| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 360070 = | 566 (0.910) | 1206 (2.600) +CTGATCAGTGAATT |
26/84 | NT | 74.1% | intergenic (‑4/+591) | lacZ/lacI | pseudogene, truncated/DNA‑binding transcriptional repressor |
| ? | CP009273 | = 561564 | 558 (0.900) | pseudogene (269/279 nt) | exoD | pseudogene, DLP12 prophage; phage‑type exonuclease family;Phage or Prophage Related | |||||
Only 100 of 1209 total aligned reads displayed.
ATCGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/360099‑360070‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGGTACCT < CP009273/561564‑561525 |||||||||||||| gatGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCAGTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACG < 1:43968426/64‑1 atGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCTATGACGCATCCTCACGA < 1:37133043/65‑1 atGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGAT > 1:40367809/3‑68 atGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGA < 1:10479760/65‑1 atGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGA < 1:3913099/65‑1 atGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGA < 1:32700127/65‑1 atGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGA < 1:42002890/65‑1 atGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGA < 1:29107357/65‑1 atGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGA < 1:25070752/65‑1 atGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGA < 1:45814859/65‑1 atGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGA < 1:22316434/65‑1 atGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGA < 1:49099831/65‑1 atGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGA < 1:50378234/65‑1 atGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGA < 1:7058178/65‑1 atGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGA < 1:13420289/65‑1 atGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGA < 1:9072888/65‑1 tGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATA < 1:51232029/67‑1 tGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGAT < 1:41627771/66‑1 tGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGAT < 1:14334295/66‑1 tGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGAT < 1:4443474/66‑1 tGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGAT < 1:26826936/66‑1 tGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGAT < 1:50776330/66‑1 tGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGAT < 1:29443051/66‑1 tGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGAT < 1:17848340/66‑1 tGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGAT < 1:32155412/66‑1 tGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGAT < 1:7470936/66‑1 tGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGAT < 1:4088561/66‑1 tGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGAT < 1:40080497/66‑1 tGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGAT < 1:34754670/66‑1 tGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGAT < 1:35086842/66‑1 tGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGAT < 1:48484104/66‑1 tGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGAT < 1:45085247/66‑1 tGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGAT < 1:204229/66‑1 tGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGAT < 1:21018455/66‑1 tGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGAT < 1:36690094/66‑1 tGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGAT < 1:46220446/66‑1 tGGAATTCTCATGTTTAACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGAT < 1:36278687/66‑1 GGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAA > 1:1829482/1‑68 GAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAAT > 1:42651262/1‑68 GAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAAT > 1:6299182/1‑68 AATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCCGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGCTAAT < 1:2423062/67‑1 AATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATA > 1:43615014/1‑68 AATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAAT < 1:28526050/67‑1 AATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAAT < 1:24588097/67‑1 AATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAAT < 1:27384494/67‑1 AATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAAT < 1:6576728/67‑1 AATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAAT < 1:26264654/67‑1 AATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAAT < 1:11641896/67‑1 AATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAAT < 1:37806492/67‑1 tTTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCTCGATAATAT < 1:30717823/67‑1 ATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCGCGATAATAT < 1:39825949/68‑1 ATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATAT < 1:39359047/68‑1 ATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATAT < 1:3747526/68‑1 ATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATAT < 1:27860034/68‑1 ATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATAT < 1:41362550/68‑1 ATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATAT < 1:1266128/68‑1 ATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATAT < 1:44747178/68‑1 ATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATAT < 1:22756427/68‑1 ATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATAT < 1:47300254/68‑1 ATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATAT < 1:16198142/68‑1 ATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATAT < 1:49944522/68‑1 ATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATA > 1:3395129/1‑67 ATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATA < 1:11156722/67‑1 ATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATA < 1:31851868/67‑1 ATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATA < 1:26564418/67‑1 ATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATA < 1:15707268/67‑1 ATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCACACGATAATA < 1:19530324/67‑1 TTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATAT > 1:18992613/1‑67 TTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATAT > 1:34335904/1‑67 TCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCC < 1:49468330/68‑1 TCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCC > 1:47824191/1‑68 TCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGG < 1:1864451/68‑1 TCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGG < 1:30901729/68‑1 TCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGG < 1:29901151/68‑1 TCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGG < 1:15165004/68‑1 CATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGG < 1:25819025/68‑1 CATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGG > 1:46808138/1‑68 CATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGG > 1:23683751/1‑68 CATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGG > 1:13766161/1‑68 CATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGG > 1:12242931/1‑68 CATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGG < 1:31439798/68‑1 CATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGG > 1:33526306/1‑68 CATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGG > 1:38518724/1‑68 CATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGG < 1:35754201/68‑1 ATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGGT > 1:30399000/1‑68 TGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGGTA > 1:9450446/1‑68 TGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGGTA > 1:16985799/1‑68 TGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGGTA > 1:17444101/1‑68 TGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGGTA > 1:43147637/1‑68 GTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGGTAg > 1:20060358/1‑67 GTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGGTAg > 1:21886272/1‑67 TTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGGTAg > 1:586687/1‑66 TTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGGTAg > 1:10129285/1‑66 TTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACTATAATATCCGGGTAgg < 1:35365950/67‑3 TTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGGTAggc < 1:5353828/68‑4 TTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGGTAggc > 1:23078259/1‑65 TTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGGTAggc < 1:25512889/68‑4 TTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGGTAggc < 1:8093421/68‑4 TTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGGTAgg < 1:21421730/67‑3 GCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGG > 1:861477/1‑57 |||||||||||||| ATCGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/360099‑360070‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGGTACCT < CP009273/561564‑561525 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |