| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 519440 = | 324 (0.900) | 18 (0.060) | 8/96 | NT | 5.4% | coding (724/4281 nt) | rhsD | Rhs family putative polymorphic toxin |
| ? | CP009273 | 519532 = | 349 (1.130) | coding (816/4281 nt) | rhsD | Rhs family putative polymorphic toxin | |||||
Only 100 of 480 total aligned reads displayed.
CACGCAGGCGCAGCGTGCGGAAGAGGCCCGCACCTCTTCGCTATCTTCTTCTGACAGTTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCCGCC > CP009273/519466‑519599 | aCGCAGGCGCAGCGTGCGGAAGAGGCCCGCACCTCTTCGCTATCTTCTTCTGACAGTTCCCGCCctct < 1:9330146/68‑1 (MQ=255) aCGCAGGCGCAGCGTGCGGAAGAGGCCCGCACCTCTTCGCTATCTTCTTCTGACAGTTCCCGCCctct < 1:5842801/68‑1 (MQ=255) gCAGGCGCAGCGTGCGGAAGAGGCCCGCACCTCTTCGCTATCTTCTTCTGACAGTTCCTGCCctctc > 1:27754284/1‑67 (MQ=255) gCAGGCGCAGCGTGCGGAAGAGGCCCGCACCTCTTCGCTATCTTCTTCTGACAGTTCCCGCCctctc > 1:24672108/1‑67 (MQ=255) cAGGCGCAGCGTGCGGAAGAGGCCCGCACCTCTTCGCTATCTTCTTCTGACAGTTCCCGCCCtctctc > 1:2828097/1‑68 (MQ=255) ggCGCAGCGTGCGGAAGAGGCCCGCACCTCTTCGCTATCTTCTTCTGACAGTTCCCGCCCTCTctca > 1:27535594/1‑67 (MQ=255) ggCGCAGCGTGCGGAAGAGGCCCGCACCTCGTCGCTATCTTCTTCTGACAGTTCCCGCCCTCTctca > 1:29110935/1‑67 (MQ=255) cgcAGCGTGCGGAAGAGGCCCGCACCTCTTCGCTATCTTCTTCTGACAGTTCCCGCCCTCTctcagc < 1:16838343/67‑1 (MQ=255) cgcAGCGTGCGGAAGAGGCCCGCACCTCTTCGCTATCTTCTTCTGACAGTTCCCGCCCTCTctcagc < 1:9039140/67‑1 (MQ=255) cgcAGCGTGCGGAAGAGGCCCGCACCTCTTCGCTATCTTCTTCTGACAGTTCCCGCCCTCTctcag > 1:12269717/1‑66 (MQ=255) cgcAGCGTGCGGAAGAGGCCCGCACCTCTTCGCTATCTTCTTCTGACAGTTCCCGCCCTCTctcag > 1:4843358/1‑66 (MQ=255) gcAGCGTGCGGAAGAGGCCCGCACCTCTTCGCTTTCTTCTTCTGACAGTTCCCGCCCTCTctcagcc > 1:421408/1‑67 (MQ=255) gcAGCGTGCGGAAGAGGCCCGCACCTCTTCGCTATCTTCTTCTGACAGTTCCCGCCCTCTctcagcc < 1:5232269/67‑1 (MQ=255) gcAGCGTGCGGAAGAGGCCCGCACCTCTTCGCTATCTTCTTCTGACAGTTCCCGCCCTCTctcagcc < 1:22212649/67‑1 (MQ=255) aGCGTGCGGAAGAGGCCCGCACCTCTTCGCTATCTTCTTCTGCCAGTTCCCGCCCTCTctcagcctca > 1:18759257/1‑68 (MQ=255) aGCGTGCGGAAGAGGCCCGCACCTCTTCGCTATCTTCTTCTGACAGTTCCCGCCCTCTctcagcctca > 1:17522690/1‑68 (MQ=255) aGCGTGCGGAAGAGGCCCGCACCTCTTCGCTATCTTCTTCTGACAGTTCCCGCCCTCTctcagcctc < 1:10520565/67‑1 (MQ=255) cGTGCGGAAGAGGCCCGCACCTCTTCGCTATCTTCTTCTGACAGTTCCCGCCCTCTctcagcctcagc > 1:1776745/1‑68 (MQ=255) gTGCGGAAGAGGCCCGCACCTCTTCGCTATCTTCTTCTGACAGTTCCCGCCCTCTctcagcctcagc < 1:3990746/67‑1 (MQ=255) gTGCGGAAGAGGCCCGCACCTCTTCGCTATCTTCTTCTGACAGTTCCCGCCCTCTctcagcctcagc < 1:23245640/67‑1 (MQ=255) gCGGAAGAGGCCCGCACCTCTTCGCTATCTTCTTCTGACAGTTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGtt < 1:28909845/68‑1 (MQ=255) gCGGAAGAGGCCCGCACCTCTTCGCTATCTTCTTCTGACAGTTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGtt < 1:12802602/68‑1 (MQ=255) ggAAGAGGCCCGCACCTCTTCGCTATCTTCTTCTGACAGTTCCCGCCCTCTctcagcctcag < 1:21169874/62‑1 (MQ=255) ggAAGAGGCCCGCACCTCTTCGCTATCTTCTTCTGACAGTTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTcc < 1:25434678/68‑1 (MQ=255) ggAAGAGGCCCGCACCTCTTCGCTATCTTCTTCTGACAGTTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTcc < 1:26345060/68‑1 (MQ=255) ggAAGAGGCCCGCACCTCTTCGCTATCTTCTTCTGACAGTTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTcc < 1:27364547/68‑1 (MQ=255) ggAAGAGGCCCGCACCTCTTCGCTATCTTCTTCTGACAGTTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTcc < 1:11056671/68‑1 (MQ=255) ggAAGAGGCCCGCACCTCTTCGCTATCTTCTTCTGACAGTTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTcc < 1:14146253/68‑1 (MQ=255) ggAAGAAGCCCGCACCTCTTCGCTATCTTCTTCTGACAGTTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTcc < 1:10867404/68‑1 (MQ=255) agcggCCCGCACCTCTTCGCTATCTTCTTCTGCCAGTTCCCGCCCTCGCTCTGCCTCAGCGTGCCCCg > 1:20536718/4‑68 (MQ=255) agagGCCCGCACCTCTTCGCTATCTTCTTCTGACAGTTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTcccc > 1:16440140/1‑67 (MQ=255) agagGCCCGCACCTCTTCGCTATCTTCTTCTGACAGTTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTcccc > 1:12992521/1‑67 (MQ=255) agagGCCCGCACCTCTTCGCTATCTTCTTCTGACAGTTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTcccc < 1:15219954/67‑1 (MQ=255) agagGCCCGCACCTCTTCGCTATCTTCTTCTGACAGTTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTcccc < 1:18958517/67‑1 (MQ=255) agagGCCCGCACCTCTTCGCTATCTTCTTCTGACAGTTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCg > 1:19176456/1‑68 (MQ=255) ggCCCGCACCTCTTCGCTATCTTCTTCTGACAGTTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGac > 1:3222639/1‑67 (MQ=255) ggCCCGCACCTCTTCGCTATCTTCTTCTGACAGTTCACGCCCTCTCTCAGCCGCAGCGTTCCCCGac < 1:6796342/67‑1 (MQ=255) acgctgcgcctgcgtggtcagcaccagacggaactcccgcccTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGac > 1:22925461‑M2/43‑67 (MQ=255) gctgcgcctgcgtggtcagcaccagacggaactcccgcccTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGacac > 1:8989162‑M2/41‑67 (MQ=255) cccGCACCTCTTCGCTATCTTCTTCTGACAGTTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGccac > 1:27047365/1‑67 (MQ=255) cccGCACCTCTTCGCTATCTTCTTCTGACAGTTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGacac > 1:16307552/1‑67 (MQ=255) cccGCACCTCTTCGCTATCTTCTTCTGACAGTTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGacac > 1:24324770/1‑67 (MQ=255) cccGCACCTCTTCGCTATCTTCTTCTGACAGTTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGacac > 1:88270/1‑67 (MQ=255) cGCACCTCTTCGCTATCTTCTTCTGACAGTTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACt < 1:1606716/68‑1 (MQ=255) cGCACCTCTTCGCTATCTTCTTCTGACAGTTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACt < 1:26911258/68‑1 (MQ=255) cGCACCTCTTCGCTATCTTCTACTGACAGTTCCCTCCCTCTCTCAGCCGCAGCGTTCCCCGACACACt < 1:15050130/68‑1 (MQ=255) gCACCTCTTCGCTATCTTCTTCTGACAGTTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACt > 1:28761867/1‑67 (MQ=255) aCCTCTTCGCTATCTTCTTCTGACAGTTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGc < 1:14516003/67‑1 (MQ=255) aCCTCTTCGCTATCTTCTTCTGACAGTTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGc > 1:2408286/1‑67 (MQ=255) aCCTCTTCGCTATCTTCTTCTGACAGTTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGc < 1:7146425/67‑1 (MQ=255) aCCTCTTCGCTATCTTCTTCTGACAGTTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGc < 1:16630779/67‑1 (MQ=255) aCCTCTTCGCTATCTTCTTCTGACAGTTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGc < 1:29256782/67‑1 (MQ=255) ccTCTTCGCTATCTTCTTCTGACAGTTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGccc < 1:3553011/68‑1 (MQ=255) ctTCGCTATCTTCTTCTGACAGTTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGt < 1:7644366/68‑1 (MQ=255) ctTCGCTATCTTCTTCTGACAGTTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGt < 1:26004211/68‑1 (MQ=255) ctTCGCTATCTTCTTCTGACAGTTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGt < 1:9784005/68‑1 (MQ=255) ctTCGCTATCTTCTTCTGACAGTTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGt < 1:25599834/68‑1 (MQ=255) ctTCGCTATCTTCTTCTGACAGTTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGt < 1:13533209/68‑1 (MQ=255) ctTCGCTATCTTCTTCTGACAGTTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGt < 1:21990588/68‑1 (MQ=255) ctTCGCTATCTTCTTCTGACAGTTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGt < 1:21285779/68‑1 (MQ=255) tCGCTATCTTCTTCTGACAGTTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTAc < 1:28097732/68‑1 (MQ=255) tCGCTATCTTCTTCTGACAGTTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTAc < 1:2094505/68‑1 (MQ=255) ggtcagcaccagacggaactcccgcccTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCg > 1:25155452‑M2/28‑68 (MQ=255) gCTATCTTCTTCTGACAGTTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTCCCg > 1:11825142/1‑68 (MQ=255) gCTATCTTCTTCTGACAGTTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTAcc > 1:20016756/1‑67 (MQ=255) gCTATCTTCTTCTGACAGTTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCg > 1:10025785/1‑68 (MQ=255) gCTATCTTCTTCTGACAGTTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCg > 1:10320299/1‑68 (MQ=255) gCTATCTTCTTCTGACAGTTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCg > 1:13892182/1‑68 (MQ=255) gCTATCTTCTTCTGACAGTTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCg > 1:20248252/1‑68 (MQ=255) tcagcaccagacggaactcccgcccTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGaa > 1:22374347‑M2/26‑68 (MQ=255) tATCTTCTTCTGACAGTTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGaa > 1:20778560/1‑68 (MQ=255) cttcttctGACAGTTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATAc > 1:29726793/1‑68 (MQ=255) tcttctGACAGTTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACg > 1:74454/1‑67 (MQ=255) cttctGACAGTTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGc < 1:14055100/68‑1 (MQ=255) tctGACAGTTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGCCACACTGCCCGGTACCGAATACGGcc > 1:266416/1‑67 (MQ=255) tctGACAGTTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGcc > 1:4585187/1‑67 (MQ=255) tctGACAGGTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGccc < 1:11372843/68‑1 (MQ=255) tGACAGTTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCg < 1:11202403/68‑1 (MQ=255) tGACAGTTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCg < 1:13392511/68‑1 (MQ=255) tGACAGTTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCg < 1:6220050/68‑1 (MQ=255) aCAGTTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACCCACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGAc > 1:3816755/1‑68 (MQ=255) aCAGTTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGAc > 1:12464203/1‑68 (MQ=255) tcccgcccTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAgg < 1:24834710‑M2/58‑1 (MQ=255) tcccgcccTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAgg < 1:6571301‑M2/58‑1 (MQ=255) tcccgcccTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAg < 1:19695378‑M2/57‑1 (MQ=255) cccgcccTCTCTCAGCCTCGCCGTCCCGCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGt < 1:28533751‑M2/61‑1 (MQ=255) cccgcccTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGATTACGGCCCCGACAGGGGt > 1:23727734‑M2/8‑68 (MQ=255) cccgcccTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGt < 1:14666828‑M2/61‑1 (MQ=255) cccgcccTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGt > 1:17298034‑M2/8‑68 (MQ=255) cccgcccTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGt < 1:2147114‑M2/61‑1 (MQ=255) cccTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGCCAGGGGTATcc > 1:5057816‑M2/4‑68 (MQ=255) cccTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATcc > 1:6080623‑M2/4‑68 (MQ=255) cccTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATcc > 1:4892532‑M2/4‑68 (MQ=255) cccTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATcc > 1:1551563‑M2/4‑68 (MQ=255) cccTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATcc > 1:15928163‑M2/4‑68 (MQ=255) cacTCTGTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCGGAGGGGGGTATcc > 1:21570840‑M2/4‑68 (MQ=255) ccTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATcc > 1:6353453‑M2/3‑67 (MQ=255) cTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCCGc < 1:3023170‑M2/67‑1 (MQ=255) tctctcAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCCg > 1:9549697/1‑66 (MQ=255) tctctcAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCCGcc < 1:8406131/68‑1 (MQ=255) | CACGCAGGCGCAGCGTGCGGAAGAGGCCCGCACCTCTTCGCTATCTTCTTCTGACAGTTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCCGCC > CP009273/519466‑519599 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |