| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 1161581 | 326 (0.470) | 31 (0.060) | 14/82 | NT | 12.7% | coding (41/1305 nt) | ndh | respiratory NADH dehydrogenase 2/cupric reductase |
| ? | CP009273 | 1162077 = | 188 (0.370) | coding (537/1305 nt) | ndh | respiratory NADH dehydrogenase 2/cupric reductase | |||||
Only 100 of 239 total aligned reads displayed.
CCATTAATTAACAATTGGTTAATAAATTTAAGGGGGTCACGTTGACTACGCCATTGAAAAAGATTGTGATTGTCGGCGGCGG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP009273/1161500‑1161581‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gattgtcggcggcggCGCGACGGGTGTAGAACTCTCCGCTGAATTGCACAACGCGGTCAAGCAACTGCACAGCTACGGTT > CP009273/1162077‑1162141 CATTAATTAACAATTGGTTAATAAATTTAAGGGGGTCACGTTGACTACGCCATTGAAAAAGATTGTGA > 1:47348348/1‑68 CATTAATTAACAATTGGTTAATAAATTTAAGGGGGTCACGTTGACTACGCCATTGAAAAAGATTGTGA > 1:32885318/1‑68 ATTAATTAACAATTGGTTAATAAATTTAAGGGGGTCACGTTGACTACGCCATTGAAAAAGATTGTGAT < 1:38024883/68‑1 TAATTATCAATTGGTTAATAAATTTAAGGGGGTCACGTTGACTAAGCCATTGAAAAAGATTGTGATTG < 1:48673617/68‑1 AATTAACAATTGGTTAATAAATTTAAGGGGGTCACGTTGACTACGCCATTGAAAAAGATTGTGATTGT < 1:19527616/68‑1 ATTAACAATTGGTTAATAAATTTAAGGGGGTCACGTTGACTACGCCATTGAAAAAGATTGTGATTGTC > 1:31505961/1‑68 TTAGCAATTGGTTAATAAATTTAAGGGGGTCACGTTGACTACGCCATTGAAAAAGATTGTGATTGTCG > 1:56282905/1‑68 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TTAACAATTGGTTAATAAATTTAAGGGGGTCACGTTGACTACGCCATTGAAAAAGATTGTGATTGTCG > 1:39405640/1‑68 TTAACAATTGGTTAATAAATTTAAGGGGGTCACGTTGACTACGCCATTGAAAAAGATTGTGATTGTCG > 1:15249390/1‑68 TTAACAATTGGTTAATAAATTTAAGGGGGTCACGTTGACTACGCCATTGAAAAAGATTGTGATTGTCG > 1:6826731/1‑68 TTAACAATTGGTTAATAAATTTAAGGGGGTCACGTTGACTACGCCATTGAAAAAGATTGTGATTGTCG > 1:4029581/1‑68 TTAACAATTGGTTAATAAATTTAAGGGGGTCACGTTGACTACGCCATTGAAAAAGATTGTGATTGTCG > 1:854577/1‑68 TTAACAATTGGTTAATAAATTTAAGGGGGTCACGTTGACTACGCCATTGAAAAAGATTGTGATTGTCG > 1:13200738/1‑68 ACAATTGGTTAATAAATTTAAGGGGGTCACGTTGACTACGCCATTGAAAAAGATTGTGATTGTCGGCG > 1:26669586/1‑68 ACAATTGGTTAATAAATTTAAGGGGGTCACGTTGACTACGCCATTGAAAAAGATTGTGATTGTCGGCG > 1:30184848/1‑68 ACAATTGGTTAATAAATTTAAGGGGGTCACGTTGACTACGCCATTGAAAAAGATTGTGATTGTCGGCG > 1:44654180/1‑68 ACAATTGGTTAATAAATTTAAGGGGGTCACGTTGACTACGCCATTGAAAAAGATTGTGATTGTCGGCG > 1:10154173/1‑68 ACAATTGGTTAATAAATTTAAGGGGGTCACGTTGACTACGCCATTGAAAAAGATTGTGATTGTCGGCG > 1:12918587/1‑68 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ATTGGTTAATAAATTTAAGGGGGTCACGTTGACTACGCCATTGAAAAAGATTGTGATTGTCGGCGGCG > 1:12428553/1‑68 ATTGGTTAATAAATTTAAGGGGGTCACGTTGACTACGCCATTGAAAAAGATTGTGATTGTCGGCGGCG > 1:22768257/1‑68 TTGGTTAATAAATTTAAGGGGGTCACGTTGACTACGCCATTGAAAAAGATTGTGATTGTCGGCGGCGG < 1:20163837/68‑1 GGTTAATAAATTTAAGGGGGTCACGTTGACTACGCCATTGAAAAAGATTGTGATTGTCGGCGGCGGa > 1:26323463/1‑66 TTAATAAATTTAAGGGGGTCACGTTGACTACGCCATTGAAAAAGATTGTGATTGTCGGCGGCGGAGCG > 1:34912581/1‑68 AAATTTAAGGGGGTCACGTTGACTACGCCATTGAAAAAGATTGTGATTGTCGGCGGCGGCGCGGCGGG > 1:18010348/1‑68 AATTTACGGGGGTCACGTGGCCTACGCCATTCAAAAAGATTGGGATTGTCGGCGGCGGCGCGACGGGT < 1:28748959/68‑1 GGGGTCACGTTGACTACGCCATTGAAAAAGATTGTGATTGTCGGCGGCGGCGCGACGGGTGTAGAACa > 1:20818466/1‑67 GGGGTCACGTTGACTACGCCATTGAAAAAGATTGTGATTGTCGGCGGCGGCGCGACGGGTGTAGA > 1:20305609/1‑65 GGGGTCACGTTGACTACGCCATTGAAAAAGATTGTGATTGTCGGCGGCGGAGCGACGGGTGTAGAAC > 1:42220054/1‑67 GTTGACTACGCCATTGAAAAAGATTGTGATTGTCGGCGGCGGCGCTACGGGTGTAGAACTCTCCGCTG > 1:16001442/1‑68 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1:39979638/67‑1 GATTGTCGGCGGCGGCGCGACGGGTGTAGAACTCTCCGCTGAATTGCACAACGCGGTCAAGCAACTGC < 1:57641773/68‑1 GATTGTCGGCGGCGGCGCGACGGGTGTAGAACTCTCCGCTGAATTGCACAACGCGGTCAAGCAACTGC > 1:363106/1‑68 GATTGTCGGCGGCGGCGCGACGGGTGTAGAACTCTCCGCTGAATTGCACAACGCGGTCAAGCAACTGC < 1:11902609/68‑1 GATTGTCGGCGGCGGCGCGACGGGTGTAGAACTCTCCGCTGAATTGCACAACGCGGTCAAGCAACTGC > 1:37645261/1‑68 GATTGTCGGCGGCGGCGCGACGGGTGTAGAACTCTCCGCTGAATTGCACAACGCGGTCAAGCAACTGC < 1:1652592/68‑1 GATTGTCGGCGGCGGCGCGACGGGTGTAGAACTCTCCGCTGAATTGCACAACGCGGTCAAGCAACTGC < 1:26157332/68‑1 ATTGTCGGCGGCGGCGCGACGGGTGTAGAACTCTCCGCTGAATTGCACAACGCGGTCAAGCAACTGC < 1:7205092/67‑1 ATTGTCGGCGGCGGCGCGACGGGTGTAGAACTCTCCGCTGAATTGCACAACGCGGTCAAGCAACTGC > 1:2159604/1‑67 ATTGTCGGCGGCGGCGCGACGGGTGTAGAACTCTCCGCTGAATTGCACAACGCGGTCAAGCAACTGC > 1:27278859/1‑67 TGTCGGCGGCGGCGCGACGGGTGTAGAACTCTCCGCTGAATTGCACAACGCGGTCAAGCAACTGCACA > 1:44066903/1‑68 TGTCGGCGGCGGCGCGACGGGTGTAGAACTCTCCGCTGAATTGCACAACGCGGTCAAGCAACTGCACA > 1:7830962/1‑68 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |