New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP009273 | = 471426 | 427 (0.690) | 22 (0.050) | 7/88 | NT | 5.4% | intergenic (+19/+12) | ybaY/ybaZ | outer membrane lipoprotein/excision repair protein, alkyltransferase‑like protein ATL |
? | CP009273 | = 471428 | 437 (0.900) | intergenic (+21/+10) | ybaY/ybaZ | outer membrane lipoprotein/excision repair protein, alkyltransferase‑like protein ATL |
Only 100 of 993 total aligned reads displayed.
AACTCAGGTGAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGCTTCCCGATACCATCA > CP009273/471359‑471493 | aCTCATGTGAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGc < 1:390617/68‑1 (MQ=255) aCTCAGGTGAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGc < 1:47642998/68‑1 (MQ=255) aCTCAGGTGAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCG > 1:2684130‑M1/1‑67 (MQ=255) cTCAGGTGAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGcc < 1:28426026/68‑1 (MQ=255) tCAGGTGAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCc < 1:35923166‑M2/68‑2 (MQ=255) tCAGGTGAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCc < 1:48472450‑M2/68‑2 (MQ=255) cAGGTGAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCcg > 1:46784404‑M2/1‑66 (MQ=255) tGAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCcggaga < 1:17068904‑M2/68‑7 (MQ=255) gAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCcggagag > 1:40719097‑M2/1‑61 (MQ=255) gAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCcggagag > 1:3850121‑M2/1‑61 (MQ=255) aTCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCcggagaggg > 1:26477764‑M2/1‑59 (MQ=255) aTCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCcggagaggg > 1:20884201‑M2/1‑59 (MQ=255) aTCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCcggagaggg > 1:22964112‑M2/1‑59 (MQ=255) aTCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCcggagaggg > 1:46020042‑M2/1‑59 (MQ=255) aTCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCcggagaggg > 1:2447730‑M2/1‑59 (MQ=255) aTCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCcggagaggg > 1:5127316‑M2/1‑59 (MQ=255) aTCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCcggagaggg > 1:14204916‑M2/1‑59 (MQ=255) aTCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCcggagaggg > 1:37145621‑M2/1‑59 (MQ=255) aTCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCcggagaggg > 1:36270890‑M2/1‑59 (MQ=255) aTCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCcggagaggg > 1:31022614‑M2/1‑59 (MQ=255) tCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCcggagagggt > 1:40149270‑M2/1‑58 (MQ=255) ccGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCcggagagggtt < 1:31804522‑M2/68‑12 (MQ=255) ccGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCcggagagggtt < 1:34478598‑M2/68‑12 (MQ=255) ccGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCcggagagggtt < 1:10684781‑M2/68‑12 (MQ=255) cTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTtagta > 1:3306258/1‑68 (MQ=255) tCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTagtagt < 1:23792260/68‑1 (MQ=255) tCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAg < 1:42530662/65‑1 (MQ=255) tCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAg < 1:8047770/65‑1 (MQ=255) tCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCg < 1:13143083/67‑1 (MQ=255) gCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCcggagagggttaacgtcgcttaatattgc > 1:24973315‑M2/1‑39 (MQ=255) cTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGggcggagagggttaacgtcggttaatattggg > 1:43454152‑M1/1‑36 (MQ=255) cTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAAc > 1:50501189/1‑67 (MQ=255) cTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAAc > 1:31355105/1‑67 (MQ=255) cTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAAc > 1:36962847/1‑67 (MQ=255) cTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAAc > 1:50752361/1‑67 (MQ=255) cTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAAc > 1:16795104/1‑67 (MQ=255) tCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACg < 1:5652019/67‑1 (MQ=255) ccTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAAc > 1:1634132/1‑65 (MQ=255) ccTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCt < 1:25857675/68‑1 (MQ=255) tACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGc > 1:45616020/1‑68 (MQ=255) cGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCaa < 1:8842855/68‑1 (MQ=255) cGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCaa < 1:11900469/68‑1 (MQ=255) gCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAg > 1:50231356/1‑68 (MQ=255) tatTAAGCGAGGTTAACCCTCTCCGCCCGGTGATGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGa < 1:11744096/68‑1 (MQ=255) atTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGCTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGAt > 1:22395292/1‑68 (MQ=255) ttAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGAtt < 1:29410320/68‑1 (MQ=255) gCGACGTTGACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGc > 1:18501165/1‑67 (MQ=255) gCGACGTTAACCCTCTCCGggcggagagggttaacgtcgcttaatattgcgtaggagctggaactgcc > 1:2478713‑M1/1‑19 (MQ=255) gCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTtagta > 1:44988490/1‑36 (MQ=255) gCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGc > 1:6331518/1‑67 (MQ=255) gCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGc > 1:39362118/1‑67 (MQ=255) gCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGc > 1:33834976/1‑67 (MQ=255) gCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGc > 1:938502/1‑67 (MQ=255) gCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGc > 1:29904376/1‑67 (MQ=255) gCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGc > 1:28138382/1‑67 (MQ=255) gCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGc > 1:23220547/1‑67 (MQ=255) gCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGc > 1:18866553/1‑67 (MQ=255) gCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGc > 1:2535295/1‑67 (MQ=255) gACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGccc > 1:8541004/1‑67 (MQ=255) cGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGCt < 1:33386694/68‑1 (MQ=255) cGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGCt < 1:47222591/68‑1 (MQ=255) ctAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGCtt > 1:24274037/2‑67 (MQ=255) tAACCCTCTCCGggcggagagggttaacgtcgcttaatattgcgtaggagctggaactgccgaagacg > 1:35030624‑M1/1‑12 (MQ=255) tAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGCTTc < 1:32719980/67‑1 (MQ=255) tAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGCTTc < 1:15519784/67‑1 (MQ=255) tAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGCTTc < 1:14837442/67‑1 (MQ=255) aaCCCTCTCCGggcggagagggttaacgtcgcttaatattgcgtaggagctggaactgccgaagacgg < 1:32171240‑M1/68‑58 (MQ=255) cccTCTCCGggcggagagggttaccgtcgcttaatattgcgtaggagctggaactgccgaagacggat > 1:38308803‑M1/1‑9 (MQ=255) cccTCTCCGggcggagagggttaacgtcgcttaatattgcgtaggagctggaactgccgaagacggat > 1:20454729‑M1/1‑9 (MQ=255) cccTCTCCGggcggagagggttaacgtcgcttaatattgcgtaggagctggaactgccgaagacggat > 1:10027987‑M1/1‑9 (MQ=255) cccTCTCCGggcggagagggttaacgtcgcttaatattgcgtaggagctggaactgccgaagacggat > 1:21277908‑M1/1‑9 (MQ=255) cccTCTCCGggcggagagggttaacgtcgcttaatattgcgtaggagctggaactgccgaagacggat > 1:17896479‑M1/1‑9 (MQ=255) cccTCTCCGggcggagagggttaacgtcgcttaatattgcgtaggagctggaactgccgaagacggat > 1:12429310‑M1/1‑9 (MQ=255) cccTCTCCGggcggagagggttaacgtcgcttaatattgcgtaggagctggaactgccgaagacggat > 1:6888892‑M1/1‑9 (MQ=255) cccTCTCCGggcggagagggttaacgtcgcttaatattgcgtaggagctggaactgccgaagacggat > 1:7231269‑M1/1‑9 (MQ=255) cccTCTCCGggcggagagggttaacgtcgcttaatattgcgtaggagctggaactgccgaagacggat > 1:11176691‑M1/1‑9 (MQ=255) cccTCTCCGggcggagagggttaacgtcgcttaatattgcgtaggagctggaactgccgaagacggat > 1:25471899‑M1/1‑9 (MQ=255) cccTCTCCGggcggagagggttaacgtcgcttaatattgcgtaggagctggaactgccgaagacggat > 1:21964114‑M1/1‑9 (MQ=255) cccTCTCCGggcggagagggttaacgtcgcttaatattgcgtaggagctggaactgccgaagacggat > 1:30731182‑M1/1‑9 (MQ=255) cccTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGCTTCCCGa > 1:39695998/1‑68 (MQ=255) cccTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGCTTCCCGa > 1:1939942/1‑68 (MQ=255) cccTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGCTTCCCGa > 1:48123580/1‑68 (MQ=255) cccTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGCTTCCCGa > 1:49105914/1‑68 (MQ=255) cccTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGCTTCCCGa > 1:17492968/1‑68 (MQ=255) ccTCTCCGggcggagagggttaacgtcgcttaatattgcgtaggagctggaactgccgaagacggat > 1:13981153‑M1/1‑8 (MQ=255) ccTCGCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGCTTCCCGAt > 1:22146874/1‑68 (MQ=255) ctctCCGggcggagagggttaacgtcgcttaatattgcgtaggagctggaactgccgaagacggattc < 1:41809415‑M1/68‑62 (MQ=255) ctctCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGCTTCCCGAt > 1:43854537/1‑67 (MQ=255) ctctCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGCTTCCCGATa < 1:2136064/68‑1 (MQ=255) tctcCGggcggagagggttaacgtcgcttaatattgcgtaggagctggaactgccgaagacggattca < 1:38016650‑M1/68‑63 (MQ=255) ctcCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGCTTCCCGATAcc < 1:44282956/68‑1 (MQ=255) ctcCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGCTTCCCGATAcc < 1:27436663/68‑1 (MQ=255) ctcCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGCTTCCCGATAcc < 1:20096498/68‑1 (MQ=255) tcCGggcggagagggttaacgtcgcttaatattgcgtaggagctggaactgccgaagacggattca > 1:11019084‑M1/1‑4 (MQ=255) tcCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGCTTCCCGATACCa > 1:16110896/1‑68 (MQ=255) tcCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGCTTCCCGATACCa > 1:7510035/1‑68 (MQ=255) ccGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGCTTCCCGATACCAt < 1:49491118/68‑1 (MQ=255) ccGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGCTTCCCGATACCAt < 1:42098006/68‑1 (MQ=255) cGggcggagagggttaacgtcgcttaatattgcgtaggagctggaactgccgaagacggattcacctg > 1:35398055‑M1/1‑2 (MQ=255) gggcggagagggttaacgtcgcttaatattgcgtaggagctggaactgccgaagacggattcacctga < 1:42899339‑M1/68‑68 (MQ=255) | AACTCAGGTGAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGCTTCCCGATACCATCA > CP009273/471359‑471493 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |