| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 3618995 | NA (NA) | 10 (0.020) | 7/92 | NT | NA | noncoding (47/82 nt) | RIP260 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences and 1 IHF site | RIP260 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences and 1 IHF site |
| ? | CP009273 | = 3619028 | NA (NA) | noncoding (80/82 nt) | RIP260 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences and 1 IHF site | RIP260 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences and 1 IHF site | |||||
Only 100 of 306 total aligned reads displayed.
GGTTTTGGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCAccgatgcgta‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP009273/3618930‑3618995‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CCGATGCGTAAGCTTATAGGGACTACGCATCGGTGCAATTTATTGAATTTTAGTTGTTTTTAGGCCGGATAAGGCGTT < CP009273/3619028‑3618951 GGTTTTGGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACC > 1:49367536/1‑68 GTTTTGGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCG > 1:17039984/1‑68 TTTTGGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGA > 1:24971784/1‑68 TTTTGGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGA > 1:21993521/1‑68 TTTTGGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGA > 1:2732620/1‑68 TTTTGGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGA > 1:39756373/1‑68 TTTTGGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGA > 1:4103571/1‑68 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |