| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 471426 | 427 (0.690) | 22 (0.050) | 7/88 | NT | 5.4% | intergenic (+19/+12) | ybaY/ybaZ | outer membrane lipoprotein/excision repair protein, alkyltransferase‑like protein ATL |
| ? | CP009273 | = 471428 | 437 (0.900) | intergenic (+21/+10) | ybaY/ybaZ | outer membrane lipoprotein/excision repair protein, alkyltransferase‑like protein ATL | |||||
Only 100 of 300 total aligned reads displayed.
TCGACTTCACCAACTCAGGTGAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP009273/471348‑471426‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑taaccctctccgGGCGGAGAGGGTTAACGTCGCTTAATATTGCGTAGGAGCTGGAACTGCCGAAGACGGATTCACCTGA < CP009273/471428‑471362 TCGACTTCACCAACTCAGGTGAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTT < 1:49264527/68‑1TCGACTTCACCAACTCAGGTGAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTT < 1:1995941/68‑1 CGACTTCACCAACTCAGGTGAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTA > 1:39786634/1‑68 CGACTTCACCAACTCAGGTGAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTA < 1:6962004/68‑1 ACTTCACCAACTCAGGTGAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAA > 1:1077560/1‑67 ACTTCACCAACTCAGGTGAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAA > 1:37753067/1‑67 ACTTCACCAACTCAGGTGAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAA > 1:3315674/1‑67 ACTTCACCAACTCAGGTGAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAA > 1:22564203/1‑67 ACTTCACCAACTCAGGTGAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAA > 1:14620355/1‑67 CTTCACCAACTCAGGTGAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAAC < 1:36535989/67‑1 CTTCACCAACTCAGGTGAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAAC < 1:33200938/67‑1 CTTCACCAACTCAGGTGAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAAC > 1:25067294/1‑67 CTTCACCAACTCAGGTGAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAAC < 1:18598586/67‑1 TCACCAACTCAGGTGAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTCCGCAATATTAAGCGACGTTAACCC > 1:24677890/1‑67 TCACCAACTCAGGTGAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCT < 1:47464386/68‑1 CACCAACTCAGGTGAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTC < 1:42011919/68‑1 CACCAACTCAGGTGAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTC < 1:18963211/68‑1 CAACTCAGGTGAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCC > 1:28986975/1‑68 AACTCAGGTGAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCG < 1:6345509/68‑1 ACTCAGGTGAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCG > 1:2684130/1‑67 TCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTACGGGACGTTAACCCTCTCCGGCCGGTGAGGGTTAACGTC < 1:16923147/68‑1 CTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGGGCGGAGAGGGTTAACGTCGCTTAATATTGCG > 1:20970726/1‑68 CTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCGCTGCGGGGGGGGAGGGTTAACGTGGCTTAATATTGgg > 1:42472458/1‑66 ATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGGGCGGAGAGGGTTAACGTCGCTTAATATTGCGTTGGAGCTGGA > 1:24508722/1‑67 GCGACGTTAACCCTCTCCGGGCGGAGAGGGTTAACGTCGCTTAATATTGCGTAGGAGCTGGAACTGCC > 1:14088501/1‑68 GCGACGTTAACCCTCTCCGGGCGGAGAGGGTTAACGTCGCTTAATATTGCGTAGGAGCTGGAACTGCC > 1:8605061/1‑68 TAACCCTCTCCGGGCGGAGAGGGTTAACGTCGCTTAATATTGCGTAGGAGCTGGAACTGCCGAAGACG > 1:14360347/1‑68 TAACCCTCTCCGGGCGGAGAGGGTTAACGTCGCTTAATATTGCGTAGGAGCTGGAACTGCCGAAGACG > 1:13262840/1‑68 TAACCCTCTCCGGGCGGAGAGGGTTAACGTCGCTTAATATTGCGTAGGAGCTGGAACTGCCGAAGACG > 1:20529765/1‑68 AACCCTCTCCGGGCGGAGAGGGTTAACGTCGCTTAATATTGCGTAGGAGCTGGAACTGCCGAAGACGG < 1:22014138/68‑1 AACCCTCTCCGGGCGGAGAGGGTTAACGTCGCTTAATATTGCGTAGGAGCTGGAACTGCCGAAGACGG < 1:34478598/68‑1 AACCCTCTCCGGGCGGAGAGGGTTAACGTCGCTTAATATTGCGTAGGAGCTGGAACTGCCGAAGACGG > 1:18861085/1‑68 ACCCTCTCCGGGCGGAGAGGGTTAACGTCGCTTAATATTGCGTAGGAGCTGGAACTGCCGAAGACGGA > 1:40149270/1‑68 CCCTCTCCGGGCGGAGAGGGTTAACGTCGCTTAATTTTGCGTAGGAGCTGGAACTGCCGAAGACGGAT > 1:51067067/1‑68 CCCTCTCCGGGCGGAGAGGGTTAACGTCGCTTAATATTGCGTAGGAGGTGGAACTGCCGAAGACGGAT > 1:20266696/1‑68 CCCTCTCCGGGCGGAGAGGGTTAACGTCGCTTAATATTGCGTAGGAGCTGGAACTGCGGAAGACGGAT > 1:5038580/1‑68 CCCTCTCCGGGCGGAGAGGGTTAACGTCGCTTAATATTGCGTAGGAGCTGGAACTGCCGAAGACGGAT > 1:4623838/1‑68 CCCTCTCCGGGCGGAGAGGGTTAACGTCGCTTAATATTGCGTAGGAGCTGGAACTGCCGAAGACGGAT > 1:10027987/1‑68 CCCTCTCCGGGCGGAGAGGGTTAACGTCGCTTAATATTGCGTAGGAGCTGGAACTGCCGAAGACGGAT > 1:28265038/1‑68 CCCTCTCCGGGCGGAGAGGGTTAACGTCGCTTAATATTGCGTAGGAGCTGGAACTGCCGAAGACGGAT > 1:32858381/1‑68 CCCTCTCCGGGCGGAGAGGGTTAACGTCGCTTAATATTGCGTAGGAGCTGGAACTGCCGAAGACGGAT > 1:45769513/1‑68 CCCTCTCCGGGCGGAGAGGGTTAACGTCGCTTAATATTGCGTAGGAGCTGGAACTGCCGAAGACGGAT > 1:45124104/1‑68 CCCTCTCCGGGCGGAGAGGGTTAACGTCGCTTAATATTGCGTAGGAGCTGGAACTGCCGAAGACGGAT > 1:44740609/1‑68 CCCTCTCCGGGCGGAGAGGGTTAACGTCGCTTAATATTGCGTAGGAGCTGGAACTGCCGAAGACGGAT > 1:36270890/1‑68 CCCTCTCCGGGCGGAGAGGGTTAACGTCGCTTAATATTGCGTAGGAGCTGGAACTGCCGAAGACGGAT > 1:11176691/1‑68 CCCTCTCCGGGCGGAGAGGGTTAACGTCGCTTAATATTGCGTAGGAGCTGGAACTGCCGAAGACGGAT > 1:43268560/1‑68 CCCTCTCCGGGCGGAGAGGGTTAACGTCGCTTAATATTGCGTAGGAGCTGGAACTGCCGAAGACGGAT > 1:36974359/1‑68 CCCTCTCCGGGCGGAGAGGGTTAACGTCGCTTAATATTGCGTAGGAGCTGGAACTGCCGAAGACGGAT > 1:37145621/1‑68 CCCTCTCCGGGCGGAGAGGGTTAACGTCGCTTAATATTGCGTAGGAGCTGGAACTGCCGAAGACGGAT > 1:11125512/1‑68 CCCTCTCCGGGCGGAGAGGGTTAACGTCGCTTAATATTGCGTAGGAGCTGGAACTGCCGAAGACGGAT < 1:4286067/68‑1 CCCTCTCCGGGCGGAGAGGGTTAACGTCGCTTAATATTGCGTAGGAGCTGGAACTGCCGAAGACGGAT > 1:38146807/1‑68 CCCTCTCCGGGCGGAGAGGGTTAACGTCGCTTAATATTGCGTAGGAGCTGGAACTGCCGAAGACGGAT > 1:10994026/1‑68 CCCTCTCCGGGCGGAGAGGGTTAACGTCGCTTAATATTGCGTAGGAGCTGGAACTGCCGAAGACGGAT > 1:22809260/1‑68 CCCTCTCCGGGCGGAGAGGGTTAACGTCGCTTAATATTGCGTAGGAGCTGGAACTGCCGAAGACGGAT > 1:16326219/1‑68 CCCTCTCCGGGCGGAGAGGGTTAACGTCGCTTAATATTGCGTAGGAGCTGGAACTGCCGAAGACGGAT > 1:17241232/1‑68 CCCTCTCCGGGCGGAGAGGGTTAACGTCGCTTAATATTGCGTAGGAGCTGGAACTGCCGAAGACGGAT > 1:17745931/1‑68 CCCTCTCCGGGCGGAGAGGGTTAACGTCGCTTAATATTGCGTAGGAGCTGGAACTGCCGAAGACGGAT > 1:18442099/1‑68 CCCTCTCCGGGCGGAGAGGGTTAACGTCGCTTAATATTGCGTAGGAGCTGGAACTGCCGAAGACGGAT > 1:21294866/1‑68 CCCTCTCCGGGCGGAGAGGGTTAACGTCGCTTAATATTGCGTAGGAGCTGGAACTGCCGAAGACGGAT > 1:48408629/1‑68 CCCTCTCCGGGCGGAGAGGGTTAACGTCGCTTAATATTGCGTAGGAGCTGGAACTGCCGAAGACGGAT > 1:23215534/1‑68 CCCTCTCCGGGCGGAGAGGGTTAACGTCGCTTAATATTGCGTAGGAGCTGGAACTGCCGAAGACGGAT > 1:24370651/1‑68 CCCTCTCCGGGCGGAGAGGGTTAACGTCGCTTAATATTGCGTAGGAGCTGGAACTGCCGAAGACGGAT > 1:26063883/1‑68 CCCTCTCCGGGCGGAGAGGGTTAACGTCGCTTAATATTGCGTAGGAGCTGGAACTGCCGAAGACGGAT > 1:26477764/1‑68 CCCTCTCCGGGCGGAGAGGGTTAACGTCGCTTAATATTGCGTAGGAGCTGGAACTGCCGAAGACGGAT > 1:2807099/1‑68 CCCTCTCCGGGCGGAGAGGGTTAACGTCGCTTAATATTGCGTAGGAGCTGGAACTGCCGAAGACGGAT > 1:12583788/1‑68 CCCTCTCCGGGCGGAGAGGGTTAACGTCGCTTAATATTGCGTAGGAGCTGGAACTGCCGAAGACGGAT > 1:49027818/1‑68 CCCTCTCCGGGCGGAGAGGGTTAACGTCGCTTAATATTGCGTAGGAGCTGGAACTGCCGAAGACGGAT > 1:31070040/1‑68 CCCTCTCCGGGCGGAGAGGGTTAACGTCGCTTAATATTGCGTAGGAGCTGGAACTGCCGAAGACGGAT > 1:31581458/1‑68 CCCTCTCCGGGCGGAGAGGGTTAACGTCGCTTAATATAGCGTAGGAGCTGGAACTGCCGAAGCCGGAT > 1:38434310/1‑68 CCCTCTCCGGGCGGAGAGGGTTAACGTCGCATAATATTGCGTAGGAGCTGGAACTGCCGAAGACGGAT > 1:5436977/1‑68 CCCTCTCCGGGCGGAGAGGGTGAACGTCGCTTAATATTGCGTAGGAGCTGGAACTGACGAAGACGGAT > 1:39329184/1‑68 CCTCTCCGGGCGGAGAGGGTTAACGTCGCTTAATATTGCGTAGGAGCTGGAACTGCCGAAGACGGATT > 1:21755428/1‑68 CCTCTCCGGGCGGAGAGGGTTAACGTCGCTTAATATTGCGTAGGAGCTGGAACTGCCGAAGACGGAT > 1:9311635/1‑67 CCTCTCCGGGCGGAGAGGGTTAACGTCGCTTAATATTGCGTAGGAGCTGGAACTGCCGAAGACGGAT > 1:745473/1‑67 CCTCTCCGGGCGGAGAGGGTTAACGTCGCTTAATATTGCGTAGGAGCTGGAACTGCCGAAGACGGAT > 1:41134817/1‑67 CCTCTCCGGGCGGAGAGGGTTAACGTCGCTTAATATTGCGTAGGAGCTGGAACTGCCGAAGACGGAT > 1:31941223/1‑67 CTCTCCGGGGGGAGAGGGTTAACGTCGCTTTATATTGCGTAGGAGCTGGAACTGCCGAAGACGGATT > 1:35121264/1‑67 CTCTCCGGGCGGAGAGGGTTAACGTCGCTTAATATTGCGTAGGAGCTGGAACTGCCGAAGACGGATTC > 1:3850121/1‑68 CTCTCCGGGCGGAGAGGGTTAACGTCGCTTAATATTGCGTAGGAGCTGGAACTGCCGAAGACGGATTC > 1:13876831/1‑68 CTCTCCGGGCGGAGAGGGTTAACGTCGCTTAATATTGCGTAGGAGCTGGAACTGCCGAAGACGGATTC > 1:22079734/1‑68 CTCTCCGGGCGGAGAGGGTTAACGTCGCTTAATATTGCGTAGGAGCTGGAACTGCCGAAGACGGATTC > 1:25435135/1‑68 CTCTCCGGGCGGAGAGGGTTAACGTCGCTTAATATTGCGTAGGAGCTGGAACTGCCGAAGACGGATTC < 1:41809415/68‑1 TCTCCGGGCGGAGAGGGTTAACGTCGCTTAATATTGCGTAGGAGCTGGAACTGCCGAAGACGGATTaa < 1:47805366/68‑3 TCTCCGGGCGGAGAGGGTTAACGTCGCTTAATATTGCGTAGGAGCTGGAACTGCCGAAGACGGATTCA < 1:38016650/68‑1 TCTCCGGGCGGAGAGGGTTAACGTCGCTTAATATTGCGTAGGAGCTGGAACTGCCGAAGACGGATTCA < 1:48268457/68‑1 TCTCCGGGCGGAGAGGGTTAACGTCGCTTAATATTGCGTAGGAGCTGGAACTGCCGAAGACGGATTCA < 1:43708126/68‑1 TCCGGGCGGAGAGGGTTAACGTCGCTTAATATTGCGTAGGAGCTGGAACTGCCGAAGACGGATTCACC < 1:12408260/68‑1 TCCGGGCGGAGAGGGTTAACGTCGCTTAATATTGCGTAGGAGCTGGAACTGCCGAAGACGGATTCA > 1:30256021/1‑66 CCGGGCGGAGAGGGTTAACGTCGCTTAATATTGCGTAGGAGCTGGAACTGCCGAAGACGGATTCA > 1:1520421/1‑65 CGGGCGGAGAGGGTTAACGTCGCTTAATATTGCGTAGGAGCTGGAACTGCCGAAGACGGATTCACCTG > 1:46784404/1‑68 CGGGCGGAGAGGGTTAACGTCGCTTAATATTGCGTAGGAGCTGGAACTGCCGAAGACGGATTCACCTG > 1:43961481/1‑68 CGGGCGGAGAGGGTTAACGTCGCTTAATATTGCGTAGGAGCTGGAACTGCCGAAGACGGATTCACCTG > 1:30986305/1‑68 CGGGCGGAGAGGGTTAACGTCGCTTAATATTGCGTAGGAGCTGGAACTGCCGAAGACGGATTCACCTG > 1:16120878/1‑68 GGGCGGAGAGGGTTAACGTCGCTTAATATTGCGTAGGAGCTGGAACTGCCGAAGACGGATTCACCTGA < 1:11586161/68‑1 GGGCGGAGAGGGTTAACGTCGCTTAATATTGCGTAGGAGCTGGAACTGCCGAAGACGGATTCACCTGA < 1:34691834/68‑1 GGGCGGAGAGGGTTAACGTCGCTTAATATTGCGTAGGAGCTGGAACTGCCGAAGACGGATTCACCTGA < 1:36725370/68‑1 GGGCGGAGAGGGTTAACGTCGCTTAATATTGCGTAGGAGCTGGAACTGCCGAAGACGGATTCACCTGA < 1:23936738/68‑1 GGGCGGAGAGGGTTAACGTCGCTTAATATTGCGTAGGAGCTGGAACTGCCGAAGACGGATTCACCTGA < 1:35923166/68‑1 GGGCGGAGAGGGTTAACGTCGCTTAATATTGCGTAGGAGCTGGAACTGCCGAAGACGGATTCACCTGA < 1:32421353/68‑1 GGGCGGAGAGGGTTAACGTCGCTTAATATTGCGTAGGAGCTGGAACTGCCGAAGACGGATTCACCTGA < 1:33690041/68‑1 TCGACTTCACCAACTCAGGTGAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP009273/471348‑471426‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑taaccctctccgGGCGGAGAGGGTTAACGTCGCTTAATATTGCGTAGGAGCTGGAACTGCCGAAGACGGATTCACCTGA < CP009273/471428‑471362 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |