| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 691855 = | 590 (0.840) | 86 (0.130) +TAATG |
4/102 | NT | 12.3% | intergenic (+123/+31) | ubiF/glnX | 2‑octaprenyl‑3‑methyl‑6‑methoxy‑1,4‑benzoquinol oxygenase/tRNA‑Gln |
| ? | CP009273 | 691998 = | 752 (1.070) | noncoding (75/75 nt) | glnV | tRNA‑Gln | |||||
Only 100 of 1128 total aligned reads displayed.
TCCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGCG > CP009273/691931‑692064 | tCCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGTTAAGCGGCTTGAAGATAtt > 1:4278987/1‑68 (MQ=21)tCCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACACCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTATTGAATATAtt > 1:16550850/1‑68 (MQ=37) cGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTgg < 1:40908495/68‑1 (MQ=255) gCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGGCGTGAATAAATTGGCTgg > 1:44975731/1‑68 (MQ=255) cTTACCGCTTGGCGATACCCCAACTGGGTTCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGTATAAATTGGCTggg < 1:36285965/67‑1 (MQ=38) cTTACCGCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTggg < 1:21813268/67‑1 (MQ=255) cTTACCGCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTggg < 1:11830380/67‑1 (MQ=255) ttACCGCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGt < 1:50855509/68‑1 (MQ=255) ttACCGCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGt < 1:47085934/68‑1 (MQ=255) aCCGCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAAATTGCTGGGGTAc > 1:48322938/1‑68 (MQ=255) aCCGCTTGGCGATACCCCAACAGGGTGCAGTTAAAAGGTAAGAGTATAGAATATATTGGCTGGGGttc > 1:15068511/1‑66 (MQ=21) gCTTGGCGATACCCCAACTGGTTGCACTTACATGGGCCGCGTGTTGAATATATTGGCTGGGGTTCGAg > 1:15798987/1‑68 (MQ=255) gCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAg > 1:39442390/1‑68 (MQ=255) gCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGGCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAg > 1:30156622/1‑68 (MQ=255) gCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCAATTTAAATTTAAGCGGCTTTAATAAATTGTCTGGGGTTCGAg > 1:48756594/1‑68 (MQ=255) gCTTGGCGATACCCCAACAGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTGTTGAATAAATAGGCTGGGGTACGAg > 1:21128073/1‑68 (MQ=39) ttGGCGCTACCCCAACTTGGTTAACTTTCAAGGTATGCTTCTTTAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGa < 1:33779745/68‑1 (MQ=255) gCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTc > 1:41205201/1‑68 (MQ=255) cGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCg > 1:20675812/1‑68 (MQ=255) cccAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTc > 1:12387042/1‑68 (MQ=255) aaCTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGa > 1:57664124/1‑68 (MQ=255) aaCTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGa > 1:9523811/1‑68 (MQ=255) aCTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGaa > 1:4380119/1‑68 (MQ=255) aCTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGaa > 1:25328206/1‑68 (MQ=255) aCTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGaa > 1:29638499/1‑68 (MQ=255) cTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAAt > 1:31691011/1‑68 (MQ=255) tGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAAt > 1:49843007/1‑67 (MQ=255) tGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAAt > 1:18791783/1‑67 (MQ=255) tGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAAt > 1:2668535/1‑67 (MQ=255) tGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAAt > 1:27251793/1‑67 (MQ=255) tGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAAt > 1:37033044/1‑67 (MQ=255) gCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGa > 1:5852653/1‑68 (MQ=255) caagcgcgcttcggcgagcgtttttaatgGGGCGGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGaa < 1:25700019‑M2/39‑1 (MQ=255) cTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATc > 1:54540007/1‑68 (MQ=255) tACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGTGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCat > 1:55602152/1‑67 (MQ=255) tACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAg > 1:8341979/1‑68 (MQ=255) tACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAg > 1:36017024/1‑68 (MQ=255) tACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAg > 1:49239249/1‑68 (MQ=255) aaGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGaa > 1:28211572/1‑67 (MQ=255) aaGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGaa > 1:54183951/1‑67 (MQ=255) ggTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATcc > 1:37938179/1‑68 (MQ=255) ggTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATcc > 1:37421591/1‑68 (MQ=255) ggTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATcc > 1:22252087/1‑68 (MQ=255) ggTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATcc > 1:39767982/1‑68 (MQ=255) ggTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATcc > 1:56472397/1‑68 (MQ=255) ggTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATcc > 1:53084538/1‑68 (MQ=255) ggTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATcc > 1:35100603/1‑68 (MQ=255) ggTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATcc > 1:6585044/1‑68 (MQ=255) ggTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATcc > 1:20058825/1‑68 (MQ=255) ggTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATcc > 1:31033794/1‑68 (MQ=255) ggTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATcc > 1:19684661/1‑68 (MQ=255) ggTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATcc > 1:8771387/1‑68 (MQ=255) ggTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATcc > 1:23768739/1‑68 (MQ=255) ggTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATcc > 1:19162048/1‑68 (MQ=255) ggTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCCGAATAACAATc > 1:47430851/1‑67 (MQ=21) tAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCgg > 1:7222221/1‑68 (MQ=255) tAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCgg > 1:7758204/1‑68 (MQ=255) tAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCgg > 1:25949363/1‑68 (MQ=255) aaaGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCAGGAATCAGAATCCgg > 1:24734142/2‑68 (MQ=255) cgcgaccttttttaatcTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCACGGAATGCCGGTATCAAAATCCGGt < 1:32155337‑M2/51‑1 (MQ=255) accgagcttttttaatgTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCAGGGAATGCCGGTATCAAAAACCGGt < 1:29004268‑M2/51‑1 (MQ=255) aaGCGTCTTTAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGACCCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGt < 1:56146177/68‑1 (MQ=17) aGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGt > 1:2417507/1‑67 (MQ=255) ccagctttaataatgTGGCTGCGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGc < 1:53521024‑M2/53‑1 (MQ=255) gagcttttttaatgTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGt < 1:57083681‑M2/51‑1 (MQ=255) gagcttttttaatgTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTg < 1:44276262‑M2/52‑1 (MQ=255) cGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTg > 1:42342332/1‑66 (MQ=255) cGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTg > 1:16178570/1‑66 (MQ=255) gTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCt > 1:11278666/1‑68 (MQ=255) gTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCt > 1:10160536/1‑68 (MQ=255) tCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAAACCGGTGCCtt > 1:5507291/1‑68 (MQ=255) ttttttaatgAGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTa > 1:34442881‑M2/11‑67 (MQ=255) ttttaatgTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAAt < 1:3050452‑M2/40‑1 (MQ=255) tttaatgTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGTATCAAAAACCGGTGCCTTACCGc < 1:1412250‑M2/61‑1 (MQ=255) attAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGc < 1:46204844/66‑1 (MQ=255) ttaatgTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCt < 1:45825839‑M2/62‑1 (MQ=255) ttaatgTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCt < 1:17296777‑M2/62‑1 (MQ=255) aTAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCt < 1:46691855/68‑1 (MQ=40) taatgTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCtt > 1:45440650‑M2/6‑68 (MQ=255) aatgTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTg < 1:27573990‑M2/64‑1 (MQ=255) atgTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCACAAACCGGTGCCTTACCGCTTgg < 1:18454603‑M2/65‑1 (MQ=255) aagTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTgg < 1:17821365‑M2/65‑1 (MQ=255) tttGGCTGGGGTACCAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCATAAACCGGTGCCTTACCGCTTGGc < 1:35553967/67‑1 (MQ=11) tgTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGATTAAGAATACGGTGCCTTACCGCTagga > 1:52149688‑M2/3‑67 (MQ=255) tgTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGc > 1:22731017‑M2/3‑68 (MQ=255) tgTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGc > 1:23216652‑M2/3‑68 (MQ=255) tgTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGc > 1:47882044‑M2/3‑68 (MQ=255) tgTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGc > 1:1352889‑M2/3‑68 (MQ=255) tgTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGc < 1:33209166‑M2/66‑1 (MQ=255) tgTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGc > 1:12827609‑M2/3‑68 (MQ=255) tgTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGc < 1:10570299‑M2/66‑1 (MQ=255) tgTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGc < 1:36729817‑M2/66‑1 (MQ=255) tgTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGc < 1:43345160‑M2/66‑1 (MQ=255) tgTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGc < 1:50421707‑M2/66‑1 (MQ=255) tgTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGc > 1:40416294‑M2/3‑68 (MQ=255) tgTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGc > 1:16931683‑M2/3‑68 (MQ=255) tgTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGc > 1:51569536‑M2/3‑68 (MQ=255) tgTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGc < 1:4182110‑M2/66‑1 (MQ=255) tgTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTAGGAATGACGGAAACAGAATCCGGTGCCTTACCGATTGGc > 1:38790227‑M2/3‑68 (MQ=255) cttGGCTGGGGTACGTGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGTATCATAAACCGGTGCCTTACCGCTTGGc < 1:328349/67‑1 (MQ=11) | TCCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGCG > CP009273/691931‑692064 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |