| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 4328027 = | 362 (0.580) | 21 (0.040) | 9/96 | NT | 5.0% | intergenic (‑281/+44) | adiY/adiA | adi system transcriptional activator/arginine decarboxylase |
| ? | CP009273 | 4328055 = | 487 (0.920) | intergenic (‑309/+16) | adiY/adiA | adi system transcriptional activator/arginine decarboxylase | |||||
Only 100 of 761 total aligned reads displayed.
ATGAAAACGTTGCCATACTCAAAAGGCCTAAGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATACCGTCAATAATTTCAGTCCCT > CP009273/4327988‑4328122 | aTGAAAACGTTGCCATACTCAAAAGGCCTAAGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCt < 1:10350624/68‑1 (MQ=255) tGAAAACGTTGCCATACTCAAAAGGCCTAAGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCt > 1:6992020/1‑67 (MQ=255) tGAAAACGTTGCCATACTCAAAAGGCCTAAGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCt > 1:29130712/1‑67 (MQ=255) gAAAACGTTGCCATACTCAAAAGGCCTAAGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTc > 1:7344090/1‑68 (MQ=255) tatgtgcgtgaaagcgtaaccactattccgctgaaggcgtaattgtttaaataacattacgccTTCa < 1:28112590‑M2/4‑1 (MQ=255) tatgtgcgtgaaagcgtaaccactattccgctgaaggcgtaattgtttaaataacattacgccTTCa < 1:24955994‑M2/4‑1 (MQ=255) tatgtgcgtgaaagcgtaaccactattccgctgaaggcgcaattgtttaaataacattacgccTTCa < 1:47394809‑M2/4‑1 (MQ=255) atgtgcgtgaaagcgtaaccactattccgctgaaggcgtaattgtttaaataacattacgccTTCAGc < 1:36893355‑M2/6‑1 (MQ=255) atgtgcgtgaaagcgtaaccactattccgctgaaggcgtaattgtttaaataacattacgccTTCAGc < 1:26023257‑M2/6‑1 (MQ=255) tgcgtgaaagcgtaaccactattccgctgaaggcggAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGa < 1:2234950‑M1/32‑1 (MQ=255) gTTGCCATACTCAAAAGGCCTAAGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTGAACAATTACGCCTTCAGCGGa < 1:5849330/68‑1 (MQ=255) gaaatcgtaaccactattccgctgaatgcgtaattgtttaaataacattacgccTTCAGCGGAATAGt < 1:23380396‑M2/14‑1 (MQ=255) cATACTCAAAAGGCCTAAGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGt > 1:31272008/1‑68 (MQ=255) aTACTCAAAAGGCCTAAGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTg > 1:49671207/1‑68 (MQ=255) tACTCAAAAGGCCTAAGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTgg < 1:22492332/68‑1 (MQ=255) tCAAAAGGCCTAAGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGtt > 1:27728420/1‑67 (MQ=255) tCAAAAGGCCTAAGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGtt > 1:14555492/1‑67 (MQ=255) tCAAAAGGCCTAAGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGtt > 1:49312288/1‑67 (MQ=255) aaaaGGCCTAAGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACg < 1:48891853/68‑1 (MQ=255) aaaGGCCTAAGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTAc > 1:356196/1‑66 (MQ=255) aaaGGCCTAAGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTAc > 1:1013656/1‑66 (MQ=255) aGGCCTAAGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCtt > 1:35301017/1‑68 (MQ=255) aGGCCTAAGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCtt > 1:33942950/1‑68 (MQ=255) aGGCCTAAGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCtt > 1:8472609/1‑68 (MQ=255) aGGCCTAAGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCtt > 1:41645634/1‑68 (MQ=255) ggCCTAAGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATGGTGGTTACGCtt > 1:50790874/1‑67 (MQ=255) ggCCTAAGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGTTTACGAtt > 1:25298596/1‑67 (MQ=255) ggCCTAAGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCtt > 1:12048113/1‑67 (MQ=255) ggCCTAAGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCtt > 1:19458593/1‑67 (MQ=255) ggCCTAAGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCtt > 1:26344818/1‑67 (MQ=255) cactattccgctgaaGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCtt < 1:37881012‑M1/52‑1 (MQ=255) ccTAAGGCCATGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCttt < 1:43783329/66‑1 (MQ=255) ccTAAGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCttt < 1:32482885/66‑1 (MQ=255) ccTAAGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTc > 1:42484577/1‑67 (MQ=255) ccTAAGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTc > 1:29827549/1‑67 (MQ=255) cTAAGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCa < 1:45896078/67‑1 (MQ=255) cTAAGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCa < 1:5115313/67‑1 (MQ=255) cTAAGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCa < 1:6145537/67‑1 (MQ=255) tccgctgaaggcgtaattgtttaaataacattacgccTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGca < 1:20344668‑M2/31‑1 (MQ=255) tccgctgaaggcgtaattgtttaaataacattacgccTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGca < 1:39403875‑M2/31‑1 (MQ=255) aGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGca < 1:41953217/68‑1 (MQ=255) aGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGca < 1:45183042/68‑1 (MQ=255) aGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGca < 1:26665877/68‑1 (MQ=255) aGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGca < 1:46039778/68‑1 (MQ=255) aGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGca < 1:29568866/68‑1 (MQ=255) ggCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGcac > 1:45542724/1‑68 (MQ=255) gCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGcaca > 1:34831967/1‑68 (MQ=255) gCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGcaca > 1:15903044/1‑68 (MQ=255) gCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGcaca > 1:32250200/1‑68 (MQ=255) gCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGcaca > 1:27150039/1‑68 (MQ=255) gCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGaaca > 1:44021898/1‑68 (MQ=255) gCCAGGCGGCGTAATGATATTTAAACAAAAACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGcaca > 1:16392909/1‑68 (MQ=255) gctgaaGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACAt < 1:18173488‑M1/62‑1 (MQ=255) ccAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACAt > 1:23066238/1‑68 (MQ=255) cAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACAt < 1:33089783/67‑1 (MQ=255) cAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATa < 1:1121429/68‑1 (MQ=255) cAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATa < 1:43595785/68‑1 (MQ=255) gcggcgTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACg > 1:31755061/1‑68 (MQ=255) gcggcgTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACg > 1:37447849/1‑68 (MQ=255) gcggcgTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACg > 1:20003422/1‑68 (MQ=255) gcggcgTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACg > 1:16993902/1‑68 (MQ=255) gcggcgTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACg > 1:14069012/1‑68 (MQ=255) gcggcgTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACg > 1:16059794/1‑68 (MQ=255) cggcgTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATaa < 1:6621028/65‑1 (MQ=255) cggcgTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGt > 1:10576117/1‑68 (MQ=255) cggcgTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGt > 1:11678246/1‑68 (MQ=255) cggcgTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGt > 1:21795265/1‑68 (MQ=255) GGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGt > 1:38528610‑M1/1‑67 (MQ=255) GGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTg < 1:46658452‑M1/68‑1 (MQ=255) GGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTg < 1:17942992‑M1/68‑1 (MQ=255) GGCGTAATGTTATCTAAACAATTACGCCTTCAGCGGACTAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGt > 1:49894882‑M1/1‑67 (MQ=255) CGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTgg > 1:50362434‑M1/1‑67 (MQ=255) GTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTa < 1:47870414‑M1/68‑1 (MQ=255) AATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATTGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTaa > 1:12875845‑M1/1‑67 (MQ=255) gTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATa > 1:36205655/1‑67 (MQ=255) gTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATa > 1:47081950/1‑67 (MQ=255) gTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATa > 1:8984090/1‑67 (MQ=255) gTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATa > 1:19177772/1‑67 (MQ=255) gTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATa > 1:34381772/1‑67 (MQ=255) gTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATa > 1:21016568/1‑67 (MQ=255) gTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATa > 1:23987813/1‑67 (MQ=255) gTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATa > 1:24422224/1‑67 (MQ=255) gTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATa > 1:17580592/1‑67 (MQ=255) gTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATa > 1:41063233/1‑67 (MQ=255) ttAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATACCGTCa < 1:30762789/68‑1 (MQ=255) ttAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATACCGTCa > 1:8130843/1‑68 (MQ=255) tAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATACCGTCaa > 1:28472077/1‑68 (MQ=255) aCAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATACCGTCaataa > 1:1071276/1‑68 (MQ=255) aCAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATACCGTCaataa > 1:13618280/1‑68 (MQ=255) cAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATACCGTCaataat > 1:7851379/1‑68 (MQ=255) cAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATACCGTCaataat > 1:5372/1‑68 (MQ=255) gccTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATACCGTCAATAATTTCAGt > 1:25757564‑M2/4‑67 (MQ=255) gccTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATACCGTCAATAATTTCAGt > 1:42800299‑M2/4‑67 (MQ=255) gccTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATACCGTCAATAATCTCAGt > 1:9469926‑M2/4‑67 (MQ=255) cTTCAGCGGAATAGTGNTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATACCGTCAATAATTTCAGTc > 1:40062640‑M2/2‑66 (MQ=255) cTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATACCGTCAATAATTTCAGTcc < 1:44629680‑M2/66‑1 (MQ=255) cTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATACCGTCAATAATTTCAGTc > 1:14974500‑M2/2‑66 (MQ=255) cTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGAAAATACCCTCAATAATTTCAGTc > 1:4309232‑M2/2‑66 (MQ=255) ttCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATACCGTCAATAATTTCAGTCCCt < 1:12410730/68‑1 (MQ=255) ttCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATACCGTCAATAATTTCAGTCCCt < 1:48405126/68‑1 (MQ=255) | ATGAAAACGTTGCCATACTCAAAAGGCCTAAGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATACCGTCAATAATTTCAGTCCCT > CP009273/4327988‑4328122 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |