| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 4382210 | 239 (0.340) | 18 (0.030) | 13/96 | NT | 7.2% | noncoding (34/76 nt) | glyV | tRNA‑Gly |
| ? | CP009273 | = 4382323 | 257 (0.430) | noncoding (35/76 nt) | glyX | tRNA‑Gly | |||||
Only 100 of 344 total aligned reads displayed.
TTTGAAAAGTGCTGCAAAGCACAGACCACCCAAGCGGGAATAGCTCAGTTGGTAGAGCACGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGTGCTGTAAGGCACA > CP009273/4382256‑4382389 | tttGAAAAGTGCTGCAAAGCACAGACCACCCAAGCGGGAATAGCTCAGTTGGTAGAGCACGACCTTGc < 1:25549208/68‑1 (MQ=255)tttGAAAAGTGCTGCAAAGCACAGACCACCCAAGCGGGAATAGCTCAGTTGGTAGAGCACGACCTTGc < 1:14623146/68‑1 (MQ=255) ttGAAAAGTGCTGCAAAGCACAGACCACCCAAGCGGGAATAGCTCAGTTGGTAGAGCACGACCTTGCc < 1:3092062‑M2/68‑2 (MQ=255) ttGAAAAGTGCTGCAAAGCACAGACCACCCAAGCGGGAATAGCTCAGTTGGTAGAGCACGACCTTGCc < 1:39699933‑M2/68‑2 (MQ=255) tGAAAAGTGCTGCAAAGCACAGACCACCCAAGCGGGAATAGCTCAGTTGGTAGAGCACGACCTTGCca > 1:30448803‑M2/1‑66 (MQ=255) aaaTTGCTTCACAGCACATACCACCCACGCGGGAATAGCTCAGTTGGTAGAGCACGACCTTGCcaagg > 1:19511339‑M2/1‑63 (MQ=255) aaaGTGCTGCAAATCACAGACCACCCAAGCGGGAATAGCTCAGTTGGTAGAGCACGACCTTGCcaagg > 1:5352287‑M2/1‑63 (MQ=255) aaaGTGCTGCAAAGCACAGACCACCCAAGCGGGAATAGCTCAGTTGGTAGAGCACGACCTTGCcaagg < 1:33593926‑M2/68‑6 (MQ=255) aaaGTGCTGCAAAGCACAGACCACCCAAGCGGGAATAGCTCAGTTGGTAGAGCACGACCTTGCcaagg > 1:50819765‑M2/1‑63 (MQ=255) aaaGTGCTGCAAAGCACAGACCACCCAAGCGGGAATAGCTCAGTTGGTAGAGCACGACCTTGCcaagg < 1:41675373‑M2/68‑6 (MQ=255) aaaGTGCTGCAAAGCACAGACCACCCAAGCGGGAATAGCTCAGTTGGTAGAGCACGACCTTGCcaagg > 1:57668956‑M2/1‑63 (MQ=255) aaaGTGCTGCAAAGCACAGACCACCCAAGCGGGAATAGCTCAGTTGGTAGAGCACGACCTTGCcaagg > 1:3502330‑M2/1‑63 (MQ=255) aaaGTCCTGCAAACCACAGACCACCCAAGCGGGAATAGCTCAGTTGGTAGAGCACGACCTTGCcaagg > 1:29107888‑M2/1‑63 (MQ=255) tgcAAACCACAGACCACCCAAGCGGGAATAGCTCAGTTGGTAGAGCACGACCTTGCCAAGGTCgggg < 1:49677722/67‑1 (MQ=255) aaaGCACAGACCACCCAAGCGGGAATAGCTCAGTTGGTAGAGCACGACCTTGCCAAGGTCGGGGTcgc > 1:21660095/1‑68 (MQ=35) aaaGCACAGACCACCCAAGCGGGAATAGCTCAGTTGGTAGAGCACGACCTTGCCAAGGTCGGGGTcgc > 1:47015036/1‑68 (MQ=35) aaaGCACAGACCACCCAAGCGGGAATAGCTCAGTTGGTAGAGCACGACCTTGCCAAGGTCGGGGTcgc > 1:23026928/1‑68 (MQ=35) aaaGCACAGACCACCCAAGCGGGAATAGCTCAGTTGGTAGAGCACGACCTTGCCAAGGTCGGGGTcgc > 1:51529102/1‑68 (MQ=35) aaaGCACAGACCACCCAAGCGGGAATAGCTCAGTTGGTAGAGCACGACCTTGCCAAGGTCGGGGTcgc > 1:53710417/1‑68 (MQ=35) aaaGCACAGACCACCCAAGCGGGAATAGCTCAGTTGGTAGAGCACGACCTTGCCAAGGTCGGGGTcgc > 1:37247702/1‑68 (MQ=35) aaaGCACAGACCACCCAAGCGGGAATAGCTCAGTTGGTAGAGCACGACCTTGCCAAGGTCGGGGTcgc > 1:8841113/1‑68 (MQ=35) aGCACAGACCACCCAAGCGGGAATAGCTCAGTTGGTAGAGCACGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGa < 1:10736967/68‑1 (MQ=31) aGCACAGACCACCCAAGCGGGAATAGCTCAGTTGGTAGAGCACGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGa < 1:56817590/68‑1 (MQ=31) ccaccCAAGCGGGAATAGCTCAGTTGGTAGAGCACGACCTTGCcaaggtcgtgctctaccaactga > 1:29568196‑M2/1‑43 (MQ=255) cccAAGCGGGAATAGCTCAGTTGGTAGAGCACGACCTTGCc > 1:52389529‑M2/1‑40 (MQ=255) ccgGGAATAGCTCAGTTGGTAGAGCACGACCTTGCcaaggtcgtgctctaccaactgagctattcccg > 1:13871079‑M2/2‑35 (MQ=255) gAATAGCTCAGTTGGTAGAGCACGACCTTGCcaagg > 1:29011593‑M2/1‑31 (MQ=255) tAGAGCACGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAATTGTGAAAg > 1:54150259/1‑68 (MQ=255) tAGAGCACGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAg > 1:23501788/1‑68 (MQ=31) 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agagCACGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGt < 1:38400133/68‑1 (MQ=33) agagCACGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGt < 1:48963947/68‑1 (MQ=33) agagCACGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGt < 1:18207585/68‑1 (MQ=33) agagCACGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGt < 1:32133683/68‑1 (MQ=33) agagCACGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGt < 1:18533862/68‑1 (MQ=33) agagCACGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGt > 1:2441964/1‑68 (MQ=33) agagCACGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGGCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGt < 1:26823834/68‑1 (MQ=18) gagCACGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTTaaatgt > 1:3135604/1‑65 (MQ=0) gagCACGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTTAAAgga > 1:36922703/1‑66 (MQ=9) gagCACGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGt > 1:57077862/1‑67 (MQ=33) gCACGACCTTGCcaaggtcgtgctctaccaactgagctattcccgcgttctacttaattttgctttcg < 1:42619346‑M2/68‑57 (MQ=255) gCACGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGTGc < 1:29819845/67‑1 (MQ=37) cACGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGt > 1:51083913/1‑64 (MQ=33) aCGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAATTTTGAAAGTGATGt > 1:3608138/1‑68 (MQ=255) aCGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGTGCt < 1:30194422/66‑1 (MQ=39) aCGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGTGCt < 1:29443136/66‑1 (MQ=39) aCGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGTGCt < 1:35775454/66‑1 (MQ=39) aCGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGTGCt < 1:24767852/66‑1 (MQ=39) aCGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGTGCt < 1:50359798/66‑1 (MQ=39) aCGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGTGCt < 1:15641612/66‑1 (MQ=39) aCGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGTGCTGt < 1:50004650/68‑1 (MQ=40) aCGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGTGCTGt < 1:22070029/68‑1 (MQ=40) aCGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGTGCTGt < 1:55974807/68‑1 (MQ=40) aCGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGTGCTGt > 1:17390532/1‑68 (MQ=40) aCGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGTGCTGt < 1:5448181/68‑1 (MQ=40) aCGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGTGCTGt < 1:55257029/68‑1 (MQ=40) aCGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGTGCTGt < 1:32697985/68‑1 (MQ=40) aCGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGTGCTGt < 1:13159704/68‑1 (MQ=40) aCGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGTGCTGt < 1:11814551/68‑1 (MQ=40) aCGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGTGCTGt < 1:10950430/68‑1 (MQ=40) aCGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGTGCTGt < 1:943005/68‑1 (MQ=40) aCGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGTGCTGt < 1:3942939/68‑1 (MQ=40) aCGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGTGCTGt < 1:33116809/68‑1 (MQ=40) aCGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGTGCTGt < 1:47615202/68‑1 (MQ=40) aCGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGTGCTGt < 1:44722626/68‑1 (MQ=40) aCGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGTGCTGt < 1:43853542/68‑1 (MQ=40) aCGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGAGATGt > 1:32398359/1‑68 (MQ=255) aCGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATCTGAAAGTGCTGt < 1:1243152/68‑1 (MQ=255) aCCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTTAAAGTGCTGTaat > 1:6721878/1‑67 (MQ=255) aCCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGTGCTGTAAg > 1:5941029/1‑68 (MQ=255) 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gCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGAGATGAAAGGcaca > 1:20846981/1‑68 (MQ=14) | TTTGAAAAGTGCTGCAAAGCACAGACCACCCAAGCGGGAATAGCTCAGTTGGTAGAGCACGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGTGCTGTAAGGCACA > CP009273/4382256‑4382389 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |