| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 2000783 | 420 (0.800) | 31 (0.070) | 8/96 | NT | 6.4% | coding (1147/1488 nt) | amyA | cytoplasmic alpha‑amylase |
| ? | CP009273 | = 2000836 | 554 (1.230) | coding (1200/1488 nt) | amyA | cytoplasmic alpha‑amylase | |||||
GGGAAAATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP009273/2000709‑2000783‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tgacgggcGAGAATTAACTCATCAAGCTGTTCGATTATTGGCATATCTATCGGATAGGTTTGCCCGTCACCACC < CP009273/2000836‑2000771 GGGAAAATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGT < 1:4901835/68‑1GGGAAAATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGT < 1:22468079/68‑1GGGAAAATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGT < 1:37390466/68‑1 AAATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACG < 1:28544465/68‑1 AAATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACG < 1:29543931/68‑1 AAATGGCGTTCCTTCGGGAATCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACG < 1:22245367/68‑1 AATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGG < 1:34749169/68‑1 AATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGG < 1:23606187/68‑1 AATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGG < 1:24994119/68‑1 AATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGG < 1:25150759/68‑1 AATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGG < 1:26809701/68‑1 AATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGG < 1:27220698/68‑1 AATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGG < 1:33522861/68‑1 AATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGG < 1:3381159/68‑1 AATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGG < 1:29681255/68‑1 AATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGG < 1:3479151/68‑1 AATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGG < 1:36756113/68‑1 AATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGG < 1:37157420/68‑1 AATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGG < 1:39092859/68‑1 AATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGG < 1:39156598/68‑1 AATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGG < 1:4097339/68‑1 AATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGG < 1:41382935/68‑1 AATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGG < 1:4187022/68‑1 AATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGG < 1:9745417/68‑1 AATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGG < 1:11872742/68‑1 AATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGG < 1:15085675/68‑1 AATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGACGGTGGTGACGG < 1:34615062/68‑1 AATGGCGATCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGG < 1:43309428/68‑1 TGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGC > 1:26130192/1‑68 GGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGga > 1:40102133/1‑66 ATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGTTGTCGGTGGTGGCGGGCGAGAGTTTTCTCAgc > 1:10794663/1‑66 CCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCGAGAATTAAGTCATCAAGCTGg > 1:13580919/1‑67 CCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGTCGGGCGAGCTTTAAATCATCAAGCTGTTGGAT > 1:652377/1‑68 ACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGGCGGGGGAGCATTAACTCAGGAAGCTGTTAGATTATTG > 1:36503953/1‑68 ACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGGCGGGCGGGAATTAACTGATCAAGCGGTTGGATTATTG > 1:19842447/1‑68 ACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGGGAGAATTAACTCATCAAGCTGTTCGATTATTG > 1:16571023/1‑68 ACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCGGGAATTTACTCATCAAGCTGTTCGATTATTG > 1:10366367/1‑68 ACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCGAGAATTAACTCCGCAAGCGGTTCGATTATTG > 1:71190/1‑68 GGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGGCGGGCGAGAATTAACTCATCAAGCTGTTCGATTATTGGC > 1:24059955/1‑68 GGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGGGAGAATTAACTCATCAAGCTGGTCGATTATTGG > 1:40735249/1‑67 GCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGCCGGGCGAGAATTAACTCATCAAGCTGTTCGATTATTGGCATA > 1:10173127/1‑68 GCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCGAGAATTAACAAATCAAGCTGTTCGATTATTGGCATA > 1:26177575/1‑68 AAGATGTCGGTGGTGACGGGCGAGAATTAACTCATCAAGCTGTTCGATTATTGGCATATCTATCGGAT > 1:22873942/1‑68 AAGATGTCGGTGGTGACGGGCGAGAATTAACTCATCAAGCTGTTCGATTATTGGCATATCTATCGGAT > 1:131207/1‑68 AAGATGTCGGTGGTGACGGGCGAGAATTAACTCATCAAGCTGTTCGATTATTGGCATATCTATCGGAT > 1:9093457/1‑68 GATGTCGGTGGTGCCGGGCGAGAATTTACTCATCAAGCTGTTCGATTATTGGCATATCTATCGGATAG > 1:43536742/1‑68 GATGTCGGTGGTGACGGGCGCGAATTAACTCATCAAGCTGTTCGATTATTGGCATATCTATCGGTTAG > 1:20335428/1‑68 GATGTCGGTGGTGACGGGCGAGAATTTACTCATCAAGCTGTTCGATTATTGGCATATCTATCGGATAG > 1:18056856/1‑68 GATGTCGGTGGTGACGGGCGAGAATTAACTCATCAAGCTGTTCGATTATTGGCATATCTATGGGATAG > 1:12682808/1‑68 GATGTCGGTGGTGACGGGCGAGAATTAACTCATCAAGCTGTTCGATTATTGGCATATCTATCGGATAG > 1:7637431/1‑68 GATGTCGGTGGTGACGGGCGAGAATTAACTCATCAAGCTGTTCGATTATTGGCATATCTATCGGATAG > 1:31167538/1‑68 GATGTCGGTGGTGACGGGCGAGAATTAACTCATCAAGCTGTTCGATTATTGGCATATCTATCGGATAG > 1:19427399/1‑68 GATGTCGGTGGTGACGGGCGAGAATTAACTCATCAAGCTGTTCGATTATTGGCATATCTATCGGATAG > 1:9414057/1‑68 GATGTCGGTGGTGACGGGCGAGAATTAACTCATCAAGCTGTTCGATTATTGGCATATCTATCGGATAG > 1:9426105/1‑68 GATGTCGGTGGTGACGGGCGAGAATTAACTCATCAAGCTGTTCGATTATTGGCATATCTATCGGATAG > 1:9009293/1‑68 GATGTCGGTGGTGACGGGCGAGAATTAACTCATCAAGCTGTTCGATTATTGGCATATCTATCGGAGAG > 1:5209104/1‑68 TGTCGGTGGTGCCGGGCGAGAATTAACTCATCAAGCTGTTCGATTATTGGGATATATATCGGATATGT > 1:23733590/1‑68 TGTCGGTGGTGACGGGCGAGAATTAACTCATCAAGCTGTTCGATTATTGGCATATCTATCGGATAGGT > 1:20506513/1‑68 TGTCGGTGGTGACGGGCGAGAATTAACTCATCAAGCTGTTCGATTATTGGCATATCTATCGGATAGGT > 1:41403774/1‑68 TGTCGGTGGTGACGGGCGAGAATTAACTCATCAAGCTGTTCGATTATTGGCATATCTATCGGAAAGGT > 1:23845544/1‑68 TGTCGGTGGTGACGGGCGAGAATTAACTCATAAAGCGGTTCGATTATTGGCATTTCTATCGGATAGGg > 1:14653554/1‑67 GTGGTGACGGGCGAGAATTAACTCATCAAGCTGTTCGATTATTGGCATATCTATCGGATAGGTTTGC > 1:8287857/1‑67 GTGGTGACGGGCGAGAATTAACTCATCAAGCTGTTCGATTATTGGCATATCTATCGGATAGGTTTGC > 1:23128427/1‑67 GTGGTGACGGGCGAGAATTAACTCATCAAGCTGTTCGATTATTGGCATATCTATCGGATAGGTTTGC > 1:19784858/1‑67 GTGGTGACGGGCGAGAATTAACTCATCAAGCTGTTCGATTATTGGCATATCTATCGGATAGGTTTGC > 1:24206271/1‑67 TGACGGGCGAGAATTAACTCATCAAGCTGTTCGATTATTGGCATATCTATCGGATAGGTTTGCCCGTC < 1:8490655/68‑1 TGACGGGCGAGAATTAACTCATCAAGCTGTTCGATTATTGGCATATCTATCGGATAGGTTTGCCCGT < 1:26802379/67‑1 CGGGCGATAATTAACTCATCAAGGTGTTCGATTATTGGCATATCTATCGGATAGGTTTGCCCGTCACC < 1:6256417/68‑1 CGGGCGAGAATTAACTCATCAAGCTGTTCGATTATTGGCATATCTATCGGATAGGTTTGCCCGTCACC > 1:27058803/1‑68 CGGGCGAGAATTAACTCATCAAGCTGTTCGATTATTGGCATATCTATCGGATAGGTTTGCCCGTCACC > 1:35711621/1‑68 CGGGCGAGAATTAACTCATCAAGCTGTTCGATTATTGGCATATCTATCGGATAGGTTTGCCCGTCACC < 1:26517669/68‑1 CGGGCGAGAATTAACTCATCAAGCTGTTCGATTATTGGCATATCTATCGGATAGGTTTGCCCGTCACC < 1:31003080/68‑1 CGGGCGAGAATTAACTCATCAAGCTGTTCGATTATTGGCATATCTATCGGATAGGTTTGCCCGTCAC < 1:43319869/67‑1 GGGCGAGAATTAACTCATCAAGCTGTTCGATTATTGGCATATCTATCGGATAGGTTTGCCCGTCACC > 1:16617977/1‑67 GGCGAGAATTAACTCATCAAGCTGTTCGATTATTGGCATATCTATCGGATAGGTTTGCCCGTCACCA > 1:26230661/1‑67 GGCGAGAATTAACTCATCAAGCTGTTCGATTATTGGCATATCTATCGGATAGGTTTGCCCGTCACCA > 1:18391049/1‑67 GGCGAGAATTAACTCATCAAGCTGTTCGATTATTGGCATATCTATCGGATAGCTTTGCCCGTCACCA > 1:15819402/1‑67 GCGAGAATTAACTCATCAAGGTGTTCGATTATTGGCATATCTATCGGATAGGTTTGCCCGTCACCAC < 1:21261063/67‑1 GCGAGAATTAACTCATCAAGCTGTTCGATTATTGGCATATCTATCGGATAGGTTTGCCCGTCACCACC > 1:34774479/1‑68 GCGAGAATTAACTCATCAAGCTGTTCGATTATTGGCATATCTATCGGATAGGTTTGCCCGTCACCAC < 1:8081842/67‑1 GCGAGAATTAACTCATCAAGCTGTTCGATTATTGGCATATCTATCGGATAGGTTTGCCCGTCACCAC < 1:30189001/67‑1 GCGAGAATTAACTCATCAAGCTGTTCGATTATTGGCATATCTATCGGATAGGTTTGCCCGTCACCAC < 1:34837937/67‑1 GCGAGAATTAACTCATCAAGCTGTTCGATTATTGGCATATCTATCGGATAGGTTTGCCCGTCACCAC < 1:38544677/67‑1 GCGAGAATTAACTCATCAAGCTGTTCGATTATTGGCATATCTATCGGATAGGTTTGCCCGTCACCAC < 1:12214537/67‑1 GGGAAAATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP009273/2000709‑2000783‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tgacgggcGAGAATTAACTCATCAAGCTGTTCGATTATTGGCATATCTATCGGATAGGTTTGCCCGTCACCACC < CP009273/2000836‑2000771 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |