1:42037772/67‑1 attCGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGC < 1:25522960/64‑1 ATACGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCG < 1:37799210/68‑1 ATACGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCG > 1:20312053/1‑68 ATACGCTATTGACCATTGGCGACGGGCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGGGATTTCTACCGCCGCG < 1:37535357/68‑1 CGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCGTGT < 1:30057554/68‑1 CGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCGTGT < 1:5942189/68‑1 CGCTATTGACCATTGGCGACGGGCGGGGGGCACAAATTCCGGCGCTGGGGATTTCTACCGCCGCGTGc < 1:27673400/68‑2 GCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCGTGTC < 1:15201997/68‑1 GCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGGGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCGTGTC < 1:6419258/68‑1 TATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCTCCGCGTGTCC < 1:21316476/67‑1 TATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCGTGTCC < 1:30447767/67‑1 TATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCGTGTCC < 1:12259189/67‑1 TATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCGTGTCC < 1:35513840/67‑1 TATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCGTGTCC < 1:5683469/67‑1 TATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCGTGTCC < 1:4398657/67‑1 TATTGACCATTGGCGACGGTCTGGCGGCACAAATTCCGGCGCTGGGGATTTCTACCGCCGCGTGTCC < 1:474813/67‑1 gGACCATTGCGGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGGGATTTCTACCGCCGCGTGTCCCATG < 1:40616685/67‑1 TGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCGTGTCCCATG < 1:20969968/68‑1 gcCCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTCCCGCCGCGTGTCCCATGC < 1:16467560/66‑1 gcCCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCGTGTCCCATGC < 1:21495342/66‑1 GACCATTGGCGACGGTCTGGGGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCGTGTCCCATGC < 1:42137361/68‑1 cctTTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCGTGTCCCATGCT < 1:32809859/64‑1 CCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCGTGTCCCATGCT < 1:41406558/67‑1 CATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCGTGTCCCATGCTCA < 1:40324112/68‑1 GGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCC < 1:28297975/68‑1 GGCGACGGTCTGGGGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCC < 1:29162885/68‑1 CGGGCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCGGGGCCCATGCTCATGCCATGTT < 1:28049454/68‑1 CCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATG < 1:9903873/68‑1 CGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGA < 1:39612782/68‑1 GCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCGGCAACCCGCCGACAATGTTAATGA > 1:10449811/1‑67 GCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCCACCCGCCGACAATGTTAATGA > 1:40037610/1‑67 GCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGc > 1:22797279/1‑66 GCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGAC < 1:16574507/68‑1 GCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGAC < 1:22482842/68‑1 GCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGAC < 1:20624097/68‑1 GCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGAC < 1:20149983/68‑1 GCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGAC < 1:2588821/68‑1 GCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGAC < 1:14600219/68‑1 GCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGAC < 1:6290968/68‑1 GCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGAC < 1:40946615/68‑1 GCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGAC < 1:18830913/68‑1 GCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGAC < 1:294201/68‑1 GCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGAC < 1:773418/68‑1 GCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGAC < 1:30624695/68‑1 GCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGAC < 1:16889342/68‑1 GCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGAC < 1:3165710/68‑1 GCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGA > 1:18227978/1‑67 GCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGA > 1:39349072/1‑67 GCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGA > 1:30901437/1‑67 GCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGA > 1:5332005/1‑67 GCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGA > 1:38397477/1‑67 GCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGA > 1:37236450/1‑67 GCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGA > 1:27743309/1‑67 GCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGA > 1:7248126/1‑67 GCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGA > 1:10339137/1‑67 CCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGACC > 1:36275601/1‑68 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GTGTCGCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGACCATGA < 1:34483920/68‑1 GTGTCCCATGCTGATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGACCATGA < 1:33002135/68‑1 GTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCATCTCGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGACCTTGA < 1:18911912/68‑1 GTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGACCATGA < 1:32588684/68‑1 GTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGACCATGA < 1:33410931/68‑1 GTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGACCATGA < 1:6798018/68‑1 GTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGACCATGA < 1:12969245/68‑1 GTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGACCATGA < 1:13402416/68‑1 GTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGACCATGA < 1:19452230/68‑1 GTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGACCATGA < 1:4702820/68‑1 GTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGACCATGA < 1:1618922/68‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |