| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 1958516 = | 416 (0.790) | 21 (0.050) | 9/96 | NT | 6.2% | coding (792/2079 nt) | flhA | putative flagellar export pore protein |
| ? | CP009273 | 1958598 = | 280 (0.620) | coding (710/2079 nt) | flhA | putative flagellar export pore protein | |||||
Only 100 of 588 total aligned reads displayed.
ACCAGCGCCGGAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGACCATGA > CP009273/1958532‑1958664 | ccAGCGCCGGAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCgtgt < 1:8861779/68‑1 (MQ=255) ccAGCGCCGGAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCgtgt < 1:27980263/68‑1 (MQ=255) ccAGCGCCGGAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCgtgt < 1:3216883/68‑1 (MQ=255) ccAGCGCCGGAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCgtgt < 1:20912496/68‑1 (MQ=255) ccAGCGCCGGAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCgtg > 1:6960647/1‑67 (MQ=255) ccAGCGCCGGAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCgtg > 1:17715627/1‑67 (MQ=255) ccAGCGCCGGAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCgtg > 1:33495945/1‑67 (MQ=255) cAGCGCCGGAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTc < 1:6308248/68‑1 (MQ=255) tattgaccattggcgacggtctggtggcacaaattccggcgctggtgatttctacctccgcgTGTcc < 1:21316476‑M2/5‑1 (MQ=255) tattgaccattggcgacggtctggtggcacaaattccggcgctggtgatttctaccgccgcgTGTcc < 1:375817‑M2/5‑1 (MQ=255) tattgaccattggcgacggtctggtggcacaaattccggcgctggtgatttctaccgccgcgTGTcc < 1:16319894‑M2/5‑1 (MQ=255) tattgaccattggcgacggtctggcggcacaaattccggcgctggggatttctaccgccgcgTGTcc < 1:474813‑M2/5‑1 (MQ=255) ttgaccattggcgacggtctggtggcacaaattccggcgctggtgatttctaccgccgcgTGTCCCAt < 1:38227908‑M2/8‑1 (MQ=255) gcCGGAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTcc < 1:22856336/65‑1 (MQ=255) gcCGGAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTcc < 1:25441255/65‑1 (MQ=255) gcCGGAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCAt > 1:32665410/1‑68 (MQ=255) ggaccattgcggacggtctggtggcacaaattccggcgctggggatttctaccgccgcgTGTCCCATg < 1:40616685‑M2/9‑1 (MQ=255) gaccattggcgacgggctggaggcacaaattccggcgctggtgatttctaccgccgcgTGCCCCATGc < 1:3415057‑M2/10‑1 (MQ=255) cGGAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATg < 1:29797370/67‑1 (MQ=255) cGGAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGc < 1:29301498/68‑1 (MQ=255) aaTTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCa > 1:17141089/1‑68 (MQ=255) aaTTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCa > 1:15951373/1‑68 (MQ=255) aaTTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCa > 1:42332934/1‑68 (MQ=255) aTTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCAt < 1:31888643/68‑1 (MQ=255) tgtgCCACCAGACCGTCGCCAATGGGCTATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGcc < 1:20620640/68‑1 (MQ=255) tgCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCAt > 1:31304422/1‑68 (MQ=255) gCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCAt < 1:1312275/67‑1 (MQ=255) gCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCAt < 1:24767856/67‑1 (MQ=255) gCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCAt < 1:25790735/67‑1 (MQ=255) gCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCAt < 1:21820535/67‑1 (MQ=255) gCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCAt < 1:40900237/67‑1 (MQ=255) gCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCAt < 1:5383657/67‑1 (MQ=255) gCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATg > 1:19806478/1‑68 (MQ=255) caccaGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGt < 1:26568607/67‑1 (MQ=255) caccaGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGt < 1:26303374/67‑1 (MQ=255) ccaGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTgc > 1:39072774/1‑68 (MQ=255) ccaGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTgc < 1:15761940/68‑1 (MQ=255) ccaGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTgc < 1:36851042/68‑1 (MQ=255) aCCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCTTGCTCATGCCATGTTgcagc > 1:24484102/1‑67 (MQ=255) aCCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTgcagc > 1:41289274/1‑67 (MQ=255) aCCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTgcagc > 1:33023804/1‑67 (MQ=255) ccGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCAc > 1:4222432/1‑68 (MQ=255) ccGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCAc > 1:27475204/1‑68 (MQ=255) gCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGa < 1:18367944/68‑1 (MQ=255) ccAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGa > 1:10501143/1‑67 (MQ=255) cAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGAcc > 1:39543034/1‑68 (MQ=255) tGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGc < 1:42614535/68‑1 (MQ=255) ggTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCa > 1:1363091/1‑68 (MQ=255) tCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCaa > 1:16853550/1‑67 (MQ=255) cAATAGCGTATAACTCTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAAcc < 1:23831314/68‑1 (MQ=255) aTAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAAccc > 1:37288740/1‑67 (MQ=255) aTAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAAccc > 1:8385444/1‑67 (MQ=255) aTAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAAccc > 1:5922207/1‑67 (MQ=255) aTAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAAccc > 1:7295763/1‑67 (MQ=255) aTAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAAccc > 1:34965895/1‑67 (MQ=255) aGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTTCAGCACGCCGACCAGCAACccgcc < 1:8042124/68‑1 (MQ=255) aGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACccgcc < 1:9589497/68‑1 (MQ=255) aGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACccgcc > 1:38502017/1‑68 (MQ=255) aGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACccgcc > 1:31548216/1‑68 (MQ=255) ataACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACaa > 1:6693218/1‑68 (MQ=255) ataACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACaa > 1:10059422/1‑68 (MQ=255) ccTTTCCGCCGCGTGTCACATGCTCATGCCATGTTGCAGCAGGCCGACCAGCAACCCGGCGACAATGt < 1:11444337/67‑1 (MQ=255) aCTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGt < 1:40244889/68‑1 (MQ=255) aCTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGt < 1:149282/68‑1 (MQ=255) aCTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGt < 1:5171512/68‑1 (MQ=255) aCTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGt < 1:16126343/68‑1 (MQ=255) aCTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGt < 1:41519584/68‑1 (MQ=255) aCTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGt < 1:14322812/68‑1 (MQ=255) aCTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGt > 1:5696757/1‑68 (MQ=255) aCTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGt < 1:3599684/68‑1 (MQ=255) aCTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGt < 1:35521759/68‑1 (MQ=255) aCTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGt > 1:35416578/1‑68 (MQ=255) aCTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGt > 1:12181900/1‑68 (MQ=255) aCTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGt < 1:19330134/68‑1 (MQ=255) aCTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGt > 1:32754428/1‑68 (MQ=255) aCTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGt < 1:30920361/68‑1 (MQ=255) aCTTTCCGCCGCGGGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCTACCAGCAACCGGCCGACAATGt < 1:22597696/68‑1 (MQ=255) cTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGtt < 1:12688947/68‑1 (MQ=255) cTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGtt < 1:28525251/68‑1 (MQ=255) 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gccgcgTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGAc < 1:773418‑M2/62‑1 (MQ=255) gccgcgTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGAc < 1:18830913‑M2/62‑1 (MQ=255) gccgcgTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGAc < 1:16574507‑M2/62‑1 (MQ=255) gccgcgTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGAc < 1:41971683‑M2/62‑1 (MQ=255) cgcgTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGAcc < 1:29061200‑M2/63‑1 (MQ=255) gcgTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGACCAt < 1:43667635‑M2/65‑1 (MQ=255) gcgTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGACCAt < 1:30120825‑M2/65‑1 (MQ=255) gTGTCGCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGACCATGa < 1:34483920‑M2/67‑1 (MQ=255) gTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGACCATg < 1:27049926‑M2/66‑1 (MQ=255) gTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGACCATGa < 1:20301071‑M2/67‑1 (MQ=255) gTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGACCATGa < 1:12969245‑M2/67‑1 (MQ=255) | ACCAGCGCCGGAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGACCATGA > CP009273/1958532‑1958664 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |