| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 2000783 | 420 (0.800) | 31 (0.070) | 8/96 | NT | 6.4% | coding (1147/1488 nt) | amyA | cytoplasmic alpha‑amylase |
| ? | CP009273 | = 2000836 | 554 (1.230) | coding (1200/1488 nt) | amyA | cytoplasmic alpha‑amylase | |||||
Only 100 of 550 total aligned reads displayed.
TGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAATTCTCGCCCGTCAGCGTT > CP009273/2000716‑2000849 | cGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCaa > 1:13921782/1‑67 (MQ=255) gTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCaaa < 1:28965972/67‑1 (MQ=255) gTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCaaa < 1:9667437/67‑1 (MQ=255) gTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCaaa < 1:21780359/67‑1 (MQ=255) gTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCaaa < 1:104270/67‑1 (MQ=255) gTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAAc < 1:29800409/68‑1 (MQ=255) gTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAAc < 1:22973675/68‑1 (MQ=255) tCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCt < 1:43408720/68‑1 (MQ=255) cTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTAt < 1:12103910/68‑1 (MQ=255) cTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTAt < 1:42200059/68‑1 (MQ=255) cTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTAt < 1:33794263/68‑1 (MQ=255) cTTCGGTATTCTATCAGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTAt < 1:11155080/68‑1 (MQ=255) ttCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATc < 1:42600019/68‑1 (MQ=255) tCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATcc < 1:30000300/68‑1 (MQ=255) tCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATcc < 1:25897194/68‑1 (MQ=255) aTTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCgatag < 1:23984524/68‑1 (MQ=255) ttCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCgataga < 1:11781897/68‑1 (MQ=255) tCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCgatagat > 1:1680833/1‑68 (MQ=255) tCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCgatagat > 1:17124165/1‑68 (MQ=255) tCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCgatagat > 1:34686114/1‑68 (MQ=255) tCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCgatagat > 1:32972282/1‑68 (MQ=255) tCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCgatagat > 1:32474260/1‑68 (MQ=255) tCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCgatagat > 1:19637875/1‑68 (MQ=255) tCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCgataga > 1:17712612/1‑67 (MQ=255) cTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCgatagata > 1:12288274/1‑68 (MQ=255) aTCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGatat > 1:32052726/1‑67 (MQ=255) aTCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGatat > 1:3553987/1‑67 (MQ=255) aTCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGatat > 1:24972224/1‑67 (MQ=255) tCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACTAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGc < 1:6587191/68‑1 (MQ=255) tCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGc < 1:41351474/68‑1 (MQ=255) tCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGc < 1:43566233/68‑1 (MQ=255) tCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGc < 1:645768/68‑1 (MQ=255) tCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGc < 1:14210466/68‑1 (MQ=255) tCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGc < 1:18131247/68‑1 (MQ=255) ccGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGcc > 1:3158284/1‑68 (MQ=255) ccGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGcc > 1:12836633/1‑68 (MQ=255) ccGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGcc > 1:7620948/1‑68 (MQ=255) ccGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGcc < 1:19377346/68‑1 (MQ=255) cGGATCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCa < 1:19030532/68‑1 (MQ=255) gACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCaat > 1:27885/1‑68 (MQ=255) gACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCaat > 1:15752495/1‑68 (MQ=255) gACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCaat > 1:13312810/1‑68 (MQ=255) aCCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCaata < 1:22580782/68‑1 (MQ=255) ccTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCaataa > 1:3883933/1‑68 (MQ=255) ccTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCaataa > 1:10952575/1‑68 (MQ=255) ccTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCaata < 1:17517248/67‑1 (MQ=255) ccTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCaata < 1:39281430/67‑1 (MQ=255) ccTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCaata < 1:40665954/67‑1 (MQ=255) aCGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGGCGGGGgagcattaactcaggaagctgttagattattg > 1:36503953‑M1/1‑36 (MQ=255) aCGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGa > 1:38283583/1‑67 (MQ=255) aCGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGa > 1:8045812/1‑67 (MQ=255) aCGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGa > 1:16430766/1‑67 (MQ=255) ggTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACa > 1:28288372/1‑68 (MQ=255) ggTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACa > 1:8555419/1‑68 (MQ=255) ggTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACa > 1:35883005/1‑68 (MQ=255) ggTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACa > 1:7933608/1‑68 (MQ=255) ggTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACa > 1:6105834/1‑68 (MQ=255) ggTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACa > 1:27334613/1‑68 (MQ=255) ggTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACa > 1:10117580/1‑68 (MQ=255) tGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACa > 1:25689387/1‑66 (MQ=255) tGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAg < 1:40122914/67‑1 (MQ=255) tGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAg < 1:15890085/67‑1 (MQ=255) tGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAg < 1:15188920/67‑1 (MQ=255) tGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAg < 1:4781349/67‑1 (MQ=255) gcgcATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCt < 1:13665552/68‑1 (MQ=255) gcgcATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCt < 1:4102418/68‑1 (MQ=255) gcgcATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCt < 1:37426144/68‑1 (MQ=255) gcATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTtg > 1:43160267/1‑68 (MQ=255) tACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTtgatga < 1:7285958/68‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |