| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 519440 = | 324 (0.900) | 18 (0.060) | 8/96 | NT | 5.4% | coding (724/4281 nt) | rhsD | Rhs family putative polymorphic toxin |
| ? | CP009273 | 519532 = | 349 (1.130) | coding (816/4281 nt) | rhsD | Rhs family putative polymorphic toxin | |||||
Only 100 of 128 total aligned reads displayed.
AGAAGATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGCCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/519514‑519440‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tcccgcccTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCCGC > CP009273/519532‑519598 AGAAGATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACT < 1:28599663/68‑1AGAAGATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACT < 1:15992536/68‑1 GAAGATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACT > 1:10739066/1‑67 GAAGATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACT > 1:9607358/1‑67 GAAGATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACT > 1:9434947/1‑67 GAAGATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACT > 1:9104437/1‑67 GAAGATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACT > 1:28597127/1‑67 GAAGATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACT > 1:28208890/1‑67 GAAGATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACT > 1:2694704/1‑67 GAAGATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACT > 1:19912753/1‑67 GAAGATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACT > 1:18808306/1‑67 GAAGATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACT > 1:18200033/1‑67 GAAGATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACT > 1:13046867/1‑67 GAAGATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCAAGCTGCGCCTGCGTGGACACCACCAGACGGAACT > 1:29705416/1‑67 AGATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCC > 1:6847268/1‑68 AGATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCC > 1:27424618/1‑68 ATAGCGATGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGC < 1:25949370/68‑1 ATAGCGAAGCGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGC < 1:19427902/68‑1 ATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCG > 1:1982038/1‑67 ATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCG > 1:19515207/1‑67 ATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCG > 1:26759899/1‑67 ATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCG > 1:9162355/1‑67 ATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCG > 1:28593268/1‑67 ATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCG > 1:15356673/1‑67 TAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGC < 1:4889167/67‑1 TAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGC < 1:25233533/67‑1 TAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGC < 1:6623346/67‑1 TAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGC < 1:22706503/67‑1 TAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGC < 1:13339072/67‑1 TAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGC < 1:26439438/67‑1 TAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGC < 1:1461003/67‑1 TAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGC < 1:27455134/67‑1 TAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGC < 1:4065878/67‑1 TAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGC < 1:3567439/67‑1 TAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGC < 1:1259285/67‑1 TAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGC < 1:29313898/67‑1 TAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGC < 1:9303487/67‑1 TAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGC < 1:9095387/67‑1 TAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGC < 1:18014608/67‑1 TAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGC < 1:14157641/67‑1 TAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGC < 1:19486427/67‑1 TAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGC < 1:7121258/67‑1 TAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGC < 1:19884792/67‑1 TAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGC < 1:19998469/67‑1 TAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGC < 1:11455003/67‑1 TAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGC < 1:14833254/67‑1 TAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGC < 1:21233922/67‑1 TAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGGCAGCACCAGACGGAACTCCCGC < 1:22232235/67‑1 TAGCGAAGAGGGGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGC < 1:15164009/67‑1 TAGCGAAGAGGGGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGC < 1:4708773/67‑1 AGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGCCC < 1:13170167/68‑1 AGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGCCCTCTCT < 1:27715526/68‑1 TGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGCCCTCTCTCAGC < 1:3349927/67‑1 ACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGAC > 1:6436736/1‑67 ACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGAC > 1:22925461/1‑67 GCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACAC > 1:8989162/1‑67 CCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCC > 1:20990115/1‑68 TCAGCACCAGACGGAACTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAA > 1:22374347/1‑68 ACCAGACGGAACTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACG > 1:26470650/1‑67 ACCAGACGGAACTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACG > 1:9072387/1‑67 ACCAGACGGAACTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACG > 1:13948979/1‑67 ACCAGACGGAACTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACG > 1:6224932/1‑67 ACCAGACGGAACTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACG > 1:24691600/1‑67 ACGGAACTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCG > 1:25913669/1‑68 ACGGAACTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCG > 1:2093068/1‑68 ACGGAACTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGGACCGAATACGGCCCCG > 1:14556905/1‑68 TCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGG < 1:10515490/68‑1 TCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGG < 1:24834710/66‑1 TCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGG < 1:8146420/66‑1 TCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGG < 1:6571301/66‑1 TCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAG < 1:19695378/65‑1 TCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACA < 1:3897617/64‑1 CCCGCCCTCTCTCAGCCTCGCCGTCCCGCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGT < 1:28533751/68‑1 CCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGATTACGGCCCCGACAGGGGT > 1:23727734/1‑68 CCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGT < 1:14666828/68‑1 CCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGT < 1:15963772/68‑1 CCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGT > 1:3833002/1‑68 CCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGT > 1:28138094/1‑68 CCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGT > 1:889901/1‑68 CCCGCCCTCTATCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGT > 1:24364487/1‑68 CGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTA > 1:3585874/1‑67 caCTCTGTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCGGAGGGGGGTATCC > 1:21570840/3‑68 CCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTTCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCC > 1:4952967/1‑68 CCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGCCAGGGGTATCC > 1:14041216/1‑68 CCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCC > 1:24765228/1‑68 CCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCC > 1:1551563/1‑68 CCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCC > 1:15928163/1‑68 CCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCC > 1:28405138/1‑68 CCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCC > 1:12112266/1‑68 CCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCC > 1:16120314/1‑68 CCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCC > 1:8741734/1‑68 CCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCC > 1:4892532/1‑68 CCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCC > 1:7837290/1‑68 CCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCC > 1:2179715/1‑68 CCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCC > 1:5976785/1‑68 CCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCC > 1:29163329/1‑68 CCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCC > 1:6080623/1‑68 CCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCC > 1:6353453/1‑67 CTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCCGC < 1:27377379/68‑1 CTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCCGC < 1:3023170/68‑1 AGAAGATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGCCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/519514‑519440‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tcccgcccTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCCGC > CP009273/519532‑519598 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |