| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 2279605 = | 411 (0.780) | 24 (0.060) | 7/86 | NT | 7.9% | coding (1751/1761 nt) | yejM | essential inner membrane DUF3413 domain‑containing protein; lipid A production and membrane permeability factor |
| ? | CP009273 | 2279638 = | 244 (0.600) | intergenic (+23/‑52) | yejM/proL | essential inner membrane DUF3413 domain‑containing protein; lipid A production and membrane permeability factor/tRNA‑Pro | |||||
Only 100 of 683 total aligned reads displayed.
AGAGTGAAAGATGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAATATCTTACTTGCAATCGGTGTGGAAAACGGTAG > CP009273/2279538‑2279672 | agagtgaaagaTGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTAt < 1:17922518/68‑1 (MQ=255)agagtgaaagaTGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTAt < 1:16838820/68‑1 (MQ=255) agtgaaagaTGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATc > 1:328884/1‑67 (MQ=255) agtgaaagaTGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATc > 1:7213490/1‑67 (MQ=255) agtgaaagaTGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATc > 1:302441/1‑67 (MQ=255) agtgaaagaTGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATc > 1:12272354/1‑67 (MQ=255) agtgaaagaTGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATc > 1:40005671/1‑67 (MQ=255) gtgaaagaTGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCg < 1:1407140/67‑1 (MQ=255) tacgtgccgactcgtggctgctaatactaccgttttccacaccgattgcaagtaagatattTCGCTa < 1:26836052‑M1/6‑1 (MQ=255) cgtgccgactcgtggctgctaatactaccgttttccacaccgattgcaagtaagatattTCGCTAACt > 1:16527411‑M1/60‑68 (MQ=255) agaTGATAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACt < 1:42929208/68‑1 (MQ=255) agaTGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACt < 1:25922446/68‑1 (MQ=255) agaTGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACt < 1:40664668/68‑1 (MQ=255) agaTGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACt < 1:35849413/68‑1 (MQ=255) agaTGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACt < 1:22956700/68‑1 (MQ=255) aTGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGa > 1:21966904/1‑68 (MQ=255) tGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGa < 1:5305500/67‑1 (MQ=255) tGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGa < 1:27816385/67‑1 (MQ=255) tGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGa < 1:38332575/67‑1 (MQ=255) tGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGa < 1:5685903/67‑1 (MQ=255) gccgactcgttgctgctaatactaccgttttccacaccgattgcaagtaagatattTCGCTAACTGa > 1:4440903‑M1/57‑67 (MQ=255) gccgactcgtggctgctaatactatcgttttccacaccgattgcaagtaagatattTCGCTAACTGa > 1:8153554‑M1/57‑67 (MQ=255) gccgactcgtggctgctaatactaccgttttccacaccgattgcaagtaagatattTCGCTAACTGa > 1:1571639‑M1/57‑67 (MQ=255) gccgactcgtggctgctaatactaccgttttccacaccgattgcaagtaagatattTCGCTAACTGa > 1:24096935‑M1/57‑67 (MQ=255) gccgactcgtggctgctaatactaccgttttccacaccgattgcaagtaagatattTCGCTAACTGa > 1:43137159‑M1/57‑67 (MQ=255) gccgactcgtggctgctaatactaccgttttccacaccgattgcaagtaagatattTCGCTAACTGa > 1:9545422‑M1/57‑67 (MQ=255) gccgactcgtggctgctaatactaccgttttccacacagattgcaagtaagatattTCGCTAACTGa > 1:6707008‑M1/57‑67 (MQ=255) ccgactcgtggctgctaatactaccgttttccacaccgattgcaagtaagatattTCGCTAACTGatt < 1:19238760‑M1/13‑1 (MQ=255) aaaaCCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGattaa < 1:3431260/68‑1 (MQ=255) aaaaCCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGattaa < 1:11711929/68‑1 (MQ=255) aaCCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGattaatt < 1:36272513/68‑1 (MQ=255) aaCCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGattaatt < 1:10532390/68‑1 (MQ=255) aaCCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGattaatt < 1:41698435/68‑1 (MQ=255) aaCCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGattaatt < 1:19779274/68‑1 (MQ=255) aaCCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGattaatt < 1:20724437/68‑1 (MQ=255) aCCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGattaatta > 1:27404140/1‑68 (MQ=255) ccACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATtat < 1:13608945/68‑1 (MQ=255) cacaGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATtata > 1:7506306/1‑68 (MQ=255) acaGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATaa > 1:12700562/1‑68 (MQ=255) acaGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATaa > 1:30698478/1‑68 (MQ=255) acaGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATaa < 1:14541283/68‑1 (MQ=255) gTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATc > 1:10851454/1‑68 (MQ=255) gTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTa > 1:26194588/1‑68 (MQ=255) gTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTa > 1:8653061/1‑68 (MQ=255) ttGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGc < 1:24745477/68‑1 (MQ=255) ttGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGc > 1:36739134/1‑68 (MQ=255) ttGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGc > 1:8917629/1‑68 (MQ=255) ttGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGc < 1:15265731/68‑1 (MQ=255) ttGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGc < 1:18900624/68‑1 (MQ=255) gTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGa < 1:3227830/68‑1 (MQ=255) ttATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGaa > 1:33733262/1‑68 (MQ=255) tATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGat < 1:909325/67‑2 (MQ=255) tATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGaa < 1:39000537/67‑1 (MQ=255) aTTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAat < 1:6480988/68‑1 (MQ=255) aTTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAat < 1:42370576/68‑1 (MQ=255) aTTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAat > 1:21648031/1‑68 (MQ=255) cAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAATATCt > 1:23735303/1‑68 (MQ=255) aaGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAATATCt < 1:17374047/67‑1 (MQ=255) tccacaccgattgcaagtaagatattTCGCTAACTGATTTATTATAAATCAGTTAGCGAAATATCtt < 1:28402152‑M1/41‑1 (MQ=255) tccacaccgattgcaagtaagatattTCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAATATCtt < 1:14782838‑M1/41‑1 (MQ=255) aGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAATATCTTa < 1:11117211/68‑1 (MQ=255) gTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAATATCtt > 1:29990763/1‑66 (MQ=255) tGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAATATCTTACt > 1:15053403/1‑68 (MQ=255) gCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAATATCTTACtt > 1:36980090/1‑68 (MQ=255) gCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAATATCTTACt < 1:5037868/67‑1 (MQ=255) gCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAATATCTTACt < 1:38476600/67‑1 (MQ=255) accgattgcaagtaagatattTCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAATATCTTACTTGc < 1:31352491‑M1/47‑1 (MQ=255) accgattgcaagtaagatattTCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAATATCTTACTTGc < 1:40282265‑M1/47‑1 (MQ=255) gACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAATATCTTACTTGCa < 1:31823583/68‑1 (MQ=255) 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TCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAATATCTTACTTGCAATCGGTGTGGAAAACGgtag > 1:20372212‑M1/1‑68 (MQ=255) | AGAGTGAAAGATGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAATATCTTACTTGCAATCGGTGTGGAAAACGGTAG > CP009273/2279538‑2279672 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |