| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 4311466 = | 963 (1.380) | 61 (0.100) | 21/94 | NT | 7.8% | coding (48/453 nt) | phnG | ribophosphonate triphosphate synthase subunit |
| ? | CP009273 | 4311493 = | 637 (1.080) | coding (21/453 nt) | phnG | ribophosphonate triphosphate synthase subunit | |||||
Only 100 of 1320 total aligned reads displayed.
CACCTCATAGTCGGCGGTGATGTTTAGCGCGTTCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTCCATAGTGAAT > CP009273/4311400‑4311532 | cctgacgcgcgccgacatgattgaattcactatggagcactgaatgcacgcagataccgcgaccCGcc < 1:43315274‑M1/4‑1 (MQ=255) ccTCATAGTCGGCGGTGATGTTTAGCGCGTTCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGcc > 1:23522974/1‑68 (MQ=255) tCATAGTCGGCGGTGATGTTTAGCGCGTTCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCa > 1:21120900/1‑67 (MQ=255) tCATAGTCGGCGGTGATGTTTAGCGCGTTCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCa > 1:41626658/1‑67 (MQ=255) tCATAGTCGGCGGTGATGTTTAGCGCGTTCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAg < 1:10317090/68‑1 (MQ=255) tCATAGTCGGCGGTGATGTTTAGCGCGTTCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAg < 1:1068602/68‑1 (MQ=255) tCATAGTCGGCGGTGATGTTTAGCGCGTTCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCGGTGCGCCa > 1:20628414/1‑67 (MQ=255) gacgcgcggcgacatgattgaattcactatggagcactgaatgcacgcagataccgcgaccCGCCAGc > 1:30313538‑M1/62‑68 (MQ=255) gacgcgcgccgacatgattgaattcactatggagcactgaatgcacgcagataccgcgaccCGCCAGc > 1:44015498‑M1/62‑68 (MQ=255) gacgcgcgccgacatgattgaattcactatggagcactgaatgcacgcagataccgcgaccCGCCAGc > 1:24442905‑M1/62‑68 (MQ=255) gacgcgcgccgacatgattgaattcactatggagcactgaatgcacgcagataccgcgaccCGCCAGc > 1:18544214‑M1/62‑68 (MQ=255) gacgcgcgcagagatgattgtattcactttggagcactgaatgcacgcagataccgcgaccCGCCAGc > 1:54270228‑M1/62‑68 (MQ=255) cATAGTCGGCGGTGATGTTTAGCGCGTTCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGc < 1:25493344/68‑1 (MQ=255) aTAGTCGGCGGTGATGTTTAGCGCGTTCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCa < 1:23067560/68‑1 (MQ=255) cgcgcgccgacatgattgaattcactatggagcactgaatgcacgcagataccgcgaccCGCCAGc < 1:12418628‑M1/7‑1 (MQ=255) cgcgcgccgacatgattgaattcactatggagcactgaatgcacgcagataccgcgaccCGCCAGc < 1:5063457‑M1/7‑1 (MQ=255) cgcgcgccgacatgattgaattcactatggagcactgaatgcacgcagataccgcgaccCGCCAGCa > 1:43562878‑M1/60‑67 (MQ=255) cgcgcgccgacatgattgaattcactatggagcactgaatgcacgcagataccgcgaccCGCCAGCa > 1:15174456‑M1/60‑67 (MQ=255) cgcgcgccgacatgattgaattcactatggagcactgaatgcacgcagataccgcgaccCGCCAGCa > 1:5755691‑M1/60‑67 (MQ=255) aGTCGGCGGTGATGTTTAGCGCGTTCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACg > 1:36738233/1‑68 (MQ=255) aGTCGGCGGTGATGTTTAGCGCGTTCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACg > 1:21460422/1‑68 (MQ=255) aGTCGGCGGTGATGTTTAGCGCGTTCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACg > 1:9294307/1‑68 (MQ=255) gTCGGCGGTGATGTTTAGCGCGTTCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACgg > 1:18920890/1‑68 (MQ=255) gTCGGCGGTGATGTTTAGCGCGTTCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACgg > 1:7714340/1‑68 (MQ=255) gTCGGCGGTGATGTTTAGCGCGTTCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACgg > 1:53181563/1‑68 (MQ=255) gTCGGCGGTGATGTTTAGCGCGTTCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACgg > 1:45777084/1‑68 (MQ=255) gTCGGCGGTGATGTTTAGCGCGTTCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACgg > 1:38615663/1‑68 (MQ=255) cggcggTGATGTTTAGCGCGTTCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGa < 1:8646739/67‑1 (MQ=255) cggcggTGATGTTTAGCGCGTTCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGa < 1:25084856/67‑1 (MQ=255) gATGTTTAGCGCGTTCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGt < 1:29783992/68‑1 (MQ=255) gATGTTTAGCGCGTTCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGt < 1:29003923/68‑1 (MQ=255) gATGTTTAGCGCGTTCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGt < 1:6539371/68‑1 (MQ=255) gATGTTTAGCGCGTGCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGt < 1:51747306/68‑1 (MQ=255) gATGTTTAGCGCGTGCAGGCGGGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGt < 1:13669339/68‑1 (MQ=255) tGTTTAGCGCGTTCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTg < 1:57103286/67‑1 (MQ=255) gTTTAGCGCGTTCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCt < 1:19224166/68‑1 (MQ=255) ttAGCGCGTTCAGGCGTGCTGCCAGTTCATGCTGGTCGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCATTGcag > 1:27289773/1‑65 (MQ=255) ttAGCGCGTTCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTg > 1:54625135/1‑67 (MQ=255) tAGCGCGTTCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTTTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGc < 1:16269525/68‑1 (MQ=255) tAGCGCGTTCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGc < 1:42877535/68‑1 (MQ=255) caGCGCGTTCCGGCCTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGc < 1:4459120/67‑1 (MQ=255) aGCGCGTTCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGCTTGGGTGTGAGCCAGCCCGGACATCGAGTGCTgcc > 1:12098250/1‑65 (MQ=255) gcgcGTTCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCgg > 1:5818020/1‑68 (MQ=255) cgcgTTCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCggg > 1:19593977/1‑68 (MQ=255) cgcgTTCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCggg > 1:32770532/1‑68 (MQ=255) cgcgTTCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCggg > 1:21883701/1‑68 (MQ=255) cgcgTTCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCggg > 1:42491836/1‑68 (MQ=255) cgcgTTCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCggg > 1:46577262/1‑68 (MQ=255) cgcgTTCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCg > 1:38213023/1‑66 (MQ=255) gcgTTCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCCCGGACATCCAGTGCTGGCggg > 1:39006197/1‑67 (MQ=255) gcgTTCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCggg > 1:52446337/1‑67 (MQ=255) gcgTTCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCggg < 1:55034706/67‑1 (MQ=255) gTTCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTcg < 1:51228028/68‑1 (MQ=255) tCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTcgcg < 1:37190740/68‑1 (MQ=255) tCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTcgcg < 1:37770368/68‑1 (MQ=255) tCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTcgcg < 1:49046240/68‑1 (MQ=255) tCAGGCGTGCAGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTcgcg < 1:47260909/68‑1 (MQ=255) cAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGGTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTcgcg < 1:20203778/67‑1 (MQ=255) cGTGCTGCCAGTTCCGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCCCGGACAGCCAGTGGTGGCGGGTCGCggga > 1:45060372/1‑64 (MQ=255) cGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGt < 1:55607050/65‑1 (MQ=255) cGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGt < 1:40014091/65‑1 (MQ=255) cGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTa > 1:35911940/1‑66 (MQ=255) cGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTAt < 1:39649068/67‑1 (MQ=255) cGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTAt < 1:40589981/67‑1 (MQ=255) cGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTAt < 1:34847486/67‑1 (MQ=255) tgcCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCg < 1:40978516/67‑1 (MQ=255) tgcCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCg < 1:15615210/67‑1 (MQ=255) tgcCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGt > 1:26651280/1‑68 (MQ=255) gcCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTg < 1:5011422/68‑1 (MQ=255) cAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCa < 1:13228570/68‑1 (MQ=255) tCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCAt < 1:36161079/65‑1 (MQ=255) tCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCAt < 1:22423926/65‑1 (MQ=255) tCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCa < 1:47943653/68‑1 (MQ=255) tCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCa > 1:33482486/1‑68 (MQ=255) tCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCa < 1:7117542/68‑1 (MQ=255) gCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGt > 1:10002917/1‑67 (MQ=255) cGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGt < 1:56187391/65‑1 (MQ=255) cGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGt < 1:4866059/65‑1 (MQ=255) cGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGt < 1:17316722/65‑1 (MQ=255) cGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGt < 1:8071662/65‑1 (MQ=255) cGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGt < 1:31151724/65‑1 (MQ=255) cGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGt < 1:30562109/65‑1 (MQ=255) cGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGt < 1:53723400/65‑1 (MQ=255) cGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGc > 1:56665180/1‑67 (MQ=255) cGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGc < 1:26042548/67‑1 (MQ=255) cGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGc < 1:14329273/67‑1 (MQ=255) cGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGc < 1:49583859/67‑1 (MQ=255) cGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGc < 1:33889666/67‑1 (MQ=255) ggTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTc < 1:28099473/68‑1 (MQ=255) ataccgcgaccCGCCCGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAgtggt < 1:35486269‑M1/56‑3 (MQ=255) ataccgcgaccCGCCAGCACGGGCATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCt < 1:12784158‑M1/56‑1 (MQ=255) ataccgcgaccCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTGGCGGGATCTGCGTGCATTCTGTGCt < 1:31904307‑M1/56‑1 (MQ=255) ttGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTcc < 1:47047870/67‑1 (MQ=255) tGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTCCAt < 1:11598267/68‑1 (MQ=255) gtgCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTCCATAGTGa < 1:16779010/68‑1 (MQ=255) gtgCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTCCATAGTGa < 1:17918638/68‑1 (MQ=255) gtgCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTCCATAGTGa < 1:32303143/68‑1 (MQ=255) gcgcCATCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTCCATAGTGAAt < 1:11079026/68‑1 (MQ=255) gcgcCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTCCATAGTGAAt < 1:24027654/68‑1 (MQ=255) gcgcCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTCCATAGTGAAt < 1:28863608/68‑1 (MQ=255) | CACCTCATAGTCGGCGGTGATGTTTAGCGCGTTCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTCCATAGTGAAT > CP009273/4311400‑4311532 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |